Logotyp: till Uppsala universitets webbplats

uu.sePublikationer från Uppsala universitet
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 4 av 4
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    André, Tomas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    Dawod, Ibrahim
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik. European XFEL, Holzkoppel 4, DE-22869 Schenefeld, Germany.
    Cardoch, Sebastian
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    Timneanu, Nicusor
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    Caleman, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik. Center for Free-Electron Laser Science, Deutsches Elektronen-Synchrotron, Notkestraße 85 DE-22607 Hamburg, Germany.
    Macromolecule classification using X-ray laser induced fragmentation simulated with hybrid Monte Carlo/Molecular DynamicsManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    We have developed a hybrid Monte Carlo and classical molecular dynamics code to follow the ultrafast atomic dynamics in biological macromolecules induced by a femtosecond X-ray laser. Our model for fragmentation shows good qualitative agreement with ab-initio simulations of small molecules, while being computationally faster.  We applied the code for macromolecules and simulated the Coulomb explosion dynamics due to the fast ionization in six proteins with different physical properties. The trajectories of the ions are followed and projected onto a detector, where the particular pattern depends on the protein, providing a unique footprint. We utilize algorithms such as principal component analysis  and t-distributed stochastic neighbor embedding to classify the fragmentation pattern. The results show that the classification algorithms are able to separate the explosion patterns into distinct groups. We envision that this method could be used to provide additional class information, like particle mass or shape, in structural determination experiments using X-ray lasers.

  • 2.
    André, Tomas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi.
    Sjöqvist, Erik
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kvantmateriens teori.
    Dark path holonomic qudit computation2022Ingår i: Physical Review A. Atomic, Molecular, and Optical Physics, ISSN 1050-2947, E-ISSN 1094-1622, Vol. 106, nr 6, artikel-id 062402Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Nonadiabatic holonomic quantum computation is a method used to implement high-speed quantum gates with non-Abelian geometric phases associated with paths in state space. Due to their noise tolerance, these phases can be used to construct error resilient quantum gates. We extend the holonomic dark path qubit scheme in [M.-Z. Ai et al., Fundam. Res. 2, 661 (2022)] to qudits. Specifically, we demonstrate one- and two-qudit universality by using the dark path technique. Explicit qutrit (d = 3) gates are demonstrated and the scaling of the number of loops with the dimension d is addressed. This scaling is linear and we show how any diagonal qudit gate can be implemented efficiently in any dimension.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 3.
    Dawod, Ibrahim
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik. European XFEL, Holzkoppel 4, DE-22869 Schenefeld, Germany.
    Cardoch, Sebastian
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    André, Tomas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    De Santis, Emiliano
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    E, Juncheng
    European XFEL, Holzkoppel 4, DE-22869 Schenefeld, Germany.
    Mancuso, Adrian P.
    European XFEL, Holzkoppel 4, DE-22869 Schenefeld, Germany. Department of Chemistry and Physics, La Trobe Institute for Molecular Science, La Trobe University, Melbourne, Victoria 3086, Australia. Diamond Light Source, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot OX11 0DE, UK.
    Caleman, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik. Center for Free-Electron Laser Science, Deutsches Elektronen-Synchrotron, Notkestraße 85 DE-22607 Hamburg, Germany.
    Timneanu, Nicusor
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    MolDStruct: modelling the dynamics and structure of matter exposed to ultrafast X-ray lasers with hybrid collisional-radiative/molecular dynamicsManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    We describe a method to compute photon-matter interaction and atomic dynamics with X-ray lasers using a hybrid code based on classical molecular dynamics and collisional-radiative calculations. The forces between the atoms are dynamically computed based on changes to their electronic occupations and the free electron cloud created due to the irradiation of photons in the X-ray spectrum. The rapid transition from neutral solid matter to dense plasma phase allows the use of screened potentials, which reduces the number of non-bonded interactions required to compute. In combination with parallelization through domain decomposition, large-scale molecular dynamics and ionization induced by X-ray lasers can be followed. This method is applicable for large enough samples (solids, liquids, proteins, viruses, atomic clusters and crystals) that when exposed to an X-ray laser pulse turn into a plasma in the first few femtoseconds of the interaction. We show several examples of the applicability of the method and we quantify the sizes that the method is suitable for. For large systems, we investigate non-thermal heating and scattering of bulk water, which we compare to previous experiments. We simulate molecular dynamics of a protein crystal induced by an X-ray pump, X-ray probe scheme, and find good agreement of the damage dynamics with experiments. For single particle imaging, we simulate ultrafast dynamics of a methane cluster exposed to a femtosecond X-ray laser. In the context of coherent diffractive imaging we study the fragmentation as given by an X-ray pump X-ray probe setup to understand the evolution of radiation damage.

  • 4.
    Pihlava, Lassi
    et al.
    Univ Turku, Dept Phys & Astron, FI-20014 Turku, Finland..
    Svensson, Pamela
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    Kukk, Edwin
    Univ Turku, Dept Phys & Astron, FI-20014 Turku, Finland..
    Kooser, Kuno
    Univ Tartu, Inst Phys, W Ostwald 1, EST-50411 Tartu, Estonia..
    De Santis, Emiliano
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Tonisoo, Arvo
    Univ Tartu, Inst Phys, W Ostwald 1, EST-50411 Tartu, Estonia..
    Käämbre, Tanel
    Univ Tartu, Inst Phys, W Ostwald 1, EST-50411 Tartu, Estonia..
    André, Tomas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    Akiyama, Tomoko
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    Hessenthaler, Lisa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi.
    Giehr, Flavia
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi.
    Björneholm, Olle
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik.
    Caleman, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Fysiska sektionen, Institutionen för fysik och astronomi, Kemisk och biomolekylär fysik. Ctr Free Electron Laser Sci, DESY, D-22607 Hamburg, Germany..
    Berholts, Marta
    Univ Tartu, Inst Phys, W Ostwald 1, EST-50411 Tartu, Estonia..
    Shell-dependent photofragmentation dynamics of a heavy-atom-containing bifunctional nitroimidazole radiosensitizer2024Ingår i: Physical Chemistry, Chemical Physics - PCCP, ISSN 1463-9076, E-ISSN 1463-9084, Vol. 26, nr 11, s. 8879-8890Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Radiation therapy uses ionizing radiation to break chemical bonds in cancer cells, thereby causing DNA damage and leading to cell death. The therapeutic effectiveness can be further increased by making the tumor cells more sensitive to radiation. Here, we investigate the role of the initial halogen atom core hole on the photofragmentation dynamics of 2-bromo-5-iodo-4-nitroimidazole, a potential bifunctional radiosensitizer. Bromine and iodine atoms were included in the molecule to increase the photoionization cross-section of the radiosensitizer at higher photon energies. The fragmentation dynamics of the molecule was studied experimentally in the gas phase using photoelectron-photoion-photoion coincidence spectroscopy and computationally using Born-Oppenheimer molecular dynamics. We observed significant changes between shallow core (I 4d, Br 3d) and deep core (I 3d) ionization in fragment formation and their kinetic energies. Despite the fact, that the ions ejected after deep core ionization have higher kinetic energies, we show that in a cellular environment, the ion spread is not much larger, keeping the damage well-localized. A study on photodissociation dynamics of 2-bromo-5-iodo-nitroimidazole - a model radiosensitizer - using coincidence spectroscopy and computational methods.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
1 - 4 av 4
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf