Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Bioinformatic Analysis of Genomic and Proteomic Data from Gemmata
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
2016 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (yrkesexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

Members of the bacterial phylum Planctomycetes have been claimed to have a

compartmentalised cell plan, with cell walls lacking peptidoglycan despite being free-living.

These theories have been challenged in recent years, and the nature of the planctomycete cell

structure is currently under debate. Yet it remains clear that the planctomycete membranes

have unique properties, and are thus likely localisations of evolutional innovation. In this

study, proteomes and genomes of four planctomycete species from the Gemmata/Tuwongella

clade were investigated with the aim to find candidate genes for functional characterisation.

Analysis based on full genome sequencing and mass spectrometry revealed 21 proteins unique

to the Gemmata/Tuwongella clade that were present in the proteomes of all four species. The

gene coding for one of these was found to be organised in an operon, containing an additional

four clade-specific genes, likely related to type II secretion. A planctomycete-specific cell

surface signal peptide previously not seen in Gemmata was identified in all four species, with

proteins found to have the motif indicating that their cell surface has a strong negative charge.

Lastly, the study has revealed evidence suggesting that the planctomycetes have a traditional

gram-negative cell wall, contradicting the previously proposed proteinaceous cell wall model.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2016.
Serie
UPTEC X ; 16 030
Nationell ämneskategori
Evolutionsbiologi Bioinformatik och systembiologi Teknik och teknologier
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-308882OAI: oai:DiVA.org:uu-308882DiVA, id: diva2:1051136
Utbildningsprogram
Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2016-12-01 Skapad: 2016-12-01 Senast uppdaterad: 2016-12-01Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(6441 kB)369 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 6441 kBChecksumma SHA-512
027aab958119e36d2319b52414a1a23fa498a0cc0cc2f3f8a4d5e4dba2d8858faf62f424d2a729693b8a2bdebb612f28e91b92e18d8eed90757ef65c3aacd528
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Dyrhage, Karl
Av organisationen
Institutionen för cell- och molekylärbiologi
EvolutionsbiologiBioinformatik och systembiologiTeknik och teknologier

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 370 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 624 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf