uu.seUppsala universitets publikationer
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Statistical processing of Flash X-ray Imaging of protein complexes
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.ORCID-id: 0000-0002-1171-6683
2019 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

Flash X-ray Imaging (FXI) at X-ray Free Electron Lasers (XFELs) is a promising technique that permits the investigation of the 3D structure of molecules without the need for crystallization, by diffracting on single individual sample particles.

In the past few years, some success has been achieved by using FXI on quite large biological complexes (40 nm-1 μm in diameter size). Still, the desired dream-goal of imaging a single individual of a molecule or a protein complex (<15 nm in diameter size) has not been reached yet. The main issue that prevented us from a complete success has been the low signal strength, almost comparable to background noise. That is particularly true for experiments performed at the Coherent X-ray Imaging (CXI) instrument at the Linac Coherent Light Source (LCLS).

In this thesis, we provide a brief review of the CXI instrument (focusing on experiments there performed) and present a statistical method to deal with low signal-to-noise ratios. We take into account a variety of biological particles, showing the benefits of estimating a background model from sample data and using that for processing said data. Moreover, we present the results of some computer simulations in order to explore the limits and potentials of the proposed approach.

Last, we show another method (named COACS) that, being fed with the previous findings from the background model, helps obtaining clearer results in the phase retrieval problem.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Uppsala: Acta Universitatis Upsaliensis, 2019. , s. 88
Serie
Digital Comprehensive Summaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology, ISSN 1651-6214 ; 1764
Nyckelord [en]
X-ray, XFEL, single particle, hit-finder, statistical hit-finder, single protein, protein complex, RNA polymerase II, FEL, free-electron laser, FXI, Flash X-ray Imaging, CXI, CSPAD, x-ray imaging, COACS
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper Fysik
Forskningsämne
Fysik med inriktning mot biofysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-372987ISBN: 978-91-513-0554-7 (tryckt)OAI: oai:DiVA.org:uu-372987DiVA, id: diva2:1278413
Disputation
2019-03-06, C8:301, BMC, Husargatan 3, Uppsala, 09:15 (Engelska)
Opponent
Handledare
Tillgänglig från: 2019-02-08 Skapad: 2019-01-14 Senast uppdaterad: 2019-02-18
Delarbeten
1. Artifact reduction in the CSPAD detectors used for LCLS experiments
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Artifact reduction in the CSPAD detectors used for LCLS experiments
2017 (Engelska)Ingår i: Journal of Synchrotron Radiation, ISSN 0909-0495, E-ISSN 1600-5775, Vol. 24, s. 1092-1097Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Nationell ämneskategori
Biofysik
Identifikatorer
urn:nbn:se:uu:diva-328543 (URN)10.1107/S160057751701058X (DOI)000408902800025 ()28862634 (PubMedID)
Projekt
eSSENCE
Tillgänglig från: 2017-07-18 Skapad: 2017-08-25 Senast uppdaterad: 2019-01-14Bibliografiskt granskad
2. A statistical approach to detect protein complexes at X-ray free electron laser facilities
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A statistical approach to detect protein complexes at X-ray free electron laser facilities
Visa övriga...
2018 (Engelska)Ingår i: Communications Physics, E-ISSN 2399-3650, Vol. 1, s. 92:1-11, artikel-id 92Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Nationell ämneskategori
Biofysik
Identifikatorer
urn:nbn:se:uu:diva-369876 (URN)10.1038/s42005-018-0092-6 (DOI)000452676300003 ()
Projekt
eSSENCE
Tillgänglig från: 2018-12-07 Skapad: 2018-12-17 Senast uppdaterad: 2019-05-06Bibliografiskt granskad
3. Using convex optimization of autocorrelation with constrained support and windowing for improved phase retrieval accuracy
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Using convex optimization of autocorrelation with constrained support and windowing for improved phase retrieval accuracy
2018 (Engelska)Ingår i: Optics Express, ISSN 1094-4087, E-ISSN 1094-4087, Vol. 26, s. 24422-24443Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Nationell ämneskategori
Beräkningsmatematik Biofysik
Identifikatorer
urn:nbn:se:uu:diva-360037 (URN)10.1364/OE.26.024422 (DOI)000444705000012 ()30469561 (PubMedID)
Projekt
eSSENCE
Tillgänglig från: 2018-09-05 Skapad: 2018-09-09 Senast uppdaterad: 2019-01-14Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(4585 kB)109 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 4585 kBChecksumma SHA-512
5b7c39bf8e37d7e40663ff6f783b0a3fa801ce54dd529034e16bb55092fa132d0370368a03c6ae4a9f2e6982761cb2237e7303fbf40c44af63b0b22215ecad7f
Typ fulltextMimetyp application/pdf
Köp publikationen >>

Personposter BETA

Pietrini, Alberto

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Pietrini, Alberto
Av organisationen
Molekylär biofysik
Biologiska vetenskaperFysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 109 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

isbn
urn-nbn

Altmetricpoäng

isbn
urn-nbn
Totalt: 470 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf