uu.seUppsala University Publications
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Benchmarking Physical Properties of Water Models
Uppsala University, Disciplinary Domain of Science and Technology, Physics, Department of Physics and Astronomy, Molecular and Condensed Matter Physics.
2019 (English)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesis
Abstract [en]

    Water is a fundamental part of life as we know it, and by that also a fundamental for biology, chemistry, and parts of physics. Understanding how water behaves and interacts is key in many fields of all these three branches of science. Numerical simulation using molecular dynamics can aid in building insight in the behavior and interactions of water. In this thesis molecular dynamics is used to simulate common rigid 3 point water models to see how well they replicate certain physical and chemical properties as functions of temperature. This is done with molecular dynamics program GROMACS which offers a complete set of tools to run simulations and analyze results. Everything has been automated to work with a python script and a file of input parameters. Most of the models follow the same trends and are valid within a limited temperature range.

Abstract [sv]

  Vatten är en av de fundamentala byggstenarna för liv, därmed är det även fundamentalt för biologi, kemi och delar av fysiken. Att förstå hur vatten beter sig och interagerar är en stor fråga inom dessa tre grenar av vetenskap. Med molekyldynamik går det att utföra numeriska simuleringar som kan användas som hjälpmedel för att bygga en djupare förståelse för riktigt vatten. I den här uppsatsen så har molekyldynamik använts till att simulera vanliga rigida 3 punkts parametiseringar av vatten för att se hur bra de kan replikera vissa egenskaper som funktioner av temperatur. Simuleringen är gjord med hjälp av molekyldynamik programet GROMACS som ger en fullständig uppsättning verktyg för att simulera och analysera molekylsystem. Alla simuleringar och analys är automatiserat med ett pythonprogram och en fil för parametrar. De allra flesta modeller följer liknande trender och är giltiga inom små temperaturintervall.

Place, publisher, year, edition, pages
2019. , p. 34
Series
FYSAST ; FYSKAND1113
Keywords [en]
Water Models, Molecular Dynamics, Properties of water, MD, Simulation, GROMACS
National Category
Atom and Molecular Physics and Optics
Identifiers
URN: urn:nbn:se:uu:diva-388336OAI: oai:DiVA.org:uu-388336DiVA, id: diva2:1332605
Educational program
Bachelor Programme in Physics
Supervisors
Examiners
Available from: 2019-08-13 Created: 2019-06-28 Last updated: 2019-08-13Bibliographically approved

Open Access in DiVA

fulltext(1802 kB)7 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 1802 kBChecksum SHA-512
4757db841caf1e3803ac6cd16a3c8ccd076d85be6ce6c0ca7d6215329f17b8d644ea0516a5c078e98261f64887117dcf30ba7b15d0e4237abf34380dda1439ea
Type fulltextMimetype application/pdf

Search in DiVA

By author/editor
André, Tomas
By organisation
Molecular and Condensed Matter Physics
Atom and Molecular Physics and Optics

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 7 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 34 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf