uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Fluorescent CRISPR Adaptation Reporter for rapid quantification of spacer acquisition
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Mikrobiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Mikrobiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Mikrobiologi.
Visa övriga samt affilieringar
2017 (Engelska)Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 7, artikel-id 10392Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

CRISPR-Cas systems are adaptive prokaryotic immune systems protecting against horizontally transferred DNA or RNA such as viruses and other mobile genetic elements. Memory of past invaders is stored as spacers in CRISPR loci in a process called adaptation. Here we developed a novel assay where spacer integration results in fluorescence, enabling detection of memory formation in single cells and quantification of as few as 0.05% cells with expanded CRISPR arrays in a bacterial population. Using this fluorescent CRISPR Adaptation Reporter (f-CAR), we quantified adaptation of the two CRISPR arrays of the type I-E CRISPR-Cas system in Escherichia coli, and confirmed that more integration events are targeted to CRISPR-II than to CRISPR-I. The f-CAR conveniently analyzes and compares many samples, allowing new insights into adaptation. For instance, we show that in an E. coli culture the majority of acquisition events occur in late exponential phase.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017. Vol. 7, artikel-id 10392
Nyckelord [en]
quorum sensing controls, escherichia-coli, cas adaptation, immune-system, host factor, dna, resistance, elements, repeats, bacteriophage
Nationell ämneskategori
Mikrobiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-334399DOI: 10.1038/s41598-017-10876-zISI: 000408997700091OAI: oai:DiVA.org:uu-334399DiVA, id: diva2:1163840
Tillgänglig från: 2017-12-08 Skapad: 2017-12-08 Senast uppdaterad: 2017-12-08Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(3335 kB)109 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 3335 kBChecksumma SHA-512
52ba9bbc59bd8310d1cf721364c7b92b0b086070ae1cf3ab11f354df9f17945033fdd890badc5f6c618ac8fd6976340bbc2ce9ef13bf621b3958cc3e53130909
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Amlinger, LinaHoekzema, MirtheWagner, Gerhart E. H.Koskiniemi, SannaLundgren, Magnus

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Amlinger, LinaHoekzema, MirtheWagner, Gerhart E. H.Koskiniemi, SannaLundgren, Magnus
Av organisationen
MikrobiologiInstitutionen för cell- och molekylärbiologi
I samma tidskrift
Scientific Reports
Mikrobiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 109 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 293 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf