uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1 - 10 of 10
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Almlöf, Jonas Carlsson
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ge, B.
    Maouche, S.
    Göring, H. H. H.
    Liljedahl, Ulrika
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Enström, Camilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Brocheton, J.
    Proust, C.
    Godefroy, T.
    Sambrook, J. G.
    Jolley, J.
    Crisp-Hihn, A.
    Foad, N.
    Lloyd-Jones, H.
    Stephens, J.
    Gwilliam, R.
    Rice, C. M.
    Hengstenberg, C.
    Samani, N. J.
    Erdmann, J.
    Schunkert, H.
    Pastinen, T.
    Deloukas, P.
    Goodall, A. H.
    Ouwehand, W. H.
    Cambien, F.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Powerful Identification of Cis-regulatory SNPs in Human Primary Monocytes Using Allele-Specific Gene Expression2012Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 7, nr 12, s. e52260-Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    A large number of genome-wide association studies have been performed during the past five years to identify associations between SNPs and human complex diseases and traits. The assignment of a functional role for the identified disease-associated SNP is not straight-forward. Genome-wide expression quantitative trait locus (eQTL) analysis is frequently used as the initial step to define a function while allele-specific gene expression (ASE) analysis has not yet gained a wide-spread use in disease mapping studies. We compared the power to identify cis-acting regulatory SNPs (cis-rSNPs) by genome-wide allele-specific gene expression (ASE) analysis with that of traditional expression quantitative trait locus (eQTL) mapping. Our study included 395 healthy blood donors for whom global gene expression profiles in circulating monocytes were determined by Illumina BeadArrays. ASE was assessed in a subset of these monocytes from 188 donors by quantitative genotyping of mRNA using a genome-wide panel of SNP markers. The performance of the two methods for detecting cis-rSNPs was evaluated by comparing associations between SNP genotypes and gene expression levels in sample sets of varying size. We found that up to 8-fold more samples are required for eQTL mapping to reach the same statistical power as that obtained by ASE analysis for the same rSNPs. The performance of ASE is insensitive to SNPs with low minor allele frequencies and detects a larger number of significantly associated rSNPs using the same sample size as eQTL mapping. An unequivocal conclusion from our comparison is that ASE analysis is more sensitive for detecting cis-rSNPs than standard eQTL mapping. Our study shows the potential of ASE mapping in tissue samples and primary cells which are difficult to obtain in large numbers.

  • 2.
    Almlöf, Jonas
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ge, Bing
    Pastinen, Tomi
    Goodall, Alison H
    Cambien, François
    Deloukas, Panos
    Ouwehand, Willem H
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Single nucleotide polymorphisms with cis-regulatory effects on long non-coding transcripts in human primary monocytes2014Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 9, nr 7, s. e102612-Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We applied genome-wide allele-specific expression analysis of monocytes from 188 samples. Monocytes were purified from white blood cells of healthy blood donors to detect cis-acting genetic variation that regulates the expression of long non-coding RNAs. We analysed 8929 regions harboring genes for potential long non-coding RNA that were retrieved from data from the ENCODE project. Of these regions, 60% were annotated as intergenic, which implies that they do not overlap with protein-coding genes. Focusing on the intergenic regions, and using stringent analysis of the allele-specific expression data, we detected robust cis-regulatory SNPs in 258 out of 489 informative intergenic regions included in the analysis. The cis-regulatory SNPs that were significantly associated with allele-specific expression of long non-coding RNAs were enriched to enhancer regions marked for active or bivalent, poised chromatin by histone modifications. Out of the lncRNA regions regulated by cis-acting regulatory SNPs, 20% (n = 52) were co-regulated with the closest protein coding gene. We compared the identified cis-regulatory SNPs with those in the catalog of SNPs identified by genome-wide association studies of human diseases and traits. This comparison identified 32 SNPs in loci from genome-wide association studies that displayed a strong association signal with allele-specific expression of non-coding RNAs in monocytes, with p-values ranging from 6.7×10-7 to 9.5×10-89. The identified cis-regulatory SNPs are associated with diseases of the immune system, like multiple sclerosis and rheumatoid arthritis.

  • 3. Deloukas, Panos
    et al.
    Kanoni, Stavroula
    Willenborg, Christina
    Farrall, Martin
    Assimes, Themistocles L
    Thompson, John R
    Ingelsson, Erik
    Saleheen, Danish
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Erdmann, Jeanette
    Goldstein, Benjamin A
    Stirrups, Kathleen
    König, Inke R
    Cazier, Jean-Baptiste
    Johansson, Åsa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Hall, Alistair S
    Lee, Jong-Young
    Willer, Cristen J
    Chambers, John C
    Esko, Tõnu
    Folkersen, Lasse
    Goel, Anuj
    Grundberg, Elin
    Havulinna, Aki S
    Ho, Weang K
    Hopewell, Jemma C
    Eriksson, Niclas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Kleber, Marcus E
    Kristiansson, Kati
    Lundmark, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Lyytikäinen, Leo-Pekka
    Rafelt, Suzanne
    Shungin, Dmitry
    Strawbridge, Rona J
    Thorleifsson, Gudmar
    Tikkanen, Emmi
    van Zuydam, Natalie
    Voight, Benjamin F
    Waite, Lindsay L
    Zhang, Weihua
    Ziegler, Andreas
    Absher, Devin
    Altshuler, David
    Balmforth, Anthony J
    Barroso, Inês
    Braund, Peter S
    Burgdorf, Christof
    Claudi-Boehm, Simone
    Cox, David
    Dimitriou, Maria
    Do, Ron
    Doney, Alex S F
    Mokhtari, Noureddine El
    Eriksson, Per
    Fischer, Krista
    Fontanillas, Pierre
    Franco-Cereceda, Anders
    Gigante, Bruna
    Groop, Leif
    Gustafsson, Stefan
    Hager, Jörg
    Hallmans, Göran
    Han, Bok-Ghee
    Hunt, Sarah E
    Kang, Hyun M
    Illig, Thomas
    Kessler, Thorsten
    Knowles, Joshua W
    Kolovou, Genovefa
    Kuusisto, Johanna
    Langenberg, Claudia
    Langford, Cordelia
    Leander, Karin
    Lokki, Marja-Liisa
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    McCarthy, Mark I
    Meisinger, Christa
    Melander, Olle
    Mihailov, Evelin
    Maouche, Seraya
    Morris, Andrew D
    Müller-Nurasyid, Martina
    Nikus, Kjell
    Peden, John F
    Rayner, N William
    Rasheed, Asif
    Rosinger, Silke
    Rubin, Diana
    Rumpf, Moritz P
    Schäfer, Arne
    Sivananthan, Mohan
    Song, Ci
    Stewart, Alexandre F R
    Tan, Sian-Tsung
    Thorgeirsson, Gudmundur
    Schoot, C Ellen van der
    Wagner, Peter J
    Wells, George A
    Wild, Philipp S
    Yang, Tsun-Po
    Amouyel, Philippe
    Arveiler, Dominique
    Basart, Hanneke
    Boehnke, Michael
    Boerwinkle, Eric
    Brambilla, Paolo
    Cambien, Francois
    Cupples, Adrienne L
    de Faire, Ulf
    Dehghan, Abbas
    Diemert, Patrick
    Epstein, Stephen E
    Evans, Alun
    Ferrario, Marco M
    Ferrières, Jean
    Gauguier, Dominique
    Go, Alan S
    Goodall, Alison H
    Gudnason, Villi
    Hazen, Stanley L
    Holm, Hilma
    Iribarren, Carlos
    Jang, Yangsoo
    Kähönen, Mika
    Kee, Frank
    Kim, Hyo-Soo
    Klopp, Norman
    Koenig, Wolfgang
    Kratzer, Wolfgang
    Kuulasmaa, Kari
    Laakso, Markku
    Laaksonen, Reijo
    Lee, Ji-Young
    Lind, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Kardiovaskulär epidemiologi.
    Ouwehand, Willem H
    Parish, Sarah
    Park, Jeong E
    Pedersen, Nancy L
    Peters, Annette
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Quertermous, Thomas
    Rader, Daniel J
    Salomaa, Veikko
    Schadt, Eric
    Shah, Svati H
    Sinisalo, Juha
    Stark, Klaus
    Stefansson, Kari
    Trégouët, David-Alexandre
    Virtamo, Jarmo
    Wallentin, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR).
    Wareham, Nicholas
    Zimmermann, Martina E
    Nieminen, Markku S
    Hengstenberg, Christian
    Sandhu, Manjinder S
    Pastinen, Tomi
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Hovingh, G Kees
    Dedoussis, George
    Franks, Paul W
    Lehtimäki, Terho
    Metspalu, Andres
    Zalloua, Pierre A
    Siegbahn, Agneta
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, centrumbildningar mm, Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR). Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Koagulation och inflammationsvetenskap.
    Schreiber, Stefan
    Ripatti, Samuli
    Blankenberg, Stefan S
    Perola, Markus
    Clarke, Robert
    Boehm, Bernhard O
    O'Donnell, Christopher
    Reilly, Muredach P
    März, Winfried
    Collins, Rory
    Kathiresan, Sekar
    Hamsten, Anders
    Kooner, Jaspal S
    Thorsteinsdottir, Unnur
    Danesh, John
    Palmer, Colin N A
    Roberts, Robert
    Watkins, Hugh
    Schunkert, Heribert
    Samani, Nilesh J
    Large-scale association analysis identifies new risk loci for coronary artery disease2013Inngår i: Nature Genetics, ISSN 1061-4036, E-ISSN 1546-1718, Vol. 45, nr 1, s. 25-33Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Coronary artery disease (CAD) is the commonest cause of death. Here, we report an association analysis in 63,746 CAD cases and 130,681 controls identifying 15 loci reaching genome-wide significance, taking the number of susceptibility loci for CAD to 46, and a further 104 independent variants (r2 < 0.2) strongly associated with CAD at a 5% false discovery rate (FDR). Together, these variants explain approximately 10.6% of CAD heritability. Of the 46 genome-wide significant lead SNPs, 12 show a significant association with a lipid trait, and 5 show a significant association with blood pressure, but none is significantly associated with diabetes. Network analysis with 233 candidate genes (loci at 10% FDR) generated 5 interaction networks comprising 85% of these putative genes involved in CAD. The four most significant pathways mapping to these networks are linked to lipid metabolism and inflammation, underscoring the causal role of these activities in the genetic etiology of CAD. Our study provides insights into the genetic basis of CAD and identifies key biological pathways.

  • 4.
    Gunnarsson, Rebeqa
    et al.
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden.
    DiLorenzo, Sebastian
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundin-Ström, Kristina B.
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden.
    Olsson, Linda
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden;Dept Clin Genet & Pathol, Div Lab Med, Lund, Sweden.
    Biloglav, Andrea
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden.
    Lilljebjörn, Henrik
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden.
    Rissler, Marianne
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden.
    Wahlberg, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Castor, Anders
    Skane Univ Hosp, Dept Pediat, Lund, Sweden.
    Behrendtz, Mikael
    Linkoping Univ Hosp, Dept Pediat, Linkoping, Sweden.
    Fioretos, Thoas
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden;Dept Clin Genet & Pathol, Div Lab Med, Lund, Sweden.
    Paulsson, Kajsa
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden.
    Isaksson, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Johansson, Bertil
    Lund Univ, Dept Lab Med, Div Clin Genet, Lund, Sweden;Dept Clin Genet & Pathol, Div Lab Med, Lund, Sweden.
    Mutation, methylation, and gene expression profiles in dup(1q)-positive pediatric B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia2018Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 32, nr 10, s. 2117-2125Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    High-throughput sequencing was applied to investigate the mutation/methylation patterns on 1q and gene expression profiles in pediatric B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (BCP ALL) with/without (w/wo) dup(1q). Sequencing of the breakpoint regions and all exons on 1q in seven dup(1q)-positive cases revealed non-synonymous somatic single nucleotide variants (SNVs) in BLZF1, FMN2, KCNT2, LCE1C, NES, and PARP1. Deep sequencing of these in a validation cohort w (n = 17)/wo (n = 94) dup(1q) revealed similar SNV frequencies in the two groups (47% vs. 35%; P = 0.42). Only 0.6% of the 36,259 CpGs on 1q were differentially methylated between cases w (n = 14)/wo (n = 13) dup(1q). RNA sequencing of high hyperdiploid (HeH) and t(1;19)(q23;p13)-positive cases w (n = 14)/wo (n = 52) dup(1q) identified 252 and 424 differentially expressed genes, respectively; only seven overlapped. Of the overexpressed genes in the HeH and t(1;19) groups, 23 and 31%, respectively, mapped to 1q; 60-80% of these encode nucleic acid/protein binding factors or proteins with catalytic activity. We conclude that the pathogenetically important consequence of dup(1q) in BCP ALL is a gene-dosage effect, with the deregulated genes differing between genetic subtypes, but involving similar molecular functions, biological processes, and protein classes.

  • 5.
    Lindqvist, C. Mårten
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nordlund, Jessica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Freyhult, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Centrum för bioinformatik.
    Ekman, Diana
    Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden..
    Almlöf, Jonas Carlsson
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Raine, Amanda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Övernäs, Elin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Abrahamsson, Jonas
    Queen Silvia Childrens Hosp, Dept Pediat, Gothenburg, Sweden..
    Frost, Britt-Marie
    Univ Childrens Hosp, Dept Womens & Childrens Hlth, Uppsala, Sweden..
    Grander, Dan
    Karolinska Inst, Dept Oncol Pathol, Stockholm, Sweden..
    Heyman, Mats
    Karolinska Univ Hosp, Astrid Lindgren Childrens Hosp, Dept Women & Child Hlth, Childhood Canc Res Unit, Stockholm, Sweden..
    Palle, Josefine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik. Uppsala Univ, Dept Med Sci, Mol Med & Sci Life Lab, Uppsala, Sweden.;Univ Childrens Hosp, Dept Womens & Childrens Hlth, Uppsala, Sweden..
    Forestier, Erik
    Umea Univ, Dept Med Biosci, Umea, Sweden..
    Lönnerholm, Gudmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik.
    Berglund, Eva C.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Deep targeted sequencing in pediatric acute lymphoblastic leukemia unveils distinct mutational patterns between genetic subtypes and novel relapse-associated genes2016Inngår i: OncoTarget, ISSN 1949-2553, E-ISSN 1949-2553, Vol. 7, nr 39, s. 64071-64088Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    To characterize the mutational patterns of acute lymphoblastic leukemia (ALL) we performed deep next generation sequencing of 872 cancer genes in 172 diagnostic and 24 relapse samples from 172 pediatric ALL patients. We found an overall greater mutational burden and more driver mutations in T-cell ALL (T-ALL) patients compared to B-cell precursor ALL (BCP-ALL) patients. In addition, the majority of the mutations in T-ALL had occurred in the original leukemic clone, while most of the mutations in BCP-ALL were subclonal. BCP-ALL patients carrying any of the recurrent translocations ETV6-RUNX1, BCR-ABL or TCF3-PBX1 harbored few mutations in driver genes compared to other BCP-ALL patients. Specifically in BCP-ALL, we identified ATRX as a novel putative driver gene and uncovered an association between somatic mutations in the Notch signaling pathway at ALL diagnosis and increased risk of relapse. Furthermore, we identified EP300, ARID1A and SH2B3 as relapse-associated genes. The genes highlighted in our study were frequently involved in epigenetic regulation, associated with germline susceptibility to ALL, and present in minor subclones at diagnosis that became dominant at relapse. We observed a high degree of clonal heterogeneity and evolution between diagnosis and relapse in both BCP-ALL and T-ALL, which could have implications for the treatment efficiency.

  • 6.
    Milani, Lili
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Kiialainen, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Nordlund, Jessica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Flaegstad, Trond
    Forestier, Erik
    Heyman, Mats
    Jonmundsson, Gudmundur
    Kanerva, Jukka
    Schmiegelow, Kjeld
    Söderhäll, Stefan
    Gustafsson, Mats G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Lönnerholm, Gudmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    DNA methylation for subtype classification and prediction of treatment outcome in patients with childhood acute lymphoblastic leukemia2010Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 115, nr 6, s. 1214-1225Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Despite improvements in the prognosis of childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL), subgroups of patients would benefit from alternative treatment approaches. Our aim was to identify genes with DNA methylation profiles that could identify such groups. We determined the methylation levels of 1320 CpG sites in regulatory regions of 416 genes in cells from 401 children diagnosed with ALL. Hierarchical clustering of 300 CpG sites distinguished between T-lineage ALL and B-cell precursor (BCP) ALL and between the main cytogenetic subtypes of BCP ALL. It also stratified patients with high hyperdiploidy and t(12;21) ALL into 2 subgroups with different probability of relapse. By using supervised learning, we constructed multivariate classifiers by external cross-validation procedures. We identified 40 genes that consistently contributed to accurate discrimination between the main subtypes of BCP ALL and gene sets that discriminated between subtypes of ALL and between ALL and controls in pairwise classification analyses. We also identified 20 individual genes with DNA methylation levels that predicted relapse of leukemia. Thus, methylation analysis should be explored as a method to improve stratification of ALL patients. The genes highlighted in our study are not enriched to specific pathways, but the gene expression levels are inversely correlated to the methylation levels.

  • 7.
    Milani, Lili
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Nordlund, Jessica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Kiialainen, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Flaegstad, Trond
    Jonmundsson, Gudmundur
    Kanerva, Jukka
    Schmiegelow, Kjeld
    Gunderson, Kevin L.
    Lönnerholm, Gudmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Allele-specific gene expression patterns in primary leukemic cells reveal regulation of gene expression by CpG site methylation2009Inngår i: Genome Research, ISSN 1088-9051, E-ISSN 1549-5469, Vol. 19, nr 1, s. 1-11Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    To identify genes that are regulated by cis-acting functional elements in acute lymphoblastic leukemia (ALL) we determined the allele-specific expression (ASE) levels of 2, 529 genes by genotyping a genome-wide panel of single nucleotide polymorphisms in RNA and DNA from bone marrow and blood samples of 197 children with ALL. Using a reproducible, quantitative genotyping method and stringent criteria for scoring ASE, we found that 16% of the analyzed genes display ASE in multiple ALL cell samples. For most of the genes, the level of ASE varied largely between the samples, from 1.4-fold overexpression of one allele to apparent monoallelic expression. For genes exhibiting ASE, 55% displayed bidirectional ASE in which overexpression of either of the two SNP alleles occurred. For bidirectional ASE we also observed overall higher levels of ASE and correlation with the methylation level of these sites. Our results demonstrate that CpG site methylation is one of the factors that regulates gene expression in ALL cells.

  • 8.
    Nordlund, Jessica
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Marincevic-Zuniga, Yanara
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Cavelier, Lucia
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Raine, Amanda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Martin, Tom
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Abrahamsson, Jonas
    Norén-Nyström, Ulrika
    Lönnerholm, Gudmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Forskargrupper (Inst. för kvinnor och barns hälsa), Barnneurologi/Barnonkologi.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Refined detection and phasing of structural aberrations in pediatric acute lymphoblastic leukemia with linked-read whole genome sequencingManuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
  • 9.
    Nordlund, Jessica
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Milani, Lili
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Lönnerholm, Gudmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    DNA Methylation Analysis of Bone Marrow Cells at Diagnosis of Acute Lymphoblastic Leukemia and at Remission2012Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 7, nr 4, s. e34513-Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    To detect genes with CpG sites that display methylation patterns that are characteristic of acute lymphoblastic leukemia (ALL) cells, we compared the methylation patterns of cells taken at diagnosis from 20 patients with pediatric ALL to the methylation patterns in mononuclear cells from bone marrow of the same patients during remission and in non-leukemic control cells from bone marrow or blood. Using a custom-designed assay, we measured the methylation levels of 1,320 CpG sites in regulatory regions of 413 genes that were analyzed because they display allele-specific gene expression (ASE) in ALL cells. The rationale for our selection of CpG sites was that ASE could be the result of allele-specific methylation in the promoter regions of the genes. We found that the ALL cells had methylation profiles that allowed distinction between ALL cells and control cells. Using stringent criteria for calling differential methylation, we identified 28 CpG sites in 24 genes with recurrent differences in their methylation levels between ALL cells and control cells. Twenty of the differentially methylated genes were hypermethylated in the ALL cells, and as many as nine of them (AMICA1, CPNE7, CR1, DBC1, EYA4, LGALS8, RYR3, UQCRFS1, WDR35) have functions in cell signaling and/or apoptosis. The methylation levels of a subset of the genes were consistent with an inverse relationship with the mRNA expression levels in a large number of ALL cells from published data sets, supporting a potential biological effect of the methylation signatures and their application for diagnostic purposes.

  • 10.
    Wahlberg, Per
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nordlund, Jessica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Busche, Stephan
    McGill Univ, Dept Human Genet, Montreal, PQ, Canada.;Genome Quebec Innovat Ctr, Montreal, PQ, Canada..
    Raine, Amanda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Sinnett, Daniel
    St Justine Univ Hlth Ctr, Res Ctr, Montreal, PQ, Canada.;Univ Montreal, Dept Pediat, Montreal, PQ, Canada..
    Forestier, Erik
    Umea Univ, Dept Med Biosci, Umea, Sweden..
    Pastinen, Tomi
    McGill Univ, Dept Human Genet, Montreal, PQ, Canada.;Genome Quebec Innovat Ctr, Montreal, PQ, Canada..
    Lönnerholm, Gudmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    DNA methylome analysis of acute lymphoblastic leukemia cells reveals stochastic de novo DNA methylation in CpG islands2016Inngår i: Epigenomics, ISSN 1750-1911, Vol. 8, nr 10, s. 1367-1387Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Aim: To identify regions of aberrant DNA methylation in acute lymphoblastic leukemia (ALL) cells of different subtypes on a genome-wide scale. Materials & methods: Whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) was used to determine the DNA methylation levels in cells from four pediatric ALL patients of different subtypes. The findings were confirmed by 450k DNA methylation arrays in a large patient set. Results: Compared with mature B or T cells WGBS detected on average 82,000 differentially methylated regions per patient. Differentially methylated regions are enriched to CpG poor regions, active enhancers and transcriptional start sites. We also identified approximately 8000 CpG islands with variable intermediate DNA methylation that seems to occur as a result of stochastic de novo methylation. Conclusion: WGBS provides an unbiased view and novel insights into the DNA methylome of ALL cells.

1 - 10 of 10
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf