uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
On the proper use of mass accuracy in proteomics
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Jonfysik. (BMMS)
2007 (Engelska)Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics, ISSN 1535-9476, E-ISSN 1535-9484, Vol. 6, nr 3, s. 377-381Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Mass measurement is the main outcome of mass spectrometry-based proteomics yet the potential of recent advances in accurate mass measurements remains largely unexploited. There is not even a clear definition of mass accuracy in the proteomics literature, and we identify at least three uses of this term: anecdotal mass accuracy, statistical mass accuracy, and the maximum mass deviation (MMD) allowed in a database search. We suggest using the second of these terms as the generic one. To make the best use of the mass precision offered by modern instruments we propose a series of simple steps involving recalibration of the data on "internal standards" contained in every proteomics data set. Each data set should be accompanied by a plot of mass errors from which the appropriate MMD can be chosen. More advanced uses of high mass accuracy include an MMD that depends on the signal abundance of each peptide. Adapting search engines to high mass accuracy in the MS/MS data is also a high priority. Proper use of high mass accuracy data can make MS-based proteomics one of the most "digital" and accurate post-genomics disciplines.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2007. Vol. 6, nr 3, s. 377-381
Nationell ämneskategori
Teknik och teknologier
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-24999DOI: 10.1074/mcp.M600380-MCP200ISI: 000245214900001OAI: oai:DiVA.org:uu-24999DiVA, id: diva2:52773
Tillgänglig från: 2007-02-08 Skapad: 2007-02-08 Senast uppdaterad: 2017-12-07Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Zubarev, Roman

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Zubarev, Roman
Av organisationen
Jonfysik
I samma tidskrift
Molecular & Cellular Proteomics
Teknik och teknologier

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 404 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf