uu.seUppsala universitets publikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 12 av 12
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Analysis of signaling pathway activity in single cells using the in situ Proximity Ligation Assay2016Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    A cell that senses signals from its environment uses proteins for signal transduction via post translational modifications (PTMs) and protein- protein interactions (PPIs) from cell membrane into the nucleus where genes controlling cell proliferation, differentiation and apoptosis can be turned on or off, i.e. changing the phenotype or fate of the cell. Aberrations within such proteins are prone to cause diseases, such as cancer. Therefore, it is important so study aberrant signaling to be able to understand and treat diseases.

    In this thesis, signaling aberrations of PTMs and PPIs were analyzed with the use of the in situ proximity ligation assay (in situ PLA), and the thesis also contain method development of rolling circle amplification (RCA), which is the method used for signal amplification of in situ PLA reaction products.

    Paper I considers the integrity of RCA products. Here, the aim was to generate a smaller and more compact RCA product, for more accurate either visual or automated analysis. This was achieved with the use of an additional so called compaction oligonucleotide that during RCA was able to bind and pull segments of RCA products closer together. The compaction oligonucleotide served to increase the signal to noise ratio and decrease the number of false positive signals.

    The crosstalk between the Hippo and TGFβ signaling pathways were studied in paper II. Activity of the Hippo signaling pathway is regulated by cell density sensing and tissue control. We found differences in amounts and localization of interactions between the effector proteins of the two pathways depending on cell density and TGFβ stimulation.

    In paper III the NF-кB signaling pathway constitutively activated in chronic lymphocytic leukemia (CLL) was studied. A 4 base-pair frameshift deletion within the NFKBIE gene, which encodes the negative regulator IкBε, was found among 13 of a total 315 cases by the use of targeted deep sequencing. We found reduced levels of IкBε protein, decreased p65 inhibition, and increased phosphorylation, along with increased nuclear localization of p65 in NFKBIE deleted cases compared to healthy cases.

    Crosstalk between the Hippo and Wnt signaling pathway are studied within paper IV. Here, we found differences in cellular localization of TAZ/β-catenin interactions depending on colon cancer tumor stage and by further investigate Hippo/WNT crosstalk in cell line model systems we found an increase of complex formations involved in the crosstalk in sparse growing HEK293 cells compared to dense growing cells. Also, active WNT3a signaling was affected by cell density. Since cell density showed to have a big effect on Hippo/WNT crosstalk we continued to investigated the effect of E-cadherin, which has a function in cell junctions and maintenance of epithelial integrity on Hippo/WNT crosstalk. Interestingly, we found that E-cadherin is likely to regulate Hippo/WNT crosstalk.

    Delarbeten
    1. Compaction of rolling circle amplification products increases signal integrity and signal–to–noise ratio
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Compaction of rolling circle amplification products increases signal integrity and signal–to–noise ratio
    Visa övriga...
    2015 (Engelska)Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 5, s. 12317:1-10, artikel-id 12317Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Nationell ämneskategori
    Medicinsk bildbehandling
    Forskningsämne
    Datoriserad bildbehandling
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-260286 (URN)10.1038/srep12317 (DOI)000358358900001 ()26202090 (PubMedID)
    Forskningsfinansiär
    EU, FP7, Sjunde ramprogrammet, 278568EU, FP7, Sjunde ramprogrammet, 259796Vetenskapsrådet
    Tillgänglig från: 2015-07-23 Skapad: 2015-08-18 Senast uppdaterad: 2018-02-27Bibliografiskt granskad
    2. Crosstalk between Hippo and TGF beta: Subcellular Localization of YAP/TAZ/Smad Complexes
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Crosstalk between Hippo and TGF beta: Subcellular Localization of YAP/TAZ/Smad Complexes
    Visa övriga...
    2015 (Engelska)Ingår i: Journal of Molecular Biology, ISSN 0022-2836, E-ISSN 1089-8638, Vol. 427, nr 21, s. 3407-3415Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    The Hippo pathway plays a crucial role in growth control, proliferation and tumor suppression. Activity of the signaling pathway is associated with cell density sensing and tissue organization. Furthermore, the Hippo pathway helps to coordinate cellular processes through crosstalk with growth-factor-mediated signaling pathways such as TGF beta. Here we have examined the localization of interactions between proteins of the Hippo pathway (YAP/TAZ) and TGF beta (Smad2/3) signaling pathway by using in situ proximity ligation assays. We investigated the formation of protein complexes between YAP/TAZ and Smad2/3 and examined how these interactions were affected by TGF beta stimulation and cell density in HaCaT keratinocytes and in Smad4-deficient HT29 colon cancer cells. We demonstrate that TGF beta induces formation of YAP/TAZ-Smad2/3 complexes in HaCaT cells. Under sparse cell conditions, the complexes were detected to a higher degree and were predominantly located in the nucleus, while under dense culture conditions, the complexes were fewer and mainly located in the cytoplasm. Surprisingly, we could not detect any YAP/TAZ Smad2/3 complexes in HT29 cells. To examine if Smad4 deficiency was responsible for the absence of interactions, we treated HaCaT cells with siRNA targeting Smad4. However, we could still observe complex formation in the siRNA-treated cells, suggesting that Smad4 is not essential for the YAP Smad2/3 interaction. In conclusion, this study shows localized, density-dependent formation of YAP/TAZ Smad2/3 complexes in HaCaT cells and provides evidence supporting a crosstalk between the Hippo and the TGF beta signaling pathways.

    Nationell ämneskategori
    Biokemi och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-268434 (URN)10.1016/j.jmb.2015.04.015 (DOI)000363823200006 ()25937570 (PubMedID)
    Forskningsfinansiär
    EU, FP7, Sjunde ramprogrammet, 278568Vetenskapsrådet
    Tillgänglig från: 2015-12-04 Skapad: 2015-12-04 Senast uppdaterad: 2017-12-01Bibliografiskt granskad
    3. Functional loss of IκBε leads to NF-κB deregulation in aggressive chronic lymphocytic leukemia
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Functional loss of IκBε leads to NF-κB deregulation in aggressive chronic lymphocytic leukemia
    Visa övriga...
    2015 (Engelska)Ingår i: Journal of Experimental Medicine, ISSN 0022-1007, E-ISSN 1540-9538, Vol. 212, nr 6, s. 833-843Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
    Abstract [en]

    NF-κB is constitutively activated in chronic lymphocytic leukemia (CLL); however, the implicated molecular mechanisms remain largely unknown. Thus, we performed targeted deep sequencing of 18 core complex genes within the NF-κB pathway in a discovery and validation CLL cohort totaling 315 cases. The most frequently mutated gene was NFKBIE (21/315 cases; 7%), which encodes IκBε, a negative regulator of NF-κB in normal B cells. Strikingly, 13 of these cases carried an identical 4-bp frameshift deletion, resulting in a truncated protein. Screening of an additional 377 CLL cases revealed that NFKBIE aberrations predominated in poor-prognostic patients and were associated with inferior outcome. Minor subclones and/or clonal evolution were also observed, thus potentially linking this recurrent event to disease progression. Compared with wild-type patients, NFKBIE-deleted cases showed reduced IκBε protein levels and decreased p65 inhibition, along with increased phosphorylation and nuclear translocation of p65. Considering the central role of B cell receptor (BcR) signaling in CLL pathobiology, it is notable that IκBε loss was enriched in aggressive cases with distinctive stereotyped BcR, likely contributing to their poor prognosis, and leading to an altered response to BcR inhibitors. Because NFKBIE deletions were observed in several other B cell lymphomas, our findings suggest a novel common mechanism of NF-κB deregulation during lymphomagenesis.

    Nationell ämneskategori
    Cell- och molekylärbiologi
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-279237 (URN)10.1084/jem.20142009 (DOI)000355569300001 ()25987724 (PubMedID)
    Forskningsfinansiär
    Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), b2011080CancerfondenVetenskapsrådetNIH (National Institute of Health), CA81554; CA081554EU, Europeiska forskningsrådet, 259796EU, FP7, Sjunde ramprogrammet, 306242
    Tillgänglig från: 2016-02-29 Skapad: 2016-02-29 Senast uppdaterad: 2018-01-10Bibliografiskt granskad
    4. Crosstalk between WNT and Hippo signaling pathways is affected by cell density and loss of or mutated E-cadherin protein, associated to HDGC.
    Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Crosstalk between WNT and Hippo signaling pathways is affected by cell density and loss of or mutated E-cadherin protein, associated to HDGC.
    Visa övriga...
    (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Nationell ämneskategori
    Medicin och hälsovetenskap
    Forskningsämne
    Molekylär medicin
    Identifikatorer
    urn:nbn:se:uu:diva-281714 (URN)
    Tillgänglig från: 2016-03-29 Skapad: 2016-03-29 Senast uppdaterad: 2016-05-12
  • 2.
    Arngården, Linda
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Löf, Liza
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Crosstalk between WNT and Hippo signaling pathways changes upon colon cancer stage and is affected by cell density and loss of or mutated E-cadherin proteinManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 3.
    Clausson, Carl-Magnus
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Ishaq, Omer
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Kühnemund, Malte
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Koos, Björn
    Qian, Xiaoyan
    Ranefall, Petter
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Krzywkowski, Tomasz
    Brismar, Hjalmar
    Nilsson, Mats
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Bildanalys och människa-datorinteraktion.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Compaction of rolling circle amplification products increases signal integrity and signal–to–noise ratio2015Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 5, s. 12317:1-10, artikel-id 12317Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 4.
    Clausson, Carl-Magnus
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Ishaq, Omer
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion.
    Wählby, Carolina
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Matematisk-datavetenskapliga sektionen, Institutionen för informationsteknologi, Avdelningen för visuell information och interaktion. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Krzywkowski, Tomasz
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Compaction of rolling circle amplification products increases signal strength and integrityManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 5.
    Fristedt Duvefelt, Charlotte
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Lub, Susanne
    Department of Hematology and Immunology, Myeloma Center Brussels, Vrije Universiteit Brussel, (VUB) Belgium..
    Prasoon, Agarwal
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Hammarberg, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Maes, Ken
    Van Valckenborgh, Els
    Department of Hematology and Immunology, Myeloma Center Brussels, Vrije Universiteit Brussel, (VUB) Belgium..
    Vanderkerekn, Karin
    Department of Hematology and Immunology, Myeloma Center Brussels, Vrije Universiteit Brussel, (VUB) Belgium..
    Jernberg-Wiklund, Helena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Increased resistance to proteaome inhibitors in multiple myeloma mediated by cIAP2: implications for a combinatorial treatment2015Ingår i: OncoTarget, ISSN 1949-2553, E-ISSN 1949-2553, Vol. 6, nr 24, s. 20621-20635Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Despite the introduction of new treatment options for multiple myeloma (MM), a majority of patients relapse due to the development of resistance. Unraveling new mechanisms underlying resistance could lead to identification of possible targets for combinatorial treatment. Using TRAF3 deleted/mutated MM cell lines, we evaluated the role of the cellular inhibitor of apoptosis 2 (cIAP2) in drug resistance and uncovered the plausible mechanisms underlying this resistance and possible strategies to overcome this by combinatorial treatment. In MM, cIAP2 is part of the gene signature of aberrant NF-kappa B signaling and is heterogeneously expressed amongst MM patients. In cIAP2 overexpressing cells a decreased sensitivity to the proteasome inhibitors bortezomib, MG132 and carfilzomib was observed. Gene expression analysis revealed that 440 genes were differentially expressed due to cIAP2 overexpression. Importantly, the data imply that cIAPs are rational targets for combinatorial treatment in the population of MM with deleted/mutated TRAF3. Indeed, we found that treatment with the IAP inhibitor AT-406 enhanced the anti-MM effect of bortezomib in the investigated cell lines. Taken together, our results show that cIAP2 is an important factor mediating bortezomib resistance in MM cells harboring TRAF3 deletion/mutation and therefore should be considered as a target for combinatorial treatment.

  • 6.
    Grannas, Karin
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Lönn, Peter
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala Univ, Dept Immunol Genet & Pathol, Sci Life Lab, S-75185 Uppsala, Sweden..
    Mazurkiewicz, Magdalena
    Karolinska Univ Hosp, Dept Oncol Pathol, S-17176 Stockholm, Sweden..
    Blokzij, Andries
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Zieba Wicher, Agata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Crosstalk between Hippo and TGF beta: Subcellular Localization of YAP/TAZ/Smad Complexes2015Ingår i: Journal of Molecular Biology, ISSN 0022-2836, E-ISSN 1089-8638, Vol. 427, nr 21, s. 3407-3415Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The Hippo pathway plays a crucial role in growth control, proliferation and tumor suppression. Activity of the signaling pathway is associated with cell density sensing and tissue organization. Furthermore, the Hippo pathway helps to coordinate cellular processes through crosstalk with growth-factor-mediated signaling pathways such as TGF beta. Here we have examined the localization of interactions between proteins of the Hippo pathway (YAP/TAZ) and TGF beta (Smad2/3) signaling pathway by using in situ proximity ligation assays. We investigated the formation of protein complexes between YAP/TAZ and Smad2/3 and examined how these interactions were affected by TGF beta stimulation and cell density in HaCaT keratinocytes and in Smad4-deficient HT29 colon cancer cells. We demonstrate that TGF beta induces formation of YAP/TAZ-Smad2/3 complexes in HaCaT cells. Under sparse cell conditions, the complexes were detected to a higher degree and were predominantly located in the nucleus, while under dense culture conditions, the complexes were fewer and mainly located in the cytoplasm. Surprisingly, we could not detect any YAP/TAZ Smad2/3 complexes in HT29 cells. To examine if Smad4 deficiency was responsible for the absence of interactions, we treated HaCaT cells with siRNA targeting Smad4. However, we could still observe complex formation in the siRNA-treated cells, suggesting that Smad4 is not essential for the YAP Smad2/3 interaction. In conclusion, this study shows localized, density-dependent formation of YAP/TAZ Smad2/3 complexes in HaCaT cells and provides evidence supporting a crosstalk between the Hippo and the TGF beta signaling pathways.

  • 7.
    Klaesson, Axel
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Ebai, Tonge
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Heldin, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Koos, Björn
    Department of Systemic Cell Biology, Max Planck Institute of Molecular Physiology, Dortmund, Germany.
    Leino, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Raykova, Doroteya
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Oelrich, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Improved efficiency of in situ protein analysis by proximity ligation using UnFold probes2018Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 8, artikel-id 5400Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We have redesigned probes for in situ proximity ligation assay (PLA), resulting in more efficient localized detection of target proteins. In situ PLA depends on recognition of target proteins by pairs of antibody-oligonucleotide conjugates (PLA probes), which jointly give rise to DNA circles that template localized rolling circle amplification reactions. The requirement for dual recognition of the target proteins improves selectivity by ignoring any cross-reactivity not shared by the antibodies, and it allows detection of protein-protein interactions and post-translational modifications. We herein describe an improved design of the PLA probes -UnFold probes - where all elements required for formation of circular DNA strands are incorporated in the probes. Premature interactions between the UnFold probes are prevented by including an enzymatic "unfolding" step in the detection reactions. This allows DNA circles to form by pairs of reagents only after excess reagents have been removed. We demonstrate the performance of UnFold probes for detection of protein-protein interactions and post-translational modifications in fixed cells and tissues, revealing considerably more efficient signal generation. We also apply the UnFold probes to detect IL-6 in solution phase after capture on solid supports, demonstrating increased sensitivity over both normal sandwich enzyme-linked immunosorbent assays and conventional PLA assays.

  • 8.
    Koos, Björn
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Cane, Gaëlle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Clausson, Carl-Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Proximity Depended Initiation of Hybridization Chain ReactionManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Background: Sensitive detection of protein interactions and post-translational modifications of native proteins is a challenge for research and diagnostic purposes. A method for this, which could be used in point of care devices should be cheap and robust.

    Results: Building on hybridization chain reaction, we designed a four hairpin system which is metastable in solution at 37°C for several hours and undergoes rapid signal amplification upon introduction of an initiator oligonucleotide. When the proximity hairpins are conjugated to antibodies these proximity probes in combination with the HCR hairpins and the initiator oligonucleotide provide a specific, enzyme free method to detect HIF-1α/HIF-1β and potentially other protein interactions and PTMs in situ. Furthermore it was possible to detect single proteins in the different compartments of the cell, further proving the specificity of this technique.

    Conclusion: In this study we present proximity dependent HCR, which is a cheap and robust method to detect protein interactions and post-translational modifications. Because of its independence from enzymes the technique has only low demands on storage and handling which makes it interesting for point of care devices.

  • 9.
    Koos, Björn
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Cane, Gaëlle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Grannas, Karin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Löf, Liza
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Heldin, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Clausson, Carl-Magnus
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Klaesson, Axel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hirvonen, M Karoliina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    de Oliveira, Felipe Marques Souza
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Talibov, Vladimir O
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Pham, Nhan T
    School of Biological Sciences and School of Biomedical Sciences, University of Edinburgh, UK.
    Auer, Manfred
    School of Biological Sciences and School of Biomedical Sciences, University of Edinburgh, UK.
    Danielson, U Helena
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Biokemi.
    Haybaeck, Johannes
    Institute of Pathology, Medical University of Graz, Austria.
    Kamali-Moghaddam, Masood
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Proximity-dependent initiation of hybridization chain reaction2015Ingår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 6, artikel-id 7294Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Sensitive detection of protein interactions and post-translational modifications of native proteins is a challenge for research and diagnostic purposes. A method for this, which could be used in point-of-care devices and high-throughput screening, should be reliable, cost effective and robust. To achieve this, here we design a method (proxHCR) that combines the need for proximal binding with hybridization chain reaction (HCR) for signal amplification. When two oligonucleotide hairpins conjugated to antibodies bind in close proximity, they can be activated to reveal an initiator sequence. This starts a chain reaction of hybridization events between a pair of fluorophore-labelled oligonucleotide hairpins, generating a fluorescent product. In conclusion, we show the applicability of the proxHCR method for the detection of protein interactions and posttranslational modifications in microscopy and flow cytometry. As no enzymes are needed, proxHCR may be an inexpensive and robust alternative to proximity ligation assays.

  • 10.
    Löf, Liza
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Olsson-Strömberg, Ulla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Hematologi.
    Siart, Benjamin
    Jansson, Mattias
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahlin, Joakim S
    Thörn, Ingrid
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi.
    Christiansson, Lisa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk immunologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hermansson, Monica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Larsson, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Biokemisk struktur och funktion.
    Ahlstrand, Erik
    Wålinder, Göran
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Farmaceutiska fakulteten, Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Landegren, Ulf
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Kamali-Moghaddam, Masood
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Flow Cytometric Measurement of Blood Cells with BCR-ABL1 Fusion Protein in Chronic Myeloid Leukemia2017Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 7, s. 1-9, artikel-id 623Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Chronic myeloid leukemia (CML) is characterized in the majority of cases by a t(9;22)(q34;q11) translocation, also called the Philadelphia chromosome, giving rise to the BCR-ABL1 fusion protein. Current treatment with tyrosine kinase inhibitors is directed against the constitutively active ABL1 domain of the fusion protein, and minimal residual disease (MRD) after therapy is monitored by real-time quantitative PCR (RQ-PCR) of the fusion transcript. Here, we describe a novel approach to detect and enumerate cells positive for the BCR-ABL1 fusion protein by combining the in situ proximity ligation assay with flow cytometry as readout (PLA-flow). By targeting of the BCR and ABL1 parts of the fusion protein with one antibody each, and creating strong fluorescent signals through rolling circle amplification, PLA-flow allowed sensitive detection of cells positive for the BCR-ABL1 fusion at frequencies as low as one in 10,000. Importantly, the flow cytometric results correlated strongly to those of RQ-PCR, both in diagnostic testing and for MRD measurements over time. In summary, we believe this flow cytometry-based method can serve as an attractive approach for routine measurement of cells harboring BCR-ABL1 fusions, also allowing simultaneously assessment of other cell surface markers as well as sensitive longitudinal follow-up.

  • 11.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Bondza, Sina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk strålningsvetenskap.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Bhoi, Sujata
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Larsson, Jimmy
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Beräknings- och systembiologi.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Kalushkova, Antonia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Falk-Sörqvist, Elin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Plevova, Karla
    Muggen, Alice
    Yan, Xiao-Jie
    Sander, Birgitta
    Enblad, Gunilla
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, Karin E.
    Juliusson, Gunnar
    Belessi, Chrysoula
    Chiorazzi, Nicholas
    Strefford, Jonathan C.
    Langerak, Anton W.
    Pospisilova, Sarka
    Davi, Frederic
    Hellström, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Wiklund, Helena Jernberg
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ghia, Paolo
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Rosenquist, Richard
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Recurrent Mutations within the Nfkbie gene: A Novel Mechanism for NF-kappa B Deregulation in Aggressive Chronic Lymphocytic Leukemia2014Ingår i: Blood, ISSN 0006-4971, E-ISSN 1528-0020, Vol. 124, nr 21Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
  • 12.
    Mansouri, Larry
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sutton, Lesley-Ann
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ljungström, Viktor
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Bondza, Sina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för radiologi, onkologi och strålningsvetenskap, Enheten för biomedicinsk strålningsvetenskap. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Arngården, Linda
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Bhoi, Sujata
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Larsson, Jimmy
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Cortese, Diego
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Kalushkova, Antonia
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Plevova, Karla
    Central European Institute of Technology, Masaryk University & University Hospital Brno, Brno, Czech Republic.
    Young, Emma
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Gunnarsson, Rebeqa
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Falk Sörqvist, Elin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lönn, Peter
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Muggen, Alice F.
    Department of Immunology, Erasmus MC, University Medical Center Rotterdam, the Netherlands.
    Yan, Xiao-Jie
    The Karches Center for Chronic Lymphocytic Leukemia Research, The Feinstein Institute for Medical Research, Manhasset, New York, United States of America, .
    Sander, Birgitta
    Department of Laboratory Medicine, Division of Pathology, Karolinska Institutet and Karolinska University Hospital, Stockholm, Sweden.
    Enblad, Gunilla
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Smedby, Karin E.
    Department of Medicine, Clinical Epidemiology Unit, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden.
    Juliusson, Gunnar
    Department of Laboratory Medicine, Stem Cell Center, Hematology and Transplantation, Lund University, Lund, Sweden.
    Belessi, Chrysoula
    Hematology Department, General Hospital of Nikea, Piraeus, Greece.
    Rung, Johan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Chiorazzi, Nicholas
    The Karches Center for Chronic Lymphocytic Leukemia Research, The Feinstein Institute for Medical Research, Manhasset, New York, United States of America.
    Strefford, Jonathan C.
    Cancer Sciences, Faculty of Medicine, University of Southampton, Southampton, UK.
    Langerak, Anton W.
    Department of Immunology, Erasmus MC, University Medical Center Rotterdam, the Netherlands.
    Pospisilova, Sarka
    Central European Institute of Technology, Masaryk University & University Hospital Brno, Brno, Czech Republic.
    Davi, Frederic
    AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Department of Hematology, and Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR_S 1138, Centre de Recherche des Cordeliers, Paris, France.
    Hellström, Mats
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Jernberg Wiklund, Helena
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Ghia, Paolo
    Division of Experimental Oncology, Department of Onco-Haematology, IRCCS Istituto Scientifico San Raffaele, Fondazione Centro San Raffaele, Università Vita-Salute San Raffaele, Milan, Italy.
    Söderberg, Ola
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg.
    Stamatopoulos, Kostas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. nstitute of Applied Biosciences, Center for Research and Technology, Thessaloniki, Greece.
    Nilsson, Mats
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för genetik och patologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylära verktyg. Science for Life Laboratory, Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University, Stockholm, Sweden.
    Rosenquist Brandell, Richard
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Experimentell och klinisk onkologi.
    Functional loss of IκBε leads to NF-κB deregulation in aggressive chronic lymphocytic leukemia2015Ingår i: Journal of Experimental Medicine, ISSN 0022-1007, E-ISSN 1540-9538, Vol. 212, nr 6, s. 833-843Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    NF-κB is constitutively activated in chronic lymphocytic leukemia (CLL); however, the implicated molecular mechanisms remain largely unknown. Thus, we performed targeted deep sequencing of 18 core complex genes within the NF-κB pathway in a discovery and validation CLL cohort totaling 315 cases. The most frequently mutated gene was NFKBIE (21/315 cases; 7%), which encodes IκBε, a negative regulator of NF-κB in normal B cells. Strikingly, 13 of these cases carried an identical 4-bp frameshift deletion, resulting in a truncated protein. Screening of an additional 377 CLL cases revealed that NFKBIE aberrations predominated in poor-prognostic patients and were associated with inferior outcome. Minor subclones and/or clonal evolution were also observed, thus potentially linking this recurrent event to disease progression. Compared with wild-type patients, NFKBIE-deleted cases showed reduced IκBε protein levels and decreased p65 inhibition, along with increased phosphorylation and nuclear translocation of p65. Considering the central role of B cell receptor (BcR) signaling in CLL pathobiology, it is notable that IκBε loss was enriched in aggressive cases with distinctive stereotyped BcR, likely contributing to their poor prognosis, and leading to an altered response to BcR inhibitors. Because NFKBIE deletions were observed in several other B cell lymphomas, our findings suggest a novel common mechanism of NF-κB deregulation during lymphomagenesis.

1 - 12 av 12
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf