uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 13 av 13
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Clausson, Carl-Magnus
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Ishaq, Omer
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Kühnemund, Malte
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Koos, Björn
    Qian, Xiaoyan
    Ranefall, Petter
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Krzywkowski, Tomasz
    Brismar, Hjalmar
    Nilsson, Mats
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Compaction of rolling circle amplification products increases signal integrity and signal–to–noise ratio2015Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 5, s. 12317:1-10, artikel-id 12317Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 2. Figueiredo, Joana
    et al.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Simoes-Correia, Joana
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Suriano, Gianpaolo
    Seruca, Raquel
    The importance of E-cadherin binding partners to evaluate the pathogenicity of E-cadherin missense mutations associated to HDGC2013Ingår i: European Journal of Human Genetics, ISSN 1018-4813, E-ISSN 1476-5438, Vol. 21, nr 3, s. 301-309Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    In hereditary diffuse gastric cancer (HDGC), CDH1 germline gene alterations are causative events in 30% of the cases. In 20% of HDGC families, CDH1 germline mutations are of the missense type and the mutation carriers constitute a problem in terms of genetic counseling and surveillance. To access the pathogenic relevance of missense mutations, we have previously developed an in vitro method to functionally characterize them. Pathogenic E-cadherin missense mutants fail to aggregate and become more invasive, in comparison with cells expressing the wild-type (WT) protein. Herein, our aim was to develop a complementary method to unravel the pathogenic significance of E-cadherin missense mutations. We used cells stably expressing WT E-cadherin and seven HDGC-associated mutations (five intracellular and two extracellular) and studied by proximity ligation assays (PLA) how these mutants bind to fundamental regulators of E-cadherin function and trafficking. We focused our attention on the interaction with: p120, beta-catenin, PIPKI gamma and Hakai. We showed that cytoplasmic E-cadherin mutations affect the interaction of one or more binding partners, compromising the E-cadherin stability at the plasma membrane and likely affecting the adhesion complex competence. In the present work, we demonstrated that the study of the interplay between E-cadherin and its binding partners, using PLA, is an easy, rapid, quantitative and highly reproducible technique that can be applied in routine labs to verify the pathogenicity of E-cadherin missense mutants for HDGC diagnosis, especially those located in the intracellular domain of the protein.

  • 3.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Improvements and Applications of in situ Proximity Ligation Assays2015Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The cells building up the human body is in constant communication with each other. This communication is done through large complex networks of signaling pathways for inter- and intracellular signal transduction. The signaling activity regulates many important processes, for example cell death, proliferation and differentiation. Information within the signaling networks is communicated over the cell membrane, through the cytoplasm and entering the nucleus by protein activities such as protein-protein interactions (PPIs) and post translation modifications (PTMs). The cells adapts to their own environment, responding to multiple stimuli from their surroundings. This in combination with memory of previous responses, difference in cell cycles stages and sometimes altered genetic background generates heterogeneous cell populations in which every cell is slightly different from its neighbor. This calls for methods to study the activity of endogenous proteins in individual cells within a population.

    In situ proximity ligation assay (in situ PLA) was originally developed to visualize interaction between endogenous proteins in fixed cells and tissue and can also be applied to detect PTMs. This thesis describe the application of in situ PLA to study PPIs in signaling pathways and the work to further develop and improve techniques for proximity dependent detection. 

    In paper I in situ PLA is used to study cross talk between the Hippo and the TGFβ signaling pathways. The study shows the complex formation by the transcription co-factors of the Hippo pathway, Yap and Taz, and the main effectors of the TGFβ pathway Smad2/3. Furthermore the density dependent localization of the interaction is described.

    Paper II presents a new version of the in situ PLA probes for simultaneous detection of multiple complexes. Visualization of various complexes involving EGFR, Her2 and Her3 is presented as a proof of concept.

    The efficiency of in situ PLA is limited by several factors, one being the design of PLA probes and oligonucleotide systems. Even upon proximal binding of the probes there is a risk of formation of non-circular ligation products, which cannot be amplified and detected. In Paper III two new PLA probes are presented aiming to reduce the formation of non-circular ligation product and hence increase the detection efficiency of in situ PLA.

    Paper IV presents a new method for detection of protein complexes and phosphorylation; proxHCR. ProxHCR combines signal amplification by enzyme free hybridization chain reaction (HCR) with the requirement of proximal binding of two affinity probes. As a proof of principle the method is used to detect multiple complexes and protein phosphorylation in fixed cells and tissue.  

    Delarbeten
    1. Crosstalk between Hippo and TGFβ: Subcellular localization of YAP/TAZ complexes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Crosstalk between Hippo and TGFβ: Subcellular localization of YAP/TAZ complexes
    Visa övriga...
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nyckelord
    Hippo, interaction, in situ PLA, Smad, TAZ, TGFβ, YAP
    Nationell ämneskategori
    Biomedicinsk laboratorievetenskap/teknologi Cell- och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-248873 (URN)
    Forskningsfinansiär
    Stiftelsen för strategisk forskning (SSF)EU, FP7, Sjunde ramprogrammet
    Tillgänglig från: 2015-04-08 Skapad: 2015-04-08 Senast uppdaterad: 2018-05-29
    2. Parallel Visualization of Multiple Protein Complexes in Individual Cells in Tumor Tissue
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Parallel Visualization of Multiple Protein Complexes in Individual Cells in Tumor Tissue
    Visa övriga...
    2013 (Engelska)Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics, ISSN 1535-9476, E-ISSN 1535-9484, Vol. 12, nr 6, s. 1563-1571Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    Cellular functions are regulated and executed by complex protein interaction networks. Accordingly, it is essential to understand the interplay between proteins in determining the activity status of signaling cascades. New methods are therefore required to provide information on different protein interaction events at the single cell level in heterogeneous cell populations such as in tissue sections. Here, we describe a multiplex proximity ligation assay for simultaneous visualization of multiple protein complexes in situ. The assay is an enhancement of the original proximity ligation assay, and it is based on using proximity probes labeled with unique tag sequences that can be used to read out which probes, from a pool of probes, have bound a certain protein complex. Using this approach, it is possible to gain information on the constituents of different protein complexes, the subcellular location of the complexes, and how the balance between different complex constituents can change between normal and malignant cells, for example. As a proof of concept, we used the assay to simultaneously visualize multiple protein complexes involving EGFR, HER2, and HER3 homo- and heterodimers on a single-cell level in breast cancer tissue sections. The ability to study several protein complex formations concurrently at single cell resolution could be of great potential for a systems understanding, paving the way for improved disease diagnostics and possibilities for drug development.

    Nationell ämneskategori
    Medicin och hälsovetenskap
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-203549 (URN)10.1074/mcp.O112.023374 (DOI)000319865000007 ()
    Anmärkning

    De två första författarna delar förstaförfattarskapet.

    Tillgänglig från: 2013-07-15 Skapad: 2013-07-15 Senast uppdaterad: 2017-12-06Bibliografiskt granskad
    3. Enhanced in situ proximity ligation assays via Unfolding PLA probes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Enhanced in situ proximity ligation assays via Unfolding PLA probes
    Visa övriga...
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nationell ämneskategori
    Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-248874 (URN)
    Forskningsfinansiär
    Stiftelsen för strategisk forskning (SSF)EU, FP7, Sjunde ramprogrammet, 278568EU, FP7, Sjunde ramprogrammet, 264737
    Tillgänglig från: 2015-04-08 Skapad: 2015-04-08 Senast uppdaterad: 2018-05-29
    4. Proximity Depended Initiation of Hybridization Chain Reaction
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Proximity Depended Initiation of Hybridization Chain Reaction
    Visa övriga...
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Background: Sensitive detection of protein interactions and post-translational modifications of native proteins is a challenge for research and diagnostic purposes. A method for this, which could be used in point of care devices should be cheap and robust.

    Results: Building on hybridization chain reaction, we designed a four hairpin system which is metastable in solution at 37°C for several hours and undergoes rapid signal amplification upon introduction of an initiator oligonucleotide. When the proximity hairpins are conjugated to antibodies these proximity probes in combination with the HCR hairpins and the initiator oligonucleotide provide a specific, enzyme free method to detect HIF-1α/HIF-1β and potentially other protein interactions and PTMs in situ. Furthermore it was possible to detect single proteins in the different compartments of the cell, further proving the specificity of this technique.

    Conclusion: In this study we present proximity dependent HCR, which is a cheap and robust method to detect protein interactions and post-translational modifications. Because of its independence from enzymes the technique has only low demands on storage and handling which makes it interesting for point of care devices.

    Nationell ämneskategori
    Cell- och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-218249 (URN)
    Tillgänglig från: 2014-02-10 Skapad: 2014-02-10 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad
  • 4.
    Grannas, Karin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Lönn, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala Univ, Dept Immunol Genet & Pathol, Sci Life Lab, S-75185 Uppsala, Sweden..
    Mazurkiewicz, Magdalena
    Karolinska Univ Hosp, Dept Oncol Pathol, S-17176 Stockholm, Sweden..
    Blokzij, Andries
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Zieba Wicher, Agata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Crosstalk between Hippo and TGF beta: Subcellular Localization of YAP/TAZ/Smad Complexes2015Ingår i: Journal of Molecular Biology, ISSN 0022-2836, E-ISSN 1089-8638, Vol. 427, nr 21, s. 3407-3415Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The Hippo pathway plays a crucial role in growth control, proliferation and tumor suppression. Activity of the signaling pathway is associated with cell density sensing and tissue organization. Furthermore, the Hippo pathway helps to coordinate cellular processes through crosstalk with growth-factor-mediated signaling pathways such as TGF beta. Here we have examined the localization of interactions between proteins of the Hippo pathway (YAP/TAZ) and TGF beta (Smad2/3) signaling pathway by using in situ proximity ligation assays. We investigated the formation of protein complexes between YAP/TAZ and Smad2/3 and examined how these interactions were affected by TGF beta stimulation and cell density in HaCaT keratinocytes and in Smad4-deficient HT29 colon cancer cells. We demonstrate that TGF beta induces formation of YAP/TAZ-Smad2/3 complexes in HaCaT cells. Under sparse cell conditions, the complexes were detected to a higher degree and were predominantly located in the nucleus, while under dense culture conditions, the complexes were fewer and mainly located in the cytoplasm. Surprisingly, we could not detect any YAP/TAZ Smad2/3 complexes in HT29 cells. To examine if Smad4 deficiency was responsible for the absence of interactions, we treated HaCaT cells with siRNA targeting Smad4. However, we could still observe complex formation in the siRNA-treated cells, suggesting that Smad4 is not essential for the YAP Smad2/3 interaction. In conclusion, this study shows localized, density-dependent formation of YAP/TAZ Smad2/3 complexes in HaCaT cells and provides evidence supporting a crosstalk between the Hippo and the TGF beta signaling pathways.

  • 5.
    Grannas, Karin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Lönn, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Mazurkiewicz, Magdalena
    Karolinska institutet.
    Zieba, Agata
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Blokzijl, Andries
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Crosstalk between Hippo and TGFβ: Subcellular localization of YAP/TAZ complexesManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 6.
    Grannas, Karin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Nong, Yuan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Ebai, Tonge
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Enhanced in situ proximity ligation assays via Unfolding PLA probesManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 7.
    Gremel, Gabriela
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sutton, Lesley Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pontén, Fredrik
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Zieba, Agata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    In situ Protein Detection for Companion Diagnostics2013Ingår i: Frontiers in Oncology, ISSN 2234-943X, E-ISSN 2234-943X, Vol. 3, s. Article 271-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The emergence of targeted therapies for cancer has created a need for the development of companion diagnostic tests. Assays developed in recent years are aimed at determining both the effectiveness and safety of specific drugs for a defined group of patients, thus, enabling the more efficient design of clinical trials and also supporting physicians when making treatment-related decisions. Immunohistochemistry (IHC) is a widely accepted method for protein expression analyses in human tissues. Immunohistochemical assays, used to localize and quantitate relative protein expression levels within a morphological context, are frequently used as companion diagnostics during clinical trials and also following drug approval. Herein, we describe established immunochemistry-based methods and their application in routine diagnostics. We also explore the possibility of using IHC to detect specific protein mutations in addition to DNA-based tests. Finally, we review alternative protein binders and proximity ligation assays and discuss their potential to facilitate the development of novel, targeted therapies against cancer.

  • 8.
    Klaesson, Axel
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Ebai, Tonge
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Heldin, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Koos, Björn
    Department of Systemic Cell Biology, Max Planck Institute of Molecular Physiology, Dortmund, Germany.
    Leino, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Raykova, Doroteya
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Oelrich, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Improved efficiency of in situ protein analysis by proximity ligation using UnFold probes2018Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 8, artikel-id 5400Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We have redesigned probes for in situ proximity ligation assay (PLA), resulting in more efficient localized detection of target proteins. In situ PLA depends on recognition of target proteins by pairs of antibody-oligonucleotide conjugates (PLA probes), which jointly give rise to DNA circles that template localized rolling circle amplification reactions. The requirement for dual recognition of the target proteins improves selectivity by ignoring any cross-reactivity not shared by the antibodies, and it allows detection of protein-protein interactions and post-translational modifications. We herein describe an improved design of the PLA probes -UnFold probes - where all elements required for formation of circular DNA strands are incorporated in the probes. Premature interactions between the UnFold probes are prevented by including an enzymatic "unfolding" step in the detection reactions. This allows DNA circles to form by pairs of reagents only after excess reagents have been removed. We demonstrate the performance of UnFold probes for detection of protein-protein interactions and post-translational modifications in fixed cells and tissues, revealing considerably more efficient signal generation. We also apply the UnFold probes to detect IL-6 in solution phase after capture on solid supports, demonstrating increased sensitivity over both normal sandwich enzyme-linked immunosorbent assays and conventional PLA assays.

  • 9.
    Koos, Björn
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Andersson, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Clausson, Carl-Magnus
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Cane, Gaëlle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Analysis of protein interactions in situ by proximity ligation assays2014Ingår i: High-Dimensional Single Cell Analysis: Mass Cytometry, Multi-parametric Flow Cytometry and Bioinformatic Techniques / [ed] Fienberg, Harris G., Nolan, Garry P., Springer, 2014, Vol. 377, s. 111-26Kapitel i bok, del av antologi (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The fate of the cell is governed by interactions among proteins, nucleic acids, and other biomolecules. It is vital to look at these interactions in a cellular environment if we want to increase our understanding of cellular processes. Herein we will describe how the in situ proximity ligation assay (in situ PLA) can be used to visualize protein interactions in fixed cells and tissues. In situ PLA is a novel technique that uses DNA, together with DNA modifying processes such as ligation, cleavage, and polymerization, as tools to create surrogate markers for protein interactions of interest. Different in situ PLA designs make it possible not only to detect protein-protein interactions but also post-translational modifications and interactions of proteins with nucleic acids. Flexibility in DNA probe design and the multitude of different DNA modifying enzymes provide the basis for modifications of the method to make it suitable to use in many applications. Furthermore, examples of how in situ PLA can be combined with other methods for a comprehensive view of the cellular activity status are discussed.

  • 10.
    Koos, Björn
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Cane, Gaëlle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Clausson, Carl-Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Proximity Depended Initiation of Hybridization Chain ReactionManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Background: Sensitive detection of protein interactions and post-translational modifications of native proteins is a challenge for research and diagnostic purposes. A method for this, which could be used in point of care devices should be cheap and robust.

    Results: Building on hybridization chain reaction, we designed a four hairpin system which is metastable in solution at 37°C for several hours and undergoes rapid signal amplification upon introduction of an initiator oligonucleotide. When the proximity hairpins are conjugated to antibodies these proximity probes in combination with the HCR hairpins and the initiator oligonucleotide provide a specific, enzyme free method to detect HIF-1α/HIF-1β and potentially other protein interactions and PTMs in situ. Furthermore it was possible to detect single proteins in the different compartments of the cell, further proving the specificity of this technique.

    Conclusion: In this study we present proximity dependent HCR, which is a cheap and robust method to detect protein interactions and post-translational modifications. Because of its independence from enzymes the technique has only low demands on storage and handling which makes it interesting for point of care devices.

  • 11.
    Koos, Björn
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Cane, Gaëlle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Löf, Liza
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Heldin, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Clausson, Carl-Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hirvonen, M Karoliina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    de Oliveira, Felipe Marques Souza
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Talibov, Vladimir O
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Pham, Nhan T
    School of Biological Sciences and School of Biomedical Sciences, University of Edinburgh, UK.
    Auer, Manfred
    School of Biological Sciences and School of Biomedical Sciences, University of Edinburgh, UK.
    Danielson, U Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Haybaeck, Johannes
    Institute of Pathology, Medical University of Graz, Austria.
    Kamali-Moghaddam, Masood
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Proximity-dependent initiation of hybridization chain reaction2015Ingår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 6, artikel-id 7294Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Sensitive detection of protein interactions and post-translational modifications of native proteins is a challenge for research and diagnostic purposes. A method for this, which could be used in point-of-care devices and high-throughput screening, should be reliable, cost effective and robust. To achieve this, here we design a method (proxHCR) that combines the need for proximal binding with hybridization chain reaction (HCR) for signal amplification. When two oligonucleotide hairpins conjugated to antibodies bind in close proximity, they can be activated to reveal an initiator sequence. This starts a chain reaction of hybridization events between a pair of fluorophore-labelled oligonucleotide hairpins, generating a fluorescent product. In conclusion, we show the applicability of the proxHCR method for the detection of protein interactions and posttranslational modifications in microscopy and flow cytometry. As no enzymes are needed, proxHCR may be an inexpensive and robust alternative to proximity ligation assays.

  • 12.
    Leuchowius, Karl-Johan
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Clausson, Carl-Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Erbilgin, Yücel
    Botling, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Zieba, Agata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Parallel Visualization of Multiple Protein Complexes in Individual Cells in Tumor Tissue2013Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics, ISSN 1535-9476, E-ISSN 1535-9484, Vol. 12, nr 6, s. 1563-1571Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Cellular functions are regulated and executed by complex protein interaction networks. Accordingly, it is essential to understand the interplay between proteins in determining the activity status of signaling cascades. New methods are therefore required to provide information on different protein interaction events at the single cell level in heterogeneous cell populations such as in tissue sections. Here, we describe a multiplex proximity ligation assay for simultaneous visualization of multiple protein complexes in situ. The assay is an enhancement of the original proximity ligation assay, and it is based on using proximity probes labeled with unique tag sequences that can be used to read out which probes, from a pool of probes, have bound a certain protein complex. Using this approach, it is possible to gain information on the constituents of different protein complexes, the subcellular location of the complexes, and how the balance between different complex constituents can change between normal and malignant cells, for example. As a proof of concept, we used the assay to simultaneously visualize multiple protein complexes involving EGFR, HER2, and HER3 homo- and heterodimers on a single-cell level in breast cancer tissue sections. The ability to study several protein complex formations concurrently at single cell resolution could be of great potential for a systems understanding, paving the way for improved disease diagnostics and possibilities for drug development.

  • 13.
    Zieba, Agata
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Gullberg, Mats
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Molecular tools for companion diagnostics2012Ingår i: New Biotechnology, ISSN 1871-6784, E-ISSN 1876-4347, Vol. 29, nr 6, s. 634-640Artikel, forskningsöversikt (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The heterogeneous nature of cancer results in highly variable therapeutic responses even among patients with identical stages and grades of a malignancy. The move towards personalised medicine in cancer therapy has therefore been motivated by a need to customise therapy according to molecular features of individual tumours. Companion diagnostics serves to support early drug development, it can provide surrogate markers in clinical trials, and also guide selection of individual therapies and monitoring of responses in routine clinical care. The era of companion diagnostics can be said to have begun with the introduction of the HercepTest - a first-of-a-kind diagnostic tool developed by DakoCytomation in 1998 to select patients for therapy with the anticancer drug Herceptin (trastuzumab). Herceptin and the paired test proved that companion diagnostics can help guide patient-tailored therapies. We will discuss herein technologies to analyse companion diagnostics markers at the level of DNA, RNA or protein, focusing on a series of methods developed in our laboratory that can facilitate drug development and help stratify patients for therapy.

1 - 13 av 13
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf