uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
An adaptive algorithm for simulation of stochastic reaction-diffusion processes
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
2010 (Engelska)Ingår i: Journal of Computational Physics, ISSN 0021-9991, E-ISSN 1090-2716, Vol. 229, s. 343-360Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2010. Vol. 229, s. 343-360
Nationell ämneskategori
Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-108918DOI: 10.1016/j.jcp.2009.09.030ISI: 000272760500008OAI: oai:DiVA.org:uu-108918DiVA, id: diva2:241523
Projekt
eSSENCETillgänglig från: 2009-10-04 Skapad: 2009-10-04 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad
Ingår i avhandling
1. Multiscale Stochastic Simulation of Reaction-Transport Processes: Applications in Molecular Systems Biology
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Multiscale Stochastic Simulation of Reaction-Transport Processes: Applications in Molecular Systems Biology
2011 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

Quantitative descriptions of reaction kinetics formulated at the stochastic mesoscopic level are frequently used to study various aspects of regulation and control in models of cellular control systems. For this type of systems, numerical simulation offers a variety of challenges caused by the high dimensionality of the problem and the multiscale properties often displayed by the biochemical model.

In this thesis I have studied several aspects of stochastic simulation of both well-stirred and spatially heterogenous systems. In the well-stirred case, a hybrid method is proposed that reduces the dimension and stiffness of a model. We also demonstrate how both a high performance implementation and a variance reduction technique based on quasi-Monte Carlo can reduce the computational cost to estimate the probability density of the system.

In the spatially dependent case, the use of unstructured, tetrahedral meshes to sample realizations of the stochastic process is proposed. Using such meshes, we then extend the reaction-diffusion framework to incorporate active transport of cellular cargo in a seamless manner. Finally, two multilevel methods for spatial stochastic simulation are considered. One of them is a space-time adaptive method combining exact stochastic, approximate stochastic and macroscopic modeling levels to reduce the simualation cost. The other method blends together mesoscale and microscale simulation methods to locally increase modeling resolution.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Uppsala: Acta Universitatis Upsaliensis, 2011. s. 63
Serie
Digital Comprehensive Summaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology, ISSN 1651-6214 ; 832
Nyckelord
stochastic simulation, chemical master equation, reaction-diffusion master equation, unstructured mesh, active transport, hybrid methods, URDME
Nationell ämneskategori
Beräkningsmatematik
Forskningsämne
Beräkningsvetenskap
Identifikatorer
urn:nbn:se:uu:diva-152098 (URN)978-91-554-8089-9 (ISBN)
Disputation
2011-06-10, Room 2446, Polacksbacken, Lägerhyddsvägen 2D, Uppsala, 10:15 (Engelska)
Opponent
Handledare
Projekt
eSSENCE
Tillgänglig från: 2011-05-19 Skapad: 2011-04-23 Senast uppdaterad: 2012-01-26Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Ferm, LarsHellander, AndreasLötstedt, Per

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Ferm, LarsHellander, AndreasLötstedt, Per
Av organisationen
Avdelningen för teknisk databehandlingNumerisk analys
I samma tidskrift
Journal of Computational Physics
BeräkningsmatematikDatavetenskap (datalogi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 718 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf