uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
New computerized staging method to analyze mink testicular tissue in environmental research
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
Swedish Univ Agr Sci, Dept Anat Physiol & Biochem, Uppsala, Sweden..
Swedish Univ Agr Sci, Dept Anat Physiol & Biochem, Uppsala, Sweden..
Swedish Univ Agr Sci, Dept Anat Physiol & Biochem, Uppsala, Sweden..
Visa övriga samt affilieringar
2017 (Engelska)Ingår i: Environmental Toxicology and Chemistry, ISSN 0730-7268, E-ISSN 1552-8618, Vol. 36, nr 1, s. 156-164Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Histopathology of testicular tissue is considered to be the most sensitive tool to detect adverse effects on male reproduction. When assessing tissue damage, seminiferous epithelium needs to be classified into different stages to detect certain cell damages; but stage identification is a demanding task. The authors present a method to identify the 12 stages in mink testicular tissue. The staging system uses Gata-4 immunohistochemistry to visualize acrosome development and proved to be both intraobserver-reproducible and interobserver-reproducible with a substantial agreement of 83.6% (kappa=0.81) and 70.5% (kappa=0.67), respectively. To further advance and objectify this method, they present a computerized staging system that identifies these 12 stages. This program has an agreement of 52.8% (kappa 0.47) with the consensus staging by 2 investigators. The authors propose a pooling of the stages into 5 groups based on morphology, stage transition, and toxicologically important endpoints. The computerized program then reached a substantial agreement of 76.7% (kappa=0.69). The computerized staging tool uses local ternary patterns to describe the texture of the tubules and a support vector machine classifier to learn which textures correspond to which stages. The results have the potential to modernize the tedious staging process required in toxicological evaluation of testicular tissue, especially if combined with whole-slide imaging and automated tubular segmentation. Environ Toxicol Chem 2017;36:156-164.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017. Vol. 36, nr 1, s. 156-164
Nyckelord [en]
Male reproductive toxicology, Endocrine disruptor, Computational toxicology, Histopathology, Method
Nationell ämneskategori
Medicinsk bildbehandling
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-315061DOI: 10.1002/etc.3517ISI: 000391029800021PubMedID: 27271123OAI: oai:DiVA.org:uu-315061DiVA, id: diva2:1078363
Tillgänglig från: 2017-03-03 Skapad: 2017-03-03 Senast uppdaterad: 2017-11-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1792 kB)136 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1792 kBChecksumma SHA-512
50c3a5d14a29faf43dce89eade482a8c37b760117c132b129b77a730706aab8c1b9770556d2ddfa40b519576972661d12564ce1795ddd35382138b74681269f5
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Fakhrzadeh, AzadehLuengo Hendriks, Cris L.

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Fakhrzadeh, AzadehLuengo Hendriks, Cris L.
Av organisationen
Bildanalys och människa-datorinteraktion
I samma tidskrift
Environmental Toxicology and Chemistry
Medicinsk bildbehandling

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 136 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 390 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf