uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
In situ genotyping of a pooled strain library after characterizing complex phenotypes
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi.
Vise andre og tillknytning
2017 (engelsk)Inngår i: Molecular Systems Biology, ISSN 1744-4292, E-ISSN 1744-4292, Vol. 13, nr 10, artikkel-id 947Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]

In this work, we present a proof-of-principle experiment that extends advanced live cell microscopy to the scale of pool-generated strain libraries. We achieve this by identifying the genotypes for individual cells in situ after a detailed characterization of the phenotype. The principle is demonstrated by single-molecule fluorescence time-lapse imaging of Escherichia coli strains harboring barcoded plasmids that express a sgRNA which suppresses different genes in the E.coli genome through dCas9 interference. In general, the method solves the problem of characterizing complex dynamic phenotypes for diverse genetic libraries of cell strains. For example, it allows screens of how changes in regulatory or coding sequences impact the temporal expression, location, or function of a gene product, or how the altered expression of a set of genes impacts the intracellular dynamics of a labeled reporter.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2017. Vol. 13, nr 10, artikkel-id 947
Emneord [en]
DuMPLING, live cell, microfluidic, single cell, strain libraries
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-342924DOI: 10.15252/msb.20177951ISI: 000416160000004PubMedID: 29042431OAI: oai:DiVA.org:uu-342924DiVA, id: diva2:1185625
Forskningsfinansiär
Knut and Alice Wallenberg FoundationSwedish Research CouncilEU, European Research CouncilTilgjengelig fra: 2018-02-26 Laget: 2018-02-26 Sist oppdatert: 2018-02-26bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltext(819 kB)35 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 819 kBChecksum SHA-512
34ab0038b958e052dde2e0c2b81c27550768a6175549473b7f10f871c0503af74ee6cb924ab496fd25bc40c13580a77c583b8361d8037288f09e77ea70a6d0b7
Type fulltextMimetype application/pdf

Andre lenker

Forlagets fulltekstPubMed

Personposter BETA

Lawson, Michael J.Camsund, DanielLarsson, JimmyBaltekin, ÖzdenFange, DavidElf, Johan

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Lawson, Michael J.Camsund, DanielLarsson, JimmyBaltekin, ÖzdenFange, DavidElf, Johan
Av organisasjonen
I samme tidsskrift
Molecular Systems Biology

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 35 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetric

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 113 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf