uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
First records of Geodia demosponges from the New England seamounts, an opportunity to test the use of DNA mini-barcodes on museum specimens
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Farmakognosi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för organismbiologi, Systematisk biologi.ORCID-id: 0000-0003-4045-6718
Wilkes Honors College, Florida Atlantic University.
2019 (Engelska)Ingår i: Marine Biodiversity, ISSN 1867-1616, E-ISSN 1867-1624, Vol. 49, nr 1, s. 163-174Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

We report the first records of the sponge genus Geodia (Demospongiae, Tetractinellida, Geodiidae) from the New England Seamounts and Muir Seamount, at lower bathyal depths. Nine specimens collected between 2000 and 2005 belong to two boreal species (Geodia macandrewii and Geodia barretti) and a temperate species (Geodia megastrella). These records extend the distributions of these deep-sea amphi-Atlantic species to the west. Most of these specimens were originally fixed in formalin, which substantially degraded the DNA. We nonetheless managed to sequence two cytochrome c oxidase subunit I (COI) mini-barcodes: the universal mini-barcode at the 5′ end of the Folmer barcode (130 bp) and a newly proposed mini-barcode at the 3′ end of the Folmer barcode (296 bp). These mini-barcodes unambiguously confirmed our identifications. As an additional test, we also successfully sequenced these two mini-barcodes from the holotype of G. barretti, collected in 1855. We conclude by advocating the use of mini-barcodes on formalin-fixed or old specimens with degraded DNA.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2019. Vol. 49, nr 1, s. 163-174
Nationell ämneskategori
Zoologi Genetik
Forskningsämne
Biologi med inriktning mot systematik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-363304DOI: 10.1007/s12526-017-0775-3ISI: 000458258100012OAI: oai:DiVA.org:uu-363304DiVA, id: diva2:1256250
Forskningsfinansiär
EU, Horisont 2020, 679849Tillgänglig från: 2018-10-16 Skapad: 2018-10-16 Senast uppdaterad: 2019-03-12Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(6656 kB)97 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 6656 kBChecksumma SHA-512
1256a43640b9c6c8110c3cb5710b42650b818848322887315a7b8afc9c32df58399d36608e4c26339cb438cd6e112743c5e7a6d0e92a5debdbe82c549df63e78
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Cárdenas, Paco

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Cárdenas, Paco
Av organisationen
FarmakognosiSystematisk biologi
I samma tidskrift
Marine Biodiversity
ZoologiGenetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 97 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 199 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf