uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
In situ genotyping of a pooled strain library after characterizing complex phenotypes
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi.
Visa övriga samt affilieringar
2017 (Engelska)Ingår i: Molecular Systems Biology, ISSN 1744-4292, E-ISSN 1744-4292, Vol. 13, nr 10, artikel-id 947Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

In this work, we present a proof-of-principle experiment that extends advanced live cell microscopy to the scale of pool-generated strain libraries. We achieve this by identifying the genotypes for individual cells in situ after a detailed characterization of the phenotype. The principle is demonstrated by single-molecule fluorescence time-lapse imaging of Escherichia coli strains harboring barcoded plasmids that express a sgRNA which suppresses different genes in the E.coli genome through dCas9 interference. In general, the method solves the problem of characterizing complex dynamic phenotypes for diverse genetic libraries of cell strains. For example, it allows screens of how changes in regulatory or coding sequences impact the temporal expression, location, or function of a gene product, or how the altered expression of a set of genes impacts the intracellular dynamics of a labeled reporter.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017. Vol. 13, nr 10, artikel-id 947
Nyckelord [en]
DuMPLING, live cell, microfluidic, single cell, strain libraries
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-342924DOI: 10.15252/msb.20177951ISI: 000416160000004PubMedID: 29042431OAI: oai:DiVA.org:uu-342924DiVA, id: diva2:1185625
Forskningsfinansiär
Knut och Alice Wallenbergs StiftelseVetenskapsrådetEU, Europeiska forskningsrådetTillgänglig från: 2018-02-26 Skapad: 2018-02-26 Senast uppdaterad: 2018-02-26Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(819 kB)34 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 819 kBChecksumma SHA-512
34ab0038b958e052dde2e0c2b81c27550768a6175549473b7f10f871c0503af74ee6cb924ab496fd25bc40c13580a77c583b8361d8037288f09e77ea70a6d0b7
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Lawson, Michael J.Camsund, DanielLarsson, JimmyBaltekin, ÖzdenFange, DavidElf, Johan

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Lawson, Michael J.Camsund, DanielLarsson, JimmyBaltekin, ÖzdenFange, DavidElf, Johan
Av organisationen
Molekylär systembiologiScience for Life Laboratory, SciLifeLab
I samma tidskrift
Molecular Systems Biology
Biokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 34 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 111 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf