uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
lobChIP: from cells to sequencing ready ChIP libraries in a single day
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: Epigenetics & Chromatin, ISSN 1756-8935, E-ISSN 1756-8935, Vol. 8, artikel-id 25Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Background: ChIP-seq is the method of choice for genome-wide studies of protein-DNA interactions. We describe a new method for ChIP-seq sample preparation, termed lobChIP, where the library reactions are performed on crosslinked ChIP fragments captured on beads. Results: The lobChIP method was found both to reduce time and cost and to simplify the processing of many samples in parallel. lobChIP has an early incorporation of barcoded sequencing adaptors that minimizes the risk of sample cross-contamination and can lead to reduced amount of adaptor dimers in the sequencing libraries, while allowing for direct decross-linking and amplification of the sample. Conclusions: With results for histone modifications and transcription factors, we show that lobChIP performs equal to or better than standard protocols and that it makes it possible to go from cells to sequencing ready libraries within a single day.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015. Vol. 8, artikel-id 25
Nyckelord [en]
ChIP-seq, Chromatin immunoprecipitation, Illumina, NGS, Library preparation
Nationell ämneskategori
Medicinsk genetik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-260287DOI: 10.1186/s13072-015-0017-5ISI: 000358203100001PubMedID: 26195988OAI: oai:DiVA.org:uu-260287DiVA, id: diva2:847748
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, B0605201Vetenskapsrådet, A0350501Tillgänglig från: 2015-08-21 Skapad: 2015-08-18 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2725 kB)336 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2725 kBChecksumma SHA-512
6683ab0f67dcd4136d6cd86f8414c11aa27b663d8fcbad521a20f1936f313125135f393510ff87e50346cae434c3aff9c81084df0ab385c3e7f6324c3297e619
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Wallerman, OlaWadelius, Claes

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Wallerman, OlaWadelius, Claes
Av organisationen
Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologiScience for Life Laboratory, SciLifeLabMedicinsk genetik och genomik
I samma tidskrift
Epigenetics & Chromatin
Medicinsk genetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 336 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 9507 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf