Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Genomics in the Cloud
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi.
2021 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (masterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

The continued cost reduction for sequencing genomics data is causing an exponentialgrowth in the amount of data available. Moving both storage and calculation of thisdata to the cloud has been a common trend, but the way to do it is not alwaysobvious. This report compares three different alternatives for doing ad-hoc queries ina cloud based setting: two solutions using data lakes and one solution using arelational database hosted in the cloud. The data lake solutions proved to be easy toset up and fully functional for querying genomics data. The relational database wasmore complicated to set up, but the queries were more time efficient and more costefficient when performing more than 1200 queries per month on at least 100GB ofdata. To make the cloud computing possible for genomics data it had to betransformed into a file format supported by the cloud providers. For this purpose theParquet file format was chosen, tested, and proven to work well

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2021. , s. 52
Serie
UPTEC IT, ISSN 1401-5749 ; 21030
Nyckelord [en]
Cloud, IT, Genomics, GCP, AWS
Nationell ämneskategori
Annan data- och informationsvetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-453802OAI: oai:DiVA.org:uu-453802DiVA, id: diva2:1596566
Externt samarbete
Data Ductus
Utbildningsprogram
Civilingenjörsprogrammet i informationsteknologi
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2021-09-23 Skapad: 2021-09-22 Senast uppdaterad: 2021-09-23Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(506 kB)819 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 506 kBChecksumma SHA-512
b3288b561f978a8f5296421494d536756caf90827aa1fc35c57eb8a840b0e87c9d9d74d53198bd803c8fc8910650e35c57d02e3f3b97fe6fc9632f1d2b8ea381
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för informationsteknologi
Annan data- och informationsvetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 820 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 506 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf