uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Decoding gene expression in 2D and 3D
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.ORCID-id: 0000-0002-6699-4015
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.ORCID-id: 0000-0001-7312-8222
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Vise andre og tillknytning
2017 (engelsk)Inngår i: Image Analysis: Part II, Springer, 2017, s. 257-268Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
Abstract [en]

Image-based sequencing of RNA molecules directly in tissue samples provides a unique way of relating spatially varying gene expression to tissue morphology. Despite the fact that tissue samples are typically cut in micrometer thin sections, modern molecular detection methods result in signals so densely packed that optical “slicing” by imaging at multiple focal planes becomes necessary to image all signals. Chromatic aberration, signal crosstalk and low signal to noise ratio further complicates the analysis of multiple sequences in parallel. Here a previous 2D analysis approach for image-based gene decoding was used to show how signal count as well as signal precision is increased when analyzing the data in 3D instead. We corrected the extracted signal measurements for signal crosstalk, and improved the results of both 2D and 3D analysis. We applied our methodologies on a tissue sample imaged in six fluorescent channels during five cycles and seven focal planes, resulting in 210 images. Our methods are able to detect more than 5000 signals representing 140 different expressed genes analyzed and decoded in parallel.

sted, utgiver, år, opplag, sider
Springer, 2017. s. 257-268
Serie
Lecture Notes in Computer Science ; 10270
HSV kategori
Forskningsprogram
Datoriserad bildbehandling
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-333686DOI: 10.1007/978-3-319-59129-2_22ISI: 000454360300022ISBN: 978-3-319-59128-5 (tryckt)OAI: oai:DiVA.org:uu-333686DiVA, id: diva2:1157437
Konferanse
SCIA 2017, June 12–14, Tromsø, Norway
Prosjekter
TissueMaps
Forskningsfinansiär
EU, European Research Council, 682810Tilgjengelig fra: 2017-05-19 Laget: 2017-11-16 Sist oppdatert: 2019-02-27bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltext(16487 kB)112 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 16487 kBChecksum SHA-512
fdbaf945fac1ca0c3113b0533c66853c002ad45a0721bc1cc2cc35c6221bb89894aec9e833bba04abb7c591a358d0eb266b021c860875db99e22751e580a8101
Type fulltextMimetype application/pdf

Andre lenker

Forlagets fulltekst

Personposter BETA

Bombrun, MaximeRanefall, PetterLindblad, JoakimAllalou, AminPartel, GabrieleSolorzano, LeslieWählby, Carolina

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Bombrun, MaximeRanefall, PetterLindblad, JoakimAllalou, AminPartel, GabrieleSolorzano, LeslieWählby, Carolina
Av organisasjonen

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 112 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

doi
isbn
urn-nbn

Altmetric

doi
isbn
urn-nbn
Totalt: 259 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf