uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1 - 17 of 17
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Dosne, Anne-Gaëlle
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Bergstrand, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Harling, Kajsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Karlsson, Mats O.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Improving The Estimation Of Parameter Uncertainty Distributions In Nonlinear Mixed Effects Models Using Sampling Importance Resampling2016Inngår i: Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics, ISSN 1567-567X, E-ISSN 1573-8744, Vol. 43, nr 6, s. 583-596Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Taking parameter uncertainty into account is key to make drug development decisions such as testing whether trial endpoints meet defined criteria. Currently used methods for assessing parameter uncertainty in NLMEM have limitations, and there is a lack of diagnostics for when these limitations occur. In this work, a method based on sampling importance resampling (SIR) is proposed, which has the advantage of being free of distributional assumptions and does not require repeated parameter estimation. To perform SIR, a high number of parameter vectors are simulated from a given proposal uncertainty distribution. Their likelihood given the true uncertainty is then approximated by the ratio between the likelihood of the data given each vector and the likelihood of each vector given the proposal distribution, called the importance ratio. Non-parametric uncertainty distributions are obtained by resampling parameter vectors according to probabilities proportional to their importance ratios. Two simulation examples and three real data examples were used to define how SIR should be performed with NLMEM and to investigate the performance of the method. The simulation examples showed that SIR was able to recover the true parameter uncertainty. The real data examples showed that parameter 95 % confidence intervals (CI) obtained with SIR, the covariance matrix, bootstrap and log-likelihood profiling were generally in agreement when 95 % CI were symmetric. For parameters showing asymmetric 95 % CI, SIR 95 % CI provided a close agreement with log-likelihood profiling but often differed from bootstrap 95 % CI which had been shown to be suboptimal for the chosen examples. This work also provides guidance towards the SIR workflow, i.e.,which proposal distribution to choose and how many parameter vectors to sample when performing SIR, using diagnostics developed for this purpose. SIR is a promising approach for assessing parameter uncertainty as it is applicable in many situations where other methods for assessing parameter uncertainty fail, such as in the presence of small datasets, highly nonlinear models or meta-analysis.

  • 2.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of multifactorial traits2005Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 3.
    Jayawardena, Mahen
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits2007Inngår i: Applied Parallel Computing: State of the Art in Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2007, s. 627-636Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 4.
    Khandelwal, Akash
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Harling, Kajsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Jonsson, Niclas E.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Hooker, Andrew C.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Karlsson, Mats O.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    A Fast Method for Testing Covariates in Population PK/PD Models2011Inngår i: AAPS Journal, ISSN 1550-7416, E-ISSN 1550-7416, Vol. 13, nr 3, s. 464-472Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The development of covariate models within the population modeling program like NONMEM is generally a time-consuming and non-trivial task. In this study, a fast procedure to approximate the change in objective function values of covariate-parameter models is presented and evaluated. The proposed method is a first-order conditional estimation (FOCE)-based linear approximation of the influence of covariates on the model predictions. Simulated and real datasets were used to compare this method with the conventional nonlinear mixed effect model using both first-order (FO) and FOCE approximations. The methods were mainly assessed in terms of difference in objective function values (Delta OFV) between base and covariate models. The FOCE linearization was superior to the FO linearization and showed a high degree of concordance with corresponding nonlinear models in Delta OFV. The linear and nonlinear FOCE models provided similar coefficient estimates and identified the same covariate-parameter relations as statistically significant or non-significant for the real and simulated datasets. The time required to fit tesaglitazar and docetaxel datasets with 4 and 15 parameter-covariate relations using the linearization method was 5.1 and 0.5 min compared with 152 and 34 h, respectively, with the nonlinear models. The FOCE linearization method allows for a fast estimation of covariate-parameter relations models with good concordance with the nonlinear models. This allows a more efficient model building and may allow the utilization of model building techniques that would otherwise be too time-consuming.

  • 5.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Efficient evaluation of the residual sum of squares for quantitative trait locus models in the case of complete marker genotype information2005Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 6.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical Algorithms for Mapping of Multiple Quantitative Trait Loci in Experimental Populations2005Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Most traits of medical or economic importance are quantitative, i.e. they can be measured on a continuous scale. Strong biological evidence indicates that quantitative traits are governed by a complex interplay between the environment and multiple quantitative trait loci, QTL, in the genome. Nonlinear interactions make it necessary to search for several QTL simultaneously. This thesis concerns numerical methods for QTL search in experimental populations. The core computational problem of a statistical analysis of such a population is a multidimensional global optimization problem with many local optima. Simultaneous search for d QTL involves solving a d-dimensional problem, where each evaluation of the objective function involves solving one or several least squares problems with special structure. Using standard software, already a two-dimensional search is costly, and searches in higher dimensions are prohibitively slow.

    Three efficient algorithms for evaluation of the most common forms of the objective function are presented. The computing time for the linear regression method is reduced by up to one order of magnitude for real data examples by using a new scheme based on updated QR factorizations. Secondly, the objective function for the interval mapping method is evaluated using an updating technique and an efficient iterative method, which results in a 50 percent reduction in computing time. Finally, a third algorithm, applicable to the imputation and weighted linear mixture model methods, is presented. It reduces the computing time by between one and two orders of magnitude.

    The global search problem is also investigated. Standard software techniques for finding the global optimum of the objective function are compared with a new approach based on the DIRECT algorithm. The new method is more accurate than the previously fastest scheme and locates the optimum in 1-2 orders of magnitude less time. The method is further developed by coupling DIRECT to a local optimization algorithm for accelerated convergence, leading to additional time savings of up to eight times. A parallel grid computing implementation of exhaustive search is also presented, and is suitable e.g for verifying global optima when developing efficient optimization algorithms tailored for the QTL mapping problem.

    Using the algorithms presented in this thesis, simultaneous search for at least six QTL can be performed routinely. The decrease in overall computing time is several orders of magnitude. The results imply that computations which were earlier considered impossible are no longer difficult, and that genetic researchers thus are free to focus on model selection and other central genetical issues.

    Delarbeid
    1. Efficient algorithms for quantitative trait loci mapping problems
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Efficient algorithms for quantitative trait loci mapping problems
    2002 (engelsk)Inngår i: Journal of Computational Biology, ISSN 1066-5277, E-ISSN 1557-8666, Vol. 9, s. 793-804Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-67952 (URN)10.1089/10665270260518272 (DOI)12614547 (PubMedID)
    Tilgjengelig fra: 2008-07-05 Laget: 2008-07-05 Sist oppdatert: 2018-01-10bibliografisk kontrollert
    2. Simultaneous search for multiple QTL using the global optimization algorithm DIRECT
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Simultaneous search for multiple QTL using the global optimization algorithm DIRECT
    2004 (engelsk)Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 20, s. 1887-1895Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-67950 (URN)10.1093/bioinformatics/bth175 (DOI)15044246 (PubMedID)
    Merknad

    An efficient algorithm for solving least-squares problems with a specific structure is combined with an extended algorithm for global optimization. The scheme is applied to problems in genetics, where the solution can be computed several orders of magnitude faster than with previous methods.

    Tilgjengelig fra: 2007-02-20 Laget: 2007-02-20 Sist oppdatert: 2018-01-10bibliografisk kontrollert
    3. Efficient algorithms for multidimensional global optimization in genetic mapping of complex traits
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Efficient algorithms for multidimensional global optimization in genetic mapping of complex traits
    2010 (engelsk)Inngår i: Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry, ISSN 1178-6949, Vol. 3, s. 75-88Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-93884 (URN)10.2147/AABC.S9240 (DOI)
    Prosjekter
    eSSENCE
    Tilgjengelig fra: 2005-12-22 Laget: 2005-12-22 Sist oppdatert: 2018-01-13bibliografisk kontrollert
    4. Efficient evaluation of the residual sum of squares for quantitative trait locus models in the case of complete marker genotype information
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Efficient evaluation of the residual sum of squares for quantitative trait locus models in the case of complete marker genotype information
    2005 (engelsk)Rapport (Annet vitenskapelig)
    Serie
    Technical report / Department of Information Technology, Uppsala University, ISSN 1404-3203 ; 2005-033
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-76701 (URN)
    Tilgjengelig fra: 2007-02-04 Laget: 2007-02-04 Sist oppdatert: 2018-01-13bibliografisk kontrollert
    5. Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Using parallel computing and grid systems for genetic mapping of quantitative traits
    2007 (engelsk)Inngår i: Applied Parallel Computing: State of the Art in Scientific Computing, Berlin: Springer-Verlag , 2007, s. 627-636Konferansepaper, Publicerat paper (Fagfellevurdert)
    sted, utgiver, år, opplag, sider
    Berlin: Springer-Verlag, 2007
    Serie
    Lecture Notes in Computer Science ; 4699
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-11546 (URN)10.1007/978-3-540-75755-9_76 (DOI)000250904900076 ()978-3-540-75754-2 (ISBN)
    Tilgjengelig fra: 2007-09-26 Laget: 2007-09-26 Sist oppdatert: 2018-01-12bibliografisk kontrollert
  • 7.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical methods for mapping of multiple QTL2003Licentiatavhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    This thesis concerns numerical methods for mapping of multiple quantitative trait loci, QTL. Interactions between multiple genetic loci influencing important traits, such as growth rate in farm animals and predisposition to cancer in humans, make it necessary to search for several QTL simultaneously. Simultaneous search for n QTL involves solving an n-dimensional global optimization problem, where each evaluation of the objective function consists of solving a generalized least squares problem. In Paper A we present efficient algorithms, mainly based on updated QR factorizations, for evaluating the objective functions of different parametric QTL mapping methods. One of these algorithms reduces the computational work required for an important function class by one order of magnitude compared with the best of the methods used by other authors. In Paper B previously utilized techniques for finding the global optimum of the objective function are compared with a new approach based on the DIRECT algorithm of Jones et al. The new method gives accurate results in one order of magnitude less time than the best of the formerly employed algorithms. Using the algorithms presented in Papers A and B, simultaneous search for at least three QTL, including computation of the relevant empirical significance thresholds, can be performed routinely.

  • 8.
    Ljungberg, Kajsa B
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Marelius, J
    Musil, D
    Svensson, P
    Norden, B
    Åqvist, J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Computational Modelling of Inhibitor Binding to Human Thrombin2001Inngår i: Eur. J. Pharm. Sci., Vol. 12, nr 4, s. 441-446Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Thrombin is an essential protein involved in blood clot formation and an important clinical target, since disturbances of the coagulation process cause serious cardiovascular diseases such as thrombosis. Here we evaluate the performance of a molecular dynamics based method for predicting the binding affinities of different types ofhuman thrombin inhibitors. Far a series of eight ligands the method ranks their relative affinities reasonably well. The binding free energy difference between high and low affinity representatives in the test set is quantitatively reproduced, as well as the stereospecificity for a chiral inhibitor. The original parametrisation of this linear interaction energy method requires the addition of a constant energy term in the case of thrombin. This yields a mean unsigned error of 0.68 kcal/mol for the absolute binding free energies. This type of approach is also useful for elucidating three-dimensional structure-activity relationships in terms ofmicroscopic interactions of the ligands with the solvated enzyme. 

  • 9.
    Ljungberg, Kajsa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Carlborg, Örjan
    Efficient algorithms for quantitative trait loci mapping problems2002Inngår i: Journal of Computational Biology, ISSN 1066-5277, E-ISSN 1557-8666, Vol. 9, s. 793-804Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 10.
    Ljungberg, Kajsa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Carlborg, Örjan
    Efficient kernel algorithms for QTL mapping problems2002Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 11.
    Ljungberg, Kajsa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Carlborg, Örjan
    Simultaneous search for multiple QTL using the global optimization algorithm DIRECT2004Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 20, s. 1887-1895Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 12.
    Ljungberg, Kajsa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Carlborg, Örjan
    Simultaneous search for multiple QTL using the global optimization algorithm DIRECT2003Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 13.
    Ljungberg, Kajsa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Mishchenko, Kateryna
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Efficient algorithms for multi-dimensional global optimization in genetic mapping of complex traits2005Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 14.
    Ljungberg, Kajsa
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Mishchenko, Kateryna
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Efficient algorithms for multidimensional global optimization in genetic mapping of complex traits2010Inngår i: Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry, ISSN 1178-6949, Vol. 3, s. 75-88Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 15.
    Marelius, J.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Ljungberg, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Åqvist, J
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Strukturell molekylärbiologi.
    Sensitivity of an Empirical Affinity Scoring Function to Changes in Receptor-Ligand Complex Conformations2001Inngår i: European Journal of Pharmaceutical Sciences, ISSN 0928-0987, E-ISSN 1879-0720, Vol. 14, nr 1, s. 87-95Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    A combination of empirical scoring and conformational sampling for ligand bindingaffinity prediction is examined. The behaviour of a scoring function with respect to thesensitivity to conformational changes is investigated using ensembles of structures generated by molecular dynamics simulation. The correlation between the calculated score and the coordinate deviation from the experimental structure is clear for the complex of arabinose with arabinose-binding protein, which is dominated by hydrogen bond interactions, while the score calculated for the hydrophobic complex between retinol and retinol binding protein is rather insensitive to ligand conformational changes. For typical ensembles of stuctures generated by molecular dynamics at 300 K. the variation of the calculated score is considerably smaller than that of the underlying molecular mechanics interaction energies.

  • 16.
    Smith, Mike K.
    et al.
    Pfizer, Sandwich, Kent, England.
    Moodie, Stuart L.
    Eight Pillars Ltd, Edinburgh, Midlothian, Scotland.
    Bizzotto, Roberto
    CNR Inst Neurosci, Padua, Italy.
    Blaudez, Eric
    Lixoft, Orsay, France.
    Borella, Elisa
    Univ Pavia, Pavia, Italy.
    Carrara, Letizia
    Univ Pavia, Pavia, Italy.
    Chan, Phylinda
    Pfizer, Sandwich, Kent, England.
    Chenel, Marylore
    Servier, Paris, France.
    Comets, Emmanuelle
    INSERM, Paris, France.
    Gieschke, Ronald
    Roche, Basel, Switzerland.
    Harling, Kajsa
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Harnisch, Lutz
    Pfizer, Sandwich, Kent, England.
    Hartung, Niklas
    Free Univ Berlin, Berlin, Germany.
    Hooker, Andrew C.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Karlsson, Mats O.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Kaye, Richard
    Mango Solut, Chippenham, England.
    Kloft, Charlotte
    Free Univ Berlin, Berlin, Germany.
    Kokash, Natallia
    Leiden Univ, Leiden, Netherlands; UCL, London, England.
    Lavielle, Marc
    Inria, Saclay, Paris, France.
    Lestini, Giulia
    INSERM, Paris, France.
    Magni, Paolo
    Univ Pavia, Pavia, Italy.
    Mari, Andrea
    CNR Inst Neurosci, Padua, Italy.
    Mentre, France
    INSERM, Paris, France.
    Muselle, Chris
    Mango Solut, Chippenham, England.
    Nordgren, Rikard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Nyberg, Henrik B.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Mango Solut, Chippenham, England.
    Parra-Guillen, Zinnia P.
    Free Univ Berlin, Berlin, Germany; Univ Navarra, Navarra, Spain.
    Pasotti, Lorenzo
    Univ Pavia, Pavia, Italy.
    Rode-Kristensen, Niels
    Novo Nordisk AS, Bagsv9rd, Denmark.
    Sardu, Maria L.
    Merck Serono SA, Lausanne, Switzerland.
    Smith, Gareth R.
    Cyprotex Discovery Ltd, Sci Comp Grp, Macclesfield, Crewe, England.
    Swat, Maciej J.
    EMBL European Bioinformat Inst, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambs, England.
    Terranova, Nadia
    Merck Serono SA, Lausanne, Switzerland.
    Yngman, Gunnar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Yvon, Florent
    EMBL European Bioinformat Inst, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambs, England.
    Holford, Nick H
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap. Univ Auckland, Auckland, New Zealand.
    Model Description Language (MDL): A Standard for Modeling and Simulation2017Inngår i: CPT-PHARMACOMETRICS & SYSTEMS PHARMACOLOGY, ISSN 2163-8306, Vol. 6, nr 10, s. 647-650Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Recent work on Model Informed Drug Discovery and Development (MID3) has noted the need for clarity in model description used in quantitative disciplines such as pharmacology and statistics. 1-3 Currently, models are encoded in a variety of computer languages and are shared through publications that rarely include original code and generally lack reproducibility. The DDMoRe Model Description Language (MDL) has been developed primarily as a language standard to facilitate sharing knowledge and understanding of models.

  • 17. Swat, M J
    et al.
    Moodie, S
    Wimalaratne, S M
    Kristensen, N R
    Lavielle, M
    Mari, A
    Magni, P
    Smith, M K
    Bizzotto, R
    Pasotti, L
    Mezzalana, E
    Comets, E
    Sarr, C
    Terranova, N
    Blaudez, E
    Chan, P
    Chard, J
    Chatel, K
    Chenel, M
    Edwards, D
    Franklin, C
    Giorgino, T
    Glont, M
    Girard, P
    Grenon, P
    Harling, Kajsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Hooker, Andrew C.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Kaye, R
    Keizer, R
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Kloft, C
    Kok, J N
    Kokash, N
    Laibe, C
    Laveille, C
    Lestini, G
    Mentré, F
    Munafo, A
    Nordgren, R
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Nyberg, Henrik Bjugård
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Parra-Guillen, Z P
    Plan, Elodie L.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Ribba, B
    Smith, G
    Trocóniz, I F
    Yvon, F
    Milligan, P A
    Harnisch, L
    Karlsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Hermjakob, H
    Le Novère, N
    Pharmacometrics Markup Language (PharmML): Opening New Perspectives for Model Exchange in Drug Development2015Inngår i: CPT pharmacometrics & systems pharmacology, ISSN 2163-8306, Vol. 4, nr 6, s. 316-319Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The lack of a common exchange format for mathematical models in pharmacometrics has been a long-standing problem. Such a format has the potential to increase productivity and analysis quality, simplify the handling of complex workflows, ensure reproducibility of research, and facilitate the reuse of existing model resources. Pharmacometrics Markup Language (PharmML), currently under development by the Drug Disease Model Resources (DDMoRe) consortium, is intended to become an exchange standard in pharmacometrics by providing means to encode models, trial designs, and modeling steps.

1 - 17 of 17
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf