uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Effects of macromolecular crowding and DNA looping on gene regulation kinetics.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för evolution, genomik och systematik, Molekylär evolution.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Bioinformatik.
2009 (Engelska)Ingår i: Nature Physics, ISSN 1745-2473, E-ISSN 1745-2481, Vol. 5, nr 4, s. 294-297Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

DNA-binding proteins control how genomes function. The theory of facilitated diffusion(1) explains how DNA-binding proteins can find targets apparently faster than the diffusion limit by using reduced dimensionality(2,3)-combining three-dimensional (3D) diffusion through cytoplasm with 1D sliding along DNA (refs 3-15). However, it does not include a description of macromolecular crowding on DNA as observed in living cells. Here, we show that such a physical constraint to sliding greatly reduces the search speed, in agreement with single-molecule measurements. Interestingly, the generalized theory also reveals significant insights into the design principles of biology. First, it places a hard constraint on the total number of DNA-binding proteins per cell. Remarkably, the number measured for Escherichia coli fits within the optimal range. Secondly, it defines a new role for DNA looping, a ubiquitous topological motif in genomes. DNA looping can speed up the search process by bypassing proteins that block the sliding track close to the target.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2009. Vol. 5, nr 4, s. 294-297
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-129116DOI: 10.1038/NPHYS1222ISI: 000265264500021OAI: oai:DiVA.org:uu-129116DiVA, id: diva2:337670
Tillgänglig från: 2010-08-09 Skapad: 2010-08-05 Senast uppdaterad: 2017-12-12Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Berg, Otto G.Elf, Johan

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Berg, Otto G.Elf, Johan
Av organisationen
Molekylär evolutionInstitutionen för cell- och molekylärbiologiBioinformatik
I samma tidskrift
Nature Physics
Biologiska vetenskaper

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 479 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf