uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Heterogeneous staining: a tool for studies of how fluorescent dyes affect the physical properties of DNA
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
2013 (Engelska)Ingår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 41, nr 19, s. e184-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The commonly used fluorescent dye YOYO-1 (YOYO) has, using bulk techniques, been demonstrated to stain DNA heterogeneously at substoichiometric concentrations. We here, using nanofluidic channels and fluorescence microscopy, investigate the heterogeneous staining on the single DNA molecule level and demonstrate that the dye distribution is continuous. The equilibration of YOYO on DNA is extremely slow but can be accelerated by increasing the ionic strength and/or the temperature. Furthermore, we demonstrate how to use the heterogeneous staining as a tool for detailed and time-efficient studies of how fluorescent dyes affect the physical properties of DNA. We show that the relative increase in extension of DNA with increasing amount of YOYO bound is higher at low ionic strengths and also extrapolate the extension of native DNA. Our study reveals important information on how YOYO affects the physical properties of DNA, but it also has broader applications. First, it reveals how cationic intercalators, such as potential DNA drugs, affect DNA under strong confinement. Second, the strategy of using heterogeneous staining is of general use for single molecule studies of DNA interacting with proteins or ligands.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2013. Vol. 41, nr 19, s. e184-
Nationell ämneskategori
Naturvetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-211896DOI: 10.1093/nar/gkt755ISI: 000326044700007OAI: oai:DiVA.org:uu-211896DiVA, id: diva2:670200
Tillgänglig från: 2013-12-03 Skapad: 2013-12-03 Senast uppdaterad: 2017-12-06Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Persson, Fredrik

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Persson, Fredrik
Av organisationen
Beräknings- och systembiologi
I samma tidskrift
Nucleic Acids Research
Naturvetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 363 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf