Profiling cancer testis antigens in non-small-cell lung cancerUppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. (Johan Botling)
KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
Reg Labs Reg Skane, Dept Pathol, Lund, Sweden..
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
Tech Univ Dortmund, Dept Stat, Dortmund, Germany..
Tech Univ Dortmund, Dept Stat, Dortmund, Germany..
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Centrum för klinisk forskning, Gävleborg.
Tech Univ Dortmund, Leibniz Res Ctr Working Environm & Human Factors, Dortmund, Germany..
Tech Univ Dortmund, Leibniz Res Ctr Working Environm & Human Factors, Dortmund, Germany..
Univ Uppsala Hosp, Reg Canc Ctr, Uppsala, Sweden..
Univ Tokyo, Grad Sch Med, Dept Resp Med, Tokyo, Japan..
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. (Johan Botling)
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. (Fredrik Pontén)
KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
Vise andre og tillknytning
2016 (engelsk)Inngår i: JCI INSIGHT, ISSN 2379-3708, Vol. 1, nr 10, artikkel-id e86837Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]
Cancer testis antigens (CTAs) are of clinical interest as biomarkers and present valuable targets for immunotherapy. To comprehensively characterize the CTA landscape of non-small-cell lung cancer (NSCLC), we compared RNAseq data from 199 NSCLC tissues to the normal transcriptome of 142 samples from 32 different normal organs. Of 232 CTAs currently annotated in the Caner Testis Database (CTdatabase), 96 were confirmed in NSCLC. To obtain an unbiased CTA profile of NSCLC, we applied stringent criteria on our RNAseq data set and defined 90 genes as CTAs, of which 55 genes were not annotated in the CTdatabase, thus representing potential new CTAs. Cluster analysis revealed that CTA expression is histology dependent and concurrent expression is common. IHC confirmed tissue-specific protein expression of selected new CTAs (TKTL1, TGIF2LX, VCX, and CXORF67). Furthermore, methylation was identified as a regulatory mechanism of CTA expression based on independent data from The Cancer Genome Atlas. The proposed prognostic impact of CTAs in lung cancer was not confirmed, neither in our RNAseq cohort nor in an independent meta-analysis of 1,117 NSCLC cases. In summary, we defined a set of 90 reliable CTAs, including information on protein expression, methylation, and survival association. The detailed RNAseq catalog can guide biomarker studies and efforts to identify targets for immunotherapeutic strategies.
sted, utgiver, år, opplag, sider
2016. Vol. 1, nr 10, artikkel-id e86837
HSV kategori
Forskningsprogram
Patologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-310039DOI: 10.1172/jci.insight.86837ISI: 000387113300012PubMedID: 27699219OAI: oai:DiVA.org:uu-310039DiVA, id: diva2:1054821
2016-12-092016-12-092019-03-29bibliografisk kontrollert
Inngår i avhandling