uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Looking beyond GWAS: allele-specific transcription factor binding drives the association of GALNT2 to HDL-C plasma levels
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
2016 (Engelska)Ingår i: Lipids in Health and Disease, ISSN 1476-511X, E-ISSN 1476-511X, Vol. 15, artikel-id 18Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Resurstyp
Text
Abstract [en]

Background: Plasma levels of high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) have been associated to cardiovascular disease. The high heritability of HDL-C plasma levels has been an incentive for several genome wide association studies (GWASs) which identified, among others, variants in the first intron of the GALNT2 gene strongly associated to HDL-C levels. However, the lead GWAS SNP associated to HDL-C levels in this genomic region, rs4846914, is located outside of transcription factor (TF) binding sites defined by chromatin immunoprecipitation followed by DNA sequencing (ChIP-seq) experiments in the ENCODE project and is therefore unlikely to be functional. In this study we apply a bioinformatics approach which rely on the premise that ChIP-seq reads can identify allele specific binding of a TF at cell specific regulatory elements harboring allele specific SNPs (AS-SNPs). EMSA and luciferase assays were used to validate the allele specific binding and to test the enhancer activity of the regulatory element harboring the AS-SNP rs4846913 as well as the neighboring rs2144300 which are in high LD with rs4846914. Findings: Using luciferase assays we found that rs4846913 and the neighboring rs2144300 displayed allele specific enhancer activity. We propose that an inhibitor binds preferentially to the rs4846913-C allele with an inhibitory boost from the synergistic binding of other TFs at the neighboring SNP rs2144300. These events influence the transcription level of GALNT2. Conclusions: The results suggest that rs4846913 and rs2144300 drive the association to HDL-C plasma levels through an inhibitory regulation of GALNT2 rather than the reported lead GWAS SNP rs4846914.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2016. Vol. 15, artikel-id 18
Nyckelord [en]
AS-SNPs, GWAS, HDL-C, GALNT2
Nationell ämneskategori
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci) Näringslära
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-279591DOI: 10.1186/s12944-016-0183-xISI: 000369362800001PubMedID: 26817450OAI: oai:DiVA.org:uu-279591DiVA, id: diva2:908364
Forskningsfinansiär
VetenskapsrådetDiabetesförbundetTillgänglig från: 2016-03-02 Skapad: 2016-03-02 Senast uppdaterad: 2017-11-30Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(875 kB)245 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 875 kBChecksumma SHA-512
ecf7886a91fe2aa66a0eb0e07b006c2ba025b1a2e3367115dbe6bbff3acc55bad738f419c9d7afb2573269bc4efedef42b708b22e8404cea459eec6be2309ddf
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Cavalli, MarcoPan, GangWadelius, Claes

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Cavalli, MarcoPan, GangWadelius, Claes
Av organisationen
Medicinsk genetik och genomik
I samma tidskrift
Lipids in Health and Disease
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)Näringslära

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 245 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 756 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf