uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
12 1 - 50 of 62
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Agathangelidis, A.
    et al.
    Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Bystry, V.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Hadzidimitriou, A.
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Sutton, L. A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Minga, E.
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Kienle, D.
    Univ Ulm, Dept Internal Med 3, D-89069 Ulm, Germany..
    Davis, Z.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Yan, X. J.
    North Shore Long Isl Jewish Hlth Syst, Feinstein Inst Med Res, Manhasset, NY USA..
    Shanafelt, T.
    Mayo Clin, Dept Med, Dept Hematol, Rochester, MN USA..
    Boudjogra, M.
    Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Dept Hematol, Paris, France.;Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Paris, France..
    Plevova, K.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Gounari, M.
    Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Xochelli, A.
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Navarro, A.
    Univ Barcelona, IDIBAPS, Unidad Hematopatol, Serv Anat Patol, Barcelona, Spain..
    Chatzouli, M.
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Pedersen, L. B.
    Rigshosp, Dept Hematol, DK-2100 Copenhagen, Denmark..
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Scarfo, L.
    Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Rossi, D.
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Dept Hematol, Novara, Italy..
    Veronese, S.
    Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Mol Pathol Unit, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Dept Hematol, Milan, Italy..
    Facco, M.
    Univ Padua, Sch Med, Hematol & Clin Immunol Branch, Dept Med, Padua, Italy..
    Bikos, V.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Karan-Djurasevic, T.
    Univ Belgrade, Inst Mol Genet & Genet Engn, Belgrade, Serbia..
    Pavlovic, S.
    Univ Kragujevac, Kragujevac, Serbia..
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Poiron, C.
    Univ Montpellier, IMGT, LIGM, IGH, Montpellier, France..
    Chu, C. C.
    North Shore Long Isl Jewish Hlth Syst, Feinstein Inst Med Res, Manhasset, NY USA..
    Stalika, E.
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Giudicelli, V.
    Univ Montpellier, IMGT, LIGM, IGH, Montpellier, France..
    Panagiotidis, P.
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med 1, Athens, Greece..
    Sudarikov, A.
    Natl Hematol Res Ctr, Dept Mol Hematol, Moscow, Russia..
    Anagnostopoulos, A.
    G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Trentin, L.
    Univ Padua, Sch Med, Hematol & Clin Immunol Branch, Dept Med, Padua, Italy..
    Catherwood, M.
    Belfast City Hosp, Dept Hematooncol, Belfast BT9 7AD, Antrim, North Ireland..
    Montillo, M.
    Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Mol Pathol Unit, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Dept Hematol, Milan, Italy..
    Gaidano, G.
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Dept Hematol, Novara, Italy..
    Campo, E.
    Univ Barcelona, IDIBAPS, Unidad Hematopatol, Serv Anat Patol, Barcelona, Spain..
    Geisler, C. H.
    Rigshosp, Dept Hematol, DK-2100 Copenhagen, Denmark..
    Langerak, A. W.
    Erasmus MC, Univ Med Ctr, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Pospisilova, S.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Lefranc, M. P.
    Univ Montpellier, IMGT, LIGM, IGH, Montpellier, France..
    Chiorazzi, N.
    North Shore Long Isl Jewish Hlth Syst, Feinstein Inst Med Res, Manhasset, NY USA..
    Oscier, D.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Jelinek, D. F.
    Mayo Clin, Dept Immunol, Rochester, MN USA..
    Stilgenbauer, S.
    Univ Ulm, Dept Internal Med 3, D-89069 Ulm, Germany..
    Belessi, C.
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Davi, F.
    Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Dept Hematol, Paris, France.;Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Paris, France..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ghia, P.
    Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Darzentas, N.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    HIGHER-ORDER IMMUNOGLOBULIN SEQUENCE RELATIONS FOR MAJOR SUBSETS OF CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA: UNIQUENESS VERSUS EQUIVALENCE2015Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 100, s. 47-48Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 2.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Agathangelidis, Andreas
    Hadzidimitriou, Anastasia
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Minga, Eva
    Tsanousa, Athina
    Scarfo, Lydia
    Davis, Zadie
    Yan, Xiao-Jie
    Shanafelt, Tait
    Plevova, Karla
    Sandberg, Yorick
    Vojdeman, Fie Juhl
    Boudjogra, Myriam
    Tzenou, Tatiana
    Chatzouli, Maria
    Chu, Charles C.
    Veronese, Silvio
    Gardiner, Anne
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, Karin E.
    Pedersen, Lone Bredo
    Moreno, Denis
    Van Lom, Kirsten
    Giudicelli, Veronique
    Francova, Hana Skuhrova
    Nguyen-Khac, Florence
    Panagiotidis, Panagiotis
    Juliusson, Gunnar
    Angelis, Lefteris
    Anagnostopoulos, Achilles
    Lefranc, Marie-Paule
    Facco, Monica
    Trentin, Livio
    Catherwood, Mark
    Montillo, Marco
    Geisler, Christian H.
    Langerak, Anton W.
    Pospisilova, Sarka
    Chiorazzi, Nicholas
    Oscier, David
    Jelinek, Diane F.
    Darzentas, Nikos
    Belessi, Chrysoula
    Davi, Frederic
    Ghia, Paolo
    Rosenquist, Richard Brandell
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Not all IGHV3-21 chronic lymphocytic leukemias are equal: prognostic considerations2015Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 125, nr 5, s. 856-859Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    An unresolved issue in chronic lymphocytic leukemia (CLL) is whether IGHV3-21 gene usage, in general, or the expression of stereotyped B-cell receptor immunoglobulin defining subset # 2 (IGHV3-21/IGLV3-21), in particular, determines outcome for IGHV3-21-utilizing cases. We reappraised this issue in 8593 CLL patients of whom 437 (5%) used the IGHV3-21 gene with 254/437 (58%) classified as subset # 2. Within subset # 2, immunoglobulin heavy variable (IGHV)-mutated cases predominated, whereas non-subset # 2/IGHV3-21 was enriched for IGHV-unmutated cases (P =.002). Subset # 2 exhibited significantly shorter time-to-first-treatment (TTFT) compared with non-subset # 2/IGHV3-21 (22 vs 60 months, P =.001). No such difference was observed between non-subset # 2/IGHV3-21 vs the remaining CLL with similar IGHV mutational status. In conclusion, IGHV3-21 CLL should not be axiomatically considered a homogeneous entity with adverse prognosis, given that only subset # 2 emerges as uniformly aggressive, contrasting non-subset # 2/IGVH3-21 patients whose prognosis depends on IGHV mutational status as the remaining CLL.

  • 3.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hadzidimitriou, A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mattsson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Xochelli, Aliki
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sutton, L. A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Minga, E.
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Scarfo, L.
    Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Fdn Ctr San Raffaele, Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Rossi, D.
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Dept Translat Med, Div Hematol, Novara, Italy..
    Davis, Z.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Agathangelidis, A.
    Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Fdn Ctr San Raffaele, Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Villamor, N.
    Hosp Clin Barcelona, Hemopathol Unit, Barcelona, Spain..
    Parker, H.
    Univ Southampton, Fac Med, Canc Sci, Southampton SO9 5NH, Hants, England..
    Kotaskova, J.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Stalika, E.
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Plevova, K.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Navarro Lopez, A.
    Hosp Clin Barcelona, Hemopathol Unit, Barcelona, Spain..
    Delgado, J.
    Hosp Clin Barcelona, Dept Hematol, Barcelona, Spain..
    Larrayoz, M.
    Univ Southampton, Fac Med, Canc Sci, Southampton SO9 5NH, Hants, England..
    Anagnostopoulos, A.
    G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Belessi, C.
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Smedby, K. E.
    Dept Med, Solna, Sweden.;Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Stockholm, Sweden..
    Juliusson, G.
    Lund Univ, Lund, Sweden.;Lund Stem Cell Ctr, Hosp Dept Hematol, Lund, Sweden..
    Strefford, J. C.
    Univ Southampton, Fac Med, Canc Sci, Southampton SO9 5NH, Hants, England..
    Pospisilova, S.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Oscier, D.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Gaidano, G.
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Dept Translat Med, Div Hematol, Novara, Italy..
    Campo, E.
    Hosp Clin Barcelona, Hemopathol Unit, Barcelona, Spain.;Univ Barcelona, Dept Pathol, Barcelona, Spain..
    Ghia, P.
    Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Fdn Ctr San Raffaele, Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    REFINING PROGNOSIS OF CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA WITH SOMATICALLY HYPERMUTATED B-CELL RECEPTORS: A NOVEL PROGNOSTIC INDEX ON BEHALF OF THE EUROPEAN RESEARCH INITIATIVE ON CLL (ERIC)2015Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 100, s. 52-52Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 4.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hadzidimitriou, A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sutton, L. A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Minga, E.
    Agathangelidis, A.
    Tsanousa, A.
    Scarfo, L.
    Davis, Z.
    Yan, X. J.
    Shanafelt, T.
    Plevova, K.
    Sandberg, Y.
    Vojdeman, F. J.
    Boudjogra, M.
    Tzenou, T.
    Chatzouli, M.
    Chu, C. C.
    Veronese, S.
    Gardiner, A.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Smedby, K. E.
    Pedersen, L. B.
    Moreno, D.
    Van Lom, K.
    Giudicelli, V.
    Francova, H. S.
    Nguyen-Khac, F.
    Panagiotidis, P.
    Juliusson, G.
    Angelis, L.
    Anagnostopoulos, A.
    Lefranc, M. P.
    Trentin, L.
    Catherwood, M.
    Montillo, M.
    Geisler, C.
    Langerak, A. W.
    Pospisilova, S.
    Chiorazzi, N.
    Oscier, D.
    Jelinek, D.
    Darzentas, N.
    Belessi, C.
    Davi, F.
    Ghia, P.
    Rosenquist, Richard Brandell
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Stamatopoulos, K.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Not All IGHV3-21 CLL Are Equal: Subset #2 Displays a Distinctive Clinicobiological Profile with Remarkable Similarities to Subset #169, its Close Immunogenetic Relative2014Inngår i: Haematologica (online), ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 99, nr S1, s. 48-49Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 5.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Hadzidimitriou, A
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sutton, Lesley Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Rossi, D
    Minga, E
    Villamor, N
    Larrayoz, M
    Kminkova, J
    Agathangelidis, A
    Davis, Z
    Tausch, E
    Stalika, E
    Kantorova, B
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Scarfò, L
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Navrkalova, V
    Rose-Zerilli, M J J
    Smedby, K E
    Juliusson, G
    Anagnostopoulos, A
    Makris, A M
    Navarro, A
    Delgado, J
    Oscier, D
    Belessi, C
    Stilgenbauer, S
    Ghia, P
    Pospisilova, S
    Gaidano, G
    Campo, E
    Strefford, J C
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Recurrent mutations refine prognosis in chronic lymphocytic leukemia2015Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 29, s. 329-336Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Through the European Research Initiative on chronic lymphocytic leukemia (CLL) (ERIC), we screened 3490 patients with CLL for mutations within the NOTCH1 (n=3334), SF3B1 (n=2322), TP53 (n=2309), MYD88 (n=1080) and BIRC3 (n=919) genes, mainly at diagnosis (75%) and before treatment (>90%). BIRC3 mutations (2.5%) were associated with unmutated IGHV genes (U-CLL), del(11q) and trisomy 12, whereas MYD88 mutations (2.2%) were exclusively found among M-CLL. NOTCH1, SF3B1 and TP53 exhibited variable frequencies and were mostly enriched within clinically aggressive cases. Interestingly, as the timespan between diagnosis and mutational screening increased, so too did the incidence of SF3B1 mutations; no such increase was observed for NOTCH1 mutations. Regarding the clinical impact, NOTCH1 mutations, SF3B1 mutations and TP53 aberrations (deletion/mutation, TP53ab) correlated with shorter time-to-first-treatment (P<0.0001) in 889 treatment-naive Binet stage A cases. In multivariate analysis (n=774), SF3B1 mutations and TP53ab along with del(11q) and U-CLL, but not NOTCH1 mutations, retained independent significance. Importantly, TP53ab and SF3B1 mutations had an adverse impact even in U-CLL. In conclusion, we support the clinical relevance of novel recurrent mutations in CLL, highlighting the adverse impact of SF3B1 and TP53 mutations, even independent of IGHV mutational status, thus underscoring the need for urgent standardization/harmonization of the detection methods.

  • 6.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala Univ, Sci Life Lab, Dept Immunol Genet & Pathol, Uppsala, Sweden.;G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Hadzidimitriou, Anastasia
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Minga, Eva
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Agathangelidis, Andreas
    Univ Vita Salute San Raffaele, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, IRCCS, Div Mol Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, IRCCS, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy..
    Nichelatti, Michele
    Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Mol Pathol Unit, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Dept Haematol, Milan, Italy..
    Tsanousa, Athina
    Aristotle Univ Thessaloniki, Dept Informat, GR-54006 Thessaloniki, Greece..
    Scarfo, Lydia
    Univ Vita Salute San Raffaele, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, IRCCS, Div Mol Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, IRCCS, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy..
    Davis, Zadie
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Yan, Xiao-Jie
    North Shore Long Isl Jewish Hlth Syst, Feinstein Inst Med Res, Manhasset, NY USA..
    Shanafelt, Tait
    Mayo Clin, Div Hematol, Dept Med, Rochester, MN USA..
    Plevova, Karla
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Sandberg, Yorick
    Erasmus MC, Univ Med Ctr, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Vojdeman, Fie Juhl
    Rigshosp, Dept Hematol, DK-2100 Copenhagen, Denmark..
    Boudjogra, Myriam
    Hop La Pitie Salpetriere, Serv Hematol Biol, Paris, France..
    Tzenou, Tatiana
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med, Athens, Greece..
    Chatzouli, Maria
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Chu, Charles C.
    North Shore Long Isl Jewish Hlth Syst, Feinstein Inst Med Res, Manhasset, NY USA..
    Veronese, Silvio
    Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Mol Pathol Unit, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Dept Haematol, Milan, Italy..
    Gardiner, Anne
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala Univ, Sci Life Lab, Dept Immunol Genet & Pathol, Uppsala, Sweden..
    Smedby, Karin E.
    Karolinska Inst, Dept Med, Clin Epidemiol Unit, Stockholm, Sweden..
    Pedersen, Lone Bredo
    Rigshosp, Dept Hematol, DK-2100 Copenhagen, Denmark..
    van Lom, Kirsten
    Erasmus MC, Univ Med Ctr, Dept Hematol, Rotterdam, Netherlands..
    Giudicelli, Veronique
    Univ Montpellier, IMGT Int ImMunoGeneT Informat Syst, LIGM, Inst Genet Humaine, F-34059 Montpellier, France..
    Francova, Hana Skuhrova
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Nguyen-Khac, Florence
    Hop La Pitie Salpetriere, Serv Hematol Biol, Paris, France..
    Panagiotidis, Panagiotis
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med, Athens, Greece..
    Juliusson, Gunnar
    Lund Univ & Hosp, Dept Hematol, Lund Stem Cell Ctr, Lund, Sweden..
    Angelis, Lefteris
    Aristotle Univ Thessaloniki, Dept Informat, GR-54006 Thessaloniki, Greece..
    Anagnostopoulos, Achilles
    G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Lefranc, Marie-Paule
    Univ Montpellier, IMGT Int ImMunoGeneT Informat Syst, LIGM, Inst Genet Humaine, F-34059 Montpellier, France..
    Facco, Monica
    Univ Padua, Sch Med, Dept Med, Hematol & Clin Immunol Branch, I-35100 Padua, Italy.;Venetian Inst Mol Med, Padua, Italy..
    Trentin, Livio
    Univ Padua, Sch Med, Dept Med, Hematol & Clin Immunol Branch, I-35100 Padua, Italy.;Venetian Inst Mol Med, Padua, Italy..
    Catherwood, Mark
    Belfast City Hosp, Dept Haematooncol, Belfast BT9 7AD, Antrim, North Ireland..
    Montillo, Marco
    Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Mol Pathol Unit, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Dept Haematol, Milan, Italy..
    Geisler, Christian H.
    Rigshosp, Dept Hematol, DK-2100 Copenhagen, Denmark..
    Langerak, Anton W.
    Erasmus MC, Univ Med Ctr, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Pospisilova, Sarka
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Chiorazzi, Nicholas
    North Shore Long Isl Jewish Hlth Syst, Feinstein Inst Med Res, Manhasset, NY USA..
    Oscier, David
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Jelinek, Diane F.
    Mayo Clin, Dept Immunol, Dept Med, Rochester, MN USA..
    Darzentas, Nikos
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Belessi, Chrysoula
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Davi, Frederic
    Hop La Pitie Salpetriere, Serv Hematol Biol, Paris, France..
    Rosenquist Barndell, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ghia, Paolo
    Univ Vita Salute San Raffaele, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, IRCCS, Div Mol Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, IRCCS, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy..
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece.;CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Clinical effect of stereotyped B-cell receptor immunoglobulins in chronic lymphocytic leukaemia: a retrospective multicentre study2014Inngår i: LANCET HAEMATOLOGY, ISSN 2352-3026, Vol. 1, nr 2, s. E74-E84Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Background About 30% of cases of chronic lymphocytic leukaemia (CLL) carry quasi-identical B-cell receptor immunoglobulins and can be assigned to distinct stereotyped subsets. Although preliminary evidence suggests that B-cell receptor immunoglobulin stereotypy is relevant from a clinical viewpoint, this aspect has never been explored in a systematic manner or in a cohort of adequate size that would enable clinical conclusions to be drawn. Methods For this retrospective, multicentre study, we analysed 8593 patients with CLL for whom immunogenetic data were available. These patients were followed up in 15 academic institutions throughout Europe (in Czech Republic, Denmark, France, Greece, Italy, Netherlands, Sweden, and the UK) and the USA, and data were collected between June 1, 2012, and June 7, 2013. We retrospectively assessed the clinical implications of CLL B-cell receptor immunoglobulin stereotypy, with a particular focus on 14 major stereotyped subsets comprising cases expressing unmutated (U-CLL) or mutated (M-CLL) immunoglobulin heavy chain variable genes. The primary outcome of our analysis was time to first treatment, defined as the time between diagnosis and date of first treatment. Findings 2878 patients were assigned to a stereotyped subset, of which 1122 patients belonged to one of 14 major subsets. Stereotyped subsets showed significant differences in terms of age, sex, disease burden at diagnosis, CD38 expression, and cytogenetic aberrations of prognostic significance. Patients within a specific subset generally followed the same clinical course, whereas patients in different stereotyped subsets-despite having the same immunoglobulin heavy variable gene and displaying similar immunoglobulin mutational status-showed substantially different times to first treatment. By integrating B-cell receptor immunoglobulin stereotypy (for subsets 1, 2, and 4) into the well established Dohner cytogenetic prognostic model, we showed these, which collectively account for around 7% of all cases of CLL and represent both U-CLL and M-CLL, constituted separate clinical entities, ranging from very indolent (subset 4) to aggressive disease (subsets 1 and 2). Interpretation The molecular classification of chronic lymphocytic leukaemia based on B-cell receptor immunoglobulin stereotypy improves the Dohner hierarchical model and refines prognostication beyond immunoglobulin mutational status, with potential implications for clinical decision making, especially within prospective clinical trials.

  • 7.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mattsson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Hematologi.
    Hadzidimitriou, A.
    Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Minga, E.
    Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Agathangelidis, A.
    Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, Milan, Italy..
    Sutton, L. A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Scarfo, L.
    Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, Milan, Italy..
    Davis, Z.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Yan, X. J.
    Northwell Hlth, Feinstein Inst Med Res, New York, NY USA..
    Plevova, K.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Sandberg, Y.
    Univ Med Ctr Rotterdam, Erasmus MC, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Vojdeman, F. Juhl
    Rigshosp, Dept Hematol, Copenhagen, Denmark..
    Tzenou, T.
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med 1, Athens, Greece..
    Chu, C. C.
    Northwell Hlth, Feinstein Inst Med Res, New York, NY USA..
    Veroneze, S.
    Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Mol Pathol Unit, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Dept Haematol, Milan, Italy..
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, K. E.
    Dept Med, Solna, Sweden.;Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Stockholm, Sweden..
    Giudicelli, V.
    Univ Montpellier, IMGT, LIGM, IGH, Montpellier, France..
    Nguyen-Khac, F.
    Dept Hematol, Paris, France.;Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Paris, France..
    Panagiotidis, P.
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med 1, Athens, Greece..
    Juliusson, G.
    Lund Univ, Lund, Sweden.;Lund Stem Cell Ctr, Hosp Dept Hematol, Lund, Sweden..
    Anagnostopoulos, A.
    G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Lefranc, M. P.
    Univ Montpellier, IMGT, LIGM, IGH, Montpellier, France..
    Trentin, L.
    Univ Padua, Dept Med, Hematol & Clin Immunol Branch, Sch Med, Padua, Italy.;Venetian Inst Mol Med, Padua, Italy..
    Catherwood, M.
    Belfast City Hosp, Dept Hematooncol, Belfast, Antrim, North Ireland..
    Montillo, M.
    Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Mol Pathol Unit, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Niguarda Canc Ctr, Dept Haematol, Milan, Italy..
    Niemann, C. U.
    Rigshosp, Dept Hematol, Copenhagen, Denmark..
    Langerak, A. W.
    Univ Med Ctr Rotterdam, Erasmus MC, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Pospisilova, S.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Stavroyianni, N.
    G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Chiorazzi, N.
    Northwell Hlth, Feinstein Inst Med Res, New York, NY USA..
    Oscier, D.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Jelinek, D. F.
    Mayo Clin, Dept Immunol, Rochester, MN USA..
    Shanafelt, T.
    Mayo Clin, Dept Med, Div Hematol, Rochester, MN USA..
    Darzentas, N.
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Belessi, C.
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Davi, F.
    Dept Hematol, Paris, France.;Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Paris, France..
    Ghia, P.
    Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, Milan, Italy..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    No Improvement In Long-Term Overall Survival After The Introduction Of Chemo(Immuno)Therapy For Chronic Lymphocytic Leukemia Patients Belonging To Stereotyped Subset #22016Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 101, s. 231-231Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 8.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mattsson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Hematologi.
    Hadzidimitriou, Anastasia
    Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Minga, Eva
    Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Agathangelidis, Andreas
    Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.;IRCCS San Raffaele Sci Inst, Div Expt Oncol, Strateg Res Program CLL, Milan, Italy..
    Sutton, Lesley Ann
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Scarfo, Lydia
    Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.;IRCCS San Raffaele Sci Inst, Div Expt Oncol, Strateg Res Program CLL, Milan, Italy..
    Davis, Zadie
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Yan, Xiao-Jie
    Northwell Hlth, Feinstein Inst Med Res, New York, NY USA..
    Plevova, Karla
    CEITEC Cent European Inst Technol, Masarykbrno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Sandberg, Yorick
    Univ Med Ctr Rotterdam, Erasmus MC, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Vojdeman, Fie J.
    Rigshosp, Dept Hematol, Copenhagen, Denmark..
    Tzenou, Tatiana
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med 1, Athens, Greece..
    Chu, Charles C.
    Northwell Hlth, Feinstein Inst Med Res, New York, NY USA..
    Veronese, Silvio
    Osped Niguarda Ca Granda, Mol Pathol Unit, Niguarda Canc Ctr, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Dept Haematol, Niguarda Canc Ctr, Milan, Italy..
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, Karin E.
    Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Dept Med Solna, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Hematol Ctr, Stockholm, Sweden..
    Giudicelli, Veronique
    Univ Montpellier, Lab ImmunoGenet Mol LIGM, IMGT, IGH,UPR CNRS 1142, Montpellier, France..
    Nguyen-Khac, Florence
    Hematol Dept, Paris, France.;Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Paris, France..
    Panagiotidis, Panagiotis
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med 1, Athens, Greece..
    Juliusson, Gunnar
    Lund Univ & Hosp, Dept Hematol, Lund Stem Cell Ctr, Lund, Sweden..
    Anagnostopoulos, Achilles
    G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Lefranc, Marie-Paule
    Univ Montpellier, Lab ImmunoGenet Mol LIGM, IMGT, IGH,UPR CNRS 1142, Montpellier, France..
    Trentin, Livio
    Padova Univ, Hematol & Clin Immunol Branch, Dept Med, Sch Med, Padua, Italy.;Venetian Inst Mol Med, Padua, Italy..
    Catherwood, Mark
    Belfast City Hosp, Dept Hematooncol, Belfast, Antrim, North Ireland..
    Montillo, Marco
    Osped Niguarda Ca Granda, Mol Pathol Unit, Niguarda Canc Ctr, Milan, Italy.;Osped Niguarda Ca Granda, Dept Haematol, Niguarda Canc Ctr, Milan, Italy..
    Niemann, Carsten U.
    Rigshosp, Dept Hematol, Copenhagen, Denmark..
    Langerak, Anton W.
    Univ Med Ctr Rotterdam, Erasmus MC, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Pospisilova, Sarka
    CEITEC Cent European Inst Technol, Masarykbrno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Stavroyianni, Niki
    G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Chiorazzi, Nicholas
    Northwell Hlth, Feinstein Inst Med Res, New York, NY USA..
    Oscier, David
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Jelinek, Diane F.
    Mayo Clin, Dept Immunol, Rochester, MN USA..
    Shanafelt, Tait
    Mayo Clin, Dept Med, Div Hematol, Rochester, MN USA..
    Darzentas, Nikos
    CEITEC Cent European Inst Technol, Masarykbrno, Czech Republic..
    Belessi, Chrysoula
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Davi, Frederic
    Hematol Dept, Paris, France..
    Ghia, Paolo
    Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.;IRCCS San Raffaele Sci Inst, Div Expt Oncol, Strateg Res Program CLL, Milan, Italy..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    No improvement in long-term survival over time for chronic lymphocytic leukemia patients in stereotyped subsets #1 and #2 treated with chemo(immuno)therapy2018Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 103, nr 4, s. E158-E161Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 9.
    Baliakas, Panagiotis
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Moysiadis, Theodoros
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Hadzidimitriou, Anastasia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Xochelli, Aliki
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Jeromin, Sabine
    MLL Munich Leukemia Lab, Munich, Germany.
    Agathangelidis, Andreas
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Mattsson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sutton, Lesley Ann
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Minga, Eva
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Scarfo, Lydia
    IRCCS Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, Milan, Italy;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.
    Rossi, Davide
    Oncol Inst Southern Switzerland, Bellinzona, Switzerland.
    Davis, Zadie
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England.
    Villamor, Neus
    Hosp Clin Barcelona, Hemopathol Unit, Barcelona, Spain.
    Parker, Helen
    Univ Southampton, Canc Res UK Ctr, Acad Unit Canc Sci, Canc Genon, Southampton, Hants, England;Univ Southampton, Fac Med, Expt Canc Med Ctr, Southampton, Hants, England.
    Kotaskova, Jana
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic.
    Stalika, Evangelia
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece;G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece.
    Plevova, Karla
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Navarro, Alba
    Hosp Clin Barcelona, Hemopathol Unit, Barcelona, Spain.
    Delgado, Julio
    Hosp Clin Barcelona, Hematol Dept, Barcelona, Spain.
    Larrayoz, Marta
    Univ Southampton, Canc Res UK Ctr, Acad Unit Canc Sci, Canc Genon, Southampton, Hants, England;Univ Southampton, Fac Med, Expt Canc Med Ctr, Southampton, Hants, England.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Anagnostopoulos, Achilles
    G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece.
    Smedby, Karin E.
    Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Dept Med, Stockholm, Sweden.
    Juliusson, Gunnar
    Lund Univ & Hosp, Lund Stem Cell Ctr, Dept Hematol, Lund, Sweden.
    Sheehy, Oonagh
    Belfast City Hosp, Dept Hematooncol, Belfast, Antrim, North Ireland.
    Catherwood, Mark
    Belfast City Hosp, Dept Hematooncol, Belfast, Antrim, North Ireland.
    Strefford, Jonathan C.
    Univ Southampton, Canc Res UK Ctr, Acad Unit Canc Sci, Canc Genon, Southampton, Hants, England;Univ Southampton, Fac Med, Expt Canc Med Ctr, Southampton, Hants, England.
    Stavroyianni, Niki
    G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece.
    Belessi, Chrysoula
    Nikea Gen Hosp, Hematol Dept, Piraeus, Greece.
    Pospisilova, Sarka
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic.
    Oscier, David
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England.
    Gaidano, Gianluca
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Dept Translat Med, Div Hematol, Novara, Italy.
    Campo, Elias
    Hosp Clin Barcelona, Hemopathol Unit, Barcelona, Spain;Univ Barcelona, Dept Pathol, Barcelona, Spain.
    Haferlach, Claudia
    MLL Munich Leukemia Lab, Munich, Germany.
    Ghia, Paolo
    IRCCS Ist Sci San Raffaele, Div Expt Oncol, Milan, Italy;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.
    Rosenquist, Richard
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Stamatopoulos, Kostas
    Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Dept Med, Stockholm, Sweden.
    Tailored approaches grounded on immunogenetic features for refined prognostication in chronic lymphocytic leukemia2019Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 104, nr 2, s. 360-369Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Chronic lymphocytic leukemia (CLL) patients with differential somatic hypermutation status of the immunoglobulin heavy variable genes, namely mutated or unmutated, display fundamental clinico-biological differences. Considering this, we assessed prognosis separately within mutated (M-CLL) and unmutated (U-CLL) CLL in 3015 patients, hypothesizing that the relative significance of relevant indicators may differ between these two categories. Within Binet A M-CLL patients, besides TP53 abnormalities, trisomy 12 and stereotyped subset #2 membership were equivalently associated with the shortest time-to first -treatment and a treatment probability at Five and ten years after diagnosis of 40% and 55%, respectively; the remaining cases exhibited 5-year and 10-year treatment probability of 12% and 25%, respectively. Within Binet A U-CLL patients, besides TP53 abnormalities, del(11q) and/or ST3B1 mutations were associated with the shortest time-to-First treatment (5- and 10-year treatment probability: 78% and 98%, respectively); in the remaining cases, males had a significantly worse prognosis than females. In conclusion, the relative weight of indicators that can accurately risk stratify early-stage CLL patients differs depending on the somatic hypermutation status of the immunoglobulin heavy variable genes of each patient. This finding highlights the fact that compartmentalized approaches based on immunogenetic features are necessary to refine and tailor prognostication in CLL.

  • 10. Benner, Axel
    et al.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Rossi, Davide
    Majid, Aneela
    Willander, Kerstin
    Parker, Anton
    Bond, Gareth
    Pavlova, Sarka
    Nueckel, Holger
    Merkel, Olaf
    Ghia, Paolo
    Montserrat, Emili
    Kaderi, Mohd Arifin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Rosenquist, Richard
    Gaidano, Gianluca
    Dyer, Martin J. S.
    Soederkvist, Peter
    Linderholm, Mats
    Oscier, David
    Tvaruzkova, Zuzana
    Pospisilova, Sarka
    Duehrsen, Ulrich
    Greil, Richard
    Doehner, Hartmut
    Stilgenbauer, Stephan
    Zenz, Thorsten
    MDM2 promotor polymorphism and disease characteristics in chronic lymphocytic leukemia: results of an individual patient data-based meta-analysis2014Inngår i: Haematologica (online), ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 99, nr 8, s. 1285-1291Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    A number of single nucleotide polymorphisms have been associated with disease predisposition in chronic lymphocytic leukemia. A single nucleotide polymorphism in the MDM2 promotor region, MDM2SNP309, was shown to soothe the p53 pathway. In the current study, we aimed to clarify the effect of the MDM2SNP309 on chronic lymphocytic leukemia characteristics and outcome. We performed a meta-analysis of data from 2598 individual patients from 10 different cohorts. Patients' data and genetic analysis for MDM2SNP309 genotype, immunoglobulin heavy chain variable region mutation status and fluorescence in situ hybridization results were collected. There were no differences in overall survival based on the polymorphism (log rank test, stratified by study cohort; P=0.76; GG genotype: cohort-adjusted median overall survival of 151 months; TG: 153 months; TT: 149 months). In a multivariable Cox proportional hazards regression analysis, advanced age, male sex and unmutated immunoglobulin heavy chain variable region genes were associated with inferior survival, but not the MDM2 genotype. The MDM2SNP309 is unlikely to influence disease characteristics and prognosis in chronic lymphocytic leukemia. Studies investigating the impact of individual single nucleotide polymorphisms on prognosis are often controversial. This may be due to selection bias and small sample size. A meta-analysis based on individual patient data provides a reasonable strategy for prognostic factor analyses in the case of small individual studies. Individual patient data-based meta-analysis can, therefore, be a powerful tool to assess genetic risk factors in the absence of large studies.

  • 11.
    Bhoi, Sujata
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mattsson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Hematologi.
    Sevov, Marie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Smedby, Karin E.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Juliusson, Gunnar
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    UGT2B17 expression: a novel prognostic marker within IGHV-mutated chronic lymphocytic leukemia?2016Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 101, nr 2, s. E63-E65Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 12.
    Bhoi, Sujata
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Castellano, G.
    IDIBAPS, Barcelona, Spain.
    Sutton, Lesley Ann
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Papakonstantinou, N.
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Queiros, A.
    Univ Barcelona, Dept Fundamentos Clin, Barcelona, Spain.
    Ek, S.
    Lund Univ, Dept Immunotechnol, Lund, Sweden.
    Emruli, V. K.
    Lund Univ, Dept Immunotechnol, Lund, Sweden.
    Plevova, K.
    Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic;Masaryk Univ, CEITEC Cent European Inst Technol, Ctr Mol Med, Brno, Czech Republic.
    Ntoufa, S.
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Davis, Z.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Mol Pathol, Bournemouth, Dorset, England.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Göransson, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Isaksson, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Smedby, K. E.
    Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Dept Med, Stockholm, Sweden.
    Gaidano, G.
    Univ Piemonte Orientale, Dept Translat Med, Div Hematol, Novara, Italy.
    Langerak, A. W.
    Univ Med Ctr, Erasmus MC, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands.
    Davi, F.
    Pitie Salpetriere, Paris, France;Univ Paris 06, Paris, France.
    Rossi, D.
    Oncol Inst Southern Switzerland, Hematol Dept, Bellinzona, Switzerland.
    Oscier, D.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Mol Pathol, Bournemouth, Dorset, England.
    Pospisilova, S.
    Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic;Masaryk Univ, CEITEC Cent European Inst Technol, Ctr Mol Med, Brno, Czech Republic.
    Ghia, P.
    Univ Vita Salute San Raffaele, Div Expt Oncol, Milan, Italy;IRCCS San Raffaele Sci Inst, Milan, Italy.
    Campo, E.
    IDIBAPS, Barcelona, Spain;Univ Barcelona, Dept Fundamentos Clin, Barcelona, Spain.
    Stamatopoulos, K.
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.
    Martin-Subero, J. -I
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    DNA METHYLATION PROFILING IN CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA PATIENTS CARRYING STEREOTYPED B-CELL RECEPTORS: A DIFFERENT CELLULAR ORIGIN FOR SUBSET #2?2017Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 102, nr Suppl. 2, s. 68-68, artikkel-id P244Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 13.
    Cahill, Nicola
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Jansson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Murray, Fiona
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Ryan, Fergus
    Ekström-Smedby, Karin
    Geisler, Christian
    Juliusson, Gunnar
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    IGHV3-21 Gene Frequency in a Swedish Cohort of Patients With Newly Diagnosed Chronic Lymphocytic Leukemia2012Inngår i: Clinical Lymphoma, Myeloma & Leukemia, ISSN 2152-2650, E-ISSN 2152-2669, Vol. 12, nr 3, s. 201-206Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The IGHV3-21 gene has been shown to be overrepresented in Scandinavian patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL). By investigating a population-based cohort of 337 Swedish patients with CLL, a lower (6.5%) IGHV3-21 frequency was determined relative to our previous hospital-based studies (10.1%-12.7%), yet this frequency remained higher compared to other Western CLL cohorts (2.6%-4.1%). Furthermore, we confirmed the poor outcome for patients with IGHV3-21 to be independent of mutational and stereotypy status. Background: Scandinavian patients with CLL have shown an overrepresentation of the poor-prognostic IGHV3-21 gene. Furthermore, approximately 50% of patients with IGHV3-21 carry stereotyped B-cell receptors, which implicate antigen selection in leukemogenesis. These patients have also been reported to have shorter time to progression than patients with nonstereotyped IGHV3-21. Materials and Methods: To investigate the IGHV3-21 frequency and the clinical impact of IGHV3-21 stereotypy, 337 newly diagnosed Swedish CLL patients from a population-based cohort were analyzed. Results: Interestingly, the IGHV3-21 frequency was indeed lower (6.5%) in this indolent patient cohort than in our previous hospital-based cohort studies (10.1%-12.7%). Hence, a selection bias of more-aggressive cases rendered a higher proportion of IGHV3-21 cases in our original studies. Nevertheless, the Swedish IGHV3-21 frequency still remained higher when compared with other larger European or American studies (2.6%-4.1%). Finally, we confirmed the poor outcome for IGHV3-21 patients to be independent of mutational status and found stereotypy to have no impact on survival or time to treatment. Conclusion: The Swedish geographic bias in IGHV3-21 gene frequency was validated albeit at a lower frequency than previously reported. Moreover, no prognostic value could be attributed to IGHV3-21 stereotype status.

  • 14.
    Cortese, Diego
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sutton, Lesley Ann
    Cahill, Nicola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Smedby, K E
    Geisler, C
    Gunnarsson, R
    Juliusson, G
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    On the way towards a 'CLL prognostic index': focus on TP53, BIRC3, SF3B1, NOTCH1 and MYD88 in a population-based cohort.2014Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 28, nr 3, s. 710-713Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 15. Deneberg, Stefan
    et al.
    Kanduri, Meena
    Ali, Dina
    Bengtzen, Sofia
    Karimi, Mohsen
    Qu, Ying
    Kimby, Eva
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Lennartsson, Andreas
    Lehmann, Soren
    microRNA-34b/c on chromosome 11q23 is aberrantly methylated in chronic lymphocytic leukemia2014Inngår i: Epigenetics, ISSN 1559-2294, E-ISSN 1559-2308, Vol. 9, nr 6, s. 910-917Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    A commonly deleted region in chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the 11q22-23 region, which encompasses the ATM gene. Evidence suggests that tumor suppressor genes other than ATM are likely to be involved in CLL with del(11q). A microRNA (miR) cluster including the miR-34b and miR-34c genes is located, among other genes, within the commonly deleted region (CDR) at 11q. Interestingly, these miRs are part of the TP53 network and have been shown to be epigenetically regulated. In this study, we investigated the expression and methylation status of these miRs in a well-characterized cohort of CLL, including cases with/without 11q-deletion. We show that the miR-34b/c promoter was aberrantly hypermethylated in a large proportion of CLL cases (48%, 25/52 cases). miR-34b/c expression correlated inversely to DNA methylation (P = 0.003), and presence of high H3K37me3 further suppressed expression regardless of methylation status. Furthermore, increased miR-34b/c methylation inversely correlated with the presence of 11q-deletion, indicating that methylation and del(11q) independently silence these miRs. Finally, 5-azacytidine and trichostatin A exposure synergistically increased the expression of miR-34b/c in CLL cells, and transfection of miR-34b or miR-34c into HG3 CLL cells significantly increased apoptosis. Altogether, our novel data suggest that miR-34b/c is a candidate tumor suppressor that is epigenetically silenced in CLL.

  • 16.
    Gunnarsson, Rebeqa
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Exploring the Genetic Landscape in Chronic Lymphocytic Leukemia Using High-Resolution Technologies2013Inngår i: Leukemia and Lymphoma, ISSN 1042-8194, E-ISSN 1029-2403, Vol. 54, nr 8, s. 1583-1590Artikkel, forskningsoversikt (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    During recent years, microarray-based technologies and next-generation sequencing (NGS) has have been applied in chronic lymphocytic leukemia (CLL) in order to identify novel genomic aberrations that may contribute to the pathogenesis of the disease. Even though high-resolution microarray studies have confirmed the importance of the known recurrent aberrations, i.e. del(11q), trisomy 12, del(13q) and del(17p), and have more precisely delineated the genomic borders of these aberrations, only a few novel aberrations, found at a low frequency, have been detected with these techniques. Contrary to this, the application of NGS technology of the coding genome (exome sequencing) or the entire genome (whole-genome sequencing) has unveiled a number of novel recurrent mutations in e.g. the NOTCH1, SF3B1 and BIRC3 genes. Importantly, mutations in these latter genes were reported to be associated with particularly poor outcome, similar to TP53 aberrations, and may play key roles in tumor development, treatment resistance and prognosis. In this review, we will not only summarize the latest achievements using array-based or NGS technologies, but also point to new directions for research aiming to unravel the complex genetic 'map' in CLL and its prognostic subsets.

  • 17. Gunnarsson, Rebeqa
    et al.
    Staaf, Johan
    Jansson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Ottesen, Anne Marie
    Göransson, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Liljedahl, Ulrika
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Ralfkiær, Ulrik
    Mansouri, Mahmoud
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Buhl, Anne Mette
    Smedby, Karin Ekström
    Hjalgrim, Henrik
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Borg, Ake
    Isaksson, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Jurlander, Jesper
    Juliusson, Gunnar
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi.
    Screening for copy-number alterations and loss of heterozygosity in chronic lymphocytic leukemia-A comparative study of four differently designed, high resolution microarray platforms2008Inngår i: Genes, Chromosomes and Cancer, ISSN 1045-2257, E-ISSN 1098-2264, Vol. 47, nr 8, s. 697-711Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Screening for gene copy-number alterations (CNAs) has improved by applying genome-wide microarrays, where SNP arrays also allow analysis of loss of heterozygozity (LOH). We here analyzed 10 chronic lymphocytic leukemia (CLL) samples using four different high-resolution platforms: BAC arrays (32K), oligonucleotide arrays (185K, Agilent), and two SNP arrays (250K, Affymetrix and 317K, Illumina). Cross-platform comparison revealed 29 concordantly detected CNAs, including known recurrent alterations, which confirmed that all platforms are powerful tools when screening for large aberrations. However, detection of 32 additional regions present in 2-3 platforms illustrated a discrepancy in detection of small CNAs, which often involved reported copy-number variations. LOH analysis using dChip revealed concordance of mainly large regions, but showed numerous, small nonoverlapping regions and LOH escaping detection. Evaluation of baseline variation and copy-number ratio response showed the best performance for the Agilent platform and confirmed the robustness of BAC arrays. Accordingly, these platforms demonstrated a higher degree of platform-specific CNAs. The SNP arrays displayed higher technical variation, although this was compensated by high density of elements. Affymetrix detected a higher degree of CNAs compared to Illumina, while the latter showed a lower noise level and higher detection rate in the LOH analysis. Large-scale studies of genomic aberrations are now feasible, but new tools for LOH analysis are requested.

  • 18.
    Halldorsdottir, Anna Margret
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Kanduri, Meena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Marincevic, Millaray
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Isaksson, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Göransson, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Axelsson, Tomas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Agarwal, Prasoon
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Jernberg-Wiklund, Helena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Stamatopoulos, Kostas
    Sander, Birgitta
    Ehrencrona, Hans
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Mantle cell lymphoma displays a homogenous methylation profile: A comparative analysis with chronic lymphocytic leukemia2012Inngår i: American Journal of Hematology, ISSN 0361-8609, E-ISSN 1096-8652, Vol. 87, nr 4, s. 361-367Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Mantle cell lymphoma (MCL) and chronic lymphocytic leukemia (CLL) are mature CD5(+) B-cell malignancies with different biological/clinical characteristics. We recently reported an association between different prognostic subgroups of CLL (i.e., IGHV mutated and unmutated) and genomic methylation pattern. However, the relationship between DNA methylation and prognostic markers, such as the proliferation gene expression signature, has not been investigated in MCL. We applied high-resolution methylation microarrays (27,578 CpG sites) to assess the global DNA methylation profiles in 20 MCL (10 each with high/low proliferation signature) and 30 CLL (15 poor-prognostic IGHV unmutated subset #1 and 15 good-prognostic IGHV mutated subset #4) samples. Notably, MCL and each CLL subset displayed distinct genomic methylation profiles. After unsupervised hierarchical clustering, 17/20 MCL cases formed a cluster separate from CLL, while CLL subsets #1 and #4 formed subclusters. Surprisingly, few differentially methylated genes (n = 6) were identified between high vs. low proliferation MCL. In contrast, distinct methylation profiles were demonstrated for MCL and CLL. Importantly, certain functional classes of genes were preferentially methylated in either disease. For instance, developmental genes, in particular homeobox transcription factor genes (e.g., HLXB9, HOXA13), were more highly methylated in MCL, whereas apoptosis-related genes were enriched among targets methylated in CLL (e.g., CYFIP2, NR4A1). Results were validated using pyrosequencing, RQ-PCR and reexpression of specific genes. In summary, the methylation profile of MCL was homogeneous and no correlation with the proliferation signature was observed. Compared to CLL, however, marked differences were discovered such as the preferential methylation of homeobox genes in MCL.

  • 19.
    Halldórsdóttir, Anna Margret
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Lundin, A
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Murray, Fiona
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Knuutila, S
    Sundström, Christer
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Laurell, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för onkologi.
    Ehrencrona, H
    Sander, B
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Impact of TP53 mutation and 17p deletion in mantle cell lymphoma2011Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 20.
    Kaderi, Mohd Arifin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Kanduri, Meena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Buhl, Anne Mette
    Department of Hematology, Leukemia Laboratory, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark.
    Sevov, Marie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Cahill, Nicola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Department of Laboratory Medicine, Stem Cell Center, Hematology and Transplantation, Lund University, Lund, Sweden.
    Jansson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Ekström Smedby, Karin
    Department of Medicine, Clinical Epidemiology Unit, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden.
    Hjalgrim, Hendrik
    Department of Epidemiology Research, Statens Serum Institut, Copenhagen, Denmark.
    Juliusson, Gunnar
    Department of Laboratory Medicine, Stem Cell Center, Hematology and Transplantation, Lund University, Lund, Sweden.
    Jurlander, Jesper
    Department of Hematology, Leukemia Laboratory, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    LPL is the strongest prognostic factor in a comparative analysis of RNA-based markers in early chronic lymphocytic leukemia2011Inngår i: Haematologica (online), ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 96, nr 8, s. 1153-1160Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    BACKGROUND:

    The expression levels of LPL, ZAP70, TCL1A, CLLU1 and MCL1 have recently been proposed as prognostic factors in chronic lymphocytic leukemia. However, few studies have systematically compared these different RNA-based markers.

    DESIGN AND METHODS:

    Using real-time quantitative PCR, we measured the mRNA expression levels of these genes in unsorted samples from 252 newly diagnosed chronic lymphocytic leukemia patients and correlated our data with established prognostic markers (for example Binet stage, CD38, IGHV gene mutational status and genomic aberrations) and clinical outcome.

    RESULTS:

    High expression levels of all RNA-based markers, except MCL1, predicted shorter overall survival and time to treatment, with LPL being the most significant. In multivariate analysis including the RNA-based markers, LPL expression was the only independent prognostic marker for overall survival and time to treatment. When studying LPL expression and the established markers, LPL expression retained its independent prognostic strength for overall survival. All of the RNA-based markers, albeit with varying ability, added prognostic information to established markers, with LPL expression giving the most significant results. Notably, high LPL expression predicted a worse outcome in good-prognosis subgroups, such as patients with mutated IGHV genes, Binet stage A, CD38 negativity or favorable cytogenetics. In particular, the combination of LPL expression and CD38 could further stratify Binet stage A patients.

    CONCLUSIONS:

    LPL expression is the strongest RNA-based prognostic marker in chronic lymphocytic leukemia that could potentially be applied to predict outcome in the clinical setting, particularly in the large group of patients with favorable prognosis.

  • 21. Kanduri, Meena
    et al.
    Marincevic, Millaray
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Halldórsdóttir, Anna M
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Juvenik, Katarina
    Ntoufa, Stavroula
    Kultima, Hanna Göransson
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Isaksson, Anders
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin.
    Juliusson, Gunnar
    Andersson, Per-Ola
    Ehrencrona, Hans
    Stamatopoulos, Kostas
    Rosenquist Brandell, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Distinct transcriptional control in major immunogenetic subsets of chronic lymphocytic leukemia exhibiting subset-biased global DNA methylation profiles2012Inngår i: Epigenetics : official journal of the DNA Methylation Society, ISSN 1559-2308, Vol. 7, nr 12, s. 1435-1442Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Chronic lymphocytic leukemia (CLL) can be divided into prognostic subgroups based on the IGHV gene mutational status, and is further characterized by multiple subsets of cases with quasi-identical or stereotyped B cell receptors that also share clinical and biological features. We recently reported differential DNA methylation profiles in IGHV-mutated and IGHV-unmutated CLL subgroups. For the first time, we here explore the global methylation profiles of stereotyped subsets with different prognosis, by applying high-resolution methylation arrays on CLL samples from three major stereotyped subsets: the poor-prognostic subsets #1 (n = 15) and #2 (n = 9) and the favorable-prognostic subset #4 (n = 15). Overall, the three subsets exhibited significantly different methylation profiles, which only partially overlapped with those observed in our previous study according to IGHV gene mutational status. Specifically, gene ontology analysis of the differentially methylated genes revealed a clear enrichment of genes involved in immune response, such as B cell activation (e.g., CD80, CD86 and IL10), with higher methylation levels in subset #1 than subsets #2 and #4. Accordingly, higher expression of the co-stimulatory molecules CD80 and CD86 was demonstrated in subset #4 vs. subset #1, pointing to a key role for these molecules in the crosstalk of CLL subset #4 cells with the microenvironment. In summary, investigation of three prototypic, stereotyped CLL subsets revealed distinct DNA methylation profiles for each subset, which suggests subset-biased patterns of transcriptional control and highlights a key role for epigenetics during leukemogenesis.

  • 22.
    Kopparapu, Pradeep Kumar
    et al.
    Gothenburg Univ, Sahlgrenska Acad, Inst Biomed, Dept Clin Chem & Transfus Med, S-41124 Gothenburg, Sweden..
    Bhoi, Sujata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Arabanian, Laleh S.
    Gothenburg Univ, Sahlgrenska Acad, Inst Biomed, Dept Clin Chem & Transfus Med, S-41124 Gothenburg, Sweden..
    Plevova, Karla
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, CS-60177 Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Pospisilova, Sarka
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, CS-60177 Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Brno, Czech Republic..
    Wasik, Agata M.
    Karolinska Univ Hosp, Div Pathol, Dept Lab Med, Solna, Sweden..
    Croci, Giorgio Alberto
    Univ Pavia, Dept Mol Med, I-27100 Pavia, Italy..
    Sander, Birgitta
    Karolinska Univ Hosp, Div Pathol, Dept Lab Med, Solna, Sweden..
    Paulli, Marco
    Univ Pavia, Dept Mol Med, I-27100 Pavia, Italy..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala Univ, Sci Life Lab, Dept Immunol Genet & Pathol, Uppsala, Sweden..
    Kanduri, Meena
    Gothenburg Univ, Sahlgrenska Acad, Inst Biomed, Dept Clin Chem & Transfus Med, S-41124 Gothenburg, Sweden..
    Epigenetic silencing of miR-26A1 in chronic lymphocytic leukemia and mantle cell lymphoma: Impact on EZH2 expression2016Inngår i: Epigenetics, ISSN 1559-2294, E-ISSN 1559-2308, Vol. 11, nr 5, s. 335-343Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Downregulation of miR26A1 has been reported in various B-cell malignancies; however, the mechanism behind its deregulation remains largely unknown. We investigated miR26A1 methylation and expression levels in a well-characterized series of chronic lymphocytic leukemia (CLL) and mantle cell lymphoma (MCL). From 450K methylation arrays, we first observed miR26A1 (cg26054057) as uniformly hypermethylated in MCL (n = 24) (all >75%), while CLL (n = 18) showed differential methylation between prognostic subgroups. Extended analysis using pyrosequencing confirmed our findings and real-time quantitative PCR verified low miR26A1 expression in both CLL (n = 70) and MCL (n = 38) compared to normal B-cells. Notably, the level of miR26A1 methylation predicted outcome in CLL, with higher levels seen in poor-prognostic, IGHV-unmutated CLL. Since EZH2 was recently reported as a target for miR26A1, we analyzed the expression levels of both miR26A1 and EZH2 in primary CLL samples and observed an inverse correlation. By overexpression of miR26A1 in CLL and MCL cell lines, reduced EZH2 protein levels were observed using both Western blot and flow cytometry. In contrast, methyl-inhibitor treatment led to upregulated miR26A1 expression with a parallel decrease of EZH2 expression. Finally, increased levels of apoptosis were observed in miR26A1-overexpressing cell lines, further underscoring the functional relevance of miR26A1. In summary, we propose that epigenetic silencing of miR26A1 is required for the maintenance of increased levels of EZH2, which in turn translate into a worse outcome, as shown in CLL, highlighting miR26A1 as a tumor suppressor miRNA.

  • 23.
    Law, Phillip J.
    et al.
    Inst Canc Res, Div Genet & Epidemiol, London SW7 3RP, England..
    Berndt, Sonja I.
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Speedy, Helen E.
    Inst Canc Res, Div Genet & Epidemiol, London SW7 3RP, England..
    Camp, Nicola J.
    Univ Utah, Sch Med, Dept Internal Med, Huntsman Canc Inst, Salt Lake City, UT 84112 USA..
    Sava, Georgina P.
    Inst Canc Res, Div Genet & Epidemiol, London SW7 3RP, England..
    Skibola, Christine F.
    Univ Alabama Birmingham, Dept Epidemiol, Sch Publ Hlth, Birmingham, AL 35233 USA.;Univ Alabama Birmingham, Ctr Comprehens Canc, Birmingham, AL 35233 USA..
    Holroyd, Amy
    Inst Canc Res, Div Genet & Epidemiol, London SW7 3RP, England..
    Joseph, Vijai
    Mem Sloan Kettering Canc Ctr, Dept Med, New York, NY 10065 USA..
    Sunter, Nicola J.
    Newcastle Univ, Northern Inst Canc Res, Newcastle Upon Tyne NE2 4HH, Tyne & Wear, England..
    Nieters, Alexandra
    Univ Med Ctr Freiburg, Ctr Chron Immunodeficiency, D-79108 Freiburg, Baden Wurttembe, Germany..
    Bea, Silvia
    Hosp Clin Barcelona, Inst Invest Biomed August Pi ISunyer IDIBAPS, Barcelona 08036, Spain..
    Monnereau, Alain
    Inserm U1219 EPICENE, Inst Bergonie, Registre Hemopathies Malignes Gironde, F-33076 Bordeaux, France.;Ctr Res Epidemiol & Stat Sorbonne Paris Cite CRES, INSERM, Epidemiol Childhood & Adolescent Canc Grp, F-94807 Paris, France.;Univ Paris 05, F-75270 Paris, France..
    Martin-Garcia, David
    Hosp Clin Barcelona, Inst Invest Biomed August Pi ISunyer IDIBAPS, Barcelona 08036, Spain..
    Goldin, Lynn R.
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Clot, Guillem
    Hosp Clin Barcelona, Inst Invest Biomed August Pi ISunyer IDIBAPS, Barcelona 08036, Spain..
    Teras, Lauren R.
    Amer Canc Soc, Epidemiol Res Program, Atlanta, GA 30303 USA..
    Quintela, Ines
    Univ Santiago de Compostela, Grp Med Xenom, Ctr Nacl Genotipado CeGen ISCIII PRB2, CIBERER, Santiago De Compostela 15782, Spain..
    Birmann, Brenda M.
    Brigham & Womens Hosp, Dept Med, Channing Div Network Med, 75 Francis St, Boston, MA 02115 USA.;Harvard Med Sch, Boston, MA 02115 USA..
    Jayne, Sandrine
    Univ Leicester, Ernest & Helen Scott Haematol Res Inst, Leicester LE2 7LX, Leics, England..
    Cozen, Wendy
    Univ Southern Calif, USC Keck Sch Med, Dept Prevent Med, Los Angeles, CA 90033 USA.;Univ Southern Calif, USC Keck Sch Med, Norris Comprehens Canc Ctr, Los Angeles, CA 90033 USA..
    Majid, Aneela
    Univ Leicester, Ernest & Helen Scott Haematol Res Inst, Leicester LE2 7LX, Leics, England..
    Smedby, Karin E.
    Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Dept Med Solna, Hematol Ctr,Karolinsak Univ Hosp, S-17176 Stockholm, Sweden..
    Lan, Qing
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Dearden, Claire
    Royal Marsden NHS Fdn Trust, Sutton SM2 5PT, Surrey, England..
    Brooks-Wilson, Angela R.
    BC Canc Agcy, Genome Sci Ctr, Vancouver, BC V5Z 1L3, Canada.;Simon Fraser Univ, Dept Biomed Physiol & Kinesiol, Burnaby, BC V5A 1S6, Canada..
    Hall, Andrew G.
    Newcastle Univ, Northern Inst Canc Res, Newcastle Upon Tyne NE2 4HH, Tyne & Wear, England..
    Purdue, Mark P.
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Mainou-Fowler, Tryfonia
    Newcastle Univ, Sch Med, Haematol Sci, Newcastle Upon Tyne NE2 4HH, Tyne & Wear, England..
    Vajdic, Claire M.
    Univ New South Wales, Ctr Big Data Res Hlth, Sydney, NSW 2052, Australia..
    Jackson, Graham H.
    Royal Victoria Infirm, Dept Haematol, Newcastle Upon Tyne NE1 4LP, Tyne & Wear, England..
    Cocco, Pierluigi
    Univ Cagliari Monserrato, Dept Publ Hlth Clin & Mol Med, I-09042 Cagliari, Italy..
    Marr, Helen
    Newcastle Univ, Northern Inst Canc Res, Newcastle Upon Tyne NE2 4HH, Tyne & Wear, England..
    Zhang, Yawei
    Yale Sch Publ Hlth, Dept Environm Hlth Sci, New Haven, CT 06520 USA..
    Zheng, Tongzhang
    Yale Sch Publ Hlth, Dept Environm Hlth Sci, New Haven, CT 06520 USA..
    Giles, Graham G.
    Canc Council Victoria, Canc Epidemiol Ctr, Melbourne, Vic 3004, Australia.;Univ Melbourne, Melbourne Sch Populat & Global Hlth, Ctr Epidemiol & Biostat, Melbourne, Vic 3010, Australia..
    Lawrence, Charles
    Westat Corp, Rockville, MD 20850 USA..
    Call, Timothy G.
    Mayo Clin, Div Hematol, Rochester, MN 55905 USA..
    Liebow, Mark
    Mayo Clin, Dept Med, Rochester, MN 55905 USA..
    Melbye, Mads
    Statens Serum Inst, Div Hlth Surveillance & Res, Dept Epidemiol Res, DK-2300 Copenhagen, Denmark.;Stanford Univ, Dept Med, Sch Med, Stanford, CA 94305 USA..
    Glimelius, Bengt
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Glenn, Martha
    Univ Utah, Sch Med, Dept Internal Med, Huntsman Canc Inst, Salt Lake City, UT 84112 USA..
    Curtin, Karen
    Univ Utah, Sch Med, Dept Internal Med, Huntsman Canc Inst, Salt Lake City, UT 84112 USA..
    Diver, W. Ryan
    Amer Canc Soc, Epidemiol Res Program, Atlanta, GA 30303 USA..
    Link, Brian K.
    Univ Iowa, Dept Internal Med, Carver Coll Med, Iowa City, IA 52242 USA..
    Conde, Lucia
    Univ Alabama Birmingham, Dept Epidemiol, Sch Publ Hlth, Birmingham, AL 35233 USA.;Univ Alabama Birmingham, Ctr Comprehens Canc, Birmingham, AL 35233 USA..
    Bracci, Paige M.
    Univ Calif San Francisco, Dept Epidemiol & Biostat, San Francisco, CA 94118 USA..
    Holly, Elizabeth A.
    Univ Calif San Francisco, Dept Epidemiol & Biostat, San Francisco, CA 94118 USA..
    Jackson, Rebecca D.
    Ohio State Univ, Div Endocrinol Diabet & Metab, Columbus, OH 43210 USA..
    Tinker, Lesley F.
    Fred Hutchinson Canc Res Ctr, Div Publ Hlth Sci, Seattle, WA 98117 USA..
    Benavente, Yolanda
    Catalan Inst Oncol IDIBELL, Canc Epidemiol Res Programme, Barcelona 08908, Spain.;CIBER Epidemiol & Salud Publ CIBERESP, Barcelona 08036, Spain..
    Boffetta, Paolo
    Icahn Sch Med Mt Sinai, Tisch Canc Inst, New York, NY 10029 USA..
    Brennan, Paul
    Int Agcy Res Canc, F-69372 Lyon, France..
    Maynadie, Marc
    Univ Burgundy, Registre Hemopathies Malignes Cote dOr, F-21070 Dijon, France.;Dijon Univ Hosp, F-21070 Dijon, France..
    McKay, James
    Int Agcy Res Canc, F-69372 Lyon, France..
    Albanes, Demetrius
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Weinstein, Stephanie
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Wang, Zhaoming
    St Jude Childrens Res Hosp, Dept Computat Biol, 332 N Lauderdale St, Memphis, TN 38105 USA..
    Caporaso, Neil E.
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Morton, Lindsay M.
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Severson, Richard K.
    Wayne State Univ, Dept Family Med & Publ Hlth Sci, Detroit, MI 48201 USA..
    Riboli, Elio
    Imperial Coll London, Sch Publ Hlth, London W2 1PG, England..
    Vineis, Paolo
    Imperial Coll London, Sch Publ Hlth, MRC PHE Ctr Environm & Hlth, London W2 1PG, England.;Human Genet Fdn, I-10126 Turin, Italy..
    Vermeulen, Roel C. H.
    Univ Utrecht, Inst Risk Assessment Sci, NL-3508 TD Utrecht, Netherlands.;Univ Med Ctr Utrecht, Julius Ctr Hlth Sci & Primary Care, NL-3584 CX Utrecht, Netherlands..
    Southey, Melissa C.
    Univ Melbourne, Dept Pathol, Genet Epidemiol Lab, Melbourne, Vic 3010, Australia..
    Milne, Roger L.
    Canc Council Victoria, Canc Epidemiol Ctr, Melbourne, Vic 3004, Australia.;Univ Melbourne, Melbourne Sch Populat & Global Hlth, Ctr Epidemiol & Biostat, Melbourne, Vic 3010, Australia..
    Clavel, Jacqueline
    Ctr Res Epidemiol & Stat Sorbonne Paris Cite CRES, INSERM, Epidemiol Childhood & Adolescent Canc Grp, F-94807 Paris, France.;Univ Paris 05, F-75270 Paris, France..
    Topka, Sabine
    Mem Sloan Kettering Canc Ctr, Dept Med, New York, NY 10065 USA..
    Spinelli, John J.
    BC Canc Agcy, Canc Control Res, Vancouver, BC V5Z 1L3, Canada.;Univ British Columbia, Sch Populat & Publ Hlth, Vancouver, BC V6T 1Z3, Canada..
    Kraft, Peter
    Harvard TH Chan Sch Publ Hlth, Dept Epidemiol, Boston, MA 02115 USA.;Harvard TH Chan Sch Publ Hlth, Dept Biostat, Boston, MA 02115 USA..
    Ennas, Maria Grazia
    Univ Cagliari, Dept Biomed Sci, I-09042 Cagliari, Italy..
    Summerfield, Geoffrey
    Queen Elizabeth Hosp, Dept Haematol, Gateshead NE9 6SX, England..
    Ferri, Giovanni M.
    Univ Bari, Interdisciplinary Dept Med, I-70124 Bari, Italy..
    Harris, Robert J.
    Univ Liverpool, Dept Mol & Clin Canc Med, Liverpool L69 3BX, Merseyside, England..
    Miligi, Lucia
    Canc Prevent & Res Inst ISPO, Environm & Occupat Epidemiol Unit, I-50139 Florence, Italy..
    Pettitt, Andrew R.
    Univ Liverpool, Dept Mol & Clin Canc Med, Liverpool L69 3BX, Merseyside, England..
    North, Kari E.
    Univ North Carolina Chapel Hill, Dept Epidemiol, Chapel Hill, NC 27599 USA.;Univ North Carolina Chapel Hill, Carolina Ctr Genome Sci, Chapel Hill, NC 27599 USA..
    Allsup, David J.
    Hull & East Yorkshire NHS Trust, Castle Hill Hosp, Queens Ctr Haematol & Oncol, Cottingham HU16 5JQ, England..
    Fraumeni, Joseph F., Jr.
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Bailey, James R.
    Hull & East Yorkshire NHS Trust, Castle Hill Hosp, Queens Ctr Haematol & Oncol, Cottingham HU16 5JQ, England..
    Offit, Kenneth
    Mem Sloan Kettering Canc Ctr, Dept Med, New York, NY 10065 USA..
    Pratt, Guy
    Birmingham Heartlands Hosp, Dept Haematol, Birmingham B9 5SS, W Midlands, England..
    Hjalgrim, Henrik
    Statens Serum Inst, Div Hlth Surveillance & Res, Dept Epidemiol Res, DK-2300 Copenhagen, Denmark..
    Pepper, Chris
    Cardiff Univ, Sch Med, Div Canc & Genet, Cardiff CF14 4XN, S Glam, Wales..
    Chanock, Stephen J.
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Fegan, Chris
    Cardiff & Vale Natl Hlth Serv Trust, Heath Pk, Cardiff CF14 4XW, S Glam, Wales..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    de Sanjose, Silvia
    Icahn Sch Med Mt Sinai, Tisch Canc Inst, New York, NY 10029 USA.;Int Agcy Res Canc, F-69372 Lyon, France..
    Carracedo, Angel
    Univ Santiago de Compostela, Grp Med Xenom, Ctr Nacl Genotipado CeGen ISCIII PRB2, CIBERER, Santiago De Compostela 15782, Spain.;King Abdulaziz Univ, CEGMR, Jeddah 21589, Saudi Arabia..
    Dyer, Martin J. S.
    Univ Leicester, Ernest & Helen Scott Haematol Res Inst, Leicester LE2 7LX, Leics, England..
    Catovsky, Daniel
    Inst Canc Res, Div Mol Pathol, London SW7 3RP, England..
    Campo, Elias
    Hosp Clin Barcelona, Inst Invest Biomed August Pi ISunyer IDIBAPS, Barcelona 08036, Spain.;Univ Barcelona, Unitat Hematol, Hosp Clin, IDIBAPS, E-08036 Barcelona, Spain..
    Cerhan, James R.
    Mayo Clin, Dept Hlth Sci Res, Rochester, MN 55905 USA..
    Allan, James M.
    Newcastle Univ, Northern Inst Canc Res, Newcastle Upon Tyne NE2 4HH, Tyne & Wear, England..
    Rothman, Nathanial
    NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, Bethesda, MD 20892 USA..
    Houlston, Richard
    Inst Canc Res, Div Genet & Epidemiol, London SW7 3RP, England..
    Slager, Susan L.
    Mayo Clin, Dept Hlth Sci Res, Rochester, MN 55905 USA..
    Genome-wide association analysis implicates dysregulation of immunity genes in chronic lymphocytic leukaemia2017Inngår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 8, artikkel-id 14175Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Several chronic lymphocytic leukaemia (CLL) susceptibility loci have been reported; however, much of the heritable risk remains unidentified. Here we perform a meta-analysis of six genome-wide association studies, imputed using a merged reference panel of 1,000 Genomes and UK10K data, totalling 6,200 cases and 17,598 controls after replication. We identify nine risk loci at 1p36.11 (rs34676223, P = 5.04 X 10 (-) (13)), 1q42.13 (rs41271473, P = 1.06 X 10 (-) (10)), 4q24 (rs71597109, P = 1.37 X 10 (-) (10)), 4q35.1 (rs57214277, P = 3.69 X 10 (-) (8)), 6p21.31 (rs3800461, P = 1.97 X 10 (-) (8)), 11q23.2 (rs61904987, P = 2.64 X 10 (-) (11)), 18q21.1 (rs1036935, P = 3.27 X 10 (-) (8)), 19p13.3 (rs7254272, P = 4.67 X 10 (-) (8)) and 22q13.33 (rs140522, P = 2.70 X 10 (-) (9)). These new and established risk loci map to areas of active chromatin and show an over-representation of transcription factor binding for the key determinants of B-cell development and immune response.

  • 24.
    Ljungström, Viktor
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pandzic, Tatjana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Plevova, K.
    Masaryk Univ, Dept Mol Med, CEITEC, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic..
    Sutton, L. A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Stavroyianni, N.
    G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Agathangelidis, A.
    Ist Sci San Raffaele, Div Mol Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Rossi, D.
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Div Hematol, Dept Translat Med, Novara, Italy..
    Höglund, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Hematologi.
    Oscier, D.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England..
    Gaidano, G.
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Div Hematol, Dept Translat Med, Novara, Italy..
    Davi, F.
    Hop Cochin, Hematol Lab, F-75674 Paris, France.;Univ Paris 06, Hop Pitie Salpetriere, Paris, France..
    Pott, C.
    Univ Hosp Schleswig Holstein, Med Dept 2, Kiel, Germany..
    Trentin, L.
    Univ Padua, Sch Med, Dept Med, Hematol & Clin Immunol Branch, Padua, Italy..
    Pospisilova, S.
    Masaryk Univ, Dept Mol Med, CEITEC, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic..
    Ghia, P.
    Ist Sci San Raffaele, Div Mol Oncol, I-20132 Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Dept Oncohematol, I-20132 Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy..
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece.;CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    DISSECTING RESISTANCE MECHANISMS IN CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA USING WHOLE-EXOME SEQUENCING: IMPACT OF RECURRENT RPS15 MUTATIONS ON P53 DYSREGULATION2015Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 100, s. 10-11Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 25.
    Ljungström, Viktor
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pandzic, Tatjana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Plevova, Karla
    Ntoufa, Stavroula
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Clifford, Ruth
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Blakemore, Stuart
    Stavroyianni, Niki
    Agathangelidis, Andreas
    Rossi, Davide
    Höglund, Martin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Hematologi.
    Kotaskova, Jana
    Juliusson, Gunnar
    Belessi, Chrysoula
    Chiorazzi, Nicholas
    Panagiotidis, Panagiotis
    Langerak, Anton W
    Smedby, Karin E
    Oscier, David
    Gaidano, Gianluca
    Schuh, Anna
    Davi, Frederic
    Pott, Christiane
    Strefford, Jonathan C
    Trentin, Livio
    Pospisilova, Sarka
    Ghia, Paolo
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Whole-exome sequencing in relapsing chronic lymphocytic leukemia: clinical impact of recurrent RPS15 mutations2016Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 127, nr 8, s. 1007-1016Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Fludarabine, cyclophosphamide and rituximab (FCR) is first-line treatment for medically fit chronic lymphocytic leukemia (CLL) patients, however despite good response rates many patients eventually relapse. Whilst recent high-throughput studies have identified novel recurrent genetic lesions in adverse-prognostic CLL, the mechanisms leading to relapse after FCR therapy are not completely understood. To gain insight into this issue, we performed whole-exome sequencing of sequential samples from 41 CLL patients who were uniformly treated with FCR but relapsed after a median of 2 years. In addition to mutations with known adverse-prognostic impact (TP53, NOTCH1, ATM, SF3B1, NFKBIE, BIRC3) a large proportion of cases (19.5%) harbored mutations in RPS15, a gene encoding a component of the 40S ribosomal subunit. Extended screening, totaling 1119 patients, supported a role for RPS15 mutations in aggressive CLL, with one-third of RPS15-mutant cases also carrying TP53 aberrations. In most cases selection of dominant, relapse-specific subclones was observed over time. However, RPS15 mutations were clonal prior to treatment and remained stable at relapse. Notably, all RPS15 mutations represented somatic missense variants and resided within a 7 amino-acid evolutionarily conserved region. We confirmed the recently postulated direct interaction between RPS15 and MDM2/MDMX and transient expression of mutant RPS15 revealed defective regulation of endogenous p53 compared to wildtype RPS15. In summary, we provide novel insights into the heterogeneous genetic landscape of CLL relapsing after FCR treatment and highlight a novel mechanism underlying clinical aggressiveness involving a mutated ribosomal protein, potentially representing an early genetic lesion in CLL pathobiology.

  • 26. Malcikova, Jitka
    et al.
    Stalika, Evangelia
    Davis, Zadie
    Plevova, Karla
    Trbusek, Martin
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Scarfo, Lydia
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Gardiner, Anne
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Francova, Hana Skuhrova
    Agathangelidis, Andreas
    Anagnostopoulos, Achilles
    Tracy, Ian
    Makris, Antonis
    Smardova, Jana
    Ghia, Paolo
    Belessi, Chrysoula
    Gonzalez, David
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Oscier, David
    Pospisilova, Sarka
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    The frequency of TP53 gene defects differs between chronic lymphocytic leukaemia subgroups harbouring distinct antigen receptors2014Inngår i: British Journal of Haematology, ISSN 0007-1048, E-ISSN 1365-2141, Vol. 166, nr 4, s. 621-625Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 27.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Cahill, Nicola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Smedby, Karin E
    Tjönnfjord, E
    Hjalgrim, H
    Juliusson, Gunnar
    Geisler, C
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    NOTCH1 and SF3B1 mutations can be added to the hierarchical prognostic classification in chronic lymphocytic leukemia.2013Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 27, nr 2, s. 512-514Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 28.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Grabowski, Pawel
    Degerman, Sofie
    Svenson, Ulrika
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Cahill, Nicola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Smedby, Karin Ekstrom
    Geisler, Christian
    Juliusson, Gunnar
    Roos, Goran
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Short telomere length is associated with NOTCH1/SF3B1/TP53 aberrations and poor outcome in newly diagnosed chronic lymphocytic leukemia patients2013Inngår i: American Journal of Hematology, ISSN 0361-8609, E-ISSN 1096-8652, Vol. 88, nr 8, s. 647-651Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Most previous studies on telomere length (TL) in chronic lymphocytic leukemia (CLL) are based on referral cohorts including a high proportion of aggressive cases. Here, the impact of TL was analyzed in a population-based cohort of newly diagnosed CLL (n=265) and in relation to other prognostic markers. Short telomeres were particularly associated with high-risk genetic markers, such as NOTCH1, SF3B1, or TP53 aberrations, and predicted a short time to treatment (TTT) and overall survival (OS) (both P<0.0001). TL was an independent prognostic factor and subdivided patients with otherwise good-prognostic features (e.g., mutated IGHV genes, favorable cytogenetics) into subgroups with different outcome. Furthermore, in follow-up samples (n=119) taken 5-8 years after diagnosis, TL correlated well with TL at diagnosis and remained unaffected by treatment. Altogether, these novel data indicate that short TL already at diagnosis is associated with poor outcome in CLL and that TL can be measured at later stages of the disease. 

  • 29.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Ameur, Adam
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Hooper, Sean D.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Mayrhofer, Markus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Juliusson, Gunnar
    Isaksson, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gyllensten, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Next generation RNA-sequencing in prognostic subsets of chronic lymphocytic leukemia2012Inngår i: American Journal of Hematology, ISSN 0361-8609, E-ISSN 1096-8652, Vol. 87, nr 7, s. 737-740Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Advances in next-generation RNA-sequencing have revealed the complexity of transcriptomes by allowing both coding and noncoding (nc) RNAs to be analyzed. However, limited data exist regarding the whole transcriptional landscape of chronic lymphocytic leukemia (CLL). In this pilot-study, we evaluated RNA-sequencing in CLL by comparing two subsets which carry almost identical or `` stereotyped'' B-cell receptors with distinct clinical outcome, that is the poor-prognostic subset # 1 (n = 4) and the more favorable-prognostic subset # 4 (n = 4). Our analysis revealed that 156 genes (e.g. LPL, WNT9A) and 76 ncRNAs, (e. g. SNORD48, SNORD115) were differentially expressed between the subsets. This technology also enabled us to identify numerous subset-specific splice variants (n = 406), which were predominantly expressed in subset # 1, including a splice-isoform of MSI2 with a novel start exon. A further important application of RNA-sequencing was for mutation detection and revealed 16-30 missense mutations per sample; notably many of these changes were found in genes with a strong potential for involvement in CLL pathogenesis, e. g., ATM and NOTCH2. This study not only demonstrates the effectiveness of RNA-sequencing for identifying mutations, quantifying gene expression and detecting splicing events, but also highlights the potential such global approaches have to significantly advance our understanding of the molecular mechanisms behind CLL development. 

  • 30.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Noerenberg, Daniel
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mylonas, Elena
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Abdulla, Maysaa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Frick, Mareike
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Asmar, Fazila
    Department of Hematology, Copenhagen University Hospital, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Schneider, Markus
    Institute of Cell Biology (Cancer Research), Faculty of Medicine, University of Duisburg-Essen, Essen, Germany.
    Yoshida, Kenichi
    Department of Pathology and Tumor Biology, Graduate School of Medicine, Kyoto University, Kyoto, Japan.
    Skaftason, Aron
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pandzic, Tatjana
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gonzalez, Blanca
    Department of Pathology, Hospital Clinic and Institut d’Investigacions Biomediques August Pi i Sunyer, University of Barcelona, Barcelona, Spain.
    Tasidou, Anna
    Hematopathology Department, Evangelismos Hospital, Athens, Greece.
    Waldhueter, Nils
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Rivas-Delgado, Alfredo
    Hematology Department, Hospital Clinic, University of Barcelona, Barcelona, Spain.
    Angelopoulou, Maria
    Department of Haematology, National and Kapodistrian University of Athens, Laikon General Hospital, Athens, Greece.
    Ziepert, Marita
    Institute for Medical Informatics, Statistics, and Epidemiology, University at Leipzig, Leipzig, Germany.
    Arends, Christopher-Maximilian
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Couronne, Lucile
    Service d’Hematologie Adulte, Assistance Publique–Hopitaux de Paris, Hopital Necker, Paris, France.
    Lenze, Dido
    Institute of Pathology, Charite University Medical Center, Berlin, Germany.
    Claudia, Baldus
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Bastard, Christian
    INSERM U918, Universite de Rouen, Centre Henri Becquerel, Rouen, France.
    Okosun, Jessica
    Centre for Haemato-Oncology, Barts Cancer Institute, Queen Mary University of London, London, United Kingdom.
    Fitzgibbon, Jude
    Centre for Haemato-Oncology, Barts Cancer Institute, Queen Mary University of London, London, United Kingdom.
    Dörken, Bernd
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Drexler, Hans G
    Leibniz-Institute DSMZ–German Collection of Microorganisms and Cell Cultures, Braunschweig, Germany.
    Roos-Weil, Damien
    University Paris-Sud, Orsay, France, INSERM, U1170, Institut Gustave Roussy, Villejuif, France and Equipe Labellisee Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France.
    Schmitt, Clemens A
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany.
    Munch-Petersen, Helga D
    Department of Pathology, Copenhagen University Hospital, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark.
    Zenz, Thorsten
    Departments of Molecular Therapy in Haematology and Oncology and Translational Oncology, National Center for Tumor Diseases, German Cancer Research Center, Heidelberg, Germany, Department of Medicine V, University Hospital Heidelberg, Heidelberg, Germany and German Consortium for Translational Cancer Research, Heidelberg, Germany .
    Hansmann, Martin-Leo
    Dr. Senckenberg Institute of Pathology, Goethe University, Frankfurt am Main, Germany.
    Strefford, Jonathan C
    Academic Unit of Cancer Sciences, Faculty of Medicine, University of Southampton, Southampton, United Kingdom.
    Enblad, Gunilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Bernard, Olivier
    University Paris-Sud, Orsay, France, INSERM, U1170, Institut Gustave Roussy, Villejuif, France and Equipe Labellisee Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France.
    Ralfkiaer, Elisabeth
    Department of Pathology, Copenhagen University Hospital, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark.
    Erlanson, Martin
    Department of Radiation Sciences, Oncology, Umeå University, Umeå, Sweden.
    Korkolopoulou, Penelope
    Department of Pathology, National and Kapodistrian University of Athens, Laikon General Hospital, Athens, Greece.
    Hultdin, Magnus
    Department of Medical Biosciences, Pathology, Umeå University, Umeå Sweden.
    Papadaki, Theodora
    Hematopathology Department, Evangelismos Hospital, Athens, Greece.
    Grønbæk, Kirsten
    Department of Hematology, Copenhagen University Hospital, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark.
    Lopez-Guillermo, Armando
    Hematology Department, Hospital Clinic, University of Barcelona, Barcelona, Spain.
    Ogawa, Seishi
    Department of Pathology and Tumor Biology, Graduate School of Medicine, Kyoto University, Kyoto, Japan.
    Küppers, Ralf
    Institute of Cell Biology (Cancer Research), Faculty of Medicine, University of Duisburg-Essen, Essen, Germany.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Institute of Applied Biosciences, Center for Research and Technology Hellas, Thessaloniki, Greece.
    Stavroyianni, Niki
    Hematology Department and Hematopoietic Cell Transplantation Unit, G. Papanicolaou Hospital, Thessaloniki, Greece.
    Kanellis, George
    Hematopathology Department, Evangelismos Hospital, Athens, Greece.
    Rosenwald, Andreas
    Institute of Pathology, University of Würzburg, Würzburg, Germany and Comprehensive Cancer Center Mainfranken, Würzburg, Germany.
    Campo, Elias
    Department of Pathology, Hospital Clinic and Institut d’Investigacions Biomediques August Pi i Sunyer, University of Barcelona, Barcelona, Spain.
    Amini, Rose-Marie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Ott, German
    Department of Clinical Pathology, Robert-Bosch-Krankenhaus, Stuttgart, Germany and Dr. Margarete Fischer-Bosch Institute of Clinical Pharmacology, Stuttgart, Germany.
    Vasslakopoulos, Theodoros P
    Department of Haematology, National and Kapodistrian University of Athens, Laikon General Hospital, Athens, Greece.
    Hummel, Michael
    Institute of Pathology, Charite University Medical Center, Berlin, Germany.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Damm, Frederik
    Department of Hematology, Oncology, and Tumor Immunology, Charite, University Medical Center, Berlin, Germany and Berlin Institute of Health, Berlin, Germany.
    Frequent NFKBIE deletions are associated with poor outcome in primary mediastinal B-cell lymphoma2016Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 128, nr 23, s. 2666-2670Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    We recently reported a truncating deletion in the NFKBIE gene, which encodes IκBϵ, a negative feedback regulator of NF-κB, in clinically aggressive chronic lymphocytic leukemia (CLL). Preliminary data indicate enrichment of NFKBIE aberrations in other lymphoid malignancies, hence we screened a large patient cohort (n=1460) diagnosed with different lymphoid neoplasms. While NFKBIE deletions were infrequent in follicular lymphoma, splenic marginal-zone lymphoma, and T-cell acute lymphoblastic leukemia (<2%), slightly higher frequencies were seen in diffuse large B-cell lymphoma, mantle cell lymphoma, and primary CNS lymphoma (3-4%). In contrast, a remarkably high frequency of NFKBIE aberrations (46/203 cases, 22.7%) was observed in primary mediastinal B-cell lymphoma (PMBL) and Hodgkin lymphoma (3/11 cases, 27.3%). NFKBIE-deleted PMBL patients were more often therapy-refractory (P=.022) and displayed inferior outcome compared to wildtype patients (5-year survival: 59% vs. 78%; P=.034); however they appeared to benefit from radiotherapy (P=.022) and rituximab-containing regimens (P=.074). NFKBIEaberrations remained an independent factor in multivariate analysis (P=.003), also when restricting to immunochemotherapy-treated patients (P=.008). Whole-exome sequencing and gene expression-profiling verified the importance of NF-κB deregulation in PMBL. In summary, we identify NFKBIE aberrations as a common genetic event across B-cell malignancies and highlight NFKBIE deletions as a novel poor-prognostic marker in PMBL.

  • 31.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Unraveling the DNA Methylome in Mantle Cell Lymphoma: New Insights into the Cellular Origin2016Inngår i: Cancer Cell, ISSN 1535-6108, E-ISSN 1878-3686, Vol. 30, nr 5, s. 665-667Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Our understanding of the DNA methylome and its impact on cancer evolution and disease progression is rapidly evolving. In this issue of Cancer Cell, Queiros et al. provide a detailed characterization of the DNA methylome in mantle cell lymphoma and reveal novel molecular subtypes, potentially with different cellular origins.

  • 32.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sutton, Lesley Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sörqvist, Elin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Gunnarsson, R
    Smedby, K E
    Juliusson, G
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Feasibility of targeted next-generation sequencing of the TP53 and ATM genes in chronic lymphocytic leukemia.2014Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 28, nr 3, s. 694-696Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 33.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Bondza, Sina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk strålningsvetenskap.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Bhoi, Sujata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Larsson, Jimmy
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Kalushkova, Antonia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Falk-Sörqvist, Elin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Plevova, Karla
    Muggen, Alice
    Yan, Xiao-Jie
    Sander, Birgitta
    Enblad, Gunilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, Karin E.
    Juliusson, Gunnar
    Belessi, Chrysoula
    Chiorazzi, Nicholas
    Strefford, Jonathan C.
    Langerak, Anton W.
    Pospisilova, Sarka
    Davi, Frederic
    Hellström, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Wiklund, Helena Jernberg
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ghia, Paolo
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Recurrent Mutations within the Nfkbie gene: A Novel Mechanism for NF-kappa B Deregulation in Aggressive Chronic Lymphocytic Leukemia2014Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 124, nr 21Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 34.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Bondza, Sina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för biomedicinsk strålningsvetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Bhoi, Sujata
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Larsson, Jimmy
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Kalushkova, Antonia
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Plevova, Karla
    Central European Institute of Technology, Masaryk University & University Hospital Brno, Brno, Czech Republic.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Falk Sörqvist, Elin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lönn, Peter
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Muggen, Alice F.
    Department of Immunology, Erasmus MC, University Medical Center Rotterdam, the Netherlands.
    Yan, Xiao-Jie
    The Karches Center for Chronic Lymphocytic Leukemia Research, The Feinstein Institute for Medical Research, Manhasset, New York, United States of America, .
    Sander, Birgitta
    Department of Laboratory Medicine, Division of Pathology, Karolinska Institutet and Karolinska University Hospital, Stockholm, Sweden.
    Enblad, Gunilla
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, Karin E.
    Department of Medicine, Clinical Epidemiology Unit, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden.
    Juliusson, Gunnar
    Department of Laboratory Medicine, Stem Cell Center, Hematology and Transplantation, Lund University, Lund, Sweden.
    Belessi, Chrysoula
    Hematology Department, General Hospital of Nikea, Piraeus, Greece.
    Rung, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Chiorazzi, Nicholas
    The Karches Center for Chronic Lymphocytic Leukemia Research, The Feinstein Institute for Medical Research, Manhasset, New York, United States of America.
    Strefford, Jonathan C.
    Cancer Sciences, Faculty of Medicine, University of Southampton, Southampton, UK.
    Langerak, Anton W.
    Department of Immunology, Erasmus MC, University Medical Center Rotterdam, the Netherlands.
    Pospisilova, Sarka
    Central European Institute of Technology, Masaryk University & University Hospital Brno, Brno, Czech Republic.
    Davi, Frederic
    AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Department of Hematology, and Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR_S 1138, Centre de Recherche des Cordeliers, Paris, France.
    Hellström, Mats
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Jernberg Wiklund, Helena
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ghia, Paolo
    Division of Experimental Oncology, Department of Onco-Haematology, IRCCS Istituto Scientifico San Raffaele, Fondazione Centro San Raffaele, Università Vita-Salute San Raffaele, Milan, Italy.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. nstitute of Applied Biosciences, Center for Research and Technology, Thessaloniki, Greece.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Science for Life Laboratory, Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University, Stockholm, Sweden.
    Rosenquist Brandell, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Functional loss of IκBε leads to NF-κB deregulation in aggressive chronic lymphocytic leukemia2015Inngår i: Journal of Experimental Medicine, ISSN 0022-1007, E-ISSN 1540-9538, Vol. 212, nr 6, s. 833-843Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    NF-κB is constitutively activated in chronic lymphocytic leukemia (CLL); however, the implicated molecular mechanisms remain largely unknown. Thus, we performed targeted deep sequencing of 18 core complex genes within the NF-κB pathway in a discovery and validation CLL cohort totaling 315 cases. The most frequently mutated gene was NFKBIE (21/315 cases; 7%), which encodes IκBε, a negative regulator of NF-κB in normal B cells. Strikingly, 13 of these cases carried an identical 4-bp frameshift deletion, resulting in a truncated protein. Screening of an additional 377 CLL cases revealed that NFKBIE aberrations predominated in poor-prognostic patients and were associated with inferior outcome. Minor subclones and/or clonal evolution were also observed, thus potentially linking this recurrent event to disease progression. Compared with wild-type patients, NFKBIE-deleted cases showed reduced IκBε protein levels and decreased p65 inhibition, along with increased phosphorylation and nuclear translocation of p65. Considering the central role of B cell receptor (BcR) signaling in CLL pathobiology, it is notable that IκBε loss was enriched in aggressive cases with distinctive stereotyped BcR, likely contributing to their poor prognosis, and leading to an altered response to BcR inhibitors. Because NFKBIE deletions were observed in several other B cell lymphomas, our findings suggest a novel common mechanism of NF-κB deregulation during lymphomagenesis.

  • 35.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Department of Molecular Medicine and Surgery, Karolinska Institutet, Sweden.
    Wierzbinska, Justyna Anna
    German Canc Res Ctr, Div Epigen & Canc Risk Factors, D-69120 Heidelberg, Germany.
    Plass, Christoph
    German Canc Res Ctr, Div Epigen & Canc Risk Factors, D-69120 Heidelberg, Germany.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, S-17176 Stockholm, Sweden.
    Epigenetic deregulation in chronic lymphocytic leukemia: Clinical and biological impact2018Inngår i: Seminars in Cancer Biology, ISSN 1044-579X, E-ISSN 1096-3650, Vol. 51, s. 1-11Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Deregulated transcriptional control caused by aberrant DNA methylation and/or histone modifications is a hallmark of cancer cells. In chronic lymphocytic leukemia (CLL), the most common adult leukemia, the epigenetic 'landscape' has added a new layer of complexity to our understanding of this clinically and biologically heterogeneous disease. Early studies identified aberrant DNA methylation, often based on single gene promoter analysis with both biological and clinical impact. Subsequent genome-wide profiling studies revealed differential DNA methylation between CLLs and controls and in prognostics subgroups of the disease. From these studies, it became apparent that DNA methylation in regions outside of promoters, such as enhancers, is important for the regulation of coding genes as well as for the regulation of non-coding RNAs. Although DNA methylation profiles are reportedly stable over time and in relation to therapy, a higher epigenetic heterogeneity or 'burden' is seen in more aggressive CLL subgroups, albeit as non-recurrent 'passenger' events. More recently, DNA methylation profiles in CLL analyzed in relation to differentiating normal B-cell populations revealed that the majority of the CLL epigenome reflects the epigenomes present in the cell of origin and that only a small fraction of the epigenetic alterations represents truly CLL-specific changes. Furthermore, CLL patients can be grouped into at least three clinically relevant epigenetic subgroups, potentially originating from different cells at various stages of differentiation and associated with distinct outcomes. In this review, we summarize the current understanding of the DNA methylome in CLL, the role of histone modifying enzymes, highlight insights derived from animal models and attempts made to target epigenetic regulators in CLL along with the future directions of this rapidly advancing field.

  • 36.
    Micke, Patrick
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Edlund, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Holmberg, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Endokrinkirurgi.
    Göransson Kultima, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Ekman, Simon
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för onkologi.
    Bergqvist, Michael
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för onkologi.
    Scheibenflug, Lena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Lamberg, Kristina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Lungmedicin och allergologi.
    Myrdal, Gunnar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kirurgiska vetenskaper, Thoraxkirurgi.
    Berglund, Anders
    Andersson, Annsofie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Lambe, Mats
    Nyberg, Fredrik
    Thomas, Andrew
    Isaksson, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Gene Copy Number Aberrations Are Associated with Survival in Histologic Subgroups of Non-small Cell Lung Cancer2011Inngår i: Journal of Thoracic Oncology, ISSN 1556-0864, E-ISSN 1556-1380, Vol. 6, nr 11, s. 1833-1840Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Introduction:

    Non-small cell lung cancer (NSCLC) is characterized by a multitude of genetic aberrations with unknown clinical impact. In this study, we aimed to identify gene copy number changes that correlate with clinical outcome in NSCLC. To maximize the chance to identify clinically relevant events, we applied a strategy involving two prognostically extreme patient groups.

    Methods:

    Short-term (<20 month; n = 53) and long-term survivors (>58 month; n = 47) were selected from a clinically well-characterized NSCLC patient cohort with available fresh frozen tumor specimens. The samples were analyzed using high-resolution single-nucleotide polymorphism array technology to assess gene copy number variations and array-based gene expression profiling. The molecular data were combined with information on clinical parameters.

    Results:

    Genetic aberrations were strongly associated with tumor histology. In adenocarcinoma (n = 50), gene copy number gains on chromosome 8q21-q24.3 (177 genes) were more frequent in long-term than in short-term survivors. In squamous cell carcinoma (n = 28), gains on chromosome 14q23.1-24.3 (133 genes) were associated with shorter survival, whereas losses in a neighboring region, 14q31.1-32.33 (110 genes), correlated with favorable outcome. In accordance with copy number gains and losses, messenger RNA expression levels of corresponding genes were increased or decreased, respectively.

    Conclusion:

    Comprehensive tumor profiling permits the integration of genomic, histologic, and clinical data. We identified gene copy number gains and losses, with corresponding changes in messenger RNA levels that were associated with prognosis in adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of the lung.

  • 37.
    Navrkalova, Veronika
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic..
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Radova, Lenka
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Plevova, Karla
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic..
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ntoufa, Stavroula
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Davis, Zadie
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Mol Pathol, Bournemouth, Dorset, England..
    Juliusson, Gunnar
    Lund Univ, Dept Lab Med, Stem Cell Ctr, Hematol & Transplantat, Lund, Sweden..
    Smedby, Karin E.
    Karolinska Inst, Dept Med, Clin Epidemiol Unit, Stockholm, Sweden..
    Belessi, Chrysoula
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Panagiotidis, Panagiotis
    Univ Athens, Dept Propaedeut Med 1, Athens, Greece..
    Davi, Frederic
    Hop La Pitie Salpetriere, Dept Biol Hematol, Paris, France.;Univ Paris 06, Paris, France..
    Langerak, Anton W.
    Erasmus Univ, Dept Immunol, Med Ctr, NL-3000 DR Rotterdam, Netherlands..
    Ghia, Paolo
    IRCCS San Raffaele Sci Inst, Div Expt Oncol, Milan, Italy.;IRCCS San Raffaele Sci Inst, Dept Oncohematol, Milan, Italy..
    Strefford, Jonathan C.
    Univ Southampton, Canc Sci Unit, Southampton, Hants, England..
    Oscier, David G.
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Mol Pathol, Bournemouth, Dorset, England..
    Stamatopoulos, Kostas
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Pospisilova, Sarka
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Trbusek, Martin
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic.;Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic..
    ATM Mutations in Major Stereotyped CLL Subsets: Enrichment in Subset #2 is Associated with Unfavourable Outcome2015Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 126, nr 23Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 38.
    Navrkalova, Veronika
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, CEITEC Cent European Inst Technol, Dept Mol Med, Brno, Czech Republic..
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Radova, Lenka
    Masaryk Univ, CEITEC Cent European Inst Technol, Dept Mol Med, Brno, Czech Republic..
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Plevova, Karla
    Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, CEITEC Cent European Inst Technol, Dept Mol Med, Brno, Czech Republic..
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ntoufa, Stavroula
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Davis, Zadie
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Mol Pathol, Bournemouth, Dorset, England..
    Juliusson, Gunnar
    Lund Univ, Stem Cell Ctr, Hematol & Transplantat, Dept Lab Med, Lund, Sweden..
    Smedby, Karin E.
    Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Dept Med Solna, Stockholm, Sweden..
    Belessi, Chrysoula
    Gen Hosp Nikea, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Panagiotidis, Panagiotis
    Univ Athens, Sch Med, Dept Propaedeut Med 1, Athens, Greece..
    Touloumenidou, Tasoula
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, Dept Hematol, Thessaloniki, Greece.;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece..
    Davi, Frederic
    Hosp Pitie Salpetriere, Hematol Lab, Paris, France.;Univ Paris 06, Paris, France..
    Langerak, Anton W.
    Univ Med Ctr Rotterdam, Erasmus MC, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Ghia, Paolo
    IRCCS San Raffaele Sci Inst, Div Expt Oncol, Milan, Italy.;IRCCS San Raffaele Sci Inst, Dept Oncohematol, Milan, Italy..
    Strefford, Jonathan C.
    Univ Southampton, Fac Med, Canc Sci, Southampton, Hants, England..
    Oscier, David
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Mol Pathol, Bournemouth, Dorset, England..
    Mayer, Jiri
    Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic..
    Stamatopoulos, Kostas
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Pospisilova, Sarka
    Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, CEITEC Cent European Inst Technol, Dept Mol Med, Brno, Czech Republic..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Trbusek, Martin
    Univ Hosp Brno, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic.;Masaryk Univ, Fac Med, Brno, Czech Republic..
    ATM mutations in major stereotyped subsets of chronic lymphocytic leukemia: enrichment in subset #2 is associated with markedly short telomeres2016Inngår i: Haematologica, ISSN 0390-6078, E-ISSN 1592-8721, Vol. 101, nr 9, artikkel-id e372Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 39.
    Noerenberg, Daniel
    et al.
    Univ Hosp Rudolf Virchow, Charite, Dept Hematol Oncol & Tumor Immunol, Berlin, Germany..
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Plevova, Karla
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Blakemore, Stuart
    Univ Southampton, Fac Med, Canc Sci, Southampton SO9 5NH, Hants, England..
    Rossi, Davide
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Dept Translat Med, Div Hematol, Novara, Italy..
    Clifford, Ruth
    Univ Oxford, Mol Diagnost Ctr, Hlth Res Biomed Res Ctr, Oxford Natl Inst, Oxford, England..
    Navrkalova, Veronika
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, Karin E.
    Karolinska Inst, Clin Epidemiol Unit, Dept Med, Stockholm, Sweden..
    Juliusson, Gunnar
    Lund Univ, Stem Cell Ctr, Hematol & Transplantat, Lund, Sweden..
    Belessi, Chrysoula
    Nikea Gen Hosp, Dept Hematol, Piraeus, Greece..
    Panagiotidis, Panagiotis
    Univ Athens, Sch Med, Dept Propaedeut Med 1, GR-11527 Athens, Greece..
    Chiorazzi, Nicholas
    North Shore LIJ Hlth Syst, Feinstein Inst Med Res, Manhasset, NY USA..
    Davi, Frederic
    Hop La Pitie Salpetriere, Hematol Lab, Paris, France.;Univ Paris 06, Paris, France..
    Langerak, Anton W.
    Erasmus MC, Dept Immunol, Rotterdam, Netherlands..
    Schuh, Anna
    Univ Oxford, Mol Diagnost Ctr, Hlth Res Biomed Res Ctr, Oxford Natl Inst, Oxford, England..
    Gaidano, Gianluca
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmont, Dept Translat Med, Div Hematol, Novara, Italy..
    Strefford, Jonathan C.
    Univ Southampton, Canc Sci Unit, Southampton, Hants, England..
    Ghia, Paolo
    Univ Vita Salute San Raffaele, Div Mol Oncol, Milan, Italy.;Univ Vita Salute San Raffaele, Dept Oncol, Milan, Italy.;Ist Sci San Raffaele, Milan, Italy..
    Stamatopoulos, Kostas
    CERTH, Inst Appl Biosci, Thessaloniki, Greece..
    Pospisilova, Sarka
    Masaryk Univ, Cent European Inst Technol, Brno, Czech Republic..
    Zenz, Thorsten
    Univ Heidelberg Hosp, Dept Internal Med 5, Heidelberg, Germany.;German Consortium Translat Canc Res DKTK, Heidelberg, Germany..
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Damm, Frederik
    Univ Hosp Rudolf Virchow, Charite, Dept Hematol Oncol & Tumor Immunol, Berlin, Germany..
    EGR2 Mutations in Chronic Lymphocytic Leukemia: A New Bad Player2015Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 126, nr 23Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 40.
    Pandzic, Tatjana
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Larsson, Jimmy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi.
    He, Liqun
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Vaskulärbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kundu, Snehangshu
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ban, Kenneth
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. NUS, Yong Loo Lin Sch Med, A STAR, Dept Biochem,Inst Mol & Cell Biol, Singapore, Singapore..
    Ali, Muhammad Akhtar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hellström, Anders R.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Schuh, Anna
    Univ Oxford, Radcliffe Dept Med, Oxford, England..
    Clifford, Ruth
    Univ Oxford, Radcliffe Dept Med, Oxford, England..
    Blakemore, Stuart J.
    Univ Southampton, Canc Sci, Fac Med, Southampton, Hants, England..
    Strefford, Jonathan C.
    Univ Southampton, Canc Sci, Fac Med, Southampton, Hants, England..
    Baumann, Tycho
    Univ Southampton, Canc Sci, Fac Med, Southampton, Hants, England..
    Lopez-Guillermo, Armando
    Hosp Clin Barcelona, IDIBAPS, Serv Hematol, Barcelona, Spain..
    Campo, Elias
    Univ Barcelona, IDIBAPS, Hosp Clin, Unitat Hematol, Barcelona, Spain..
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sjöblom, Tobias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hellström, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Transposon Mutagenesis Reveals Fludarabine Resistance Mechanisms in Chronic Lymphocytic Leukemia2016Inngår i: Clinical Cancer Research, ISSN 1078-0432, E-ISSN 1557-3265, Vol. 22, nr 24, s. 6217-6227Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Purpose: To identify resistance mechanisms for the chemotherapeutic drug fludarabine in chronic lymphocytic leukemia (CLL), as innate and acquired resistance to fludarabine-based chemotherapy represents a major challenge for long-term disease control. Experimental Design: We used piggyBac transposon-mediated mutagenesis, combined with next-generation sequencing, to identify genes that confer resistance to fludarabine in a human CLL cell line. Results: In total, this screen identified 782 genes with transposon integrations in fludarabine-resistant pools of cells. One of the identified genes is a known resistance mediator DCK (deoxycytidine kinase), which encodes an enzyme that is essential for the phosphorylation of the prodrug to the active metabolite. BMP2K, a gene not previously linked to CLL, was also identified as a modulator of response to fludarabine. In addition, 10 of 782 transposon-targeted genes had previously been implicated in treatment resistance based on somatic mutations seen in patients refractory to fludarabine-based therapy. Functional characterization of these genes supported a significant role for ARID5B and BRAF in fludarabine sensitivity. Finally, pathway analysis of transposon-targeted genes and RNA-seq profiling of fludarabine-resistant cells suggested deregulated MAPK signaling as involved in mediating drug resistance in CLL. Conclusions: To our knowledge, this is the first forward genetic screen for chemotherapy resistance in CLL. The screen pinpointed novel genes and pathways involved in fludarabine resistance along with previously known resistance mechanisms. Transposon screens can therefore aid interpretation of cancer genome sequencing data in the identification of genes modifying sensitivity to chemotherapy.

  • 41.
    Papakonstantinou, Nikos
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Ntoufa, Stavroula
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Tsagiopoulou, Maria
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Moysiadis, Theodoros
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Bhoi, Sujata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Malousi, Andigoni
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece;Aristotle Univ Thessaloniki, Med Sch, Lab Biol Chem, Thessaloniki, Greece.
    Psomopoulos, Fotis
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece;Karolinska Institutet, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Karolinska Institutet, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Laidou, Stamatia
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Papazoglou, Despoina
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Gounari, Maria
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Pasentsis, Konstantinos
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Plevova, Karla
    Univ Hosp Brno, Ctr Mol Biol & Gene Therapy, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic;Masaryk Univ, Med Fac, Brno, Czech Republic.
    Kuci-Emruli, Venera
    Lund Univ, Fac Engn, Dept Immunotechnol, Lund, Sweden.
    Duran-Ferrer, Marti
    Univ Barcelona, Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, Dept Fundamentos Clin, Barcelona, Spain.
    Davis, Zadie
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England.
    Ek, Sara
    Lund Univ, Fac Engn, Dept Immunotechnol, Lund, Sweden.
    Rossi, Davide
    Oncol Inst Southern Switzerland, Hematol, Bellinzona, Switzerland;Inst Oncol Res, Bellinzona, Switzerland.
    Gaidano, Gianluca
    Amedeo Avogadro Univ Eastern Piedmt, Dept Translat Med, Div Hematol, Novara, Italy.
    Ritgen, Matthias
    Univ Hosp Schleswig Holstein, Med Dept 2, Kiel, Germany.
    Oscier, David
    Royal Bournemouth Hosp, Dept Haematol, Bournemouth, Dorset, England.
    Stavroyianni, Niki
    G Papanicolaou Hosp, Hematol Dept, Thessaloniki, Greece;G Papanicolaou Hosp, HCT Unit, Thessaloniki, Greece.
    Pospisilova, Sarka
    Univ Hosp Brno, Ctr Mol Biol & Gene Therapy, Dept Internal Med Hematol & Oncol, Brno, Czech Republic;Masaryk Univ, Med Fac, Brno, Czech Republic.
    Davi, Frederic
    Hematol Dept, Paris, France;Univ Paris 06, Paris, France.
    Ghia, Paolo
    IRCCS San Raffaele Sci Inst, Dept Oncohematol, Div Expt Oncol, Milan, Italy;Univ Vita Salute San Raffaele, Milan, Italy.
    Hadzidimitriou, Anastasia
    Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Belessi, Chrysoula
    Nikea Gen Hosp, Hematol Dept, Athens, Greece.
    Martin-Subero, Jose, I
    Univ Barcelona, Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, Dept Fundamentos Clin, Barcelona, Spain.
    Pott, Christiane
    Univ Hosp Schleswig Holstein, Med Dept 2, Kiel, Germany.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Karolinska Institutet, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Ctr Res & Technol Hellas, Inst Appl Biosci, 6th Km Charilaou Thermi Rd, GR-57001 Thessaloniki, Greece.
    Integrated epigenomic and transcriptomic analysis reveals TP63 as a novel player in clinically aggressive chronic lymphocytic leukemia2019Inngår i: International Journal of Cancer, ISSN 0020-7136, E-ISSN 1097-0215, Vol. 144, nr 11, s. 2695-2706Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Chronic lymphocytic leukemia (CLL) stereotyped subsets #6 and #8 include cases expressing unmutated B cell receptor immunoglobulin (BcR IG) (U-CLL). Subset #6 (IGHV1-69/IGKV3-20) is less aggressive compared to subset #8 (IGHV4-39/IGKV1(D)-39) which has the highest risk for Richter's transformation among all CLL. The underlying reasons for this divergent clinical behavior are not fully elucidated. To gain insight into this issue, here we focused on epigenomic signatures and their links with gene expression, particularly investigating genome-wide DNA methylation profiles in subsets #6 and #8 as well as other U-CLL cases not expressing stereotyped BcR IG. We found that subset #8 showed a distinctive DNA methylation profile compared to all other U-CLL cases, including subset #6. Integrated analysis of DNA methylation and gene expression revealed significant correlation for several genes, particularly highlighting a relevant role for the TP63 gene which was hypomethylated and overexpressed in subset #8. This observation was validated by quantitative PCR, which also revealed TP63 mRNA overexpression in additional nonsubset U-CLL cases. BcR stimulation had distinct effects on p63 protein expression, particularly leading to induction in subset #8, accompanied by increased CLL cell survival. This pro-survival effect was also supported by siRNA-mediated downregulation of p63 expression resulting in increased apoptosis. In conclusion, we report that DNA methylation profiles may vary even among CLL patients with similar somatic hypermutation status, supporting a compartmentalized approach to dissecting CLL biology. Furthermore, we highlight p63 as a novel prosurvival factor in CLL, thus identifying another piece of the complex puzzle of clinical aggressiveness. What's new? In chronic lymphocytic leukemia (CLL), cases with unmutated immunoglobulin receptors (U-CLL) are generally associated with inferior outcome, albeit still displaying considerable heterogeneity. Might such differences in CLL progression be explained by epigenetics? In this study, the authors found that an unusually aggressive subset of CLLs called subset #8 has a distinctive DNA-methylation profile. They also found that p63 is a novel pro-survival factor for CLL cells. These molecular studies may lead to new prognostic biomarkers, and possibly new therapeutic targets, for CLL.

  • 42.
    Rosenquist Brandell, Richard
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Bhoi, Sujata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Prognostic markers and their clinical applicability in chronic lymphocytic leukemia: where do we stand?2013Inngår i: Leukemia and Lymphoma, ISSN 1042-8194, E-ISSN 1029-2403, Vol. 54, nr 11, s. 2351-2364Artikkel, forskningsoversikt (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a clinically and biologically heterogeneous disease where the majority of patients have an indolent disease course, while others may experience a far more aggressive disease, treatment failure and poor overall survival. During the last two decades, there has been an intense search to find novel biomarkers that can predict prognosis as well as guide treatment decisions. Two of the most reliable molecular prognostic markers, both of which are offered in routine diagnostics, are the immunoglobulin heavy chain variable (IGHV) gene mutational status and fluorescence in situ hybridization (FISH) detection of prognostically relevant genomic aberrations (e.g. 11q-, 13q-, +12 and 17p-). In addition to these markers, a myriad of additional biomarkers have been postulated as potential prognosticators in CLL, on the protein (e.g. CD38, ZAP70, TCL1), the RNA (e.g. LPL, CLLU1, micro-RNAs) and the genomic (e.g. TP53, NOTCH1, SF3B1 and BIRC3 mutations) level. Efforts are now being made to test these novel markers in larger patient cohorts as well as in prospective trials, with the ultimate goal to combine the "best" markers in a "CLL prognostic index" applicable for the individual patient. Although it is clear that these studies have significantly improved our knowledge regarding both prognostication and the biology of the disease, there is still an immediate need for recognizing biomarkers that can predict therapy response, and efforts should now focus on addressing this pertinent issue. In the present article, we review the extensive literature in the field of prognostic markers in CLL, focus on the most clinically relevant markers and discuss future directions regarding biomarkers in CLL.

  • 43. Rosén, Anders
    et al.
    Bergh, Ann-Charlotte
    Gogok, Peter
    Evaldsson, Chamilly
    Myhrinder, Anna Lanemo
    Hellqvist, Eva
    Rasul, Abu
    Björkholm, Magnus
    Jansson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Liu, Anquan
    Teh, Bin Tean
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Klein, Eva
    Lymphoblastoid cell line with B1 cell characteristics established from a chronic lymphocytic leukemia clone by in vitro EBV infection2012Inngår i: Oncoimmunology, ISSN 2162-4011, Vol. 1, nr 1, s. 18-27Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells express the receptor for Epstein-Barr virus (EBV) and can be infected in vitro. Infected cells do not express the growth-promoting set of EBV-encoded genes and therefore they do not yield LCLs, in most experiments. With exceptional clones, lines were obtained however. We describe a new line, HG3, established by in vitro EBV-infection from an IGHV1-2 unmutated CLL patient clone. All cells expressed EBNA-2 and LMP-1, the EBV-encoded genes pivotal for transformation. The karyotype, FISH cytogenetics and SNP-array profile of the line and the patient's ex vivo clone showed biallelic 13q14 deletions with genomic loss of DLEU7, miR15a/miR16-1, the two micro-RNAs that are deleted in 50% of CLL cases. Further features of CLL cells were: expression of CD5/CD20/CD27/CD43 and release of IgM natural antibodies reacting with oxLDL-like epitopes on apoptotic cells (cf. stereotyped subset-1). Comparison with two LCLs established from normal B cells showed 32 genes expressed at higher levels (> 2-fold). Among these were LHX2 and LILRA. These genes may play a role in the development of the disease. LHX2 expression was shown in self-renewing multipotent hematopoietic stem cells, and LILRA4 codes for a receptor for bone marrow stromal cell antigen-2 that contributes to B cell development. Twenty-four genes were expressed at lower levels, among these PARD3 that is essential for asymmetric cell division. These genes may contribute to establish precursors of CLL clones by regulation of cellular phenotype in the hematopoietic compartment. Expression of CD5/CD20/CD27/CD43 and spontaneous production of natural antibodies may identify the CLL cell as a self-renewing B1 lymphocyte.

  • 44.
    Sasi, Binu K.
    et al.
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Martines, Claudio
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Xerxa, Elena
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Porro, Fabiola
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Kalkan, Hilal
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Fazio, Rosa
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Turkalj, Sven
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Bojnik, Engin
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Pyrzynska, Beata
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Stachura, Joanna
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Zerrouqi, Abdessamad
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Bobrowicz, Malgorzata
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Winiarska, Magdalena
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Priebe, Valdemar
    Inst Oncol Res, Bellinzona, Switzerland.
    Bertoni, Francesco
    Inst Oncol Res, Bellinzona, Switzerland.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Rosenquist, Richard
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Efremov, Dimitar G.
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Inhibition of SYK or BTK augments venetoclax sensitivity in SHP1-negative/BCL-2-positive diffuse large B-cell lymphoma2019Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 33, nr 10, s. 2416-2428Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The BCL-2 inhibitor venetoclax has only limited activity in DLBCL despite frequent BCL-2 overexpression. Since constitutive activation of the B cell receptor (BCR) pathway has been reported in both ABC and GCB DLBCL, we investigated whether targeting SYK or BTK will increase sensitivity of DLBCL cells to venetoclax. We report that pharmacological inhibition of SYK or BTK synergistically enhances venetoclax sensitivity in BCL-2-positive DLBCL cell lines with an activated BCR pathway in vitro and in a xenograft model in vivo, despite the only modest direct cytotoxic effect. We further show that these sensitizing effects are associated with inhibition of the downstream PI3K/AKT pathway and changes in the expression of MCL-1, BIM, and HRK. In addition, we show that BCR-dependent GCB DLBCL cells are characterized by deficiency of the phosphatase SHP1, a key negative regulator of the BCR pathway. Re-expression of SHP1 in GCB DBLCL cells reduces SYK, BLNK, and GSK3 phosphorylation and induces corresponding changes in MCL1, BIM, and HRK expression. Together, these findings suggest that SHP1 deficiency is responsible for the constitutive activation of the BCR pathway in GCB DLBCL and identify SHP1 and BCL-2 as potential predictive markers for response to treatment with a venetoclax/BCR inhibitor combination.

  • 45.
    Sasi, Binu K.
    et al.
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Turkalj, Sven
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Kalkan, Hilal
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Porro, Fabiola
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Bojnik, Engin
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    Pyrzynska, Beata
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Zerrouqi, Abdessamad
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Bobrowicz, Malgorzata
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Winiarska, Magdalena
    Med Univ Warsaw, Dept Immunol, Warsaw, Poland.
    Priebe, Valdemar
    Inst Oncol Res, Bellinzona, Switzerland.
    Bertoni, Francesco
    Inst Oncol Res, Bellinzona, Switzerland.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Rosenquist, Richard
    Karolinska Inst, Stockholm, Sweden.
    Efremov, Dimitar G.
    Int Ctr Genet Engn & Biotechnol, Mol Hematol, Trieste, Italy.
    SHP1 Deficiency Is Responsible for the Constitutive Activation of the BCR Pathway in GCB DLBCL2018Inngår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 132Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 46. Sava, G P
    et al.
    Speedy, H E
    Di Bernardo, M C
    Dyer, M J S
    Holroyd, A
    Sunter, N J
    Marr, H
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Deaglio, S
    Karabon, L
    Frydecka, I
    Jamroziak, K
    Woszczyk, D
    Juliusson, G
    Smedby, K E
    Jayne, S
    Majid, A
    Wang, Y
    Dearden, C
    Hall, A G
    Mainou-Fowler, T
    Jackson, G H
    Summerfield, G
    Harris, R J
    Pettitt, A R
    Allsup, D J
    Bailey, J R
    Pratt, G
    Pepper, C
    Fegan, C
    Rosenquist, Richard Brandell
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Catovsky, D
    Allan, J M
    Houlston, R S
    Common variation at 12q24.13 (OAS3) influences chronic lymphocytic leukemia risk2015Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 29, nr 3, s. 748-751Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 47. Sava, Georgina P.
    et al.
    Speedy, Helen E.
    Di Bernardo, Maria Chiara
    Deaglio, Silvia
    Karabon, Lidia
    Frydecka, Irena
    Woszczyk, Dariusz
    Rossi, Davide
    Gaidano, Gianluca
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Smedby, Karin E.
    Juliusson, Gunnar
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Catovsky, Daniel
    Houlston, Richard S.
    rs2072135, a low-penetrance variant for chronic lymphocytic leukaemia?2013Inngår i: British Journal of Haematology, ISSN 0007-1048, E-ISSN 1365-2141, Vol. 162, nr 2, s. 221-228Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Recent multi-stage genome-wide association studies (GWAS) have identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) that are robustly associated with chronic lymphocytic leukaemia (CLL) risk. Given that most of these SNPs map to non-coding regions of the genome, it suggests that the functional basis of many GWAS signals will be through differential gene expression. By referencing publically accessible expression quantitative trait loci (eQTL) data on lymphoblastoid cells lines (LCLs) we have globally demonstrated an association between GWAS P-values and eQTLs, consistent with much of the variation in CLL risk being defined by variants impacting on gene expression. To explore using eQTL data to select GWAS SNPs for replication, we genotyped rs2072135 (GWAS P-value=00024, eQTL P-value=1510(-19)) in five independent case-control series totalling 1968 cases and 3538 controls. While not attaining statistical significance (combined P-value=1x10(-4)), rs2072135 defines a promising risk locus for CLL. Incorporating eQTL information offers an attractive strategy for selecting SNPs from GWAS for validation.

  • 48.
    Sevov, Marie
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    RNA-based markers as prognostic factors in chronic lymphocytic leukemia2012Inngår i: Expert Review of Hematology, ISSN 1747-4086, E-ISSN 1747-4094, Vol. 5, nr 1, s. 69-79Artikkel, forskningsoversikt (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is most often indolent at diagnosis but has a highly variable clinical course, and many patients will eventually progress and require treatment. Currently, there are a number of clinical and molecular markers known to be predictive of prognosis in CLL that can be applied to discriminate patients that are more likely to develop a progressive disease. Gene-expression profiling studies have identified genes with differential expression between prognostic subgroups in CLL, and research on these RNA-based prognostic markers has expanded during recent years. For example, high lipoprotein lipase and CLLU1 mRNA expression have recently been shown to be strong markers of poor clinical outcome. In this review we will provide a summary of the most significant prognostic markers in CLL, focusing on the recent category of RNA-based markers in particular.

  • 49. Speedy, Helen E.
    et al.
    Di Bernardo, Maria Chiara
    Sava, Georgina P.
    Dyer, Martin J. S.
    Holroyd, Amy
    Wang, Yufei
    Sunter, Nicola J.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Juliusson, Gunnar
    Smedby, Karin E.
    Roos, Groan
    Jayne, Sandrine
    Majid, Aneela
    Dearden, Claire
    Hall, Andrew G.
    Mainou-Fowler, Tryfonia
    Jackson, Graham H.
    Summerfield, Geoffrey
    Harris, Robert J.
    Pettitt, Andrew R.
    Allsup, David J.
    Bailey, James R.
    Pratt, Guy
    Pepper, Chris
    Fegan, Chris
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Catovsky, Daniel
    Allan, James M.
    Houlston, Richard S.
    A genome-wide association study identifies multiple susceptibility loci for chronic lymphocytic leukemia2014Inngår i: Nature Genetics, ISSN 1061-4036, E-ISSN 1546-1718, Vol. 46, nr 1, s. 56-+Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Genome-wide association studies (GWAS) of chronic lymphocytic leukemia (CLL) have shown that common genetic variation contributes to the heritable risk of CLL. To identify additional CLL susceptibility loci, we conducted a GWAS and performed a meta-analysis with a published GWAS totaling 1,739 individuals with CLL (cases) and 5,199 controls with validation in an additional 1,144 cases and 3,151 controls. A combined analysis identified new susceptibility loci mapping to 3q26.2 (rs10936599, P = 1.74 x 10(-9)), 4q26 (rs6858698, P = 3.07 x 10(-9)), 6q25.2 (IPCEF1, rs2236256, P = 1.50 x 10(-10)) and 7q31.33 (POT1, rs17246404, P = 3.40 x 10(-8)). Additionally, we identified a promising association at 5p15.33 (CLPTM1L, rs31490, P = 1.72 x 10(-7)) and validated recently reported putative associations at 5p15.33 (TERT, rs10069690, P = 1.12 x 10(-10)) and 8q22.3 (rs2511714, P = 2.90 x 10(-9)). These findings provide further insights into the genetic and biological basis of inherited genetic susceptibility to CLL.

  • 50. Strefford, J. C.
    et al.
    Sutton, Lesley Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Baliakas, Panagiotis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Agathangelidis, A.
    Malcikova, J.
    Plevova, K.
    Scarfo, L.
    Davis, Z.
    Stalika, E.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Cahill, Nicola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Pedersen, L. B.
    di Celle, P. F.
    Tzenou, T.
    Geisler, C.
    Panagiotidis, P.
    Langerak, A. W.
    Chiorazzi, N.
    Pospisilova, S.
    Oscier, D.
    Davi, F.
    Belessi, C.
    Mansouri, Larry
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Ghia, P.
    Stamatopoulos, K.
    Rosenquist, Richard Brandell
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Hematologi och immunologi.
    Distinct patterns of novel gene mutations in poor-prognostic stereotyped subsets of chronic lymphocytic leukemia: the case of SF3B1 and subset #22013Inngår i: Leukemia, ISSN 0887-6924, E-ISSN 1476-5551, Vol. 27, nr 11, s. 2196-2199Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Recent studies have revealed recurrent mutations of the NOTCH1, SF3B1 and BIRC3 genes in chronic lymphocytic leukemia (CLL), especially among aggressive, chemorefractory cases. Nevertheless, it is currently unknown whether their presence may differ in subsets of patients carrying stereotyped B-cell receptors and also exhibiting distinct prognoses. Here, we analyzed the mutation status of NOTCH1, SF3B1 and BIRC3 in three subsets with particularly poor prognosis, that is, subset # 1, # 2 and # 8, aiming to explore links between genetic aberrations and immune signaling. A remarkably higher frequency of SF3B1 mutations was revealed in subset # 2 (44%) versus subset # 1 and # 8 (4.6% and 0%, respectively; P<0.001). In contrast, the frequency of NOTCH1 mutations in subset # 2 was only 8%, lower than the frequency observed in either subset # 1 or # 8 (19% and 14%, respectively; P 0.04 for subset # 1 versus # 2). No associations were found for BIRC3 mutations that overall were rare. The apparent non-random association of certain mutations with stereotyped CLL subsets alludes to subset-biased acquisition of genomic aberrations, perhaps consistent with particular antigen/antibody interactions. These novel findings assist in unraveling specific mechanisms underlying clinical aggressiveness in poor-prognostic stereotyped subsets, with far-reaching implications for understanding their clonal evolution and implementing biologically oriented therapy.

12 1 - 50 of 62
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf