uu.seUppsala universitets publikasjoner
Endre søk
Begrens søket
1 - 18 of 18
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Abramov, Sergei
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Kazan Fed Univ, Inst Fundamental Med & Biol, Kazan, Russia.
    Kozyrev, Sergey V.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Farias, Fabiana H. G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Washington Univ, Genome Inst, Sch Med, St Louis, MO USA.
    Dahlqvist, Johanna
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
    Leonard, Dag
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wilbe, Maria
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Swedish Univ Agr Sci SLU, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden.
    Alexsson, Andrei
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pielberg, Gerli
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hansson-Hamlin, H.
    Swedish Univ Agr Sci SLU, Dept Clin Sci, Uppsala, Sweden.
    Andersson, G.
    Swedish Univ Agr Sci SLU, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ronnblom, L.
    Swedish Univ Agr Sci SLU, Dept Clin Sci, Uppsala, Sweden.
    Lindblad-Toh, Kerstin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    The risk allele A of rs200395694 associated with SLE in Swedish patients affects on MEF2D gene regulation and alternative splicing2018Inngår i: Human Gene Therapy, ISSN 1043-0342, E-ISSN 1557-7422, Vol. 29, nr 12, s. A44-A44Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 2. Allum, Fiona
    et al.
    Shao, Xiaojian
    Guénard, Frédéric
    Simon, Marie-Michelle
    Busche, Stephan
    Caron, Maxime
    Lambourne, John
    Lessard, Julie
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Hedman, Åsa K
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär epidemiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kwan, Tony
    Ge, Bing
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    McCarthy, Mark I
    Deloukas, Panos
    Richmond, Todd
    Burgess, Daniel
    Spector, Timothy D
    Tchernof, André
    Marceau, Simon
    Lathrop, Mark
    Vohl, Marie-Claude
    Pastinen, Tomi
    Grundberg, Elin
    Characterization of functional methylomes by next-generation capture sequencing identifies novel disease-associated variants2015Inngår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 6, artikkel-id 7211Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Most genome-wide methylation studies (EWAS) of multifactorial disease traits use targeted arrays or enrichment methodologies preferentially covering CpG-dense regions, to characterize sufficiently large samples. To overcome this limitation, we present here a new customizable, cost-effective approach, methylC-capture sequencing (MCC-Seq), for sequencing functional methylomes, while simultaneously providing genetic variation information. To illustrate MCC-Seq, we use whole-genome bisulfite sequencing on adipose tissue (AT) samples and public databases to design AT-specific panels. We establish its efficiency for high-density interrogation of methylome variability by systematic comparisons with other approaches and demonstrate its applicability by identifying novel methylation variation within enhancers strongly correlated to plasma triglyceride and HDL-cholesterol, including at CD36. Our more comprehensive AT panel assesses tissue methylation and genotypes in parallel at ∼4 and ∼3 M sites, respectively. Our study demonstrates that MCC-Seq provides comparable accuracy to alternative approaches but enables more efficient cataloguing of functional and disease-relevant epigenetic and genetic variants for large-scale EWAS.

    Fulltekst (pdf)
    fulltext
  • 3.
    Berggren, Olof
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Alexsson, Andrei
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Morris, David
    King’s College London School of Medicine, Guy’s Hospital, London.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Weber, Gert
    Free University of Berlin.
    Vyse, Timothy
    King’s College London School of Medicine, Guy’s Hospital, London.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    IFN-α production by plasmacytoid dendritic cell associations with polymorphisms in gene loci related to autoimmune and inflammatory diseases2015Inngår i: Human Molecular Genetics, ISSN 0964-6906, E-ISSN 1460-2083, Vol. 24, nr 12, s. 3571-3581Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The type I interferon (IFN) system is persistently activated in systemic lupus erythematosus (SLE) and many other systemic autoimmune diseases. Studies have shown an association between SLE and several gene variants within the type I IFN system. We investigated whether single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with SLE and other autoimmune diseases affect the IFN-α production in healthy individuals. Plasmacytoid dendritic cells (pDCs), B and NK cells were isolated from peripheral blood of healthy individuals and stimulated with RNA-containing immune complexes (IC), herpes simplex virus (HSV) or the oligonucleotide ODN2216. IFN-α production by pDCs alone or in cocultures with B or NK cells was measured by an immunoassay. All donors were genotyped with the 200K ImmunoChip and a 5bp CGGGG length polymorphism in the IFN regulatory factor 5 gene (IRF5) was genotyped by PCR. We found associations between IFN-α production and 18-86 SNPs (p ≤ 0.001), depending on the combination of the stimulated cell types. However, only three of these associated SNPs were shared between the cell type combinations. Several SNPs showed novel associations to the type I IFN system among all the associated SNPs, while some loci have been described earlier for their association with SLE. Furthermore, we found that the SLE-risk variant of the IRF5 CGGGG-indel was associated with lower IFN-α production. We conclude that the genetic variants affecting the IFN-α production highlight the intricate regulation of the type I IFN system and the importance of understanding the mechanisms behind the dysregulated type I IFN system in SLE.

  • 4.
    Berggren, Olof
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Alexsson, Andrei
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Syvanen, A-C
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Effect of single-nucleotide polymorphisms on type I interferon production by plasmacytoid dendritic cells stimulated with SLE-associated immune complexes2014Inngår i: Scandinavian Journal of Rheumatology, ISSN 0300-9742, E-ISSN 1502-7732, Vol. 43, nr S127, s. 92-92Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 5.
    Carlsson Almlöf, Jonas
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Alexsson, Andrei
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Imgenberg-Kreuz, Juliana
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin.
    Sylwan, Lina
    Karolinska Inst, Dept Biosci & Nutr, Sci Life Lab SciLifeLab, Solna, Sweden..
    Bäcklin, Christofer
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Leonard, Dag
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nordmark, Gunnel
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Padyukov, Leonid
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Bengtsson, Christine
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med Rheumatol, Umea, Sweden..
    Jonsen, Andreas
    Lund Univ, Skane Univ Hosp, Dept Clin Sci, Rheumatol, Lund, Sweden..
    Dahlqvist, Solbritt Rantapaa
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med Rheumatol, Umea, Sweden..
    Sjowall, Christopher
    Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, AIR Rheumatol, Linkoping, Sweden..
    Bengtsson, Anders A.
    Lund Univ, Skane Univ Hosp, Dept Clin Sci, Rheumatol, Lund, Sweden..
    Gunnarsson, Iva
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Svenungsson, Elisabet
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sandling, Johanna K.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Novel risk genes for systemic lupus erythematosus predicted by random forest classification2017Inngår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 7, artikkel-id 6236Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Genome-wide association studies have identified risk loci for SLE, but a large proportion of the genetic contribution to SLE still remains unexplained. To detect novel risk genes, and to predict an individual's SLE risk we designed a random forest classifier using SNP genotype data generated on the "Immunochip" from 1,160 patients with SLE and 2,711 controls. Using gene importance scores defined by the random forest classifier, we identified 15 potential novel risk genes for SLE. Of them 12 are associated with other autoimmune diseases than SLE, whereas three genes (ZNF804A, CDK1, and MANF) have not previously been associated with autoimmunity. Random forest classification also allowed prediction of patients at risk for lupus nephritis with an area under the curve of 0.94. By allele-specific gene expression analysis we detected cis-regulatory SNPs that affect the expression levels of six of the top 40 genes designed by the random forest analysis, indicating a regulatory role for the identified risk variants. The 40 top genes from the prediction were overrepresented for differential expression in B and T cells according to RNA-sequencing of samples from five healthy donors, with more frequent over-expression in B cells compared to T cells.

    Fulltekst (pdf)
    fulltext
  • 6.
    Chemin, Karine
    et al.
    Karolinska Inst, Rheumatol Unit, Dept Med, Med, Stockholm, Sweden..
    Pollastro, Sabrina
    Dept Clin Immunol & Rheumatol, Amsterdam, Netherlands..
    James, Eddie
    Virginia Mason, Benaroya Res Inst, Seattle, WA USA..
    Ge, Changrong
    Karolinska Inst, Dept Med Biochem & Biophys, Med Inflammat Res, Stockholm, Sweden..
    Albrecht, Inka
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Herrath, Jessica
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Gerstner, Christina
    Karolinska Univ Hosp, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Rizzi, Thais
    Dept Clin Immunol & Rheumatol, Amsterdam, Netherlands..
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Catrina, Anca I.
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Unit Rheumatol, Karolinska Univ Hosp, Stockholm, Sweden..
    Holmdahl, Rikard
    Karolinska Inst, Dept Med Biochem & Biophys, Stockholm, Sweden..
    Klareskog, L.
    Karolinska Univ Hosp, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    De Vries, Niek
    Univ Amsterdam, Acad Med Ctr, Dept Clin Immunol & Rheumatol, Amsterdam Rheumatol & Immunol Ctr, NL-1105 AZ Amsterdam, Netherlands..
    Malmstrom, Vivianne
    Karolinska Univ Hosp, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    A Novel HLA-DRB1*10:01 Restricted T Cell Epitope from Citrullinated Type II Collagen Relevant for Rheumatoid Arthritis2015Inngår i: Arthritis & Rheumatology, ISSN 2326-5191, E-ISSN 2326-5205, Vol. 67, nr Suppl. 10, artikkel-id 1946Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 7.
    Chemin, Karine
    et al.
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Karolinska University Hospital Solna, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    Ramsköld, Daniel
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Karolinska University Hospital Solna, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    Diaz-Gallo, Lina-Marcela
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Karolinska University Hospital Solna, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    Herrath, Jessica
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Karolinska University Hospital Solna, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    Houtman, Miranda
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Karolinska University Hospital Solna, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Catrina, Anca
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Karolinska University Hospital Solna, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    Malmström, Vivianne
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Karolinska University Hospital Solna, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
    EOMES-positive CD4+ T cells are increased in PTPN22 (1858T) risk allele carriers.2018Inngår i: European Journal of Immunology, ISSN 0014-2980, E-ISSN 1521-4141, Vol. 48, nr 4, s. 655-669Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    The presence of the PTPN22 risk allele (1858T) is associated with several autoimmune diseases including rheumatoid arthritis (RA). Despite a number of studies exploring the function of PTPN22 in T cells, the exact impact of the PTPN22 risk allele on T-cell function in humans is still unclear. In this study, using RNA sequencing, we show that, upon TCR-activation, naïve human CD4+ T cells homozygous for the PTPN22 risk allele overexpress a set of genes including CFLAR and 4-1BB, which are important for cytotoxic T-cell differentiation. Moreover, the protein expression of the T-box transcription factor Eomesodermin (EOMES) was increased in T cells from healthy donors homozygous for the PTPN22 risk allele and correlated with a decreased number of naïve CD4+ T cells. There was no difference in the frequency of other CD4+ T cell subsets (Th1, Th17, Tfh, Treg). Finally, an accumulation of EOMES+CD4+ T cells was observed in synovial fluid of RA patients with a more pronounced production of Perforin-1 in PTPN22 risk allele carriers. Altogether, we propose a novel mechanism of action of PTPN22 risk allele through the generation of cytotoxic CD4+ T cells and identify EOMES+CD4+ T cells as a relevant T-cell subset in RA pathogenesis.

  • 8.
    Eriksson, D.
    et al.
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden.;Metab & Diabet Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol, Stockholm, Sweden..
    Bianchi, Matteo
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Landegren, Nils
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden..
    Nordin, Jessika
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dalin, Frida
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden..
    Mathioudaki, Argyri
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Eriksson, G. N.
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Hultin-Rosenberg, Lina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahlqvist, Johanna
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
    Zetterqvist, H.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Karlsson, Andreas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hallgren, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Infektionssjukdomar. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden..
    Farias, F. H. G.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Murén, Eva
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ahlgren, Kerstin M.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lobell, Anna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Andersson, G.
    Swedish Univ Agr Sci, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden..
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahlqvist, S. R.
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med, Umea, Sweden..
    Soderkvist, P.
    Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden..
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hulting, A. -L
    Wahlberg, J.
    Linkoping Univ, Dept Endocrinol, Dept Med & Hlth Sci, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden..
    Ekwall, O.
    Univ Gothenburg, Sahlgrenska Acad, Dept Pediat, Inst Clin Sci, Gothenburg, Sweden.;Univ Gothenburg, Dept Rheumatol & Inflammat Res, Inst Med, Sahlgrenska Acad, Gothenburg, Sweden..
    Dahlqvist, P.
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med, Umea, Sweden..
    Meadows, Jennifer R. S.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Bensing, S.
    Metab & Diabet Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden..
    Lindblad-Toh, Kerstin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA..
    Kämpe, Olle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden.;Metab & Diabet Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol, Stockholm, Sweden..
    Pielberg, Gerli R.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik.
    Extended exome sequencing identifies BACH2 as a novel major risk locus for Addison's disease2016Inngår i: Journal of Internal Medicine, ISSN 0954-6820, E-ISSN 1365-2796, Vol. 286, nr 6, s. 595-608Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    BackgroundAutoimmune disease is one of the leading causes of morbidity and mortality worldwide. In Addison's disease, the adrenal glands are targeted by destructive autoimmunity. Despite being the most common cause of primary adrenal failure, little is known about its aetiology. MethodsTo understand the genetic background of Addison's disease, we utilized the extensively characterized patients of the Swedish Addison Registry. We developed an extended exome capture array comprising a selected set of 1853 genes and their potential regulatory elements, for the purpose of sequencing 479 patients with Addison's disease and 1394 controls. ResultsWe identified BACH2 (rs62408233-A, OR = 2.01 (1.71-2.37), P = 1.66 x 10(-15), MAF 0.46/0.29 in cases/controls) as a novel gene associated with Addison's disease development. We also confirmed the previously known associations with the HLA complex. ConclusionWhilst BACH2 has been previously reported to associate with organ-specific autoimmune diseases co-inherited with Addison's disease, we have identified BACH2 as a major risk locus in Addison's disease, independent of concomitant autoimmune diseases. Our results may enable future research towards preventive disease treatment.

    Fulltekst (pdf)
    fulltext
  • 9.
    Eriksson, Daniel
    et al.
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden;Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol Metab & Diabet, Stockholm, Sweden.
    Bianchi, Matteo
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Landegren, Nils
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Autoimmunitet. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden.
    Dalin, Frida
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Dermatologi och venereologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden.
    Skov, Jakob
    Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Hultin-Rosenberg, Lina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mathioudaki, Argyri
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nordin, Jessika
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hallgren, Asa
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden.
    Andersson, Goran
    Swedish Univ Agr Sci, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahlqvist, Solbritt Rantapaa
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med, Umea, Sweden.
    Soderkvist, Peter
    Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hulting, Anna-Lena
    Wahlberg, Jeanette
    Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden;Linkoping Univ, Dept Endocrinol, Linkoping, Sweden;Linkoping Univ, Dept Med & Hlth Sci, Linkoping, Sweden.
    Dahlqvist, Per
    Umea Univ, Dept Publ Hlth & Clin Med, Umea, Sweden.
    Ekwall, Olov
    Univ Gothenburg, Sahlgrenska Acad, Inst Clin Sci, Dept Pediat, Gothenburg, Sweden;Univ Gothenburg, Sahlgrenska Acad, Inst Med, Dept Rheumatol & Inflammat Res, Gothenburg, Sweden.
    Meadows, Jennifer
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lindblad-Toh, Kerstin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA.
    Bensing, Sophie
    Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol Metab & Diabet, Stockholm, Sweden;Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.
    Pielberg, Gerli
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kampe, Olle
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden;Karolinska Univ Hosp, Dept Endocrinol Metab & Diabet, Stockholm, Sweden;KG Jebsen Ctr Autoimmune Dis, Bergen, Norway.
    Common genetic variation in the autoimmune regulator (AIRE) locus is associated with autoimmune Addison's disease in Sweden2018Inngår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 8, artikkel-id 8395Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Autoimmune Addison's disease (AAD) is the predominating cause of primary adrenal failure. Despite its high heritability, the rarity of disease has long made candidate-gene studies the only feasible methodology for genetic studies. Here we conducted a comprehensive reinvestigation of suggested AAD risk loci and more than 1800 candidate genes with associated regulatory elements in 479 patients with AAD and 2394 controls. Our analysis enabled us to replicate many risk variants, but several other previously suggested risk variants failed confirmation. By exploring the full set of 1800 candidate genes, we further identified common variation in the autoimmune regulator (AIRE) as a novel risk locus associated to sporadic AAD in our study. Our findings not only confirm that multiple loci are associated with disease risk, but also show to what extent the multiple risk loci jointly associate to AAD. In total, risk loci discovered to date only explain about 7% of variance in liability to AAD in our study population.

    Fulltekst (pdf)
    fulltext
  • 10.
    Farias, Fabiana H. G.
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Department of Psychiatry, Washington University School of Medicine, St. Louis, MO, 63110, USA.
    Dahlqvist, Johanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kozyrev, Sergey V.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Leonard, Dag
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Wilbe, Maria
    Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Box 7023, SE-750 07, Uppsala, Sweden.
    Abramov, Sergei
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Institute of Fundamental Medicine and Biology, Kazan Federal University, Kazan, 420008, Russia.
    Alexsson, Andrei
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pielberg, Gerli
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hansson-Hamlin, Helene
    Department of Clinical Sciences, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Box 7054, SE-750 07, Uppsala, Sweden.
    Andersson, Göran
    Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Box 7023, SE-750 07, Uppsala, Sweden.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Bengtsson, Anders A
    Department of Clinical Sciences Lund, Lund University, Skane University Hospital, SE-221 00, Lund, Sweden.
    Sjöwall, Christopher
    Department of Clinical and Experimental Medicine, Rheumatology/Division of Neuro and Inflammation Sciences, Linköping University, SE-581 85, Linköping, Sweden.
    Svenungsson, Elisabet
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Solna, Karolinska Institutet, Karolinska University Hospital, SE-171 76, Stockholm, Sweden.
    Gunnarsson, Iva
    Rheumatology Unit, Department of Medicine, Solna, Karolinska Institutet, Karolinska University Hospital, SE-171 76, Stockholm, Sweden.
    Rantapää-Dahlqvist, Solbritt
    Department of Public Health and Clinical Medicine/Rheumatology, Umeå University, SE-901 85, Umeå, Sweden.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sandling, Johanna K.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lindblad-Toh, Kerstin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Broad Institute, Cambridge, 7 Cambridge Center, Cambridge, MA, 02142, USA.
    A rare regulatory variant in the MEF2D gene affects gene regulation and splicing and is associated with a SLE sub-phenotype in Swedish cohorts2019Inngår i: European Journal of Human Genetics, ISSN 1018-4813, E-ISSN 1476-5438, Vol. 27, s. 432-441Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disorder with heterogeneous clinical presentation and complex etiology involving the interplay between genetic, epigenetic, environmental and hormonal factors. Many common SNPs identified by genome wide-association studies (GWAS) explain only a small part of the disease heritability suggesting the contribution from rare genetic variants, undetectable in GWAS, and complex epistatic interactions. Using targeted re-sequencing of coding and conserved regulatory regions within and around 215 candidate genes selected on the basis of their known role in autoimmunity and genes associated with canine immune-mediated diseases, we identified a rare regulatory variant rs200395694:G > T located in intron 4 of the MEF2D gene encoding the myocyte-specific enhancer factor 2D transcription factor and associated with SLE in Swedish cohorts (504 SLE patients and 839 healthy controls, p = 0.014, CI = 1.1-10). Fisher's exact test revealed an association between the genetic variant and a triad of disease manifestations including Raynaud, anti-U1-ribonucleoprotein (anti-RNP), and anti-Smith (anti-Sm) antibodies (p = 0.00037) among the patients. The DNA-binding activity of the allele was further studied by EMSA, reporter assays, and minigenes. The region has properties of an active cell-specific enhancer, differentially affected by the alleles of rs200395694:G > T. In addition, the risk allele exerts an inhibitory effect on the splicing of the alternative tissue-specific isoform, and thus may modify the target gene set regulated by this isoform. These findings emphasize the potential of dissecting traits of complex diseases and correlating them with rare risk alleles with strong biological effects.

    Fulltekst (pdf)
    fulltext
  • 11.
    Houtman, Miranda
    et al.
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Shchetynsky, Klementy
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Chemin, Karine
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Hensvold, Aase Haj
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Ramsköld, Daniel
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Uebe, Steffen
    Univ Erlangen Nurnberg, Inst Human Genet, Erlangen, Germany.
    Catrina, Anca Irinel
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Malmström, Vivianne
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Padyukov, Leonid
    Karolinska Univ Hosp Solna, Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    T cells are influenced by a long non-coding RNA in the autoimmune associated PTPN2 locus2018Inngår i: Journal of Autoimmunity, ISSN 0896-8411, E-ISSN 1095-9157, Vol. 90, s. 28-38Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Non-coding SNPs in the protein tyrosine phosphatase non-receptor type 2 (PTPN2) locus have been linked with several autoimmune diseases, including rheumatoid arthritis, type I diabetes, and inflammatory bowel disease. However, the functional consequences of these SNPs are poorly characterized. Herein, we show in blood cells that SNPs in the PTPN2 locus are highly correlated with DNA methylation levels at four CpG sites downstream of PTPN2 and expression levels of the long non-coding RNA (IncRNA) LINC01882 downstream of these CpG sites. We observed that LINC01882 is mainly expressed in T cells and that anti-CD3/CD28 activated naive CD4(+) T cells downregulate the expression of LINC01882. RNA sequencing analysis of LINC01882 knockdown in Jurkat T cells, using a combination of antisense oligo-nucleotides and RNA interference, revealed the upregulation of the transcription factor ZEB1 and kinase MAP2K4, both involved in IL-2 regulation. Overall, our data suggests the involvement of LINC01882 in T cell activation and hints towards an auxiliary role of these non-coding SNPs in autoimmunity associated with the PTPN2 locus. 

    Fulltekst (pdf)
    fulltext
  • 12. Leonard, Dag
    et al.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Hagberg, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Berggren, Olof
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Alm, G.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Activated T cells enhance interferon-alpha production by plasmacytoid dendritic cells stimulated by RNA-containing immune complexes2014Inngår i: Scandinavian Journal of Rheumatology, ISSN 0300-9742, E-ISSN 1502-7732, Vol. 43, nr S127, s. 88-89Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 13.
    Leonard, Dag
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Hagberg, Niklas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Berggren, Olof
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Alm, Gunnar
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Activated SLE-T Cells Enhance the Interferon-Alpha Production By Plasmacytoid Dendritic Cells Stimulated By RNA-IC2014Inngår i: Arthritis & Rheumatology, ISSN 2326-5191, Vol. 66, nr S10, s. S1173-S1173, artikkel-id 2681Artikkel i tidsskrift (Annet vitenskapelig)
  • 14.
    Leonard, Dag
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Hagberg, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Berggren, Olof
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Alm, Gunnar
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Activated T cells enhance interferon-alpha production by plasmacytoid dendritic cells stimulated by RNA-containing immune complexesManuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
  • 15.
    Lindahl, Hannes
    et al.
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Guerreiro-Cacais, Andre O.
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Bedri, Sahl Khalid
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Linnerbauer, Mathias
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Linden, Magdalena
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Abdelmagid, Nada
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hollins, Claire
    MedImmune, Resp Inflammat & Autoimmun Res, Cambridge CB21 6GH, England.
    Irving, Lorraine
    MedImmune, High Content Imaging, Cambridge CB21 6GH, England.
    Glover, Colin
    MedImmune, Resp Inflammat & Autoimmun Res, Cambridge CB21 6GH, England.
    Jones, Clare
    MedImmune, Resp Inflammat & Autoimmun Res, Cambridge CB21 6GH, England.
    Alfredsson, Lars
    Karolinska Inst, Inst Environm Med, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala Univ, Dept Med Sci Rheumatol & Sci Life Labs, S-75105 Uppsala, Sweden.
    Kockum, Ingrid
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Khademi, Mohsen
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Jagodic, Maja
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    Olsson, Tomas
    Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Clin Neurosci, Neuroimmunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.
    IL-22 Binding Protein Promotes the Disease Process in Multiple Sclerosis2019Inngår i: Journal of Immunology, ISSN 0022-1767, E-ISSN 1550-6606, Vol. 203, nr 4, s. 888-898Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Genome-wide association studies have mapped the specific sequence variants that predispose for multiple sclerosis (MS). The pathogenic mechanisms that underlie these associations could be leveraged to develop safer and more effective MS treatments but are still poorly understood. In this article, we study the genetic risk variant rs17066096 and the candidate gene that encodes IL-22 binding protein (IL-22BP), an antagonist molecule of the cytokine IL-22. We show that monocytes from carriers of the risk genotype of rs17066096 express more IL-22BP in vitro and cerebrospinal fluid levels of IL-22BP correlate with MS lesion load on magnetic resonance imaging. We confirm the pathogenicity of IL-22BP in both rat and mouse models of MS and go on to suggest a pathogenic mechanism involving lack of IL-22-mediated inhibition of T cell-derived IFN-gamma expression. Our results demonstrate a pathogenic role of IL-22BP in three species with a potential mechanism of action involving T cell polarization, suggesting a therapeutic potential of IL-22 in the context of MS.

  • 16.
    Odqvist, Lina
    et al.
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Jevnikar, Zala
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Riise, Rebecca
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Oberg, Lisa
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Rhedin, Magdalena
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Leonard, Dag
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Yrlid, Linda
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Jackson, Sonya
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Mattsson, Johan
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Nanda, Sambit
    Univ Dundee, MRC Prot Phosphorylat & Ubiquitylat Unit, Dundee, Scotland.
    Cohen, Philip
    Univ Dundee, MRC Prot Phosphorylat & Ubiquitylat Unit, Dundee, Scotland.
    Knebel, Axel
    Univ Dundee, MRC Prot Phosphorylat & Ubiquitylat Unit, Dundee, Scotland.
    Arthur, Simon
    Univ Dundee, Sch Life Sci, Div Immunol & Cell Signaling, Dundee, Scotland.
    Thorn, Kristofer
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Svenungsson, Elisabet
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Jonsen, Andreas
    Lund Univ, Skane Univ Hosp, Dept Clin Sci Lund, Rheumatol, Lund, Sweden.
    Gunnarsson, Iva
    Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Alexsson, Andrei
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Kastbom, Alf
    Linkoping Univ, Dept Rheumatol, Linkoping, Sweden;Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden.
    Rantapaa-Dahlqvist, Solbritt
    Umea Univ, Med Fak, Dept Publ Hlth & Clin Med Rheumatol, Umea, Sweden.
    Eloranta, Maija-Leena
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Bengtsson, Anders
    Lund Univ, Skane Univ Hosp, Dept Clin Sci Lund, Rheumatol, Lund, Sweden.
    Johansson, Patrik
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Discovery Sci, Molndal, Sweden.
    Sandling, Johanna K.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Sjowall, Christopher
    Linkoping Univ, Dept Rheumatol, Linkoping, Sweden;Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Collins, Barry
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden.
    Vaarala, Outi
    AstraZeneca R&D Gothenburg, BioPharmaceut R&D, Res & Early Dev, Resp Inflammat & Autoimmune, Molndal, Sweden;MedImmune LLC, Resp Inflammat & Autoimmun Dept, Gaithersburg, MD 20878 USA.
    Genetic variations in A20 DUB domain provide a genetic link to citrullination and neutrophil extracellular traps in systemic lupus erythematosus2019Inngår i: Annals of the Rheumatic Diseases, ISSN 0003-4967, E-ISSN 1468-2060, Vol. 78, nr 10, s. 1363-1370Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Objectives

    Genetic variations in TNFAIP3 (A20) deubiquitinase (DUB) domain increase the risk of systemic lupus erythematosus (SLE) and rheumatoid arthritis. A20 is a negative regulator of NF-kappa B but the role of its DUB domain and related genetic variants remain unclear. We aimed to study the functional effects of A20 DUB-domain alterations in immune cells and understand its link to SLE pathogenesis.

    Methods

    CRISPR/Cas9 was used to generate human U937 monocytes with A20 DUB-inactivating C103A knock-in (KI) mutation. Whole genome RNA-sequencing was used to identify differentially expressed genes between WT and C103A KI cells. Functional studies were performed in A20 C103A U937 cells and in immune cells from A20 C103A mice and genotyped healthy individuals with A20 DUB polymorphism rs2230926. Neutrophil extracellular trap (NET) formation was addressed ex vivo in neutrophils from A20 C103A mice and SLE-patients with rs2230926.

    Results

    Genetic disruption of A20 DUB domain in human and murine myeloid cells did not give rise to enhanced NF-kappa B signalling. Instead, cells with C103A mutation or rs2230926 polymorphism presented an upregulated expression of PADI4, an enzyme regulating protein citrullination and NET formation, two key mechanisms in autoimmune pathology. A20 C103A cells exhibited enhanced protein citrullination and extracellular trap formation, which could be suppressed by selective PAD4 inhibition. Moreover, SLE-patients with rs2230926 showed increased NETs and increased frequency of autoantibodies to citrullinated epitopes.

    Conclusions

    We propose that genetic alterations disrupting the A20 DUB domain mediate increased susceptibility to SLE through the upregulation of PADI4 with resultant protein citrullination and extracellular trap formation.

    Fulltekst (pdf)
    FULLTEXT01
  • 17.
    Pieper, Jennifer
    et al.
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Med Solna,Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Dubnovitsky, Anatoly
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Med Solna,Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Med Solna, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Infect Dis, Stockholm, Sweden..
    Gerstner, Christina
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Med Solna,Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    James, Eddie A.
    Virginia Mason, BRI, Tetramer Core, Seattle, WA USA..
    Rieck, Mary
    Virginia Mason, BRI, Translat Res Program, Seattle, WA USA..
    Kozhukh, Genadiy
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Med Solna,Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Med Solna, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Infect Dis, Stockholm, Sweden..
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Pellegrino, Sara
    Univ Milan, Sez Chim Gen & Organ, Dipartimento Sci Farmaceut, DISFARM, Milan, Italy..
    Gebe, John A.
    Virginia Mason, BRI, Translat Res Program, Seattle, WA USA..
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sandalova, Tatyana
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Infect Dis, Stockholm, Sweden..
    Kwok, William W.
    Virginia Mason, BRI, Translat Res Program, Seattle, WA USA..
    Klareskog, Lars
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Med Solna,Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Buckner, Jane H.
    Virginia Mason, BRI, Translat Res Program, Seattle, WA USA..
    Achour, Adnane
    Karolinska Inst, Dept Med Solna, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Infect Dis, Stockholm, Sweden..
    Malmström, Vivianne
    Karolinska Univ Hosp, Karolinska Inst, Ctr Mol Med, Dept Med Solna,Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden..
    Memory T cells specific to citrullinated alpha-enolase are enriched in the rheumatic joint2018Inngår i: Journal of Autoimmunity, ISSN 0896-8411, E-ISSN 1095-9157, Vol. 92, s. 47-56Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    ACPA-positive rheumatoid arthritis (RA) is associated with distinct HLA-DR alleles and immune responses to many citrullinated self-antigens. Herein we investigated the T cell epitope confined within alpha-enolase(326-340) in the context of HLA-DRB1*04:01 and assessed the corresponding CD4(+) T cells in both the circulation and in the rheumatic joint. Comparative crystallographic analyses were performed for the native and citrullinated alpha-enolase(326-340) peptides in complex with HLA-DRB1*04:01. HLA-tetramers assembled with either the native or citrullinated peptide were used for ex vivo and in vitro assessment of a enolase-specific T cells in peripheral blood, synovial fluid and synovial tissue by flow cytometry. The native and modified peptides take a completely conserved structural conformation within the peptide binding cleft of HLA-DRB1*04:01. The citrulline residue-327 was located N-terminally, protruding towards TCRs. The frequencies of T cells recognizing native eno(326-340) were similar in synovial fluid and peripheral blood, while in contrast, the frequency of T cells recognizing cit-eno(326-340) was significantly elevated in synovial fluid compared to peripheral blood (3.6-fold, p = 0.0150). Additionally, citrulline-specific T cells with a memory phenotype were also significantly increased (1.6-fold, p = 0.0052) in synovial fluid compared to peripheral blood. The native T cell epitope confined within alpha-enolase(326-340) does not appear to lead to complete negative selection of cognate CD4(+) T cells. In RA patient samples, only T cells recognizing the citrullinated version of alpha-enolase(326-340) were found at elevated frequencies implicating that neo-antigen formation is critical for breach of tolerance. (C) 2018 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  • 18.
    Wahlberg, Per
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Lundmark, Anders
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nordlund, Jessica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Busche, Stephan
    McGill Univ, Dept Human Genet, Montreal, PQ, Canada.;Genome Quebec Innovat Ctr, Montreal, PQ, Canada..
    Raine, Amanda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Tandre, Karolina
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Rönnblom, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi.
    Sinnett, Daniel
    St Justine Univ Hlth Ctr, Res Ctr, Montreal, PQ, Canada.;Univ Montreal, Dept Pediat, Montreal, PQ, Canada..
    Forestier, Erik
    Umea Univ, Dept Med Biosci, Umea, Sweden..
    Pastinen, Tomi
    McGill Univ, Dept Human Genet, Montreal, PQ, Canada.;Genome Quebec Innovat Ctr, Montreal, PQ, Canada..
    Lönnerholm, Gudmar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, Pediatrik.
    Syvänen, Ann-Christine
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    DNA methylome analysis of acute lymphoblastic leukemia cells reveals stochastic de novo DNA methylation in CpG islands2016Inngår i: Epigenomics, ISSN 1750-1911, Vol. 8, nr 10, s. 1367-1387Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Aim: To identify regions of aberrant DNA methylation in acute lymphoblastic leukemia (ALL) cells of different subtypes on a genome-wide scale. Materials & methods: Whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) was used to determine the DNA methylation levels in cells from four pediatric ALL patients of different subtypes. The findings were confirmed by 450k DNA methylation arrays in a large patient set. Results: Compared with mature B or T cells WGBS detected on average 82,000 differentially methylated regions per patient. Differentially methylated regions are enriched to CpG poor regions, active enhancers and transcriptional start sites. We also identified approximately 8000 CpG islands with variable intermediate DNA methylation that seems to occur as a result of stochastic de novo methylation. Conclusion: WGBS provides an unbiased view and novel insights into the DNA methylome of ALL cells.

    Fulltekst (pdf)
    fulltext
1 - 18 of 18
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf