uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Picro-Sirius-HTX Stain for Blind Color Decomposition of Histopathological Prostate Tissue
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
2014 (Engelska)Ingår i: Proc, IEEE 11th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) 2014, 2014, s. 282-285Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
Abstract [en]

Gleason grading is the most widely used system for determining the severity of prostate cancer. The Gleason grade is determined visually under a microscope from prostate tissue that is most often stained with Hematoxylin-Eosin (H&E). In an earlier study we demonstrated that this stain is not ideal for machine learning applications, but that other stains, such as Sirius-hematoxylin (Sir-Htx), may perform better. In this paper we illustrate the advantages of this stain over H&E for blind color decomposition. When compared to ground truth defined by an experienced pathologist, the relative root-mean-square errors of the color decomposition mixing matrices for Sir-Htx are better than those for H&E by a factor of two, and the Pearson correlation coefficients of the density maps resulting from the decomposition of Sir-Htx-stained tissue gives a 99% correlation with the ground truth. Qualitative examples of the density maps confirm the quantitative findings and illustrate that the density maps will allow accurate segmentation of morphological features that determine the Gleason grade.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2014. s. 282-285
Nyckelord [en]
Microscopy, histological stains, image color decomposition, prostate cancer, Gleason grading
Nationell ämneskategori
Medicinsk bildbehandling
Forskningsämne
Patologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-238511ISBN: 978-1-4673-1959-1 (tryckt)OAI: oai:DiVA.org:uu-238511DiVA, id: diva2:771305
Konferens
IEEE 11th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) 2014
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, 621-2009-5418Vetenskapsrådet, 621-2012-3667Tillgänglig från: 2014-12-12 Skapad: 2014-12-12 Senast uppdaterad: 2014-12-12

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Av organisationen
Avdelningen för visuell information och interaktionBildanalys och människa-datorinteraktionInstitutionen för immunologi, genetik och patologi
Medicinsk bildbehandling

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

isbn
urn-nbn

Altmetricpoäng

isbn
urn-nbn
Totalt: 485 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf