Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Excluded volume effects in on- and off-lattice reaction–diffusion models
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.ORCID-id: 0000-0002-0415-7983
2017 (Engelska)Ingår i: IET Systems Biology, ISSN 1751-8849, E-ISSN 1751-8857, Vol. 11, s. 55-64Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017. Vol. 11, s. 55-64
Nationell ämneskategori
Beräkningsmatematik Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-285216DOI: 10.1049/iet-syb.2016.0021ISI: 000398811200001PubMedID: 28476973OAI: oai:DiVA.org:uu-285216DiVA, id: diva2:921107
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, 621-2001-3148Tillgänglig från: 2016-11-01 Skapad: 2016-04-19 Senast uppdaterad: 2018-10-18Bibliografiskt granskad
Ingår i avhandling
1. Stochastic Simulation of Multiscale Reaction-Diffusion Models via First Exit Times
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Stochastic Simulation of Multiscale Reaction-Diffusion Models via First Exit Times
2016 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

Mathematical models are important tools in systems biology, since the regulatory networks in biological cells are too complicated to understand by biological experiments alone. Analytical solutions can be derived only for the simplest models and numerical simulations are necessary in most cases to evaluate the models and their properties and to compare them with measured data.

This thesis focuses on the mesoscopic simulation level, which captures both, space dependent behavior by diffusion and the inherent stochasticity of cellular systems. Space is partitioned into compartments by a mesh and the number of molecules of each species in each compartment gives the state of the system. We first examine how to compute the jump coefficients for a discrete stochastic jump process on unstructured meshes from a first exit time approach guaranteeing the correct speed of diffusion. Furthermore, we analyze different methods leading to non-negative coefficients by backward analysis and derive a new method, minimizing both the error in the diffusion coefficient and in the particle distribution.

The second part of this thesis investigates macromolecular crowding effects. A high percentage of the cytosol and membranes of cells are occupied by molecules. This impedes the diffusive motion and also affects the reaction rates. Most algorithms for cell simulations are either derived for a dilute medium or become computationally very expensive when applied to a crowded environment. Therefore, we develop a multiscale approach, which takes the microscopic positions of the molecules into account, while still allowing for efficient stochastic simulations on the mesoscopic level. Finally, we compare on- and off-lattice models on the microscopic level when applied to a crowded environment.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Uppsala: Acta Universitatis Upsaliensis, 2016. s. 53
Serie
Digital Comprehensive Summaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology, ISSN 1651-6214 ; 1376
Nyckelord
computational systems biology, diffusion, first exit times, unstructured meshes, reaction-diffusion master equation, macromolecular crowding, excluded volume effects, finite element method, backward analysis, stochastic simulation
Nationell ämneskategori
Beräkningsmatematik
Forskningsämne
Beräkningsvetenskap med inriktning mot numerisk analys
Identifikatorer
urn:nbn:se:uu:diva-284085 (URN)978-91-554-9582-4 (ISBN)
Disputation
2016-06-10, ITC 2446, Lägerhyddsvägen 2, Uppsala, 10:15 (Engelska)
Opponent
Handledare
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, 621- 2001-3148NIH (National Institute of Health), 1R01EB014877-01
Tillgänglig från: 2016-05-19 Skapad: 2016-04-14 Senast uppdaterad: 2022-10-31Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Person

Meinecke, Lina

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Meinecke, Lina
Av organisationen
Avdelningen för beräkningsvetenskapNumerisk analys
I samma tidskrift
IET Systems Biology
BeräkningsmatematikBioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 436 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf