uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Allele-specific transcription factor binding to common and rare variants associated with disease and gene expression
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
Visa övriga samt affilieringar
2016 (Engelska)Ingår i: Human Genetics, ISSN 0340-6717, E-ISSN 1432-1203, Vol. 135, nr 5, s. 485-497Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Resurstyp
Text
Abstract [en]

Genome-wide association studies (GWAS) have identified a large number of disease-associated SNPs, but in few cases the functional variant and the gene it controls have been identified. To systematically identify candidate regulatory variants, we sequenced ENCODE cell lines and used public ChIP-seq data to look for transcription factors binding preferentially to one allele. We found 9962 candidate regulatory SNPs, of which 16 % were rare and showed evidence of larger functional effect than common ones. Functionally rare variants may explain divergent GWAS results between populations and are candidates for a partial explanation of the missing heritability. The majority of allele-specific variants (96 %) were specific to a cell type. Furthermore, by examining GWAS loci we found >400 allele-specific candidate SNPs, 141 of which were highly relevant in our cell types. Functionally validated SNPs support identification of an SNP in SYNGR1 which may expose to the risk of rheumatoid arthritis and primary biliary cirrhosis, as well as an SNP in the last intron of COG6 exposing to the risk of psoriasis. We propose that by repeating the ChIP-seq experiments of 20 selected transcription factors in three to ten people, the most common polymorphisms can be interrogated for allele-specific binding. Our strategy may help to remove the current bottleneck in functional annotation of the genome.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2016. Vol. 135, nr 5, s. 485-497
Nationell ämneskategori
Medicinsk genetik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-297809DOI: 10.1007/s00439-016-1654-xISI: 000374459200004PubMedID: 26993500OAI: oai:DiVA.org:uu-297809DiVA, id: diva2:943497
Forskningsfinansiär
Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), b2010003Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), b2011107Vetenskapsrådet, 541-2013-8161DiabetesförbundetKnut och Alice Wallenbergs StiftelseTillgänglig från: 2016-06-28 Skapad: 2016-06-28 Senast uppdaterad: 2018-01-10Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2711 kB)393 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2711 kBChecksumma SHA-512
2bd4f184f4fc3c51e28c6e05e5511ace0ea1bfdc544776303ed39e37b1264e4e172ff3d5da9d5d4e2f53ba86e9b49b9e20637d9acee2020048dad83cee36f6ac
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Cavalli, MarcoPan, GangWallerman, OlaBerggren, OlofElvers, IngegerdEloranta, Maija-LeenaRönnblom, LarsToh, Kerstin LindbladWadelius, Claes

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Cavalli, MarcoPan, GangWallerman, OlaBerggren, OlofElvers, IngegerdEloranta, Maija-LeenaRönnblom, LarsToh, Kerstin LindbladWadelius, Claes
Av organisationen
Medicinsk genetik och genomikReumatologiInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
I samma tidskrift
Human Genetics
Medicinsk genetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 393 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 1057 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf