uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1 - 16 of 16
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Glimelius, Bengt
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Melin, Beatrice
    Umeå Univ, Dept Radiat Sci, Umeå.
    Enblad, Gunilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Alafuzoff, Irina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Beskow, Anna H.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Ahlström, Håkan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Radiologi.
    Bill-Axelson, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Urologkirurgi.
    Birgisson, Helgi
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Gastrointestinalkirurgi.
    Björ, Ove
    Umeå Univ, Dept Radiat Sci, Umeå.
    Edqvist, Per-Henrik D
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Hansson, Tony
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Helleday, Thomas
    Karolinska Inst, Div Translat Med & Chem Biol, Dept Med Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm.
    Hellman, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Henriksson, Kerstin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Hesselager, Göran
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Neurokirurgi.
    Hultdin, Magnus
    Umeå Univ, Dept Med Biosci, Pathol, Umeå.
    Häggman, Michael
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Urologkirurgi.
    Höglund, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Hematologi.
    Jonsson, Håkan
    Umeå Univ, Dept Radiat Sci, Umeå.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Lindman, Henrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ljuslinder, Ingrid
    Umeå Univ, Dept Radiat Sci, Umeå.
    Mindus, Stephanie
    Akad Sjukhuset, Lung & Allergy Clin, Uppsala.
    Nygren, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ponten, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Riklund, Katrine
    Umeå Univ, Dept Radiat Sci, Umeå.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Sandin, Fredrik
    Uppsala Univ Hosp, RCC Uppsala Örebro, Uppsala.
    Schwenk, Jochen M.
    KTH Royal Inst Technol, Sch Biotechnol, Affin Prote, SciLifeLab, Solna.
    Stenling, Roger
    Umeå Univ, Dept Med Biosci, Pathol, Umeå.
    Stålberg, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa.
    Stålberg, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Sundström, Christer
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Thellenberg Karlsson, Camilla
    Umeå Univ, Dept Radiat Sci, Umeå.
    Westermark, Bengt
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Neuroonkologi.
    Bergh, Anders
    Umeå Univ, Dept Med Biosci, Pathol, Umeå.
    Claesson-Welsh, Lena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Vaskulärbiologi.
    Palmqvist, Richard
    Umeå Univ, Dept Med Biosci, Pathol, Umeå.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    U-CAN: a prospective longitudinal collection of biomaterials and clinical information from adult cancer patients in Sweden.2018Inngår i: Acta Oncologica, ISSN 0284-186X, E-ISSN 1651-226X, Vol. 57, nr 2, s. 187-194Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Background: Progress in cancer biomarker discovery is dependent on access to high-quality biological materials and high-resolution clinical data from the same cases. To overcome current limitations, a systematic prospective longitudinal sampling of multidisciplinary clinical data, blood and tissue from cancer patients was therefore initiated in 2010 by Uppsala and Umeå Universities and involving their corresponding University Hospitals, which are referral centers for one third of the Swedish population.

    Material and Methods: Patients with cancer of selected types who are treated at one of the participating hospitals are eligible for inclusion. The healthcare-integrated sampling scheme encompasses clinical data, questionnaires, blood, fresh frozen and formalin-fixed paraffin-embedded tissue specimens, diagnostic slides and radiology bioimaging data.

    Results: In this ongoing effort, 12,265 patients with brain tumors, breast cancers, colorectal cancers, gynecological cancers, hematological malignancies, lung cancers, neuroendocrine tumors or prostate cancers have been included until the end of 2016. From the 6914 patients included during the first five years, 98% were sampled for blood at diagnosis, 83% had paraffin-embedded and 58% had fresh frozen tissues collected. For Uppsala County, 55% of all cancer patients were included in the cohort.

    Conclusions: Close collaboration between participating hospitals and universities enabled prospective, longitudinal biobanking of blood and tissues and collection of multidisciplinary clinical data from cancer patients in the U-CAN cohort. Here, we summarize the first five years of operations, present U-CAN as a highly valuable cohort that will contribute to enhanced cancer research and describe the procedures to access samples and data.

  • 2. Jahangir Tafrechi, Roshan S.
    et al.
    van de Rijke, Frans M.
    Allalou, Amin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Sloos, Willem C. R.
    van de Sande, Marchien
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Janssen, George M. C.
    Raap, Anton K.
    Single-cell A3243G mitochondrial DNA mutation load assays for segregation analysis2007Inngår i: Journal of Histochemistry and Cytochemistry, ISSN 0022-1554, E-ISSN 1551-5044, Vol. 55, nr 11, s. 1159-1166Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Segregation of mitochondrial DNA (mtDNA) is an important underlying pathogenic factor in mtDNA mutation accumulation in mitochondrial diseases and aging, but the molecular mechanisms of mtDNA segregation are elusive. Lack of high-throughput single-cell mutation load assays lies at the root of the paucity of studies in which, at the single-cell level, mitotic mtDNA segregation patterns have been analyzed. Here we describe development of a novel fluorescence-based, non-gel PCR restriction fragment length polymorphism method for single-cell A3243G mtDNA mutation load measurement. Results correlated very well with a quantitative in situ Padlock/rolling circle amplification–based genotyping method. In view of the throughput and accuracy of both methods for single-cell A3243G mtDNA mutation load determination, we conclude that they are well suited for segregation analysis.

  • 3.
    Jiao, Xiang
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Hooper, Sean D.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Djureinovic, Tatjana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Wärnberg, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Tellgren-Roth, Christian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Gene rearrangements in hormone receptor negative breast cancers revealed by mate pair sequencing2013Inngår i: BMC Genomics, ISSN 1471-2164, E-ISSN 1471-2164, Vol. 14, artikkel-id 165Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Background: Chromosomal rearrangements in the form of deletions, insertions, inversions and translocations are frequently observed in breast cancer genomes, and a subset of these rearrangements may play a crucial role in tumorigenesis. To identify novel somatic chromosomal rearrangements, we determined the genome structures of 15 hormone-receptor negative breast tumors by long-insert mate pair massively parallel sequencing. Results: We identified and validated 40 somatic structural alterations, including the recurring fusion between genes DDX10 and SKA3 and translocations involving the EPHA5 gene. Other rearrangements were found to affect genes in pathways involved in epigenetic regulation, mitosis and signal transduction, underscoring their potential role in breast tumorigenesis. RNA interference-mediated suppression of five candidate genes (DDX10, SKA3, EPHA5, CLTC and TNIK) led to inhibition of breast cancer cell growth. Moreover, downregulation of DDX10 in breast cancer cells lead to an increased frequency of apoptotic nuclear morphology. Conclusions: Using whole genome mate pair sequencing and RNA interference assays, we have discovered a number of novel gene rearrangements in breast cancer genomes and identified DDX10, SKA3, EPHA5, CLTC and TNIK as potential cancer genes with impact on the growth and proliferation of breast cancer cells.

  • 4.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Single-molecule Detection in situ2009Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    The human body contains a variety of different cell types that share a common genome, but differ in how they use the information encoded therein. Variation in molecular content exists even at the level of individual cells, and to provide deeper insight into complex cellular processes methods that permit analysis of each cell on its own are needed. This thesis presents molecular methods for localized detection of individual nucleic acid molecules. The developed methods are based on padlock probes and target-primed rolling circle amplification. Single-molecule detection sensitivity in combination with single-nucleotide genotyping selectivity enables detection of allelic DNA variants and closely related target sequences directly in cells. Padlock probes further enable multiplex detection of targets, and in combination with image analysis quantitative molecular data for individual cells can be acquired for large cell populations at a resolution that no other in situ detection method can provide at present.

     

    In this thesis, the in situ target-primed rolling circle amplification technique was first used for genotyping of a point mutation in the mitochondrial genome with padlock probes. This displayed mitochondrial DNA heterogeneity in cell populations. Application of the method on comet assay preparations showed that mitochondrial genomes are lost from these samples prior to analysis. Nuclear DNA targets, however, can be efficiently detected in corresponding samples. Padlock probes and rolling circle amplification are thus an attractive alternative to FISH analysis for localized DNA detection in comet assay samples. A method was also developed for localized detection of individual mRNA molecules with padlock probes and rolling circle amplification. This method provides unique possibilities to genotype allelic variants of transcripts in situ. mRNA expression is associated with substantial cell-to-cell variation and our presented method permits simultaneous visualization of multiple transcripts directly in complex tissue samples. Application of the methods presented in this thesis will enable new types of studies of biological samples from both normal and disease states.

    Delarbeid
    1. In situ genotyping individual DNA molecules by target-primed rolling-circle amplification of padlock probes.
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>In situ genotyping individual DNA molecules by target-primed rolling-circle amplification of padlock probes.
    Vise andre…
    2004 (engelsk)Inngår i: Nat Methods, ISSN 1548-7091, Vol. 1, nr 3, s. 227-232Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig) Published
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-70639 (URN)15782198 (PubMedID)
    Tilgjengelig fra: 2005-04-26 Laget: 2005-04-26 Sist oppdatert: 2011-01-12
    2. Detection of Alu sequences and mtDNA in comets using padlock probes
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Detection of Alu sequences and mtDNA in comets using padlock probes
    Vise andre…
    2006 (engelsk)Inngår i: Mutagenesis, ISSN 0267-8357, E-ISSN 1464-3804, Vol. 21, nr 4, s. 243-247Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
    Abstract [en]

    Single cell gel electrophoresis, or the comet assay, is widely used to measure DNA damage and repair. However, the behaviour of the DNA under the conditions used for the comet assay is not fully understood. In developing a method for studying specific gene sequences within comets, using 'padlock probes' (circularizable oligonucleotide probes), we have first applied probes that hybridize to Alu repetitive elements and to mitochondrial DNA (mtDNA). During the sequence of stages in the comet assay, mtDNA progressively disperses into the surrounding agarose gel, showing no tendency to remain with nuclear DNA in the comets. In contrast, Alu probes remain associated with both tail and head DNA.

    HSV kategori
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-10568 (URN)10.1093/mutage/gel022 (DOI)000240833700004 ()16940044 (PubMedID)
    Tilgjengelig fra: 2007-04-04 Laget: 2007-04-04 Sist oppdatert: 2017-12-11bibliografisk kontrollert
    3. In situ detection of individual mRNA molecules with single nucleotide resolution
    Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>In situ detection of individual mRNA molecules with single nucleotide resolution
    (engelsk)Manuskript (Annet vitenskapelig)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-98537 (URN)
    Tilgjengelig fra: 2009-02-25 Laget: 2009-02-25 Sist oppdatert: 2010-01-14
  • 5.
    Larsson, Chatarina
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ali, Muhammad Akhtar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Djureinovic, Tatjana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Lindroth, Anders M.
    Natl Canc Ctr, Dept Syst Canc Sci, Grad Sch Canc Sci & Policy, 323 Ilsan Ro, Goyang Si 10408, South Korea..
    He, Liqun
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Vaskulärbiologi. Tianjin Med Univ, Gen Hosp, Dept Neurosurg,Minist Educ & Tianjin City, Tianjin Neurol Inst,Key Lab Postneuroinjury Neuro, Tianjin 300052, Peoples R China..
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Loss of DIP2C in RKO cells stimulates changes in DNA methylation and epithelial-mesenchymal transition2017Inngår i: BMC Cancer, ISSN 1471-2407, E-ISSN 1471-2407, Vol. 17, artikkel-id 487Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Background: The disco-interacting protein 2 homolog C (DIP2C) gene is an uncharacterized gene found mutated in a subset of breast and lung cancers. To understand the role of DIP2C in tumour development we studied the gene in human cancer cells.

    Methods: We engineered human DIP2C knockout cells by genome editing in cancer cells. The growth properties of the engineered cells were characterised and transcriptome and methylation analyses were carried out to identify pathways deregulated by inactivation of DIP2C. Effects on cell death pathways and epithelial-mesenchymal transition traits were studied based on the results from expression profiling.

    Results: Knockout of DIP2C in RKO cells resulted in cell enlargement and growth retardation. Expression profiling revealed 780 genes for which the expression level was affected by the loss of DIP2C, including the tumour-suppressor encoding CDKN2A gene, the epithelial-mesenchymal transition (EMT) regulator-encoding ZEB1, and CD44 and CD24 that encode breast cancer stem cell markers. Analysis of DNA methylation showed more than 30,000 sites affected by differential methylation, the majority of which were hypomethylated following loss of DIP2C. Changes in DNA methylation at promoter regions were strongly correlated to changes in gene expression, and genes involved with EMT and cell death were enriched among the differentially regulated genes. The DIP2C knockout cells had higher wound closing capacity and showed an increase in the proportion of cells positive for cellular senescence markers.

    Conclusions: Loss of DIP2C triggers substantial DNA methylation and gene expression changes, cellular senescence and epithelial-mesenchymal transition in cancer cells.

  • 6.
    Larsson, Chatarina
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Grundberg, Ida
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    In situ detection and genotyping of individual mRNA molecules2010Inngår i: Nature Methods, ISSN 1548-7091, E-ISSN 1548-7105, Vol. 7, nr 5, s. 395-397Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Increasing knowledge about the heterogeneity of mRNA expression within cell populations highlights the need to study transcripts at the level of single cells. We present a method for detection and genotyping of individual transcripts based on padlock probes and in situ target-primed rolling-circle amplification. We detect a somatic point mutation, differentiate between members of a gene family and perform multiplex detection of transcripts in human and mouse cells and tissue.

  • 7.
    Larsson, Chatarina
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Grundberg, Ida
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    In situ detection of individual mRNA molecules with single nucleotide resolutionManuskript (Annet vitenskapelig)
  • 8.
    Larsson, Chatarina
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Koch,
    Nygren,
    Janssen,
    Raap,
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    In situ genotyping individual DNA molecules by target-primed rolling-circle amplification of padlock probes.2004Inngår i: Nat Methods, ISSN 1548-7091, Vol. 1, nr 3, s. 227-232Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 9.
    Melin, Jonas
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Jarvius, Jonas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Ligation-based molecular tools for lab-on-a-chip devices2008Inngår i: New Biotechnology, ISSN 1871-6784, Vol. 25, nr 1, s. 42-8Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Molecular diagnostics can offer early detection of disease, improved diagnostic accuracy, and qualified follow-up. Moreover, the use of microfluidic devices can in principle render these analyses quickly and user-friendly, placing them within the reach of the general practitioner and maybe even in households. However, the progress launching such devices has been limited so far. We propose that an important limiting factor has been the difficulty of establishing molecular assays suitable for microfabricated formats. The assays should be capable of monitoring a wide range of molecules, including genomic DNA, RNA and proteins with secondary modifications and interaction partners, and they must exhibit excellent sensitivity and specificity. We discuss these problems and describe a series of molecular tools that may present new opportunities for lab-on-a-chip devices at the point-of-care.

  • 10. Mignardi, Marco
    et al.
    Mezger, Anja
    Qian, Xiaoyan
    La Fleur, Linnea
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Oligonucleotide gap-fill ligation for mutation detection and sequencing in situ.2015Inngår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 43, nr 22, artikkel-id e151Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    In clinical diagnostics a great need exists for targeted in situ multiplex nucleic acid analysis as the mutational status can offer guidance for effective treatment. One well-established method uses padlock probes for mutation detection and multiplex expression analysis directly in cells and tissues. Here, we use oligonucleotide gap-fill ligation to further increase specificity and to capture molecular substrates for in situ sequencing. Short oligonucleotides are joined at both ends of a padlock gap probe by two ligation events and are then locally amplified by target-primed rolling circle amplification (RCA) preserving spatial information. We demonstrate the specific detection of the A3243G mutation of mitochondrial DNA and we successfully characterize a single nucleotide variant in the ACTB mRNA in cells by in situ sequencing of RCA products generated by padlock gap-fill ligation. To demonstrate the clinical applicability of our assay, we show specific detection of a point mutation in the EGFR gene in fresh frozen and formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) lung cancer samples and confirm the detected mutation by in situ sequencing. This approach presents several advantages over conventional padlock probes allowing simpler assay design for multiplexed mutation detection to screen for the presence of mutations in clinically relevant mutational hotspots directly in situ.

  • 11.
    Nilsson, Mats
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Dahl, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Gullberg, Mats
    Stenberg, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Analyzing genes using closing and replicating circles.2006Inngår i: Trends Biotechnol, ISSN 0167-7799, Vol. 24, nr 2, s. 83-8Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 12.
    Pandzic, Tatjana
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Rendo, Verónica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lim, Jinyeong
    Department of Cancer Biomedical Science, National Cancer Center Graduate School of Cancer Science and Policy, Goyangsi, Republic of Korea.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Larsson, Jimmy
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Molekylär systembiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Stoimenov, Ivaylo
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kundu, Snehangshu
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ali, Muhammad Akhtar
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Hellström, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    He, Liqun
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Vaskulärbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lindroth, Anders M.
    Department of Cancer Biomedical Science, National Cancer Center Graduate School of Cancer Science and Policy, Goyangsi, Republic of Korea.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Somatic PRDM2 c.4467delA mutations in colorectal cancers control histone methylation and tumor growth2017Inngår i: OncoTarget, ISSN 1949-2553, E-ISSN 1949-2553, Vol. 8, nr 58, s. 98646-98659Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The chromatin modifier PRDM2/RIZ1 is inactivated by mutation in several forms of cancer and is a putative tumor suppressor gene. Frameshift mutations in the C-terminal region of PRDM2, affecting (A)8 or (A)9 repeats within exon 8, are found in one third of colorectal cancers with microsatellite instability, but the contribution of these mutations to colorectal tumorigenesis is unknown. To model somatic mutations in microsatellite unstable tumors, we devised a general approach to perform genome editing while stabilizing the mutated nucleotide repeat. We then engineered isogenic cell systems where the PRDM2 c.4467delA mutation in human HCT116 colorectal cancer cells was corrected to wild-type by genome editing. Restored PRDM2 increased global histone 3 lysine 9 dimethylation and reduced migration, anchorage-independent growth and tumor growth in vivo. Gene set enrichment analysis revealed regulation of several hallmark cancer pathways, particularly of epithelial-to-mesenchymal transition (EMT), with VIM being the most significantly regulated gene. These observations provide direct evidence that PRDM2 c.4467delA is a driver mutation in colorectal cancer and confirms PRDM2 as a cancer gene, pointing to regulation of EMT as a central aspect of its tumor suppressive action.

  • 13. Shaposhnikov, Sergey
    et al.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Henriksson, Sara
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Collins, Andrew
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Detection of Alu sequences and mtDNA in comets using padlock probes2006Inngår i: Mutagenesis, ISSN 0267-8357, E-ISSN 1464-3804, Vol. 21, nr 4, s. 243-247Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Single cell gel electrophoresis, or the comet assay, is widely used to measure DNA damage and repair. However, the behaviour of the DNA under the conditions used for the comet assay is not fully understood. In developing a method for studying specific gene sequences within comets, using 'padlock probes' (circularizable oligonucleotide probes), we have first applied probes that hybridize to Alu repetitive elements and to mitochondrial DNA (mtDNA). During the sequence of stages in the comet assay, mtDNA progressively disperses into the surrounding agarose gel, showing no tendency to remain with nuclear DNA in the comets. In contrast, Alu probes remain associated with both tail and head DNA.

  • 14.
    Weibrecht, Irene
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundin, Elin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kiflemariam, Sara
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mignardi, Marco
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Grundberg, Ida
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Koos, Björn
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    In situ detection of individual mRNA molecules and protein complexes or post-translational modifications using padlock probes combined with the in situ proximity ligation assay2013Inngår i: Nature Protocols, ISSN 1754-2189, E-ISSN 1750-2799, Vol. 8, nr 2, s. 355-372Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Analysis at the single-cell level is essential for the understanding of cellular responses in heterogeneous cell populations, but it has been difficult to perform because of the strict requirements put on detection methods with regard to selectivity and sensitivity (i.e., owing to the cross-reactivity of probes and limited signal amplification). Here we describe a 1.5-d protocol for enumerating and genotyping mRNA molecules in situ while simultaneously obtaining information on protein interactions or post-translational modifications; this is achieved by combining padlock probes with in situ proximity ligation assays (in situ PLA). In addition, we provide an example of how to design padlock probes and how to optimize staining conditions for fixed cells and tissue sections. Both padlock probes and in situ PLA provide the ability to directly visualize single molecules by standard microscopy in fixed cells or tissue sections, and these methods may thus be valuable for both research and diagnostic purposes.

  • 15.
    Wählby, Carolina
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Karlsson, Patrick
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Henriksson, Sara
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Finding cells, finding molecules, finding patterns2006Inngår i: Advances in Data Mining: Workshop on Mass-Data Analysis of Images and Signals in Medicine, Biotechnology and Chemistry, MDA´2006, Leipzig/Germany, 2006, s. 15-24Konferansepaper (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Many modern molecular labeling techniques result in bright point signals. Signals from molecules that are detected directly inside a cell can be captured by fluorescence microscopy. Signals representing different types of molecules may be randomly distributed in the cells or show systematic patterns indicating that the corresponding molecules have specific, non-random localizations and functions in the cell. Assessing this information requires high speed robust image segmentation followed by signal detection, and finally pattern analysis. We present and discuss this type of methods and show an example of how the distribution of different variants of mitochondrial DNA can be analyzed.

  • 16.
    Wählby, Carolina
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys.
    Karlsson, Patrick
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Henriksson, Sara
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Larsson, Chatarina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Bengtsson, Ewert
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Centrum för bildanalys. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Datoriserad bildanalys.
    Finding cells, finding molecules, finding patterns2008Inngår i: International Journal of Signal and Imaging Systems Engineering, ISSN 1748-0698, Vol. 1, nr 1, s. 11-17Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Many modern molecular labelling techniques result in bright point signals. Signals from molecules that are detected directly inside a cell can be captured by fluorescence microscopy. Signals representing different types of molecules may be randomly distributed in the cells or show systematic patterns, indicating that the corresponding molecules have specific, non-random localisations and functions in the cell. Assessing this information requires high speed robust image segmentation followed by signal detection, and finally, pattern analysis. We present and discuss these types of methods and show an example of how the distribution of different variants of mitochondrial DNA can be analysed.

1 - 16 of 16
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf