uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Nomenclature for endogenous retrovirus (ERV) loci
Univ Glasgow, MRC, Ctr Virus Res, Glasgow, Lanark, Scotland.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Klinisk mikrobiologi.ORCID-id: 0000-0001-6492-2491
Tufts Univ, Dept Mol Biol & Microbiol, Boston, MA 02111 USA.
Univ Calif Irvine, Dept Mol Biol & Biochem, Irvine, CA 92697 USA;Univ Calif Irvine, Canc Res Inst, Irvine, CA 92697 USA.
Visa övriga samt affilieringar
2018 (Engelska)Ingår i: Retrovirology, ISSN 1742-4690, E-ISSN 1742-4690, Vol. 15, artikel-id 59Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Retroviral integration into germline DNA can result in the formation of a vertically inherited proviral sequence called an endogenous retrovirus (ERV). Over the course of their evolution, vertebrate genomes have accumulated many thousands of ERV loci. These sequences provide useful retrospective information about ancient retroviruses, and have also played an important role in shaping the evolution of vertebrate genomes. There is an immediate need for a unified system of nomenclature for ERV loci, not only to assist genome annotation, but also to facilitate research on ERVs and their impact on genome biology and evolution. In this review, we examine how ERV nomenclatures have developed, and consider the possibilities for the implementation of a systematic approach for naming ERV loci. We propose that such a nomenclature should not only provide unique identifiers for individual loci, but also denote orthologous relationships between ERVs in different species. In addition, we propose that-where possible-mnemonic links to previous, well-established names for ERV loci and groups should be retained. We show how this approach can be applied and integrated into existing taxonomic and nomenclature schemes for retroviruses, ERVs and transposable elements.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
BMC , 2018. Vol. 15, artikel-id 59
Nyckelord [en]
Retrovirus, Nomenclature, Endogenous, Taxonomy, Classification
Nationell ämneskategori
Genetik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-364730DOI: 10.1186/s12977-018-0442-1ISI: 000443648700001PubMedID: 30153831OAI: oai:DiVA.org:uu-364730DiVA, id: diva2:1260131
Tillgänglig från: 2018-11-01 Skapad: 2018-11-01 Senast uppdaterad: 2018-11-01Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1988 kB)82 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1988 kBChecksumma SHA-512
d210abace5bef96d5fda23a2b7ebcab710c31d9286c15d68e7524a3f7393c723485ee54c58e68e880e553fe219e12ea550f7210b73769c56a43203c7c00aee50
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Blomberg, Jonas

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Blomberg, Jonas
Av organisationen
Klinisk mikrobiologi
I samma tidskrift
Retrovirology
Genetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 82 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 784 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf