uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Spontaneous Quaternary and Tertiary T-R Transitions of Human Hemoglobin in Molecular Dynamics Simulation
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
2010 (Engelska)Ingår i: PloS Computational Biology, ISSN 1553-734X, E-ISSN 1553-7358, Vol. 6, nr 5, s. e1000774-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

We present molecular dynamics simulations of unliganded human hemoglobin (Hb) A under physiological conditions, starting from the R, R2, and T state. The simulations were carried out with protonated and deprotonated HC3 histidines His(beta)146, and they sum up to a total length of 5.6 mu s. We observe spontaneous and reproducible T-->R quaternary transitions of the Hb tetramer and tertiary transitions of the alpha and beta subunits, as detected from principal component projections, from an RMSD measure, and from rigid body rotation analysis. The simulations reveal a marked asymmetry between the alpha and beta subunits. Using the mutual information as correlation measure, we find that the beta subunits are substantially more strongly linked to the quaternary transition than the alpha subunits. In addition, the tertiary populations of the alpha and beta subunits differ substantially, with the beta subunits showing a tendency towards R, and the alpha subunits showing a tendency towards T. Based on the simulation results, we present a transition pathway for coupled quaternary and tertiary transitions between the R and T conformations of Hb.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2010. Vol. 6, nr 5, s. e1000774-
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper Data- och informationsvetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-136255DOI: 10.1371/journal.pcbi.1000774ISI: 000278759700006OAI: oai:DiVA.org:uu-136255DiVA, id: diva2:376587
Tillgänglig från: 2010-12-11 Skapad: 2010-12-11 Senast uppdaterad: 2018-01-12Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext
Av organisationen
Institutionen för cell- och molekylärbiologi
I samma tidskrift
PloS Computational Biology
Biologiska vetenskaperData- och informationsvetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 391 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf