uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Estimation of linkage disequilibrium and interspecific gene flow in Ficedula flycatchers by a newly developed 50k single-nucleotide polymorphism array
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för ekologi och genetik, Evolutionsbiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för ekologi och genetik, Evolutionsbiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för ekologi och genetik, Evolutionsbiologi.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för ekologi och genetik, Zooekologi.
Visa övriga samt affilieringar
2014 (Engelska)Ingår i: Molecular Ecology Resources, ISSN 1755-098X, E-ISSN 1755-0998, Vol. 14, nr 6, s. 1248-1260Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

With the access to draft genome sequence assemblies and whole-genome resequencing data from population samples, molecular ecology studies will be able to take truly genome-wide approaches. This now applies to an avian model system in ecological and evolutionary research: Old World flycatchers of the genus Ficedula, for which we recently obtained a 1.1Gb collared flycatcher genome assembly and identified 13 million single-nucleotide polymorphism (SNP)s in population resequencing of this species and its sister species, pied flycatcher. Here, we developed a custom 50K Illumina iSelect flycatcher SNP array with markers covering 30 autosomes and the Z chromosome. Using a number of selection criteria for inclusion in the array, both genotyping success rate and polymorphism information content (mean marker heterozygosity=0.41) were high. We used the array to assess linkage disequilibrium (LD) and hybridization in flycatchers. Linkage disequilibrium declined quickly to the background level at an average distance of 17kb, but the extent of LD varied markedly within the genome and was more than 10-fold higher in genomic islands' of differentiation than in the rest of the genome. Genetic ancestry analysis identified 33 F-1 hybrids but no later-generation hybrids from sympatric populations of collared flycatchers and pied flycatchers, contradicting earlier reports of backcrosses identified from much fewer number of markers. With an estimated divergence time as recently as <1Ma, this suggests strong selection against F-1 hybrids and unusually rapid evolution of reproductive incompatibility in an avian system.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2014. Vol. 14, nr 6, s. 1248-1260
Nyckelord [en]
collared flycatcher, GWAS, Hybridization, pied flycatcher, single-nucleotide polymorphism genotyping, speciation
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi Ekologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-237291DOI: 10.1111/1755-0998.12270ISI: 000343805400014PubMedID: 24784959OAI: oai:DiVA.org:uu-237291DiVA, id: diva2:768341
Tillgänglig från: 2014-12-03 Skapad: 2014-12-01 Senast uppdaterad: 2018-02-22Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(615 kB)276 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 615 kBChecksumma SHA-512
aad058503e80329ed6a3317f2007edd5ec7fbf9dc2166591caa1e98d1433f87ac39624880016b892cea820b7dbc4fa738cc07bcd998ff07d692057278af49c6f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Kawakami, TakeshiBackström, NiclasBurri, RetoÓlason, PállÅlund, MurielleQvarnström, AnnaEllegren, Hans

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Kawakami, TakeshiBackström, NiclasBurri, RetoÓlason, PállÅlund, MurielleQvarnström, AnnaEllegren, Hans
Av organisationen
EvolutionsbiologiZooekologi
I samma tidskrift
Molecular Ecology Resources
Biokemi och molekylärbiologiEkologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 276 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 603 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf