uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Automated QuantMap for rapid quantitative molecular network topology analysis
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.ORCID-id: 0000-0001-6770-0878
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.ORCID-id: 0000-0002-8083-2864
2013 (Engelska)Ingår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 29, nr 18, s. 2369-2370Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

SUMMARY:

The previously disclosed QuantMap method for grouping chemicals by biological activity used online services for much of the data gathering and some of the numerical analysis. The present work attempts to streamline this process by using local copies of the databases and in-house analysis. Using computational methods similar or identical to those used in the previous work, a qualitatively equivalent result was found in just a few seconds on the same dataset (collection of 18 drugs). We use the user-friendly Galaxy framework to enable users to analyze their own datasets. Hopefully, this will make the QuantMap method more practical and accessible and help achieve its goals to provide substantial assistance to drug repositioning, pharmacology evaluation and toxicology risk assessment.

AVAILABILITY:

http://galaxy.predpharmtox.org

CONTACT:

mats.gustafsson@medsci.uu.se or ola.spjuth@farmbio.uu.se

SUPPLEMENTARY INFORMATION:

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2013. Vol. 29, nr 18, s. 2369-2370
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Forskningsämne
Bioinformatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-204704DOI: 10.1093/bioinformatics/btt390ISI: 000323943200024PubMedID: 23828784OAI: oai:DiVA.org:uu-204704DiVA, id: diva2:639713
Forskningsfinansiär
eSSENCE - An eScience CollaborationVetenskapsrådet, 2011-6129Tillgänglig från: 2013-08-08 Skapad: 2013-08-08 Senast uppdaterad: 2018-03-05Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(117 kB)298 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 117 kBChecksumma SHA-512
dc28fb11b3f0e0c39093995cf9623620156aba517b61e7015b9edd4ee027847f4b10531cb4884de2eac55a56ca7d7c9d0142a694cc342354dae70e416e9bc60b
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Schaal, WesleyHammerling, UlfGustafsson, Mats GSpjuth, Ola

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Schaal, WesleyHammerling, UlfGustafsson, Mats GSpjuth, Ola
Av organisationen
Institutionen för farmaceutisk biovetenskapCancerfarmakologi och beräkningsmedicin
I samma tidskrift
Bioinformatics
Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 298 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 786 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf