Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Development and Application of a Nonbonded Cu2+ Model That Includes the Jahn-Teller Effect
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Struktur- och molekylärbiologi.
2015 (Engelska)Ingår i: Journal of Physical Chemistry Letters, ISSN 1948-7185, E-ISSN 1948-7185, Vol. 6, nr 13, s. 2657-2662Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Metal ions are both ubiquitous to and crucial in biology. In classical simulations, they are typically described as simple van der Waals spheres, making it difficult to provide reliable force field descriptions for them. An alternative is given by nonbonded dummy models, in which the central metal atom is surrounded by dummy particles that each carry a partial charge. While such dummy models already exist for other metal ions, none is available yet for Cu2+ because of the challenge to reproduce the Jahn-Teller distortion. This challenge is addressed in the current study, where, for the first time, a dummy model including a Jahn-Teller effect is developed for Cu2+. We successfully validate its usefulness by studying metal binding in two biological systems: the amyloid-beta peptide and the mixed-metal enzyme superoxide dismutase. We believe that our parameters will be of significant value for the computational study of Cu2+'-dependent biological systems using classical models.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015. Vol. 6, nr 13, s. 2657-2662
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-260304DOI: 10.1021/acs.jpclett.5b01122ISI: 000357626700040OAI: oai:DiVA.org:uu-260304DiVA, id: diva2:847585
Forskningsfinansiär
EU, Europeiska forskningsrådet, 306474Tillgänglig från: 2015-08-20 Skapad: 2015-08-18 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1674 kB)571 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1674 kBChecksumma SHA-512
1c2332d0351a813198f80e4a72df30c5ec7a71250ccfaa47562a2dbb6e366743a1dbc413d2bdfea70a9b3e19ba0aceb40bb8b492465807946eb4bc8e91d4327f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Person

Kamerlin, Shina Caroline Lynn

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Kamerlin, Shina Caroline Lynn
Av organisationen
Struktur- och molekylärbiologi
I samma tidskrift
Journal of Physical Chemistry Letters
Biokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 572 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 679 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf