uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Elucidating Ribosomal Translocation with Internal Coordinate Flexible Fitting
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
2014 (Engelska)Ingår i: Biophysical Journal, ISSN 0006-3495, E-ISSN 1542-0086, Vol. 106, nr 2, s. 492A-493AArtikel i tidskrift, Meeting abstract (Övrigt vetenskapligt) Published
Abstract [en]

Determining conformational changes of large macromolecules is challenging experimentally and computationally. The ribosome has been observed crystallographically in several states but many others have been seen only by low-resolution methods including cryo-electron microscopy. Meanwhile the crucial dynamics between states remain out of reach of experimental structure determination methods. Most existing computational approaches model complexes at all-atom resolution, at very high cost, or use approximations which lose some of the most interesting dynamical details. I have developed Internal Coordinate Flexible Fitting (ICFF), a multiscale method that uses full atomic forces and flexibility only in key regions of a model, capturing extensive conformational rearrangements at low cost. I use ICFF to turn low-resolution density maps, crystallographic structures, and biochemical information into the largest-scale all-atoms trajectory of ribosomal translocation modeled to date. ICFF is three orders of magnitude faster than the most comparable existing method. The results suggest an intriguing possible mechanism of translocation.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2014. Vol. 106, nr 2, s. 492A-493A
Nationell ämneskategori
Biofysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-228604DOI: 10.1016/j.bpj.2013.11.2754ISI: 000337000402727OAI: oai:DiVA.org:uu-228604DiVA, id: diva2:734558
Konferens
58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, FEB 15-19, 2014, San Francisco, CA
Tillgänglig från: 2014-07-18 Skapad: 2014-07-17 Senast uppdaterad: 2017-12-05Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Flores, Samuel C.

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Flores, Samuel C.
Av organisationen
Beräknings- och systembiologi
I samma tidskrift
Biophysical Journal
Biofysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 386 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf