Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable molecular simulation
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik. (Van der Spoel)
2008 (Engelska)Ingår i: Journal of Chemical Theory and Computation, ISSN 1549-9618, E-ISSN 1549-9626, Vol. 4, nr 3, s. 435-447Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Molecular simulation is an extremely useful, but computationally very expensive tool for studies of chemical and biomolecular systems. Here, we present a new implementation of our molecular simulation toolkit GROMACS which now both achieves extremely high performance on single processors from algorithmic optimizations and hand-coded routines and simultaneously scales very well on parallel machines. The code encompasses a minimal-communication domain decomposition algorithm, full dynamic load balancing, a state-of-the-art parallel constraint solver, and efficient virtual site algorithms that allow removal of hydrogen atom degrees of freedom to enable integration time steps up to 5 fs; for atomistic simulations also in parallel. To improve the scaling properties of the common particle mesh Ewald electrostatics algorithms, we have in addition used a Multiple-Program, Multiple-Data approach, with separate node domains responsible for direct and reciprocal space interactions. Not only does this combination of algorithms enable extremely long simulations of large systems but also it provides that simulation performance on quite modest numbers of standard cluster nodes.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2008. Vol. 4, nr 3, s. 435-447
Nationell ämneskategori
Kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-16716DOI: 10.1021/ct700301qISI: 000254277900007OAI: oai:DiVA.org:uu-16716DiVA, id: diva2:44487
Tillgänglig från: 2008-06-03 Skapad: 2008-06-03 Senast uppdaterad: 2017-12-08Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Person

van der Spoel, David

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
van der Spoel, David
Av organisationen
Molekylär biofysik
I samma tidskrift
Journal of Chemical Theory and Computation
Kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 440 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf