uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Improvments and evaluation of data processing in LC-MS metabolomics: for application in in vitro systems pharmacology
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för biologisk grundutbildning.
2017 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (yrkesexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

The resistance of established medicines is rapidly increasing while the rate of

discovery of new drugs and treatments have not increases during the last decades

(Spiro et al. 2008). Systems pharmacology can be used to find new combinations or

concentrations of established drugs to find new treatments faster (Borisy et al. 2003).

A recent study aimed to use high resolution Liquid chromatography–mass

spectrometry (LC-MS) for in vitro systems pharmacology, but encountered problems

with unwanted variability and batch effects(Herman et al. 2017). This thesis builds on

this work by improving the pipeline and comparing alternative methods and evaluating

used methods. The evaluation of methods indicated that the data quality was often

not improved substantially by complex methods and pipelines. Instead simpler

methods such as binning for feature extraction performed best. In-fact many of the

preprocessing method commonly used proved to have negative or neglect-able effects

on resulting data quality. Finally the recently introduced Optimal Orthonormal System

for Discriminant Analysis (OOS-DA) for batch removal was found to be a good

alternative to the more complex Combat method.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017.
Serie
UPTEC X ; 17 028
Nationell ämneskategori
Analytisk kemi Bioinformatik och systembiologi Farmakologi och toxikologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-329971OAI: oai:DiVA.org:uu-329971DiVA, id: diva2:1143969
Utbildningsprogram
Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2017-09-25 Skapad: 2017-09-24 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(12915 kB)274 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 12915 kBChecksumma SHA-512
39cd544a64d743faa27371fe697439cad8c8bc517e7a0f83c89956d5b319d737d74b0544c5a0ae44fbe61176216bd5fed1a1433f5cce4ea49453acdca6abd065
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för biologisk grundutbildning
Analytisk kemiBioinformatik och systembiologiFarmakologi och toxikologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 274 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 573 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf