uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Single nucleotide polymorphisms with cis-regulatory effects on long non-coding transcripts in human primary monocytes
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Visa övriga samt affilieringar
2014 (Engelska)Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 9, nr 7, s. e102612-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

We applied genome-wide allele-specific expression analysis of monocytes from 188 samples. Monocytes were purified from white blood cells of healthy blood donors to detect cis-acting genetic variation that regulates the expression of long non-coding RNAs. We analysed 8929 regions harboring genes for potential long non-coding RNA that were retrieved from data from the ENCODE project. Of these regions, 60% were annotated as intergenic, which implies that they do not overlap with protein-coding genes. Focusing on the intergenic regions, and using stringent analysis of the allele-specific expression data, we detected robust cis-regulatory SNPs in 258 out of 489 informative intergenic regions included in the analysis. The cis-regulatory SNPs that were significantly associated with allele-specific expression of long non-coding RNAs were enriched to enhancer regions marked for active or bivalent, poised chromatin by histone modifications. Out of the lncRNA regions regulated by cis-acting regulatory SNPs, 20% (n = 52) were co-regulated with the closest protein coding gene. We compared the identified cis-regulatory SNPs with those in the catalog of SNPs identified by genome-wide association studies of human diseases and traits. This comparison identified 32 SNPs in loci from genome-wide association studies that displayed a strong association signal with allele-specific expression of non-coding RNAs in monocytes, with p-values ranging from 6.7×10-7 to 9.5×10-89. The identified cis-regulatory SNPs are associated with diseases of the immune system, like multiple sclerosis and rheumatoid arthritis.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2014. Vol. 9, nr 7, s. e102612-
Nationell ämneskategori
Genetik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-230152DOI: 10.1371/journal.pone.0102612ISI: 000339992400093PubMedID: 25025429OAI: oai:DiVA.org:uu-230152DiVA, id: diva2:739025
Tillgänglig från: 2014-08-19 Skapad: 2014-08-19 Senast uppdaterad: 2017-12-05Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(878 kB)237 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 878 kBChecksumma SHA-512
cdd996732e5500f03024ebad58e3352635c6cedcc7671f58c28f617e845e8d0af6da3b6a7f63bd8a669ae99c470908f417b6448f9f204270de790ae8295ad7bd
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Almlöf, JonasLundmark, PerLundmark, AndersSyvänen, Ann-Christine

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Almlöf, JonasLundmark, PerLundmark, AndersSyvänen, Ann-Christine
Av organisationen
Molekylär medicinScience for Life Laboratory, SciLifeLab
I samma tidskrift
PLoS ONE
Genetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 237 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 1022 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf