uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Modeling of Environmental Effects in Genome-Wide Association Studies Identifies SLC2A2 and HP as Novel Loci Influencing Serum Cholesterol Levels
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
Visa övriga samt affilieringar
2010 (Engelska)Ingår i: PLoS Genetics, ISSN 1553-7390, Vol. 6, nr 1, s. e1000798-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Genome-wide association studies (GWAS) have identified 38 larger genetic regions affecting classical blood lipid levels without adjusting for important environmental influences. We modeled diet and physical activity in a GWAS in order to identify novel loci affecting total cholesterol, LDL cholesterol, HDL cholesterol, and triglyceride levels. The Swedish (SE) EUROSPAN cohort (NSE = 656) was screened for candidate genes and the non-Swedish (NS) EUROSPAN cohorts (NNS = 3,282) were used for replication. In total, 3 SNPs were associated in the Swedish sample and were replicated in the non-Swedish cohorts. While SNP rs1532624 was a replication of the previously published association between CETP and HDL cholesterol, the other two were novel findings. For the latter SNPs, the p-value for association was substantially improved by inclusion of environmental covariates: SNP rs5400 (pSE,unadjusted = 3.6×10−5, pSE,adjusted = 2.2×10−6, pNS,unadjusted = 0.047) in the SLC2A2 (Glucose transporter type 2) and rs2000999 (pSE,unadjusted = 1.1×10−3, pSE,adjusted = 3.8×10−4, pNS,unadjusted = 0.035) in the HP gene (Haptoglobin-related protein precursor). Both showed evidence of association with total cholesterol. These results demonstrate that inclusion of important environmental factors in the analysis model can reveal new genetic susceptibility loci.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2010. Vol. 6, nr 1, s. e1000798-
Nationell ämneskategori
Medicin och hälsovetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-137892DOI: 10.1371/journal.pgen.1000798ISI: 000274194300006PubMedID: 20066028OAI: oai:DiVA.org:uu-137892DiVA, id: diva2:378698
Tillgänglig från: 2010-12-16 Skapad: 2010-12-16 Senast uppdaterad: 2012-02-16Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Johansson, Åsa

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Johansson, Åsa
Av organisationen
Institutionen för genetik och patologi
Medicin och hälsovetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 611 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf