Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Multiplexed genotyping of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates by use of padlock probes and tag microarrays
Robert Koch Institute, Wernigerode, Germany.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi, Molekylära verktyg. (Ulf Landegren)
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi, Molekylära verktyg. (Mats Nilsson)
Robert Koch Institute, Wernigerode, Germany.
Visa övriga samt affilieringar
2009 (Engelska)Ingår i: Journal of Clinical Microbiology, ISSN 0095-1137, E-ISSN 1098-660X, Vol. 47, nr 3, s. 577-585Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

We developed and tested a ligase-based assay for simultaneous probing of core genome diversity and typing of methicillin resistance determinants in Staphylococcus aureus isolates. This assay uses oligonucleotide padlock probes whose two ends are joined through ligation when they hybridize to matching target DNA. Circularized probes are subsequently amplified by PCR with common primers and analyzed by using a microarray equipped with universal tag probes. Our set of padlock probes includes oligonucleotides targeting diagnostic regions in the mecA, ccrB, and ccrC genes of the SCCmec cassette in methicillin-resistant S. aureus (MRSA). These probes determine the presence and type of SCCmec cassettes (i.e., SCCmec types I to VI). Additional oligonucleotides interrogate a number of highly informative single nucleotide polymorphisms retrieved from a multilocus sequence typing (MLST) database. These latter probes enable the exploration of isolates' phylogenetic affiliation with clonal lineages of MRSA as revealed by MLST. The described assay enables multiplexed genotyping of MRSA based on a single-tube reaction. With a set of clinical isolates of MRSA and methicillin-susceptible S. aureus (n=66), 100% typeability and 100% accuracy were achieved. The assay described here provides valuable genotypic information that may usefully complement existing genotyping procedures. Moreover, the assay is easily extendable by incorporating additional padlock probes and will be valuable for the quick and cost-effective probing of large numbers of polymorphisms at different genomic locations, such as those ascertained through currently ongoing mutation discovery and genome resequencing projects.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2009. Vol. 47, nr 3, s. 577-585
Nationell ämneskategori
Mikrobiologi inom det medicinska området
Forskningsämne
Molekylär medicin
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-103326DOI: 10.1128/JCM.01347-08ISI: 000263818800010PubMedID: 19158261OAI: oai:DiVA.org:uu-103326DiVA, id: diva2:218050
Tillgänglig från: 2009-05-18 Skapad: 2009-05-18 Senast uppdaterad: 2018-01-13Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Person

Nilsson, Mats

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Nilsson, Mats
Av organisationen
Molekylära verktyg
I samma tidskrift
Journal of Clinical Microbiology
Mikrobiologi inom det medicinska området

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 879 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf