uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
The evolution of duplicate gene expression in mammalian organs
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för ekologi och genetik, Zooekologi.
Center for Molecular Biology of Heidelberg University (ZMBH), DKFZ-ZMBH Alliance.
Center for Molecular Biology of Heidelberg University (ZMBH), DKFZ-ZMBH Alliance.
2017 (Engelska)Ingår i: Genome Research, ISSN 1088-9051, E-ISSN 1549-5469, Vol. 27, nr 9, s. 1461-1474Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Gene duplications generate genomic raw material that allows the emergence of novel functions, likely facilitating adaptive evolutionary innovations. However, global assessments of the functional and evolutionary relevance of duplicate genes in mammals were until recently limited by the lack of appropriate comparative data. Here, we report a large-scale study of the expression evolution of DNA-based functional gene duplicates in three major mammalian lineages (placental mammals, marsupials, egg-laying monotremes) and birds, on the basis of RNA sequencing (RNA-seq) data from nine species and eight organs. We observe dynamic changes in tissue expression preference of paralogs with different duplication ages, suggesting differential contribution of paralogs to specific organ functions during vertebrate evolution. Specifically, we show that paralogs that emerged in the common ancestor of bony vertebrates are enriched for genes with brain-specific expression and provide evidence for differential forces underlying the preferential emergence of young testis-and liver-specific expressed genes. Further analyses uncovered that the overall spatial expression profiles of gene families tend to be conserved, with several exceptions of pronounced tissue specificity shifts among lineage-specific gene family expansions. Finally, we trace new lineage-specific genes that may have contributed to the specific biology of mammalian organs, including the little-studied placenta. Overall, our study provides novel and taxonomically broad evidence for the differential contribution of duplicate genes to tissue-specific transcriptomes and for their importance for the phenotypic evolution of vertebrates.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017. Vol. 27, nr 9, s. 1461-1474
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi Bioteknologi med applikationer på växter och djur Mikrobiologi Genetik och förädling inom lantbruksvetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-334918DOI: 10.1101/gr.215566.116ISI: 000408790600001OAI: oai:DiVA.org:uu-334918DiVA, id: diva2:1161198
Forskningsfinansiär
EU, Europeiska forskningsrådet, 242597Tillgänglig från: 2017-11-29 Skapad: 2017-11-29 Senast uppdaterad: 2017-11-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(6597 kB)4 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 6597 kBChecksumma SHA-512
bec0c386de2fd9735c7ecacf14d47005d9d557e46286174485eafe4f4dd4c7226c8ba11a4f1ceba8607f20cc43524d375b98c378eca7fa724642d4c8dec9fc8c
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Guschanski, Katerina

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Guschanski, Katerina
Av organisationen
Zooekologi
I samma tidskrift
Genome Research
Biokemi och molekylärbiologiBioteknologi med applikationer på växter och djurMikrobiologiGenetik och förädling inom lantbruksvetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 4 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 83 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf