uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
ProViz: a tool for explorative 3-D visualization and template matching in electron tomograms
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
RaySearch Labs, Stockholm, Sweden.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
Visa övriga samt affilieringar
2017 (Engelska)Ingår i: COMPUTER METHODS IN BIOMECHANICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING-IMAGING AND VISUALIZATION, ISSN 2168-1163, Vol. 5, nr 6, s. 446-454Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Visual understanding is a key aspect when studying electron tomography data-sets, aside quantitative assessments such as registration of high-resolution structures. We here present the free software tool ProViz (Protein Visualization) for visualisation and templatematching in electron tomograms of biological samples. The ProViz software contains methods and tools which we have developed, adapted and computationally optimised for easy and intuitive visualisation and analysis of electron tomograms with low signal-to-noise ratio. ProViz complements existing software in the application field and serves as an easy and convenient tool for a first assessment and screening of the tomograms. It provides enhancements in three areas: (1) improved visualisation that makes connections as well as intensity differences between and within objects or structures easier to see and interpret, (2) interactive transfer function editing with direct visual result feedback using both piecewise linear functions and Gaussian function elements, (3) computationally optimised template matching and tools to visually assess and interactively explore the correlation results. The visualisation capabilities and features of ProViz are demonstrated on various biological volume data-sets: bacterial filament structures in vitro, a desmosome and the transmembrane cadherin connections therein in situ, and liposomes filled with doxorubicin in solution. The explorative template matching is demonstrated on a synthetic IgG data-set.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017. Vol. 5, nr 6, s. 446-454
Nyckelord [en]
Electron tomography, direct volume rendering, image registration, connected component filtering, visualisation and analysis software
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-359635DOI: 10.1080/21681163.2016.1154483ISI: 000428130400009OAI: oai:DiVA.org:uu-359635DiVA, id: diva2:1245674
Forskningsfinansiär
Stiftelsen för strategisk forskning (SSF)VINNOVATillgänglig från: 2018-09-05 Skapad: 2018-09-05 Senast uppdaterad: 2018-09-05Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Svensson, LennartNyström, IngelaNysjö, FredrikNysjö, JohanBrun, AndersSintorn, Ida-Maria

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Svensson, LennartNyström, IngelaNysjö, FredrikNysjö, JohanBrun, AndersSintorn, Ida-Maria
Av organisationen
Bildanalys och människa-datorinteraktionAvdelningen för visuell information och interaktion
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 12 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf