uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Automated QuantMap for rapid quantitative molecular network topology analysis
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.ORCID-id: 0000-0001-6770-0878
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.ORCID-id: 0000-0002-8083-2864
2013 (engelsk)Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 29, nr 18, s. 2369-2370Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]

SUMMARY:

The previously disclosed QuantMap method for grouping chemicals by biological activity used online services for much of the data gathering and some of the numerical analysis. The present work attempts to streamline this process by using local copies of the databases and in-house analysis. Using computational methods similar or identical to those used in the previous work, a qualitatively equivalent result was found in just a few seconds on the same dataset (collection of 18 drugs). We use the user-friendly Galaxy framework to enable users to analyze their own datasets. Hopefully, this will make the QuantMap method more practical and accessible and help achieve its goals to provide substantial assistance to drug repositioning, pharmacology evaluation and toxicology risk assessment.

AVAILABILITY:

http://galaxy.predpharmtox.org

CONTACT:

mats.gustafsson@medsci.uu.se or ola.spjuth@farmbio.uu.se

SUPPLEMENTARY INFORMATION:

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2013. Vol. 29, nr 18, s. 2369-2370
HSV kategori
Forskningsprogram
Bioinformatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-204704DOI: 10.1093/bioinformatics/btt390ISI: 000323943200024PubMedID: 23828784OAI: oai:DiVA.org:uu-204704DiVA, id: diva2:639713
Forskningsfinansiär
eSSENCE - An eScience CollaborationSwedish Research Council, 2011-6129Tilgjengelig fra: 2013-08-08 Laget: 2013-08-08 Sist oppdatert: 2018-03-05bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltext(117 kB)298 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 117 kBChecksum SHA-512
dc28fb11b3f0e0c39093995cf9623620156aba517b61e7015b9edd4ee027847f4b10531cb4884de2eac55a56ca7d7c9d0142a694cc342354dae70e416e9bc60b
Type fulltextMimetype application/pdf

Andre lenker

Forlagets fulltekstPubMed

Personposter BETA

Schaal, WesleyHammerling, UlfGustafsson, Mats GSpjuth, Ola

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Schaal, WesleyHammerling, UlfGustafsson, Mats GSpjuth, Ola
Av organisasjonen
I samme tidsskrift
Bioinformatics

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 298 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetric

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 786 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf