uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Application of Noncanonical Amino Acids for Protein Labeling in a Genomically Recoded Escherichia coli
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
European Mol Biol Lab, Cell Biol & Biophys Unit, Struct & Computat Biol Unit, D-69117 Heidelberg, Germany..
Visa övriga samt affilieringar
2017 (Engelska)Ingår i: ACS Photonics, E-ISSN 2330-4022, Vol. 6, nr 2, s. 233-255Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Small synthetic fluorophores are in many ways superior to fluorescent proteins as labels for imaging. A major challenge is to use them for a protein-specific labeling in living cells. Here, we report on our use of noncanonical amino acids that are genetically encoded via the pyrrolysyl-tRNA/pyrrolysyl-RNA synthetase pair at artificially introduced TAG codons in a recoded E. coli strain. The strain is lacking endogenous TAG codons and the TAG-specific release factor RF1. The amino acids contain bioorthogonal groups that can be clicked to externally supplied dyes, thus enabling protein-specific labeling in live cells. We find that the noncanonical amino acid incorporation into the target protein is robust for diverse amino acids and that the usefulness of the recoded E. coli strain mainly derives from the absence of release factor RF1. However, the membrane permeable dyes display high nonspecific binding in intracellular environment and the electroporation of hydrophilic nonmembrane permeable dyes severely impairs growth of the recoded strain. In contrast, proteins exposed on the outer membrane of E. coli can be labeled with hydrophilic dyes with a high specificity as demonstrated by labeling of the osmoporin OmpC. Here, labeling can be made sufficiently specific to enable single molecule studies as exemplified by OmpC single particle tracking.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
AMER CHEMICAL SOC , 2017. Vol. 6, nr 2, s. 233-255
Nyckelord [en]
noncanonical amino acid, tetrazine, recoded E. coli, in vivo fluorescence labeling, OmpC, single particle tracking
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-320513DOI: 10.1021/acssynbio.6b00138ISI: 000394736400009PubMedID: 27775882OAI: oai:DiVA.org:uu-320513DiVA, id: diva2:1089702
Forskningsfinansiär
EU, Europeiska forskningsrådetVetenskapsrådetKnut och Alice Wallenbergs StiftelseDeutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), SPP1623Tillgänglig från: 2017-04-20 Skapad: 2017-04-20 Senast uppdaterad: 2018-06-14Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Lundius, Ebba G.Ćurić, VladimirElf, Johan

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Lundius, Ebba G.Ćurić, VladimirElf, Johan
Av organisationen
Institutionen för cell- och molekylärbiologiScience for Life Laboratory, SciLifeLabMolekylär systembiologi
I samma tidskrift
ACS Photonics
Biokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 508 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf