uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Development of a phylogenomic framework for the krill
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för biologisk grundutbildning.
2018 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (yrkesexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

Over the last few decades, many krill stocks have declined in size and number,likely as a consequence of global climate change (Siegel 2016). A major risk factoris the increased level of carbon dioxide (CO2) in the ocean. A collapse of the krillpopulation has the potential to cause disruption of the ocean ecosystem, as krill arethe main connection between primary producers such as phytoplankton and largeranimals (Murphy et al. 2012). The aim of this project is to produce the firstphylogenomic framework with help of powerful comparative bioinformatics andphylogenomic methods in order to find and analyse the genes that help krill adaptto its environment. Problem with these studies is that we still do not have access toa reference genome sequence of any krill species. To strengthen and increase trustin our studies two different pipelines were performed, each with different OrthologyAssessment Toolkits (OATs), Orthograph and UPhO, in order to establish orthologyrelationships between transcripts/genes. Since UPhO produces well-supportedtrees where the majority of the gene trees match the species tree, it isrecommended as the proper OATs for generating a robust molecular phylogeny ofkrill. The second aim with his project was to estimate the level of positive selectionin E. superba in order to lay a foundation about level of selection acting on proteincodingsequences in krill. As expected, the level of selection was quite high in E.superba, which indicates that krill are adapted to the changing environment bypositive selection rather than natural genetic drift.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2018.
Serie
UPTEC X ; 18 016
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-355387OAI: oai:DiVA.org:uu-355387DiVA, id: diva2:1228769
Utbildningsprogram
Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2018-06-29 Skapad: 2018-06-28 Senast uppdaterad: 2018-06-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1102 kB)61 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1102 kBChecksumma SHA-512
e06194b6551acb2f7449612ae1eb20c000e1dafeaa6394edda8fca3943e36bf8b3cde564410f410d731426b4c3c01e64eb51d3e40e8a761091d616ce1aef708b
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för biologisk grundutbildning
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 61 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 141 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf