uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1 - 12 of 12
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Adler, Jeremy
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Parmryd, Ingela
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Colocalization Analysis in Fluorescence Microscopy2012Inngår i: Cell Imaging Techniques: Methods and Protocols / [ed] Taatjes, Douglas J. & Roth, Jürgen, New York: Humana Press, 2012, s. 97-109Kapittel i bok, del av antologi (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The measurement of colocalization requires images of two fluorophores that are aligned, with no cross talk, and that the intensities remain within the response range of the microscope. Quantitation depends upon differentiating between the presence and absence of fluorescence, and measurements should be made within biologically relevant regions of interest. Co-occurrence can be measured simply by area or with the M1 and M2 coefficients, and should be compared to random distributions. Correlation analysis should use the Pearson and Spearman coefficients, which need to be measured by replicate based noise corrected correlation to eliminate errors arising from differences in image quality. Ideally, both co-occurrence and correlation should be reported.

  • 2.
    Adler, Jeremy
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Parmryd, Ingela
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Quantification of Colocalisation; Co-Occurrence, Correlation, Empty Voxels, Regions of Interest and Thresholding2014Inngår i: Biophysical Journal, ISSN 0006-3495, E-ISSN 1542-0086, Vol. 106, nr 2, s. 602A-602AArtikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
    Abstract [en]

    Measuring colocalisation is not straightforward with a plethora of coefficients that encapsulate different definitions. Measurements may also be implemented differently. Not only do measurements differ; interconversion is impossible making comparisons challenging. There is a need to cull coefficients and for clear definitions of what precisely is meant by colocalisation in individual studies. Colocalisation can be considered to have two components; co-occurrence which reports whether the fluorophores are found together and correlation which reports on the similarity in their patterns of intensity.

  • 3.
    Adler, Jeremy
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Parmryd, Ingela
    Univ Gothenburg, Sahlgrenska Acad, Inst Biomed, Ingela Parmryd, Box 440, S-40530 Gothenburg, Sweden.
    Quantifying colocalization: the MOC is a hybrid coefficient - an uninformative mix of co-occurrence and correlation2019Inngår i: Journal of Cell Science, ISSN 0021-9533, E-ISSN 1477-9137, Vol. 132, nr 1, artikkel-id UNSP jcs222455Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 4.
    Adler, Jeremy
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Parmryd, Ingela
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Quantifying colocalization: thresholding, void voxels and the H-coef2014Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 9, nr 11, s. e111983-Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    A critical step in the analysis of images is identifying the area of interest e.g. nuclei. When the nuclei are brighter than the remainder of the image an intensity can be chosen to identify the nuclei. Intensity thresholding is complicated by variations in the intensity of individual nuclei and their intensity relative to their surroundings. To compensate thresholds can be based on local rather than global intensities. By testing local thresholding methods we found that the local mean performed poorly while the Phansalkar method and a new method based on identifying the local background were superior. A new colocalization coefficient, the Hcoef, highlights a number of controversial issues. (i) Are molecular interactions measurable (ii) whether to include voxels without fluorophores in calculations, and (iii) the meaning of negative correlations. Negative correlations can arise biologically (a) because the two fluorophores are in different places or (b) when high intensities of one fluorophore coincide with low intensities of a second. The cases are distinct and we argue that it is only relevant to measure correlation using pixels that contain both fluorophores and, when the fluorophores are in different places, to just report the lack of co-occurrence and omit these uninformative negative correlation. The Hcoef could report molecular interactions in a homogenous medium. But biology is not homogenous and distributions also reflect physico-chemical properties, targeted delivery and retention. The Hcoef actually measures a mix of correlation and co-occurrence, which makes its interpretation problematic and in the absence of a convincing demonstration we advise caution, favouring separate measurements of correlation and of co-occurrence.

  • 5.
    Adler, Jeremy
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Parmryd, Ingela
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Conventional analysis of movement on non-flat surfaces like the plasma membrane makes Brownian motion appear anomalous2019Inngår i: Communications Biology, ISSN 2399-3642, Vol. 2, artikkel-id 12Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
  • 6.
    Dinic, Jelena
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Riehl, Astrid
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Adler, Jeremy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Parmryd, Ingela
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    The T cell receptor resides in ordered plasma membrane nanodomains that aggregate upon patching of the receptor2015Inngår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 5, artikkel-id 10082Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Two related models for T cell signalling initiation suggest either that T cell receptor (TCR) engagement leads to its recruitment to ordered membrane domains, often referred to as lipid rafts, where signalling molecules are enriched or that ordered TCR-containing membrane nanodomains coalesce upon TCR engagement. That ordered domains form upon TCR engagement, as they do upon lipid raft marker patching, has not been considered. The target of this study was to differentiate between those three options. Plasma membrane order was followed in live T cells at 37 °C using laurdan to report on lipid packing. Patching of the TCR that elicits a signalling response resulted in aggregation, not formation, of ordered plasma membrane domains in both Jurkat and primary T cells. The TCR colocalised with actin filaments at the plasma membrane in unstimulated Jurkat T cells, consistent with it being localised to ordered membrane domains. The colocalisation was most prominent in cells in G1 phase when the cells are ready to commit to proliferation. At other cell cycle phases the TCR was mainly found at perinuclear membranes. Our study suggests that the TCR resides in ordered plasma membrane domains that are linked to actin filaments and aggregate upon TCR engagement.

  • 7.
    Hayashi, Makoto
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Majumdar, Arindam
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Li, Xiujuan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Adler, Jeremy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Sun, Zuyue
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Vertuani, Simona
    Hellberg, Carina
    Mellberg, Sofie
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Koch, Sina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Dimberg, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Koh, Gou Young
    Dejana, Elisabetta
    Belting, Heinz-Georg
    Affolter, Markus
    Thurston, Gavin
    Holmgren, Lars
    Vestweber, Dietmar
    Claesson-Welsh, Lena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    VE-PTP regulates VEGFR2 activity in stalk cells to establish endothelial cell polarity and lumen formation2013Inngår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 4, s. 1672-Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Vascular endothelial growth factor (VEGF) guides the path of new vessel sprouts by inducing VEGF receptor-2 activity in the sprout tip. In the stalk cells of the sprout, VEGF receptor-2 activity is downregulated. Here, we show that VEGF receptor-2 in stalk cells is dephosphorylated by the endothelium-specific vascular endothelial-phosphotyrosine phosphatase (VE-PTP). VE-PTP acts on VEGF receptor-2 located in endothelial junctions indirectly, via the Angiopoietin-1 receptor Tie2. VE-PTP inactivation in mouse embryoid bodies leads to excess VEGF receptor-2 activity in stalk cells, increased tyrosine phosphorylation of VE-cadherin and loss of cell polarity and lumen formation. Vessels in ve-ptp(-/-) teratomas also show increased VEGF receptor-2 activity and loss of endothelial polarization. Moreover, the zebrafish VE-PTP orthologue ptp-rb is essential for polarization and lumen formation in intersomitic vessels. We conclude that the role of Tie2 in maintenance of vascular quiescence involves VE-PTP-dependent dephosphorylation of VEGF receptor-2, and that VEGF receptor-2 activity regulates VE-cadherin tyrosine phosphorylation, endothelial cell polarity and lumen formation.

  • 8.
    Mahammad, Saleemulla
    et al.
    Stockholms universitet, Wenner-Grens institut.
    Dinic, Jelena
    Stockholms universitet, Wenner-Grens institut.
    Adler, Jeremy
    Stockholms universitet, Wenner-Grens institut.
    Parmryd, Ingela
    Stockholms universitet, Wenner-Grens institut.
    Limited cholesterol depletion causes aggregation of plasma membrane lipid raftsinducing T cell activation2010Inngår i: Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids, ISSN 1388-1981, E-ISSN 1879-2618, Vol. 1801, nr 6, s. 625-634Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Acute cholesterol depletion is generally associated with decreased or abolished T cell signalling but it can also cause T cell activation. This anomaly has been addressed in Jurkat T cells using progressive cholesterol depletion with methyl-beta-cyclodextrin (MBCD). At depletion levels higher than 50% there is substantial cell death, which explains reports of signalling inhibition. At 10–20% depletion levels, tyrosine phosphorylation is increased, ERK is activated and there is a small increase in cytoplasmic Ca2+. Peripheral actin polymerisation is also triggered by limited cholesterol depletion. Strikingly, the lipid raft marker GM1 aggregates upon cholesterol depletion and these aggregated domains concentrate the signalling proteins Lck and LAT, whereas the opposite is true for the non lipid raft marker the transferrin receptor. Using PP2, an inhibitor of Src family kinase activation, it is demonstrated that the lipid raft aggregation occurs independently of and thus upstream of the signalling response. Upon cholesterol depletion there is an increase in overall plasma membrane order, indicative of more ordered domains forming at the expense of disordered domains. That cholesterol depletion and not unspecific effects of MBCD was behind the reported results was confirmed by performing all experiments with MBCD–cholesterol, when no net cholesterol extraction took place. We conclude that non-lethal cholesterol depletion causes the aggregation of lipid rafts which then induces T cell signalling.

  • 9.
    Parmryd, Ingela
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Adler, Jeremy
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Colocalisation - the Tale of Co-Occurrence and Correlation2017Inngår i: Biophysical Journal, ISSN 0006-3495, E-ISSN 1542-0086, Vol. 112, nr 3, s. 294A-294AArtikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 10.
    Parmryd, Ingela
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Adler, Jeremy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Bernhem, Kristoffer
    Royal Inst Technol, Dept Appl Phys, Stockholm, Sweden..
    Membrane Topography can Cause Apparent Clustering - Identification and Differentiation from Genuine Clustering2018Inngår i: Biophysical Journal, ISSN 0006-3495, E-ISSN 1542-0086, Vol. 114, nr 3, s. 165A-165AArtikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 11.
    Parmryd, Ingela
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Adler, Jeremy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Cancer och vaskulärbiologi.
    Sintorn, Ida-Maria
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Strand, Robin
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Movement on Uneven Surfaces Displays Characteristic Features of Hop Diffusion2013Inngår i: Biophysical Journal, ISSN 0006-3495, E-ISSN 1542-0086, Vol. 104, nr 2, s. 524A-524AArtikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 12.
    Parmryd, Ingela
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Riehl, Astrid
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Dinic, Jelena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi.
    Adler, Jeremy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk cellbiologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Vaskulärbiologi.
    The T Cell Receptor Resides in Ordered Plasma Membrane Nanodomains that Aggregate Upon T Cell Activation2015Inngår i: Biophysical Journal, ISSN 0006-3495, E-ISSN 1542-0086, Vol. 108, nr 2, s. 98A-98AArtikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
1 - 12 of 12
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf