uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
A statistical approach to detect protein complexes at X-ray free electron laser facilities
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Molekyl- och kondenserade materiens fysik.ORCID-id: 0000-0001-7328-0400
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.ORCID-id: 0000-0003-1251-0465
Visa övriga samt affilieringar
2018 (Engelska)Ingår i: Communications Physics, E-ISSN 2399-3650, Vol. 1, s. 92:1-11, artikel-id 92Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2018. Vol. 1, s. 92:1-11, artikel-id 92
Nationell ämneskategori
Biofysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-369876DOI: 10.1038/s42005-018-0092-6ISI: 000452676300003OAI: oai:DiVA.org:uu-369876DiVA, id: diva2:1271416
Projekt
eSSENCETillgänglig från: 2018-12-07 Skapad: 2018-12-17 Senast uppdaterad: 2019-05-06Bibliografiskt granskad
Ingår i avhandling
1. Statistical processing of Flash X-ray Imaging of protein complexes
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Statistical processing of Flash X-ray Imaging of protein complexes
2019 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

Flash X-ray Imaging (FXI) at X-ray Free Electron Lasers (XFELs) is a promising technique that permits the investigation of the 3D structure of molecules without the need for crystallization, by diffracting on single individual sample particles.

In the past few years, some success has been achieved by using FXI on quite large biological complexes (40 nm-1 μm in diameter size). Still, the desired dream-goal of imaging a single individual of a molecule or a protein complex (<15 nm in diameter size) has not been reached yet. The main issue that prevented us from a complete success has been the low signal strength, almost comparable to background noise. That is particularly true for experiments performed at the Coherent X-ray Imaging (CXI) instrument at the Linac Coherent Light Source (LCLS).

In this thesis, we provide a brief review of the CXI instrument (focusing on experiments there performed) and present a statistical method to deal with low signal-to-noise ratios. We take into account a variety of biological particles, showing the benefits of estimating a background model from sample data and using that for processing said data. Moreover, we present the results of some computer simulations in order to explore the limits and potentials of the proposed approach.

Last, we show another method (named COACS) that, being fed with the previous findings from the background model, helps obtaining clearer results in the phase retrieval problem.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Uppsala: Acta Universitatis Upsaliensis, 2019. s. 88
Serie
Digital Comprehensive Summaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology, ISSN 1651-6214 ; 1764
Nyckelord
X-ray, XFEL, single particle, hit-finder, statistical hit-finder, single protein, protein complex, RNA polymerase II, FEL, free-electron laser, FXI, Flash X-ray Imaging, CXI, CSPAD, x-ray imaging, COACS
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper Fysik
Forskningsämne
Fysik med inriktning mot biofysik
Identifikatorer
urn:nbn:se:uu:diva-372987 (URN)978-91-513-0554-7 (ISBN)
Disputation
2019-03-06, C8:301, BMC, Husargatan 3, Uppsala, 09:15 (Engelska)
Opponent
Handledare
Tillgänglig från: 2019-02-08 Skapad: 2019-01-14 Senast uppdaterad: 2019-02-18

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Pietrini, AlbertoBielecki, JohanTimneanu, NicusorHantke, Max F.Andreasson, JakobLarsson, Daniel S. D.Hajdu, JanosMaia, Filipe R. N. C.Nettelblad, Carl

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Pietrini, AlbertoBielecki, JohanTimneanu, NicusorHantke, Max F.Andreasson, JakobLarsson, Daniel S. D.Hajdu, JanosMaia, Filipe R. N. C.Nettelblad, Carl
Av organisationen
Molekylär biofysikMolekyl- och kondenserade materiens fysikAvdelningen för beräkningsvetenskapTillämpad beräkningsvetenskap
I samma tidskrift
Communications Physics
Biofysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 200 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf