uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
12 1 - 50 of 58
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1. Arjmand, Doghonay
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Kreiss, Gunilla
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Temporal upscaling in micromagnetism via heterogeneous multiscale methods2019Inngår i: Journal of Computational and Applied Mathematics, ISSN 0377-0427, E-ISSN 1879-1778, Vol. 345, s. 99-113Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 2.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sensitivity estimation and inverse problems in spatial stochastic models of chemical kinetics2015Inngår i: Numerical Mathematics and Advanced Applications: ENUMATH 2013, Springer, 2015, s. 519-527Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 3.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Mikulovic, Sanja
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Genetisk utvecklingsbiologi.
    Senek, Aleksandar
    Multiscale modelling via split-step methods in neural firing2018Inngår i: Mathematical and Computer Modelling of Dynamical Systems, ISSN 1387-3954, E-ISSN 1744-5051, Vol. 24, s. 426-445Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 4.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Fast event-based epidemiological simulations on national scales2016Inngår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 30, s. 438-453Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 5.
    Bauer, Pavol
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lindén, Jonatan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jonsson, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Efficient inter-process synchronization for parallel discrete event simulation on multicores2015Inngår i: Proc. 3rd ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2015, s. 183-194Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 6.
    Blanc, Emilie
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Mesoscopic modeling of stochastic reaction–diffusion kinetics in the subdiffusive regime2016Inngår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 14, s. 668-707Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 7.
    Bull, Jonathan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A direct solver for the advection–diffusion equation using Green's functions and low-rank approximation2016Inngår i: Proc. 7th ECCOMAS Congress, European Community on Computional Methods in Applied Sciences (ECCOMAS), 2016, s. 7302-7316Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 8. Chevallier, Augustin
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Pathwise error bounds in multiscale variable splitting methods for spatial stochastic kinetics2018Inngår i: SIAM Journal on Numerical Analysis, ISSN 0036-1429, E-ISSN 1095-7170, Vol. 56, s. 469-498Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 9.
    Christoffersson, Gustaf
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Lomei, Jalal
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    O'Callaghan, Paul
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Kreuger, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Phillipson, Mia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Vascular sprouts induce local attraction of proangiogenic neutrophils2017Inngår i: Journal of Leukocyte Biology, ISSN 0741-5400, E-ISSN 1938-3673, Vol. 102, s. 741-751Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 10.
    Deglaire, Paul
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ågren, Olov
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Bernhoff, Hans
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Analytical solutions for a single blade in vertical axis turbine motion in two dimensions2009Inngår i: European journal of mechanics. B, Fluids, ISSN 0997-7546, E-ISSN 1873-7390, Vol. 28, s. 506-520Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 11. Do-Quang, Minh
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Tornberg, Anna-Karin
    Amberg, Gustav
    The well-posedness of diffuse interface modeling of surfactants in two-phase fluid flow2013Inngår i: Wetting and Evaporation: Droplets of Pure and Complex Fluids, France: Aix-Marseille Université , 2013, s. 80-81Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 12. Drawert, Brian
    et al.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    URDME: a modular framework for stochastic simulation of reaction-transport processes in complex geometries2012Inngår i: BMC Systems Biology, ISSN 1752-0509, E-ISSN 1752-0509, Vol. 6, s. 76:1-17Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 13.
    Ekeberg, Tomas
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär biofysik.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Liu, Jing
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters2015Inngår i: The international journal of high performance computing applications, ISSN 1094-3420, E-ISSN 1741-2846, Vol. 29, s. 233-243Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 14.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    A discrete spectral method for the chemical master equation2008Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 15.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation2005Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 16.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation2006Inngår i: Applied Mathematics and Computation, ISSN 0096-3003, E-ISSN 1873-5649, Vol. 180, s. 498-515Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 17.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Galerkin spectral method applied to the chemical master equation2009Inngår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 5, s. 871-896Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 18.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Gaussian quadratures with respect to discrete measures2006Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 19.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical methods for the chemical master equation2006Licentiatavhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    The numerical solution of chemical reactions described at the meso-scale is the topic of this thesis. This description, the master equation of chemical reactions, is an accurate model of reactions where stochastic effects are crucial for explaining certain effects observed in real life. In particular, this general equation is needed when studying processes inside living cells where other macro-scale models fail to reproduce the actual behavior of the system considered.

    The main contribution of the thesis is the numerical investigation of two different methods for obtaining numerical solutions of the master equation.

    The first method produces statistical quantities of the solution and is a generalization of a frequently used macro-scale description. It is shown that the method is efficient while still being able to preserve stochastic effects.

    By contrast, the other method obtains the full solution of the master equation and gains efficiency by an accurate representation of the state space.

    The thesis contains necessary background material as well as directions for intended future research. An important conclusion of the thesis is that, depending on the setup of the problem, methods of highly different character are needed.

  • 20.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Numerical Solution Methods in Stochastic Chemical Kinetics2008Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    This study is concerned with the numerical solution of certain stochastic models of chemical reactions. Such descriptions have been shown to be useful tools when studying biochemical processes inside living cells where classical deterministic rate equations fail to reproduce actual behavior. The main contribution of this thesis lies in its theoretical and practical investigation of different methods for obtaining numerical solutions to such descriptions.

    In a preliminary study, a simple but often quite effective approach to the moment closure problem is examined. A more advanced program is then developed for obtaining a consistent representation of the high dimensional probability density of the solution. The proposed method gains efficiency by utilizing a rapidly converging representation of certain functions defined over the semi-infinite integer lattice.

    Another contribution of this study, where the focus instead is on the spatially distributed case, is a suggestion for how to obtain a consistent stochastic reaction-diffusion model over an unstructured grid. Here it is also shown how to efficiently collect samples from the resulting model by making use of a hybrid method.

    In a final study, a time-parallel stochastic simulation algorithm is suggested and analyzed. Efficiency is here achieved by moving parts of the solution phase into the deterministic regime given that a parallel architecture is available.

    Necessary background material is developed in three chapters in this summary. An introductory chapter on an accessible level motivates the purpose of considering stochastic models in applied physics. In a second chapter the actual stochastic models considered are developed in a multi-faceted way. Finally, the current state-of-the-art in numerical solution methods is summarized and commented upon.

    Delarbeid
    1. Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Computing the moments of high dimensional solutions of the master equation
    2006 (engelsk)Inngår i: Applied Mathematics and Computation, ISSN 0096-3003, E-ISSN 1873-5649, Vol. 180, s. 498-515Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-84013 (URN)10.1016/j.amc.2005.12.032 (DOI)000242276500008 ()
    Tilgjengelig fra: 2006-11-11 Laget: 2006-11-11 Sist oppdatert: 2018-11-12bibliografisk kontrollert
    2. Spectral approximation of solutions to the chemical master equation
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Spectral approximation of solutions to the chemical master equation
    2009 (engelsk)Inngår i: Journal of Computational and Applied Mathematics, ISSN 0377-0427, E-ISSN 1879-1778, Vol. 229, s. 208-221Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97687 (URN)10.1016/j.cam.2008.10.029 (DOI)000266511500022 ()
    Tilgjengelig fra: 2008-11-07 Laget: 2008-11-07 Sist oppdatert: 2018-11-12bibliografisk kontrollert
    3. Galerkin spectral method applied to the chemical master equation
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Galerkin spectral method applied to the chemical master equation
    2009 (engelsk)Inngår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 5, s. 871-896Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97688 (URN)000265386400002 ()
    Tilgjengelig fra: 2008-09-29 Laget: 2008-11-07 Sist oppdatert: 2018-11-12bibliografisk kontrollert
    4. Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes
    2009 (engelsk)Inngår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 31, s. 1774-1797Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97689 (URN)10.1137/080721388 (DOI)000267746200008 ()
    Tilgjengelig fra: 2008-11-07 Laget: 2008-11-07 Sist oppdatert: 2018-11-12bibliografisk kontrollert
    5. Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics
    2009 (engelsk)Inngår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 8, s. 46-68Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-97690 (URN)10.1137/080733723 (DOI)000271722900003 ()
    Tilgjengelig fra: 2008-11-07 Laget: 2008-11-07 Sist oppdatert: 2018-11-12bibliografisk kontrollert
  • 21.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    On the stability of stochastic jump kinetics2014Inngår i: Applied Mathematics, ISSN 2152-7385, E-ISSN 2152-7393, Vol. 5, s. 3217-3239Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 22.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    On the stability of stochastic jump kinetics2012Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 23.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    On well-separated sets and fast multipole methods2011Inngår i: Applied Numerical Mathematics, ISSN 0168-9274, E-ISSN 1873-5460, Vol. 61, s. 1096-1102Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 24.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics2008Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 25.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Parallel in time simulation of multiscale stochastic chemical kinetics2009Inngår i: Multiscale Modeling & simulation, ISSN 1540-3459, E-ISSN 1540-3467, Vol. 8, s. 46-68Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 26.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Spectral approximation of solutions to the chemical master equation2009Inngår i: Journal of Computational and Applied Mathematics, ISSN 0377-0427, E-ISSN 1879-1778, Vol. 229, s. 208-221Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 27.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Stability and strong convergence for spatial stochastic kinetics2017Inngår i: Stochastic Processes, Multiscale Modeling, and Numerical Methods for Computational Cellular Biology, Springer, 2017, s. 109-125Kapittel i bok, del av antologi (Fagfellevurdert)
  • 28.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Stochastic simulation of pattern formation in growing tissue: A multilevel approach2019Inngår i: Bulletin of Mathematical Biology, ISSN 0092-8240, E-ISSN 1522-9602, Vol. 81, s. 3010-3023Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 29.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Strong convergence for split-step methods in stochastic jump kinetics2015Inngår i: SIAM Journal on Numerical Analysis, ISSN 0036-1429, E-ISSN 1095-7170, Vol. 53, s. 2655-2676Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 30.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Time-parallel simulation of stochastic chemical kinetics2008Inngår i: Numerical Analysis and Applied Mathematics: ICNAAM 2008, Melville, NY: American Institute of Physics (AIP), 2008, s. 174-177Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 31.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Do-Quang, Minh
    Amberg, Gustav
    Tornberg, Anna-Karin
    On diffuse interface modeling and simulation of surfactants in two-phase fluid flow2013Inngår i: Communications in Computational Physics, ISSN 1815-2406, E-ISSN 1991-7120, Vol. 14, s. 879-915Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 32.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ferm, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes2008Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 33.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Ferm, Lars
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för teknisk databehandling. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Simulation of stochastic reaction-diffusion processes on unstructured meshes2009Inngår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 31, s. 1774-1797Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 34.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Hellander, Andreas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Multiscale simulation of stochastic reaction–diffusion networks2017Inngår i: Stochastic Processes, Multiscale Modeling, and Numerical Methods for Computational Cellular Biology, Springer, 2017, s. 55-79Kapittel i bok, del av antologi (Fagfellevurdert)
  • 35.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Liu, Jing
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    X-ray laser imaging of biomolecules using multiple GPUs2014Inngår i: Parallel Processing and Applied Mathematics: Part I, Berlin: Springer-Verlag , 2014, s. 480-489Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 36.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lukarski, Dimitar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Fast Matlab compatible sparse assembly on multicore computers2016Inngår i: Parallel Computing, ISSN 0167-8191, E-ISSN 1872-7336, Vol. 56, s. 1-17Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 37.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Lötstedt, Per
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Numerisk analys.
    Meinecke, Lina
    Mesoscopic modeling of random walk and reactions in crowded media2018Inngår i: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, ISSN 1539-3755, E-ISSN 1550-2376, Vol. 98, s. 033304:1-16, artikkel-id 033304Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 38.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Pender, Jamol
    Approximations for the moments of nonstationary and state dependent birth–death queues2014Inngår i: Computing Research Repository, nr 1406.6164Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 39.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Sunkara, Vikram
    Preconditioned Metropolis sampling as a strategy to improve efficiency in posterior exploration2016Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 40.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Data-driven computational disease spread modeling: from measurement to parametrization and control2017Inngår i: Disease Modelling and Public Health: Part A, Elsevier, 2017, s. 305-328Kapittel i bok, del av antologi (Fagfellevurdert)
  • 41.
    Engblom, Stefan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Wilson, Daniel B.
    Baker, Ruth E.
    Scalable population-level modelling of biological cells incorporating mechanics and kinetics in continuous time2018Inngår i: Royal Society Open Science, E-ISSN 2054-5703, Vol. 5, s. 180379:1-17, artikkel-id 180379Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 42.
    Eriksson, Robin
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Widgren, Stefan
    Towards Bayesian parametrization of national scale epidemics2018Inngår i: MATHMOD 2018 Extended Abstracts, Vienna, Austria: ARGESIM Publisher , 2018, s. 65-66Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 43.
    Goude, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    A general high order two-dimensional panel method2018Inngår i: Applied Mathematical Modelling, ISSN 0307-904X, E-ISSN 1872-8480, Vol. 60, s. 1-17Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 44.
    Goude, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Adaptive fast multipole methods on the GPU2013Inngår i: Journal of Supercomputing, ISSN 0920-8542, E-ISSN 1573-0484, Vol. 63, s. 897-918Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 45.
    Goude, Anders
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Adaptive fast multipole methods on the GPU2012Rapport (Annet vitenskapelig)
  • 46.
    Holm, Marcus
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Goude, Anders
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Elektricitetslära.
    Holmgren, Sverker
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Dynamic autotuning of adaptive fast multipole methods on hybrid multicore CPU and GPU systems2014Inngår i: SIAM Journal on Scientific Computing, ISSN 1064-8275, E-ISSN 1095-7197, Vol. 36, s. C376-C399Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 47.
    Lindén, Jonatan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jonsson, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Exposing inter-process information for efficient parallel discrete event simulation of spatial stochastic systems2017Inngår i: Proc. 5th ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2017, s. 53-64Konferansepaper (Fagfellevurdert)
  • 48.
    Lindén, Jonatan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Bauer, Pavol
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jonsson, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Exposing inter-process information for efficient PDES of spatial stochastic systems on multicores2019Inngår i: ACM Transactions on Modeling and Computer Simulation, ISSN 1049-3301, E-ISSN 1558-1195, Vol. 29, nr 2, s. 11:1-25, artikkel-id 11Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 49.
    Lindén, Jonatan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Bauer, Pavol
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Jonsson, Bengt
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datorteknik.
    Fine-grained local dynamic load balancing in PDES2018Inngår i: Proc. 6th ACM SIGSIM Conference on Principles of Advanced Discrete Simulation, New York: ACM Press, 2018, s. 201-212Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We present a fine-grained load migration protocol intended for parallel discrete event simulation (PDES) of spatially extended models. Typical models have domains that are fine-grained discretizations of some volume, e.g., a cell, using an irregular three-dimensional mesh, where most events span several voxels. Phenomena of interest in, e.g., cellular biology, are often non-homogeneous and migrate over the simulated domain, making load balancing a crucial part of a successful PDES. Our load migration protocol is local in the sense that it involves only those processors that exchange workload, and does not affect the running parallel simulation. We present a detailed description of the protocol and a thorough proof for its correctness. We combine our protocol with a strategy for deciding when and what load to migrate, which optimizes both for load balancing and inter-processor communication using tunable parameters. Our evaluation shows that the overhead of the load migration protocol is negligible, and that it significantly reduces the number of rollbacks caused by load imbalance. On the other hand, the implementation mechanisms that we added to support fine-grained load balancing incur a significant cost.

  • 50.
    Liu, Jing
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Engblom, Stefan
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap.
    Nettelblad, Carl
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Tillämpad beräkningsvetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Assessing uncertainties in x-ray single-particle three-dimensional reconstruction2018Inngår i: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, ISSN 1539-3755, E-ISSN 1550-2376, Vol. 98, s. 013303:1-12, artikkel-id 013303Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
12 1 - 50 of 58
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf