uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
STAIRS: Data reduction strategy on genomics
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för biologisk grundutbildning.
2019 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

Background. An enormous accumulation of genomic data has been taking place over the last ten years. This makes the activities of visualization and manual inspection, key steps in trying to understand large datasets containing DNA sequences with millions of letters. This situation has created a gap between data complexity and qualified personnel due to the need of trading between visualization, reduction capacity and exploratory functions, features rarely achieved by existing tools, such as SRA toolkit (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/), for instance. A novel approach to the problem of genomic analysis and visualization was pursued in this project, by means of STrAtified Interspersed Reduction Structures (STAIRS). Result. Ten weeks of intense work resulted in novel algorithms to compress data, transform it into stairs vectors and align them. Smith–Waterman and Needleman–Wunsch algorithms have been specially modified for this purpose and the application brought about statistical performance and behavioural charts.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2019. , s. 15
Nyckelord [en]
Waterman, Needleman, Alignment, Topology, Statistics, Functional, Mathematics, Microbiology, genomics, bacillus, frequency, analysis
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-383465OAI: oai:DiVA.org:uu-383465DiVA, id: diva2:1316093
Externt samarbete
Statens Veterinärmedicinska Anstalt - SVA
Ämne / kurs
Data- och systemvetenskap
Utbildningsprogram
Masterprogram i bioinformatik
Presentation
2019-03-01, A10, Husargatan, 752 37, Uppsala, 13:00 (Engelska)
Handledare
Tillgänglig från: 2019-05-16 Skapad: 2019-05-15 Senast uppdaterad: 2019-05-16Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

stairs_master_thesis(2364 kB)24 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2364 kBChecksumma SHA-512
1a498f884e0237d5496170413c6ad268af71d22a8bb1d1d3c76876d8a188b399255f69cac4cd129b8a9c410d63142b9c144bb233e423f7d620a5c8a25f64cbe8
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
Institutionen för biologisk grundutbildning
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 24 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 314 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf