uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 9 av 9
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Discovery and evaluation of direct acting antivirals against hepatitis C virus2015Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Until recently, the standard therapy for hepatitis C treatment has been interferon and ribavirin. Such treatment has only 50% efficacy and is not well tolerated. The emergence of new drugs has increased the treatment efficacy to 90%. Despite such an achievement, the success is limited since the virus mutates rapidly, causing the emergence of drug resistant forms. In addition, most new drugs were developed to treat genotype 1 infections. Thus, development of new potent antivirals is needed and drug discovery against hepatitis C is continued.

    In this thesis, a FRET-based protease assay was used to evaluate new pyrazinone based NS3 protease inhibitors that are structurally different to the newly approved and currently developing drugs. Several compounds in this series showed good potencies in the nanomolar range against NS3 proteases from genotype 1, 3, and the drug resistance variant R155K. We assume that these compounds can be further developed into drug candidates that possess activity against above mentioned enzyme variants.

    By using SPR technology, we analyzed interaction mechanisms and characteristics of allosteric inhibitors targeting NS5B polymerases from genotypes 1 and 3. The compounds exhibited different binding mechanisms and displayed a low affinity against NS5B from genotype 3.

    In order to evaluate the activity and inhibitors of the NS5B polymerase, we established an SPR based assay, which enables the monitoring of polymerization and its inhibition in real time. This assay can readily be implemented for the discovery of inhibitors targeting HCV.

    An SPR based fragment screening approach has also been established. A screen of a fragment library has been performed in order to identify novel scaffolds that can be used as a starting point for development of new allosteric inhibitors against NS5B polymerase. Selected fragments will be further elaborated to generate a new potent allosteric drug candidate.

    Alternative approaches have successfully been developed and implemented to the discovery of potential lead compounds targeting two important HCV drug targets.

    Delarbeten
    1. Discovery of pyrazinone based compounds that potently inhibit the drug resistant enzyme variant R155K of the hepatitis C virus NS3 protease
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Discovery of pyrazinone based compounds that potently inhibit the drug resistant enzyme variant R155K of the hepatitis C virus NS3 protease
    Visa övriga...
    2016 (Engelska)Ingår i: Bioorganic & Medicinal Chemistry, ISSN 0968-0896, E-ISSN 1464-3391, Vol. 24, nr 12, s. 2603-2620Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Herein, we present the design and synthesis of 2(1H)-pyrazinone based HCV NS3 protease inhibitors with variations in the C-terminus. Biochemical evaluation was performed using genotype 1a, both the wildtype and the drug resistant enzyme variant, R155K. Surprisingly, compounds without an acidic sulfonamide retained good inhibition, challenging our previous molecular docking model. Moreover, selected compounds in this series showed nanomolar potency against R155K NS3 protease; which generally confer resistance to all HCV NS3 protease inhibitors approved or in clinical trials. These results further strengthen the potential of this novel substance class, being very different to the approved drugs and clinical candidates, in the development of inhibitors less sensitive to drug resistance.

    Nyckelord
    Hepatitis C virus; Drug resistance; Pyrazinone; NS3 protease inhibitors; R155K
    Nationell ämneskategori
    Organisk kemi
    Forskningsämne
    Läkemedelskemi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-243315 (URN)10.1016/j.bmc.2016.03.066 (DOI)000376727800002 ()27160057 (PubMedID)
    Forskningsfinansiär
    Vetenskapsrådet, D0571301
    Tillgänglig från: 2015-02-08 Skapad: 2015-02-08 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad
    2. Pyrazinone based hepatitis C virus NS3 protease inhibitors targeting genotype 1a, 3a and the drug-resistant enzyme variant R155K
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Pyrazinone based hepatitis C virus NS3 protease inhibitors targeting genotype 1a, 3a and the drug-resistant enzyme variant R155K
    Visa övriga...
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nationell ämneskategori
    Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265295 (URN)
    Tillgänglig från: 2015-10-26 Skapad: 2015-10-26 Senast uppdaterad: 2016-01-13
    3. Resolution of the Interaction Mechanisms and Characteristics of Non-nucleoside Inhibitors of Hepatitis C Virus Polymerase - Laying the Foundation for Discovery of Allosteric HCV Drugs
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Resolution of the Interaction Mechanisms and Characteristics of Non-nucleoside Inhibitors of Hepatitis C Virus Polymerase - Laying the Foundation for Discovery of Allosteric HCV Drugs
    Visa övriga...
    2013 (Engelska)Ingår i: Antiviral Research, ISSN 0166-3542, E-ISSN 1872-9096, Vol. 97, nr 3, s. 356-368Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt) Published
    Abstract [en]

    Development of allosteric inhibitors into efficient drugs is hampered by their indirect mode-of-action and complex structure-kinetic relationships. To enablethe design of efficient allosteric drugs targeting the polymerase of hepatitis C virus(NS5B), the interaction characteristics of three non-nucleoside compounds (filibuvir, VX-222, and tegobuvir) inhibiting HCV replication via NS5B have been analyzed. Since there was no logical correlation between the anti-HCV replicative and enzyme inhibitory effects of the compounds, surface plasmon resonance biosensor technology was used to resolve the mechanistic, kinetic, thermodynamic and chemodynamic features of their interactions with their target and their effect on itsinteraction with RNA. Tegobuvir could not be seen to interact with NS5B at all while filibuvir interacted in a single reversible step (except at low temperatures) and VX-222 in two serial steps, interpreted as an induced fit mechanism. Both filibuvir and VX-222 interfered with the interaction between NS5B and RNA. They competed for binding to the enzyme, suggesting that they had a common inhibition mechanism and identical or overlapping binding sites. The greater anti-HCV replicative activityof VX-222 over filibuvir is hypothesized to be due to a greater allosteric conformational effect, resulting in the formation of a less catalytically competent complex. In addition, the induced fit mechanism of VX-222 gives it a kinetic advantage over filibuvir, exhibited as a longer residence time. These insights have important consequences for the selection and optimization of new allosteric NS5Binhibitors.

    Nyckelord
    HCV, NS5B, filibuvir, VX-222, tegobuvir, allosteric inhibitor, induced fit, kinetics, chemodynamics, thermodynamics
    Nationell ämneskategori
    Biokemi och molekylärbiologi
    Forskningsämne
    Biokemi; Biokemi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-171996 (URN)10.1016/j.antiviral.2012.12.027 (DOI)000317709400018 ()
    Tillgänglig från: 2012-04-03 Skapad: 2012-03-31 Senast uppdaterad: 2017-12-07Bibliografiskt granskad
    4. Characterization of allosteric inhibitors of hepatitis C virus polymerase – a genotype comparative study
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Characterization of allosteric inhibitors of hepatitis C virus polymerase – a genotype comparative study
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nationell ämneskategori
    Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265287 (URN)
    Tillgänglig från: 2015-10-26 Skapad: 2015-10-26 Senast uppdaterad: 2016-01-13
    5. A time-resolved surface plasmon resonance based hepatitis C virus NS5B polymerase assay and its application for drug discovery
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>A time-resolved surface plasmon resonance based hepatitis C virus NS5B polymerase assay and its application for drug discovery
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nationell ämneskategori
    Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265290 (URN)
    Tillgänglig från: 2015-10-26 Skapad: 2015-10-26 Senast uppdaterad: 2016-01-13
    6. Fragment library screening addressing Hepatitis C protein NS5B from genotypes 1 and 3 using an SPR-based approach
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Fragment library screening addressing Hepatitis C protein NS5B from genotypes 1 and 3 using an SPR-based approach
    Visa övriga...
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nationell ämneskategori
    Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-265292 (URN)
    Tillgänglig från: 2015-10-26 Skapad: 2015-10-26 Senast uppdaterad: 2016-01-13
  • 2.
    Abdurakhmanov, Eldar
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Solbak, Sara Oie
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Biophysical Mode-of-Action and Selectivity Analysis of Allosteric Inhibitors of Hepatitis C Virus (HCV) Polymerase2017Ingår i: Viruses, ISSN 1999-4915, E-ISSN 1999-4915, Vol. 9, nr 6, artikel-id 151Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Allosteric inhibitors of hepatitis C virus (HCV) non-structural protein 5B (NS5B) polymerase are effective for treatment of genotype 1, although their mode of action and potential to inhibit other isolates and genotypes are not well established. We have used biophysical techniques and a novel biosensor-based real-time polymerase assay to investigate the mode-of-action and selectivity of four inhibitors against enzyme from genotypes 1b (BK and Con1) and 3a. Two thumb inhibitors (lomibuvir and filibuvir) interacted with all three NS5B variants, although the affinities for the 3a enzyme were low. Of the two tested palm inhibitors (dasabuvir and nesbuvir), only dasabuvir interacted with the 1b variant, and nesbuvir interacted with NS5B 3a. Lomibuvir, filibuvir and dasabuvir stabilized the structure of the two 1b variants, but not the 3a enzyme. The thumb compounds interfered with the interaction between the enzyme and RNA and blocked the transition from initiation to elongation. The two allosteric inhibitor types have different inhibition mechanisms. Sequence and structure analysis revealed differences in the binding sites for 1b and 3a variants, explaining the poor effect against genotype 3a NS5B. The indirect mode-of-action needs to be considered when designing allosteric compounds. The current approach provides an efficient strategy for identifying and optimizing allosteric inhibitors targeting HCV genotype 3a.

  • 3.
    Al-Amin, Rasel A.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Johansson, Lars
    Division of Translational Medicine & Chemical Biology, Department of Medical Biochemistry & Biophysics, Karolinska Institutet.
    Landegren, Nils
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Department of Medicine (Solna), Karolinska University Hospital, Karolinska Institutet.
    Löf, Liza
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Blokzijl, Andries
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Svensson, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lönn, Peter
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Dept. Of Immunology, Genetics and Pathology,.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Kamali-Moghaddam, Masood
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Artursson, Per
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaci. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundbäck, Thomas
    Division of Translational Medicine & Chemical Biology, Department of Medical Biochemistry & Biophysics, Karolinska Institutet.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Target Engagement-Mediated Amplification for Monitoring Drug-Target Interactions in SituManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    It is important to determine the localization of drugs or drug candidates at cellular and subcellular resolution in relevant clinical specimens. This is necessary to evaluate drug candidates from early stages of drug development to clinical evaluation of mutations potentially causing resistance to targeted therapy. We describe a technology where oligonucleotide-conjugated drug molecules are used to visualize and measure target engagement in situ via rolling-circle amplification (RCA) of circularized oligonucleotide probes (padlock probes). We established this target engagement-mediated amplification (TEMA) technique using kinase inhibitor precursor compounds, and we applied the assay to investigate target interactions by microscopy in pathology tissue sections and using flow cytometry for blood samples from patients, as well as in commercial arrays including almost half of all human proteins.  In the variant proxTEMAtechnique, in situ proximity ligation assays were performed by combining drug-DNA conjugates with antibody-DNA conjugates to specifically reveal drug binding to particular on- or off-targets in pathological tissues sections. In conclusion, the TEMA methods successfully visualize drug-target interaction by experimental and clinically approved kinase inhibitors in situ and with kinases among a large collection of arrayed proteins. 

  • 4.
    Belfrage, Anna Karin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Läkemedelsdesign och läkemedelsutveckling.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Åkerblom, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Läkemedelsdesign och läkemedelsutveckling.
    Brandt, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Läkemedelsdesign och läkemedelsutveckling.
    Alogheli, Hiba
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Läkemedelsdesign och läkemedelsutveckling.
    Neyts, Johan
    Rega Institute, Department of Microbiology and Immunology, University of Leuven, B-3000 Leuven, Belgium.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC.
    Johansson, Anja
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Läkemedelsdesign och läkemedelsutveckling.
    Pan-NS3 protease inhibitors of hepatitis C virus based on an R3-elongated pyrazinone scaffold2018Ingår i: European Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0223-5234, E-ISSN 1768-3254, Vol. 148, s. 453-464Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Herein, we present the design and synthesis of 2(1H)-pyrazinone based HCV NS3 protease inhibitors and show that elongated R-3 urea substituents were associated with increased inhibitory potencies over several NS3 protein variants. The inhibitors are believed to rely on beta-sheet mimicking hydrogen bonds which are similar over different genotypes and current drug resistant variants and correspond to the beta-sheet interactions of the natural peptide substrate. Inhibitor 36, for example, with a urea substituent including a cyclic imide showed balanced nanomolar inhibitory potencies against genotype la, both wild-type (K-i=30 nM) and R155K (K-i=2 nM), and genotype 3a (K-i=5 nM).

  • 5.
    Belfrage, Anna Karin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC.
    Åkerblom, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Brandt, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Oshalim, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Gising, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Skogh, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Neyts, Johan
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Sandström, Anja
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för läkemedelskemi, Avdelningen för organisk farmaceutisk kemi.
    Discovery of pyrazinone based compounds that potently inhibit the drug resistant enzyme variant R155K of the hepatitis C virus NS3 protease2016Ingår i: Bioorganic & Medicinal Chemistry, ISSN 0968-0896, E-ISSN 1464-3391, Vol. 24, nr 12, s. 2603-2620Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Herein, we present the design and synthesis of 2(1H)-pyrazinone based HCV NS3 protease inhibitors with variations in the C-terminus. Biochemical evaluation was performed using genotype 1a, both the wildtype and the drug resistant enzyme variant, R155K. Surprisingly, compounds without an acidic sulfonamide retained good inhibition, challenging our previous molecular docking model. Moreover, selected compounds in this series showed nanomolar potency against R155K NS3 protease; which generally confer resistance to all HCV NS3 protease inhibitors approved or in clinical trials. These results further strengthen the potential of this novel substance class, being very different to the approved drugs and clinical candidates, in the development of inhibitors less sensitive to drug resistance.

  • 6.
    Solbak, Sara M.Ø.
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Vedeler, Anni
    University of Bergen, Department of Biomedicine.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Characterization of interactions between hepatitis C virus NS5B polymerase, annexin A2 and RNA - effects on NS5B catalysis and allosteric inhibition2017Ingår i: Virology Journal, ISSN 1743-422X, E-ISSN 1743-422X, Vol. 14, artikel-id 236Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Direct acting antivirals (DAAs) provide efficient hepatitis C virus (HCV) therapy and clearance for a majority of patients, but are not available or effective for all patients. They risk developing HCV-induced hepatocellular carcinoma (HCC), for which the mechanism remains obscure and therapy is missing. Annexin A2 (AnxA2) has been reported to co-precipitate with the non-structural (NS) HCV proteins NS5B and NS3/NS4A, indicating a role in HCC tumorigenesis and effect on DAA therapy.

    Methods: Surface plasmon resonance biosensor technology was used to characterize direct interactions between AnxA2 and HCV NS5B, NS3/NS4 and RNA, and the subsequent effects on catalysis and inhibition.

    Results: No direct interaction between AnxA2 and NS3/NS4A was detected, while AnxA2 formed a slowly dissociating, high affinity (K D = 30 nM), complex with NS5B, decreasing its catalytic activity and affinity for the allosteric inhibitor filibuvir. The RNA binding of the two proteins was independent and AnxA2 and NS5B interacted with different RNAs in ternary complexes of AnxA2:NS5B:RNA, indicating specific preferences.

    Conclusions: The complex interplay revealed between NS5B, AnxA2, RNA and filibuvir, suggests that AnxA2 may have an important role for the progression and treatment of HCV infections and the development of HCC, which should be considered also when designing new allosteric inhibitors.

  • 7.
    Winquist, Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Baraznenok, Vera
    Medivir.
    Henderson, Ian
    Medivir.
    Vrang, Lotta
    Medivir.
    Danielson, Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Resolution of the Interaction Mechanisms and Characteristics of Non-nucleoside Inhibitors of Hepatitis C Virus Polymerase - Laying the Foundation for Discovery of Allosteric HCV Drugs2013Ingår i: Antiviral Research, ISSN 0166-3542, E-ISSN 1872-9096, Vol. 97, nr 3, s. 356-368Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Development of allosteric inhibitors into efficient drugs is hampered by their indirect mode-of-action and complex structure-kinetic relationships. To enablethe design of efficient allosteric drugs targeting the polymerase of hepatitis C virus(NS5B), the interaction characteristics of three non-nucleoside compounds (filibuvir, VX-222, and tegobuvir) inhibiting HCV replication via NS5B have been analyzed. Since there was no logical correlation between the anti-HCV replicative and enzyme inhibitory effects of the compounds, surface plasmon resonance biosensor technology was used to resolve the mechanistic, kinetic, thermodynamic and chemodynamic features of their interactions with their target and their effect on itsinteraction with RNA. Tegobuvir could not be seen to interact with NS5B at all while filibuvir interacted in a single reversible step (except at low temperatures) and VX-222 in two serial steps, interpreted as an induced fit mechanism. Both filibuvir and VX-222 interfered with the interaction between NS5B and RNA. They competed for binding to the enzyme, suggesting that they had a common inhibition mechanism and identical or overlapping binding sites. The greater anti-HCV replicative activityof VX-222 over filibuvir is hypothesized to be due to a greater allosteric conformational effect, resulting in the formation of a less catalytically competent complex. In addition, the induced fit mechanism of VX-222 gives it a kinetic advantage over filibuvir, exhibited as a longer residence time. These insights have important consequences for the selection and optimization of new allosteric NS5Binhibitors.

  • 8.
    Xu, Xingxing
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Makaraviciute, Asta
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Werneling, Fredrik
    Center for Molecular Medicine, Division of Rheumatology, Department of Medicine, Karolinska Institutet, Karolinska University Hospital, Stockholm, Sweden.
    Li, Shiyu
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nyholm, Leif
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - Ångström, Oorganisk kemi.
    Zhang, Zhen
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Estimating Detection Limits of Potentiometric DNA sensors Using Surface Plasmon Resonance Analyses2019Ingår i: Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 9.
    Xu, Xingxing
    et al.
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Makaraviciute, Asta
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Wen, Chenyu
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Sjödin, Martin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material.
    Abdurakhmanov, Eldar
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Danielson, U. Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nyholm, Leif
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - Ångström, Oorganisk kemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - Ångström, Fysikalisk kemi. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets fysik. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Nanoteknologi och funktionella material.
    Zhang, Zhen
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Tekniska sektionen, Institutionen för teknikvetenskaper, Fasta tillståndets elektronik.
    Structural Changes of Mercaptohexanol Self-assembled Monolayers on Gold and their Influence on Impedimetric Aptamer Sensors2019Ingår i: Analytical Chemistry, ISSN 0003-2700, E-ISSN 1520-6882, Vol. 91, nr 22, s. 14697-14704Artikel, recension (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Despite a large number of publications describing biosensors based on electrochemical impedance spectroscopy (EIS), little attention has been paid to the stability and reproducibility issues of the sensor interfaces. In this work, the stability and reproducibility of faradaic EIS analyses on the aptamer/mercaptohexanol (MCH) self-assembled monolayer (SAM) functionalized gold surfaces in ferri- and ferrocyanide solution were systematically evaluated prior to and after the aptamer-probe DNA hybridization. It is shown that the EIS data exhibited significant drift, and this significantly affected the reproducibility of the EIS signal of the hybridization. As a result, no significant difference between the charge transfer resistance (RCT) changes induced by the aptamer-target DNA hybridization and that caused by the drift could be identified. A conditioning of the electrode in the measurement solution for more than 12 hours was required to reach a stable RCT baseline prior to the aptamer-probe DNA hybridization. The monitored drift in RCT and CDL during the conditioning suggests that the MCH SAM on the gold surface reorganized to a thinner but more closely packed layer. We also observed that the hot binding buffer used in the following aptamer-probe DNA hybridization process could induce additional MCH and aptamer reorganization thus further drift in RCT. As a result, the RCT change caused by the aptamer-probe DNA hybridization was less than that caused by the hot binding buffer (blank control experiment). Therefore, it is suggested that the use of high temperature in the EIS measurement should be carefully evaluated or avoided. This work provides practical guidelines for the EIS measurements. Moreover, since SAM functionalized gold electrodes are widely used in biosensors, e.g., DNA sensors, an improved understanding of the origin of the observed drift is very important for the development of well-functioning and reproducible biosensors.

1 - 9 av 9
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf