uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
De novo peptide sequencing and identification with precision mass spectrometry
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap, MMS, medicinsk masspektrometri.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap, MMS, medicinsk masspektrometri.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap, MMS, medicinsk masspektrometri.
Visa övriga samt affilieringar
2007 (Engelska)Ingår i: Journal of Proteome Research, ISSN 1535-3893, E-ISSN 1535-3907, Vol. 6, nr 1, s. 114-123Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The recent proliferation of novel mass spectrometers such as Fourier transform, QTOF, and OrbiTrap marks a transition into the era of precision mass spectrometry, providing a 2 orders of magnitude boost to the mass resolution, as compared to low-precision ion-trap detectors. We investigate peptide de novo sequencing by precision mass spectrometry and explore some of the differences when compared to analysis of low-precision data. We demonstrate how the dramatically improved performance of de novo sequencing with precision mass spectrometry paves the way for novel approaches to peptide identification that are based on direct sequence lookups, rather than comparisons of spectra to a database. With the direct sequence lookup, it is not only possible to search a database very efficiently, but also to use the database in novel ways, such as searching for products of alternative splicing or products of fusion proteins in cancer. Our de novo sequencing software is available for download at http://peptide.ucsd.edu/.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2007. Vol. 6, nr 1, s. 114-123
Nyckelord [en]
precision MS, MS/MS, de novo, database search, pattern matching, filtration, FTMS, FT-ICR, LTQ-FT
Nationell ämneskategori
Medicin och hälsovetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-146543DOI: 10.1021/pr060271uISI: 000243262600011PubMedID: 17203955OAI: oai:DiVA.org:uu-146543DiVA, id: diva2:398412
Tillgänglig från: 2011-02-17 Skapad: 2011-02-17 Senast uppdaterad: 2017-12-11Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed
Av organisationen
MMS, medicinsk masspektrometri
I samma tidskrift
Journal of Proteome Research
Medicin och hälsovetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 459 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf